Cours 2 Flashcards by Pierre-Olivier Labbé

Déterminant de la conformation des protéines globulaire (5)

1- Séquence
2- Rotation des angles phi et psi
3- Contrainte par Pont disulfure
4- Lien non-covalent
5- Propriétés hydrophobe

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Nomme les 4 types d’intéractions non-covalentes

1- Van der waals
2- Liaisons hydrogène
3- Électrostatique
4- Hydrophobe

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Qu’est-ce que les intéractions de Van der waals ?

-Intéraction entre nuage électroniques d’atomes proches
-Comprennent dipole-dipole, dipole-dipole induit
- Plus fréquente mais très faible

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Qu’est-ce que les liaisons hydrogènes ?

Lien entre un atome d’hydrogène lié à un atome électronégatif et un autre électronégatif de façcon non-covalente
-Important pour squelette

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Qu’est-ce que les interactions hydrophobes?

Permet aux substances non-polaire de minimiser le contact avec l’eau
Implique une réorganisation de l’eau à l’intérieur des protéines
Entropie joue un rôle majeur dans ces intéractions

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Rotation positives des valeurs de psi et phi représente :

Une rotation dans le sens des aiguilles d’une montre vu du Calpha

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V/F Angle Phi représente le lien entre Calpha et C=O(ou C’)

Faux c’est le Calpha et NH

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V/F Angle Psi représente le lien entre Calpha et C=O(ou C’)

Vrai

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V/F Le lien peptidique n’est pas planaire

Faux il l’est ce qui signifie donc que la chaîne peptidique n’a que deux possibilités de rotation et que le trajet complet du squelette est connu lorsque les deux angles sont tous connus

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Pourquoi de nombreuses valeurs de phi et psi ne sont pas permises ? (3 raisons)

1- Différence d’énergie entre éclipsées et décalées
2- Encombrement stérique
3- Intéractions non-covalente avec chaînes latérales

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Le diagramme de Ramachandran montre quoi ?

La distribution des valeurs permises de psi et phi dans une protéine car certaines sont favorable énergétiquement

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Quel résidu(s) est exclu du diagramme de Ramachandran ?

Glycine car nombreuses possibilités permises

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Combien un tour d’hélice alpha contient de résidus ?

3,6

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Il y a présence de liaison hydrogène dans une hélice alpha entre le C=O du résidu n et le __ du résidu __

entre le C=O du résidu n et le N-H du résidu n+4

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V/F A.A avec configuration L porduit une hélice gauche ?

Faux il produit une hélice droite

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Quel sont les angles psi et phi pour qu’une hélice alpha se forme ?

phi = -60 ° et psi -45° à -50°1

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La longueur d’un résidu le long de l’axe de l’hélice alpha ?

1.5 amstrong = 0,15 nm

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Le pas de l’hélice est de ?

0,54 = 3,6*0,15nm

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Nbr moyen de résidus par hélice alpha dans prot globulaires ?

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V/F C=O et N-H sont tournés vers l’Extérieur dans hélice alpha

Faux

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Le moment dipolaire pour l’ensemble de l’hélice alpha vient de quoi ?

De la disposition des groupes amine et carboxyle

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V/F La charge partielle positive est à l’extrémité N-Terminal et négative à C-terminale

Vrai

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Lorsqu’on parle de d’autre hélice que alpha on utilise l’acronyme n(avec indice m) Que veut dire n et m ?

n : nbr résidus par tour d’hélice
m : nbr d’atome se trouvant dans la boucle fermée par une liaison hydrogène

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Laquel de ces structure secondaire ne retrouvons pas dans une protéine :
1- 3(10)
2- 4,4(16)
3- pi
4- 2,2(7)

4- Le ruban 2,2(7)°

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Que veut dire n, d et p quand on parle de structure hélicoidales

n : nbr unités se répétant par tour d : translation de l'hélice par unité répétée p : pas de l'hélice

V/F L'hélice 3(10) contien des liens H en N et N-H n+4

Faux n+3

Combien est le pas de l'hélice d'une 3(10) ?

6 Amstrong ou 0,60 nm

Quel sont les angles phi et psi de 3(10) ?

phi : -50° psi : -30°

Qu'est-ce qui cause des interférence stérique dans 3(10)

Chaînes latérales

V/F Se retrouve sous forme de long segments dans les protéines

Faux courts segments

V/F L'hélice alpha est plus étroites que la 3(10)

Faux

Quel a.a. a sa chaîne latérales qui interfèrent directement avec la structure des hélice ?

Proline car il forme une structure cyclique qui cause un encombrement

A.a. aidant à la formation de l'hélice (4)

Ala, Glu, Leu, Met

A.a nuisant à la formation de l'hélice (4)

Pro, Gly, Tyr, Ser

L'hélice sous forme de roue hélicoidale permet de montrer quoi de la flavodaxine ?

Qu'elle a une face hydrophobe (où tout les a.a. hydrophobe se retrouvent) et une hydrophile se qui fait d'elle une amphiphile

Quel groupe d'une hélice alpha ne participent pas aux pont hydrogènes ?

4 premier N-H et 4 dernier C=O

Comment la coiffe des hélices agit sur le N-terminal?

C'est les interactions entre les groupe N-H du N-terminale qui interagit avec les groupes accepteurs des chaîne latérales des résidus suivant dans la séquence

Comment la coiffe des hélices agit sur le C-terminal?

Les groupement C=O des C-terminal interagit avec N-h du squelette des résidus suivant la séquence

Quel interaction a lieu entre les résidus non-polaire et l'hélice et la boucle adjacent

Hydrophobe

V/F Les Coiffe ne sont pas important dans le repliement des protéine ?

Faux car il stabilisent les hélices

Nomme deux exemple de coiffes

1- Capping box 2- Motif de Schellman (le C' est une glycine)

Qu'est-ce qui détermine l'orientation anti-parallèle de deux hélice adjacente

Par les interactions hydrophobes des coiffes

Quel motif structural permet d'assembler des hélice alphar par liaisons hydrophobes ?

Motif superhélicoidal

De quoi est composé un Motif superhélicoidal

de 2,3 ou 4 hélice à droite en torsade pour faire une super hélice gauche et le segment sont soit parallèle ou anti-parallèle

Motif superhélicoidal est caractérisé par quoi ?

Séquence répété de 7 acides aminés où 2 sont non-polaire et 2 peuvent former des paires d'ions de charges opposées

V/F le nbr de résidus par tour d'hélice est de 3,6 chez les Motif superhélicoidal à deux hélices

Faux il est de 3,5 pour permettre les interactions régulière entre chaine latérales hydrophobes

V/F Les leucines zipper sont un exemple de Coiffe

Faux c'est un exemple de Motif superhélicoidal et sert aux protéines liant l'ADN

V/F Le four helix bundle (Exemple de Motif superhélicoidal) a ses résidus hydrophobe à l'extérieur et les hydrophiles à l'intérieur

Faux c'est le contraire

V/F Les chaînes latérales du feuillet bêta se retrouve à l'intérieur en parallèle

Faux ils sont perpendiculaire au plan du feuillet et se retrouvent en haut et en bas

Nomme la différence entre feuillet bêta parallèle et anti-paralèlle au niveau des pont H

Anti-p : Pont H sont perpendiculaire aux brins et linéaire et l'Espace entre eux alterne de mince à large p : Pont H sont régulièrement espacés et ne sont pas parfaitement perpendiculaire

V/F Les valeur des angles phi et psi sont plus faibles pour les feuillet anti-p

Faux il sont plus faible pour les parallèles

V/F Les feuillet parallèles sont en général plus régulier

Vrai

Qui entre les parallèle et anti-p ont une taille généralement plus grande ?

Les parallèles (rarement moins de 5 brins) et anti-p peuvent seulement en avoir 2 brins

V/F Les brins bêta présente souvent une torsion à droite des autres brins Bêta

Vrai une torsion de 0° à 30° entre chaque brin

V/F Un brin bêta est toujours droit

Faux il peut un avoir un résidu supplémentaire qui provoque cette courbure

V/F Les brins adjacents parallèles sont reliés par une épingle à cheveux

Faux c'est par un enjambement de pas à droite c'est les anti-p qui ont l'épingle

Combien de résidus est composés l'épingle à cheveux

2 à 5 résidus

Combien de type de boucle (épingle à cheveux) sont retrouvé ?

Il y a 2 types de boucle et s'appel Tour bêta(boucle bêta), ceux de 4 résidus sont fréquents

Il y a présence de liaison hydrogène dans une boucle bêta entre le C=O du résidu n et le __ du résidu __

entre le C=O du résidu n et le N-H du résidu n+3

Quel a.a. sont souvent retrouvés dans les boucle bêta

Gly et Pro

Par combien de brin est formés la clé grecques ?

4 brin bêtas anti-parallèles

Quel type de résidus sont préférés pour formé les feuillet bêta ?

Résifus aromatiques et branché en Bêta

A.a nuisant à la formation de feuillet bêta ?

Pro et Gly

Quel intéractions est particulièrement important pour les feuillet bêta ?

Entre chaîne latérales

Il y a deux paires de résidus préférées dans les feuillet B anti-p lesquel ?

1- Intéractions aux site rapproché (liaison H) avec angle de torsion(X1) non favorable 2- Interactions favorable aux site éloigné (liaison H) avec angle de torsion(X1) favorable

De quel paire de résidus parle-t-on içi ? intéractions aux site rapproché (liaison H) avec angle de torsion(X1) non favorable

1- A.a avec charge opposée 2- Gly avec a.a. aromatique 3- Val avec aromatique (van der waals) 4- Aromatique avec aromatique

De quel paire de résidus parle-t-on içi ? Interactions favorable aux site éloigné (liaison H) avec angle de torsion(X1) favorable

1- A.a. avec charge opposée 2- Cys avec Cys (pont disulfure) 3- Aromatique avec Pro (Van der Waals) 4- Thr avec Thr (Lien H) 5- Val avec val (van der waals)

Cours 2 Flashcards

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