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Biologie Moléculaire > Cours 2 : Structure du génome > Flashcards

Cours 2 : Structure du génome Flashcards

(64 cards)

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1
Q

Qu’est ce que la structure primaire des acides aminées

A

Chaîne d’acides aminés unis par des liens peptidiques

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Q

Quelles sont les 2 formes de structures secondaires des protéines

A

Hélice alpha (chaine R vers l’extérieur)
Feuillets Bêta (chaine R vers le haut et le bas)

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Q

Vrai ou faux : Les structures secondaires se forment spontanément

A

Vrai, grâce aux liens H au niveau des coeurs des acides aminés

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4
Q

Qu’est ce que la structure tertiaire des protéines

A

Un agencement d’hélices alpha et de feuillets bêta possédant des domaines fonctionnels

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5
Q

Qu’est ce qui détermine la fonction d’un domaine protéique

A

La forme de ce domaine (un même domaine se replie toujours de la même façon)

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6
Q

Vrai ou faux : un domaine donné ne fait parti que d’une seule protéine

A

Faux, un même domaine peut faire partie de plusieurs protéines

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7
Q

Qu’est ce que la structure quaternaire des protéines

A

Interaction entre plusieurs chaines peptidiques pour former une protéine fonctionnelle (assemblage de sous-unités)

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8
Q

Comment est l’ensemble de l’ADN génomique chez les procaryotes vs eucaryotes

A

Procaryotes : un seul chromosome circulaire
Eucaryotes : Plusieurs chromosomes

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9
Q

Où est situé l’ADN chez les procaryotes

A

Dans le cytoplasme et forme une structure appelée nucléoïde

Petites protéines qui aident à l’organisation spatiale de l’ADN

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10
Q

Quelles sont les 3 protéines qui compactent l’ADN chez les procaryotes

A
  1. H-NS : formation d’un pont
  2. Protéine d’enroulement
  3. Protéine pliant l’ADN
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11
Q

Vrai ou faux : le nucléoïde est dynamique

A

Vrai, il change selon les besoins de la cellule

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12
Q

Comment se trouve l’ADN eucaryote lors de la vie normale d’une cellule (interphase)

A

L’ADN est sous forme de chromatine

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13
Q

Comment se trouve l’ADN eucaryote lors de la mitose

A

L’ADN est condensé en chromosomes mitotiques

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14
Q

Qu’est ce que la chromatine

A

Un ensemble d’ADN et de protéines

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15
Q

Quels sont les 2 niveaux de compaction de la chromatine

A

Hétérochromatine : région non-transcrite (condensé de 30nm)
Euchromatine : région active pour la transcription (étendue de 11 nm)

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16
Q

Qu’est ce qu’un nucléosome

A

La structure de base de la chromatine et le premier niveau de compaction

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17
Q

De quoi est composé un nucléosome

A

ADN et 8 histones (2 H2A, 2 H2B, 2 H3, 2 H4)

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18
Q

Combien de fois l’ADN s’enroule autour d’un noyau d’histone et comment s’appelle l’ADN entre 2 nucléosomes

A

1,65 fois
ADN intercalaire

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19
Q

Qu’est ce qui explique la grande affinité non spécifique des Histones avec l’ADN

A
  1. Histones riches en lysines et arginines chargés positivement (ADN est -)
  2. Les séquences riches en AT se courbent plus facilement (moins d’encombrement)
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20
Q

Comment se retrouvent les dimères et les tétramères d’histones lorsqu’il n’y a pas d’ADN disponible

A

Ils sont en solution (pas assembler en noyaux)

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21
Q

Étapes de la formation du noyau des nucléosomes

A
  1. Tétramère H3-H4 se lie à l’ADN et l’enroule
  2. Les 2 dimères H2A-H2B se joignent au complexe et le stabilise
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22
Q

Où se retrouvent les queues N-terminales des histones dans le nucléosome et quel est leur rôle

A

à l’extérieur, elles stabilisent l’ADN autour du noyau et permettent des interactions entre nucléosomes

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23
Q

Combien y a-t-il de points de contact ADN-Histone et combien de liens hydrogènes sont formés pour 1 nucléosome

A

14 points de contact (1 à chaque fois que le sillon mineur fait face au noyau)
40 liens hydrogènes

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24
Q

Par où émergent les queue N-terminales des histones du nucléosomes

A

H2B et H3 : entre 2 brins d’ADN où 2 sillons mineurs se font face
H4 et H2A : en haut et en bas de 2 hélices

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25
Vrai ou faux : les queues N-terminales des histones peuvent être modifiées par des enzymes
Vrai
26
Quelles sont les 3 modifications possibles des queues d'histones Ces modifications sont elles réversibles
1. Acétylation 2. Phosphorylation 3. Méthylation. et ubiquitination Oui
27
Que fait l'acétylation des queues N-terminales des histones
Cache la charge + des lysines des histones ce qui crée une perte d'interaction avec l'ADN
28
Que fait la phosphorylation des queues N-terminales des histones
Le P ajouté sur les sérines neutralise une charge + voisine de la lysine ou d'arginine ce qui augmente l'effet de répulsion de l'ADN
29
Que fait la méthylation et l'ubiquitination des queues N-terminales des histones
Rend l'histone compatible à d'autres protéines
30
Qu'est ce que l'Assemblage préférentiel des nucléosomes
Des protéines se lient aux nucléosomes existants et aident au recrutement d'autres nucléosomes dans la région
31
Que fait l'histone H1
interagit avec l'ADN intercalaire et avec une partie de l'ADN du nucléosome : permet de resserrer les nucléosomes entre eux
32
Quels sont les 2 modèles possibles pour le rapprochement des nucléosomes
Solénoïde Zigzag
33
Que permettent les protéines Sir
Organiser l'hétérochromatine en boucle
34
Par quoi sont stabilisés les bases de chaque boucle formée par les protéines Sir
Par un échafaudage nucléaire (agrégat protéique)
35
Quelles sont les protéines de l'échafaudage nucléaire et quels sont leur rôle
1. Topoisomérase II : maintient de la structure et s'assurent que les boucles demeurent séparées l'une de l'autre 2. SMC et condensines : pinces auto-complémentaires
36
Quel est le rôle du chromosome mitotique
Assurer la transmission efficace des gènes aux cellules filles lors de la division (protection de l'information par sa structure compacte)
37
Qu'est ce qu'un génome
L'ensemble des informations contenues dans l'ADN dont les séquences sont nécessaires pour coder tous les ARN et toutes les protéines de l'organisme
38
Quelles sont les fonctions d'un chromosome (4)
1. Compacter l'ADN pour qu'il entre dans le noyau 2. Protéger l'ADN 3. Organiser l'ADN 4. Transmettre l'ADN durant la mitose
39
Comment représente-t-on l'ADN génomique
On représente un seul brin et on déduit le 2e par complémentarité
40
Est-il possible d'aligner les séquences d'ADN et de protéines
Oui, ADN = BLAST
41
Qu'est ce que la ploïdie et quelle est la ploïdie des procaryotes vs eucaryotes
Nombre de copie de chaque chromosome Procaryotes : haploïdes Eucaryotes : plusieurs chromosomes linéaires dans le noyau (humains = diploïdes)
42
Vrai ou faux : la taille du génome est le nombre de paire de base contenu dans tous les chromosomes d'un organisme
FAUX, c'est le nombre de paire de base contenu dans 1n
43
Vrai ou faux : Plus un organisme est complexe, plus son nombre de gène est grand
Vrai
44
Qu'est ce qu'un plasmide
ADN circulaire indépendant du chromosome et pouvant être transmis d'un individu à l'autre (procaryotes)
45
Est ce que les plasmides sont essentiels à la survie des procaryotes
Non, mais ils apportent un grand avantage à la survie
46
Quels sont les 2 organites eucaryotes qui ont leur propre génome
Mitochondries et chloroplastes
47
Quelles sont les caractéristiques spécifiques du génome des chloroplastes et des mitochondries
Existent en plusieurs copies par organites Réplication indépendante du reste de la cellule Transmission non-mendélienne Génome circulaire Séquences ressemblant aux génome bactérien
48
Qu'est ce qu'un gène
Un caractère transmissible porté par l'ADN (segment d'acides nucléiques contenant l'information pour produire un ARN)
49
Comment sont organisés les gènes bactériens
En opérons et donnent des transcrits d'ARN polycistronique (pour plusieurs protéines)
50
Comment sont organisés les gènes eucaryotes
Longs et discontinus (présence d'introns), l'ARNm code pour une seule protéine
51
Qu'est ce que la densité génique
Nombre de gène/Mb d'ADN
52
Comment est la densité génique des procaryotes
Haute densité génique (1000 gènes/Mb) - Génome majoritairement fait de séquences codantes - Peu de séquences non-codantes régulatrices
53
Vrai ou faux : plus un organisme est complexe, plus sa densité génique est basse
Vrai
54
Qu'est ce qu'un intron
Portion non-codante d'ADN situé dans un gène, transcrite puis éliminée par épissage dans les ARN matures
55
4 types de séquences uniques de l'ADN intergénique
1. Séquences régulatrices de l'expression génique 2. Pseudogènes et fragments de gènes 3. ARN régulateurs (non-traduits impliqués dans la régulation) 4. Origines de réplication
56
3 séquences répétées de l'ADN intergénique
1. Microsatellites 2. Télomères (au bout des chromosomes) 3. Transposons
57
Quels sont les 2 complexes protéiques qui permettent le dynamisme histone-ADN
1. Complexes remodelant la chromatine (ATP-dépendants) 2. Complexes de modifications post-traductionnelles des queues d'histones
58
Par qui sont recrutés les complexes remodelant la chromatine
Facteurs de transcription ou queues N-terminales des histones du nucléosome
59
Pourquoi les complexes remodelant la chromatine ont-ils besoin d'ATP
Pour permettre une redistribution des liens entre l'ADN et les histones (déplacement ou glissement)
60
Combien de sous-familles de complexes remodelant la chromatine existe-il Que peut faire SW1/SNF Que peut faire INO80
4 sous-familles qui permettent toutes le glissement SW1/SNF permet l'éjection des nucléosomes INO80 permet l'échange d'histones (histones modifiées pour permettre la régulation)
61
Qu'est ce que la transgenèse
L'introduction d'un gène étranger dans un génome d'intérêt
62
2 types de transgenèses
1. Gène étranger (ex : provenant d'une bactérie et introduit dans une tomate) 2. Gène d'un parent proche ou modifié
63
2 types de sélection classique pour modifier un génome
1. Croisement 2. Mutagenèse (radiation ou agent mutagène)
64
Techniques de transgenèses
Voir diapo 54-55

Biologie Moléculaire (12 decks)

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