Chapitre 5 : Microbiotes Flashcards
Définis holobionte, microbiome et microbiote ?
Holonbionte = association hôte (animal) - microorganismes qu’il héberge. Microbiome = ensemble de ces microorganismes et de leurs génomes, de leur habitat et de leur environnement. Microbiote = ensemble des microorganismes dans un environnement donné.
Quelles sont les différences entre une bactérie commensale, microbiote résident et microbiote de passage ou transitoire ?
Bactérie commensale = bactéries ayant colonisé l’individu dans les heures et jours qui suivent sa naissance et qui vivent en équilibre avec l’hôte. Cette convivialité leur permet de se nourrir le plus fréquemment grâce à, mais pas aux dépens de l’hôte. Ces bactéries proviennent du vagin de la mère, du milieu extérieur et de la nourriture.
Microbiote résident = s’agit de l’ensemble des populations bactériennes « permanentes » qui se retrouvent sur la peau et l’ensemble des muqueuses (exception faite de la trachée, des bronches, de la matrice et de la vessie). Relativement stables, ces populations bactériennes vivent en bonne harmonie avec l’individu, car elles sont formées surtout d’espèces commensales. Il varie, cependant, d’un individu à l’autre, au sein de la même espèce, en fonction de son environnement et de ses habitudes alimentaires. Il peut aussi varier au cours de la vie d’un individu, pour les mêmes raisons. Perturbé, il peut engendrer des troubles cliniques, car il peut aussi contenir des bactéries pathogènes opportunistes ou obligées (porteurs sains).
Microbiote de passage ou transitoire = certaines muqueuses ne portent pas de microbiote résident, mais bien un microbiote de passage. C’est le cas de la vessie. Un microbiote bactérien se développe entre chaque miction, dans l’urine qui s’accumule. Ce microbiote n’est jamais important chez les individus en bonne santé, car l’urine n’est pas un milieu favorable, et est éliminée à chaque miction. Il n’y a donc pas le caractère de permanence, que l’on retrouve dans les microbiotes résidents. Sur la peau ou certaines muqueuses, un microbiote de passage peut aussi se développer temporairement, en fonction de certaines conditions particulières, puis disparaître quand ces conditions n’existent plus. Ce microbiote de passage est normalement formé uniquement de bactéries commensales, mais parfois l’une ou l’autre bactérie pathogène
Pourquoi la peau ne constitue pas le meilleur habitant pour les bactéries ?
Car c’est un milieu sec, pH acide (< 6), desquamation, sécrétion, excrétion des glandes sébacées, interactions microbiennes, SI local limitent le développement des espèces résidentes et rendent difficile l’établissement d’autres bactéries.
Le microbiote cutané résident est constitué majoritairement de Gram+
Que faut-il savoir sur le microbiote respiratoire résident ?
Les communautés bactériennes des voies respiratoires inférieures sont moins riches et moins variées que les microbiotes des voies supérieures , ceci est dû au fait que les voies supérieures sont directement exposées aux communautés microbiennes ambiantes en suspension dans l’air.
Que faut-il savoir sur le microbiote urinaire ?
Il est très peu connu à l’heure actuelle.
Non seulement les communautés microbiennes des voies urinaires sont impliquées dans le maintien de la santé, mais des altérations de leur composition peuvent être associées à différentes pathologies urinaires, telles que les infections des voies urinaires.
La vessie peut également héberger un microbiote de passage, provenant surtout du microbiote intestinal et vaginal, via l’urètre, spécialement chez les femelles.
Ces bactéries ne résident que peu de temps suite au flux urinaire et aux propriétés antimicrobiennes de l’urine, telles l’osmolalité élevée, le pH et la présence de certains constituants à activité anti-bactérienne
Que faut-il savoir sur le microbiote vaginal ?
Il est très peu étudié donc peu connu chez le mâle.
Chez la femelle, 9/10 sont des bactéries anaérobies Gram + et Gram -. Ils sont développés dès la naissance via la mère et via l’environnement. Chez le mâle, ils proviennent uniquement de l’environnement
Que faut-il savoir sur le microbiote buccal ?
Présent dès la naissance et via l’environnement. On trouve des bactéries aérobies facultatives et aérobies strictes. Sur les gencives, on trouve de nombreux germes anaérobies stricts. Dans la salive, se trouve un mélange de ces différentes bactéries
Que faut-il savoir sur le microbiote gastrique ?
Il est maintenant bien connu que l’estomac peut renfermer un microbiote résident, constitué entre autres de bactéries du genre Helicobacter. Pour survivre, ces bactéries tamponnent localement l’acidité stomacale en sécrétant une enzyme uréase qui permet la production d’NH3 à partir d’urée. Mais, ces bactéries sont aussi des pathogènes opportunistes.
La situation est différente pour les estomacs non digérants des ruminants qui renferment des populations bactériennes très riches et abondantes. L’encombrement stérique est même considéré comme maximal : 1011 bactéries/ml. Parmi ces populations bactériennes se retrouvent des espèces « extrêmement sensibles à l’O2 », c’est-à- dire des bactéries qui meurent en quelques secondes au moindre contact avec l’ O2. En règle générale, elles ne comprennent pas de bactéries pathogènes, même pas opportunistes, mais de manière très temporaire.
Que faut-il savoir sur le microbiote intestinal ?
Il est propre à chaque individu. C’est le microbiote le plus important du corps qui colonise les parois de l’estomac et des intestins et se concentre surtout dans le colon.
La colonisation bactérienne a lieu de façon progressive, dans un ordre bien précis : les premières bactéries intestinales ont besoin d’oxygène pour se multiplier (bactéries aérobies). En consommant l’oxygène présent dans l’intestin, elles favorisent ensuite l’implantation de bactéries qui ne prolifèrent justement qu’en absence de ce gaz (bactéries anaérobies).
Les intestins sont des réservoirs de germes banaux, pathogènes opportunistes et pathogènes obligés, ces derniers chez des animaux porteurs après une infection. La grande majorité (> 90 %) des bactéries présentes dans les intestins est constituée d’espèces anaérobies strictes.
En dehors des microbiotes connus, où peut-on trouver des bactéries dans le corps ?
L’intérieur du corps, au-delà de la peau et des muqueuses, est normalement considéré comme stérile. Toute présence bactérienne est à considérer comme hostile et provoque la réaction de nos défenses constitutives (réaction inflammatoire) et inductibles (réponse immune). Les exemples classiques sans conséquence de maladie sont les bactériémies temporaires en période post-prandiale, temporaires car elles sont éliminées par nos défenses. Par contre si les bactéries présentes dans le sang peuvent y résister, il s’agit de bactéries pathogènes qui causeront des maladies.
Il apparaît cependant aujourd’hui que certaines bactéries peuvent vivre dans le système circulatoire sans provoquer de troubles cliniques reconnus à ce jour chez leur(s) hôte(s) préférentiels (en dehors de toute immunodépression), mais bien chez des hôtes accidentels, comme si ces bactéries avaient développé un équilibre pacifique seulement avec certains hôtes au cours de l’évolution. Elles vivent au contact et dans les érythrocytes et appartiennent au genre Bartonella.
