CH_5_ENZYMOLOGIE

Question 1

C’est quoi la courbe de Michaelis-Menten ? C’est quoi ses conditions d’application ?

Answer 1

Vmax (vitesse maximal de la réaction) n’est jamais atteinte !

Question 2

C’est quoi l’EQUATION de Michaelis-Menten ?

Answer 2

Question 3

Quelles sont les conditions initiales de Vi ?(vitesse initiale ) d’écrire la courbe (q produit en f° du temps)

Answer 3

° S0 > E0
° P < 10Ù de S0
° Vitesse constante (phase linéaire)
Vi = do/dt ou delta abs/delta t la vitesse est constante, partie linéaire qui passe par 0, tangeante à l’origine confondu avec la courbure

Question 4

Ça veut dire quoi la cinétique enzymatique

Answer 4

ce sont les variation de quantité (donc de concentration) du produit ou du substrat de la réaction en fonction du temps
Réaction catalysé en 2 étapes par l’enzyme

Question 5

Donner l’EQUATION des 2 étapes de la reaction catalysé par l’enzyme

Answer 5

Question 6

C’est quoi la représentation de Lineweaver et Burk ou double inverse ? Ça correspond à quoi ?

Answer 6

> linearisation de la courbe de Michaelis-Menten

Question 7

C’est quoi la représentation d’Eadie-Hofstee ??

Answer 7

Question 8

Ça correspond à quoi KM ?

Answer 8

Vi = Vmax/2
C’est une grandeur expérimentale qui peut varier avec la structure de S, le pH, la température, la force ionique

Question 9

Préciser à quoi correspondent k1 et k2 dans l’EQUATION de la catalyse de l’enzyme

Answer 9

Question 10

C’est quoi l’efficacité catalytique ?

Answer 10

Kcat/KM

1) * bonne fixation du substrat (faible KM)
* catalyse très lente (faible kcat)
2) * mauvaise fixation du substrat (KM élevée)
* catalyse très rapide (kcat élevée)

Question 11

Que se passe-t-il losrqu’il y a une réaction enzymatique à 2 substrats ?

Answer 11

Question 12

Donner une repésentation de l’interaction enzyme - substrat

Answer 12

Question 13

Donner une représentation de catalyse avec et sans enzyme

Answer 13

Question 14

À quoi servent les enzymes ?

Answer 14

les enzymes sont des catalyseurs qui permettent d’accélérer la vitesse d’une reaction sans modifier son équilibre,

Question 15

Résumer de la cinétique enzymatique

Answer 15

Question 16

C’est quoi la proposition de michaelis - menten (résumé)

Answer 16

Question 17

Redonner l’équation de michaelis menten avec sa courbe et définir tout les termes

Answer 17

Question 18

Qu’est ce qui permet de dire qu’une enzyme est efficace (résumé)

Answer 18

Question 19

c’est quoi les mécanismes catalytiques ? À quoi sert le reste de la structure ?

Answer 19

Question 20

quelle est la structure du complexe Enzyme - Substrat ?

Answer 20

Question 21

Quelles sont les caractéristiques du site actif ?

Answer 21

Formation du complexe ES grâce à
des interactions faibles, impliquant une
spécificité de reconnaissance
- l’interaction du S avec E (et
cofacteurs) lui permet d’atteindre un
état de transition de moins haute
énergie que sans enzyme

Question 22

Quels sont les effets du pH sur les enzymes ?

Answer 22

Question 23

Chymotrypsine ?

Answer 23

Question 23

Trypsine ?

Answer 23

Question 24

Elastase ?

Answer 24

Question 24

Conclusion sur les enzymes. ?

Answer 24

- Dans les cellules, les voies métaboliques sont constituées de suites de réactions catalysées par différents enzymes. - Evolution dirigée des enzymes : ➔ Amélioration ou modification (nouvelles propriétés) de l’activité des enzymes (Applications : industrie pharmaceutique et biocarburants). ➔ Mutagénèse aléatoire à Production de bactérie (pour multiplié le vecteur) à Criblage activité E (sélection des E efficaces et élimination des autres) à Nouveau cycle…

Question 25

Quels sont les 6 classes d’enzymes ?

Answer 25

1. Oxydoréductases 2. Transférases 3. Hydrolases 4. Lyases 5. Isomérases 6. Ligases

Question 26

Quels sont les types de reactions des oxydoréductases et transferases ?

Answer 26

Question 27

Quels sont les types de reactions des Hydrolyses et leases ?

Answer 27

Question 28

Quels sont les types de reactions des Isomérases et ligases ?

Answer 28

Question 29

Loi de Béer Lamber

Answer 29

Avec la loi de Beer Lamber Abs = ε.c.l donc ∆c = ∆Abs / εl avec l = 1 cm Vi = ∆Abs/∆t = [∆Abs/ ε x 1]/∆t Convertir en mol.L-1.min-1 vitesse initiale exprimée en ΔA.min -1 ? Expliquez sans faire le calcul numérique. Avec la loi de Beer Lamber Abs = ε.c.l don

Question 30

Comment obtenir la vitesse maximal pour une enzyme ?

Answer 30

Sur une figure c’est à l’origine

Question 31

Comment déterminer Kcat ou k2 D’une enzyme ? Elle représente quoi ?

Answer 31

Vmax = kcat.[Et] donc kcat = Vmax/[Et] A.N. kcat(WT) = 4 x 10-4/ (0,2. 10-6) = 4/(2 x 103) = 2000 min-1 kcat(Mut) = 8 x 10-4/ (0,2. 10-6 ) = 8/(2 x 103) = 4000 min-1 Nombre de réactions catalysées (ou nombre de molécules de produit formées) par minute pour une molécule d’enzyme OU Nombre de moles de produit formées par min pour une mole d’enzyme. - kcat = fréquence de transformation du substrat en produit par une enzyme saturée - Efficacité catalytique = kcat / KM

Question 32

Q17 : En vous basant sur la Figure 5, déterminez la valeur de la constante de Michaelis (KM) de chacune des enzymes. Justifiez et détaillez vos calculs. Quelle est l’enzyme qui possède la meilleure affinité pour le substrat ? Quelle enzyme est la plus efficace ?

Answer 32

s droites coupent l’axe des abscisses à Vmax/KM (OU utilisation de la pente = -KM) donc : Pour WT, VMax/KM = 0,5 min-1 d’où KM = Vmax/0,5 = 4 X 10-4/ 0,5 = 8.10-4 mol.L-1 Pour Mut, VMax/KM = 4 min-1 d’où KM = Vmax/0,5 = 8 X 10-4/ 4 = 2.10-4 mol.L-1 KM(Mut) < KM(WT) => affinité de l’enzyme Mut vis-à-vis du substrat > affinité de l’enzyme WT kcat mut est deux fois plus grande que celle de l’enzyme WT (donc l’enzyme catalyse plus de réactions par minute) ET KM (Mut) < KM(WT) (donc affinité de l’enzyme Mut > l’enzyme WT). Les deux paramètres sont meilleurs pour l’enzyme Mut, elle est donc plus efficace OU l’efficacité catalytique kcat/KM va être plus grande chez Mut donc elle est plus efficace

Question 33

Methode de purification et d’analyse d’enzyme, elusione chromatographique et migration electrophorétique d’enzyme (lipase) => colonne de chromatographie d’exclusion Donner l’ordre d’elution des proteines

Answer 33

La chromatographie d’exclusion sépare les molécules suivant la taille (ou masse moléculaire) et la forme (et/ou rayon de Stokes). Les protéines les plus grosses sont éluées avant les plus petites car ces dernières rentrent plus dans les billes poreuses et leur élution est ralentie. La protéine de MM 80 kDa (= lipase P) sera donc éluée avant celle de 33 kDa (= lipase WT) [la forme n’intervenant pas car les protéines sont globulaires].

Question 34

Donner le principe et les critères de ification de la technique de chromatographie d’affinité Nommer les différentes étapes Qu’est ce qui absorbe à 280nm ?

Answer 34

àPurification de la protéine d’intérêt par interaction avec une molécule spécifique greffée à la phase stationnaire. Critère de purification : spécificité à Etapes : - dépôt de l’extrait protéique à purifier - adsorption des protéines d’intérêt sur les molécules spécifiques greffées à la phase stationnaire (ces molécules greffées peuvent être des AC anti-beta-gal ou un substrat de la beta-gal tel que du lactose ; de l’IPTG, de l’ONPG mais attention car ces substrats sont métabolisables) - lavages pour éliminer les protéines fixées de façon non spécifique - élution de beta-gal : par modification du pH, par modification de la force ionique, par compétition avec excès de la molécule spécifique Y et W absorbent à 280nm

Question 35

Quel pic correspond à quoi ? Préciser et justifier dans quel pic les b-galactosidases devraient être éluées.

Answer 35

Dans le 2ème pic de chromatographie car cela correspond aux protéines éluées. Le 1er pic correspond à toutes les protéines non spécifiques et donc non retenues par la phase stationnaire

Question 36

Answer 36