Comment s'y retrouver parmi des milliers d'espèces Flashcards
(32 cards)
Taille d’une bactérie
de l’ordre du micron.
Les flagelles
servent au déplacement, à s’ancrer sur des surfaces et à produire des biofilms. Les bactéries se déplacent sur les surfaces pour aller se nourrir sur des surfaces plus riches. Mais comment font-elles pour savoir que le milieu est plus riche plus loin ? c’est grâce à des récepteurs pariétaux.
communication des bactéries
vésicules
à quoi servent les pili
à la conjugaison
polysaccharides
auréole autour des bactéries, lui donnant un aspect visqueux. Elles constituent des réserves d’eau et de nutriments. Ils permettent aussi une adhérence aux parois. En agroalimentaire, on utilise les polysaccharides en substitution aux matières grasses. En effet, c’est moins cher, moins calorique et permet d’avoir des phases plus homogènes. Peuvent former des Biofilms.
Sporulation
quand les conditions environnementales ne permettent plus la croissance bactérienne, la bactérie va se différencier. Elle va répliquer son génome, un septum se produit et vient entourer le génome. On les retrouve dans les aliments que l’on n’a pas assez chauffé.
Les niveaux d’identification
® Domaine ® Phylum ® Classe ® Ordre
® Famille ® Genre ® Espèce ® Souche
que peut différencier des souches toutes réunies sous le nom d’une même espèce
plasmide qui code pour virulence, pour d’autres il code pour la toxine.
Longtemps, critères phénotypiques utilisés pour classer mais :
- pas assez discriminant pour les espèces et plus encore pour les souches
- trop de variables (mutations, physiologie) qui vont aussi induire des biais sur les critères phénotypiques
- difficulté de reproductibilité (API).
différenciation cellulaire chez bactéries propioniques
réorganisations génétiques avec des plasmides qui apparaissaient chez les formes coques et disparaissaient sur les formes bacilles (les bacilles passaient en coques). Au début, on pensait que ces différences étaient dû à des formes dominantes et sous-dominantes. Mais, en fait non, c’était une contamination des souches !
le gold standard : % d’hybridation et TM (T de demi dénaturation de l’ADN).
® Dénaturation
® Marquer A à la radioactivité
® On fixe B sur un filtre
® On fait passer A à travers le filtre
® Si homologie, la radioactivité reste sur le filtre ® On mesure le % de radioactivité fixée
On considère que 2 bactéries appartiennent à la même espèce quand le pourcentage d’homologie est > ou égale à 70%.
Homologie de séquence de tout l’ADN par Bio Info 96 % ou % d’homologie de séquence de l’ADN 16 S >= 99–99,5 % (si < 97 % alors pas la même espèce )
Variation du TM <= 5°
techniques moins complexes que gold standard
détection de la séquence d’un gène spécifique d’une espèce, étude de la séquence de l’ADN ribosomique et étude de la séquence de plusieurs gènes (MLSA).
Détecter un gène spécifique de l’espèce
amplifier par PCR un gène spécifique de l’espèce, c’est-à-dire un gène de pathogénicité, du métabolisme … Ne marche que pour le médical et l’alimentaire : on veut s’assurer qu’il n’y a pas de X.
Etude de la séquence de l’ADN ribosomique (la plus efficace)
groupe de gènes sous la dépendance de mêmes signaux de régulation et qui vont coder pour la même fonction. Les opérons ribosomiques : 16S, 23S et 5S.
L’ARNr n’est pas traduit, ce sont des ARN qui s’associent à des protéines pour former le ribosome.
Structure secondaire de l4ARN 16S : très peu évolué au cours du temps, les zones variables permettent : horloge moléculaire.
Spectromètre de masse
molécules ionisées puis passage dans un spectro et mesure du temps de vol (= temps du voyage). Les pics correspondent aux protéines ==> faire un profil dans toutes les protéines qu’il y a dans bactérie. Chaque profil est associé à un sous-groupe de noter espèce. –> identification du genre mais pas de l’espèce car certaines espèces sont très proches protéïquement parlant.
distinguer les souches
Éric PCR pour amplifier des régions au hasard dans le génome, on fait migrer sur une électrophorèse : un profil de bande pour chaque souche -> permet de savoir si 2 souches sont différentes.
MLST
série de gènes et on va identifier les allèles pour chacun des gènes
MLSA
toutes les séquences de différents gènes (de ménage, donc tjrs présents) collées toutes à la suite et on regarde le pourcentage d’identité.
E de restriction
Reconnait un site spécifique et coupe l’ADN. Les enzymes de modification protègent les sites de la bactérie pour pas qu’ils soient coupés par l’enzyme de restriction.
Autre technique de différenciation des souches (par comparaison) que E de restriction
comparaison des SNP des génomes de plusieurs souches
Culture sur milieu gélosé : identification des espèces.
On extrait l’ADN total, puis on amplifie l’ADN 16S de tout l’échantillon. Ensuite, on réalise un séquençage haut débit puis on traite les données. On peut donc avoir une génération de toutes les séquences de l’ADNr.
connaitre la fonctionnalité des gènes
on l’insère dans un vecteur puis dans un organisme (clonage chez E.Coli ou Bacillius) → l’hôte du gène est important car par exemple les gènes de la vue ne seront pas exprimés chez E.Coli puis test des clones.
E.Coli est considéré infectant quand
> 1 million
2 techniques de diagnostic des virus
sérologie (recherche anticorps présents dans le sang → HIV, hépatites) + diagnostic directe par PCR (très sensible).
