Cours 8 : ARNm (part 2) Flashcards by Laurence Chagnon

Vrai ou faux : les ARNm matures doivent être exportés vers le cytoplasme pour participer à la traduction

Vrai

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Le transport hors du noyau des ARNm matures est contrôlé via quoi

Facteurs d’export
Récepteurs de signaux d’exports

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Quel est le rôle des karyophérines

Protéines importatrice (importines) et exportatrices (exportines) qui gère le trafic bidirectionnel des ARN et des protéines entre le noyau et le cytoplasme

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Que reconnaissent les Karyophérines sur les ARN/protéines

Une séquence d’a.a. spécifique
ARN : a.a. des protéines exportatrices
Protéines : a.a. de la protéines

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Qu’est ce qu’un ribonucléoprotéine messager (RNPm)

ARNm + complément de protéines qui s’associent à l’ARNm durant la transcription et maturation

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Les protéines des RNPm reconnaissent quoi sur l’ARNm + à quoi s’associent-elles sur l’ARNm

les exons
S’associe à la coiffe en 5’ et la queue poly A

**Permet la reconnaissance d’ARN pour la transcription

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Vrai ou faux : quand l’ARNm parvient au cytoplasme, d’autres protéines s’associent à l’ARNm pour assurer la traduction

Vrai

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Qu’est ce que les Tap

Protéines hétérodimériques qui sont des récepteurs du transport nucléaire des ARNm qui peuvent associer à l’ARN

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Qu’est ce que le complexe TREX

Pour la transcription exportation : permet de cibler les ARNm spécifiquement

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Quel est le rôle de TREX

Amener Tap jusqu’à l’ARNm (coiffe/queue poly-A), puis se détache

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Vrai ou faux : Tap permet le passage à travers le CPN de la même façon que les karyophérines

Vrai, il interagit avec les nucléoporines du centre du pore

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Qu’arrive-t-il à Tap après le passage de l’ARNm à travers le CPN

Tap est retenu par les protéines associées au CPN, ce qui force leur détachement de RNPm

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Combien d’ARN polymérase pour les procaryotes vs eucaryotes

P : une seule
E : 3

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Vrai ou faux : les principes généraux de l’initiation de la transcription par l’ARN pol II s’appliquent aussi aux ARN pol I et III

Vrai

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Vrai ou faux : Les 3 ARN polymérases dépendent des mêmes facteurs de transcription

Faux, ce sont des facteurs de transcription différents

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L’initiation de la transcription par ARN pol I (ARNr) et pol III (ARNt et ARNr 5S) est relié à quel état cellulaire

La prolifération et la croissance cellulaire

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Combien de sous-unité contient le ribosome eucaryote

2 sous-unités

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Combien de gène pour le précurseur des ARNr + par qui est-il transcrit

1 seul gène (18S, 5.8S et 28S), transcrit par ARN pol I

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Que contient le promoteur du gène précurseur des ARNr

Élément central (core) essentiel à l’initiation avec TBP
Séquence UCE qui active la transcription x10

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À quelle séquence se lie les facteurs de transcription spécifiques à ARN pol I lors de la transcription du gène précurseur des ARNr

UCE, puis à l’élément central (qui contient TBP)

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Quelles sont les proportions (%) des ARNs dans une cellule en croissance

80% : ARNr
15% : ARNt
5% : ARNm

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Vrai ou faux : les ARNr matures quittent le noyau dès qu’ils sont transcrits

Faux, ils quittent seulement lorsqu’ils sont incorporés dans les sous-unités ribosomales

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Les ARNr chez E. Coli sont codés par combien d’opérons + résultat de leur transcription

7 opérons (rrnA…rrnG) qui est transcrit en un long précurseur 30S

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Par qui se fait le clivage de 30S (ARNr procaryotes) + quels 3 ARNr matures sont produits

Clivage par RNase III
16S (petite sous-unité)
5S + 23S (grosse sous-unités)

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Vrai ou faux : les ARNr eucaryotes 18S, 5.8S et 28S sont tous inclus dans un même pré-ARNr

Vrai (45S)

Dans quelle région du nucléole sont produits les ARNr (transcription + maturation)

Dans les centres fibrillaires du nucléole

Dans quelle région du nucléole sont assemblés les sous-unités ribosomales

En périphérie du nucléole (zone granuleuse)

Comment sont organisés les gènes codant 45S (eucaryotes)

En tendem, séparés par 2 à 30 kb non transcrit (qui seront éliminés) 5' ---18S---5.8S---28S---3'

Qu'est ce que les ARNsno

Ce sont des guides pour les modifications chimiques et le clivage des précurseurs des ARNr

Vrai ou faux : la majorité des ARNsno fait partie de ribonucléoprotéines

Vrai, ils se placent à une séquence spécifique sur le 45S par appariement de leur séquence avec celle de l'ARNr

La liaison des ARNsno avec le 45S permet le recrutement de quoi

D'enzymes de maturation

Vrai ou faux : plusieurs ARNsno sont des introns excisés des autres gènes

Vrai, surtout des gènes codant les protéines ribosomales

La transcription par l'ARN pol III des ARNt et de l'ARNr 5S est régie par quelles séquences

Des séquences à l'intérieur de la région codante (promoteur interne)

La transcription des ARNr 5S est régie par quelle région

La boîte C

Quel est le rôle des boîtes A et B

Ils contrôlent la transcription des ARNt. Elles sont reconnues par TFIIIC (recrutement de TFIIIB)

Vrai ou faux : TFIIIC et TFIIIB sont requis pour la transcription des ARNt et de l'ARNr 5S

Vrai, ils contiennent TBP pour diriger l'ARN pol III

Vrai ou faux : TFIIIA participe seulement à la transcription des ARNr 5S

Vrai, c'est un adaptateur pour TFIIIC

Combien de nucléotides pour les ARNt matures

75-95 nucléotides

Puisque les ARNt sont synthétisés sous forme de long s précurseurs, quels sont les 2 mécanismes de maturation

1. Clivage en 5' par RNase P et modification de plusieurs bases 2. Possibilité d'épissage

Quelles sont les 3 types de modifications possibles des ARNt

1. Les U en 3' sont remplacés par CCA 2. Méthylation sur 2' des riboses 3. Conversion de U spécifiques

À quel moment les ARNt peuvent-ils quitter le noyau

Lorsqu'ils sont matures

Forme secondaire vs tertiaire des ARNt

2 : En trèfle 3 : En L

Quelle molécule reconnait le bras accepteur de l'ARNt et est responsable de charger l'a.a.

Aminoacyl-ARNt-synthétase (AAS)

Quelles sont les 4 étapes du chargement d'un a.a. sur l'ARNt

1. Le site actif de AAS se lie à un a.a. et à un ATP 2. ATP est couper pour lui enlever 2P = AMP est collé sur l'a.a. 3. ARNt approprié déplace l'AMP du site actif tout en se liant à l'a.a. toujours en place 4. AAS libère l'aminoacyl-ARNt (complexe formé d'un a.a. et d'un ARNt)

Qu'est ce que la règle du WOBBLE (3 éléments)

1. L'appariement des bases 1 et 2 du codon avec les bases 3 et 2 de l'anticodon suit les règles de l'appariement A-U et C-G 2. Le numéro de chaque base est de 5' -> 3' 3. La 3e position du codon peut former des appariement inhabituel = flexibilité à cette position

Quels sont les avantages de la base fluctuante (flexible; ARNt)

1. Moins d'ARNt nécessaire 2. Facilite la dissociation de l'ARNt pendant la synthèse protéique 3. Les mutations en position 3 du codon sont (souvent) sans conséquence

Vrai ou faux : la base 5' du codon est moins confiné dans l'espace (ARNt-a.a.)

Vrai, les liaisons H sont possibles à condition d'avoir la même distance que les appariement standards de nucléotides

Quelle est la terminaison de la l'ARN pol I (ARNr)

Dépend d'un facteur de terminaison spécifique : une protéine STOP se lie à une séquence d'ADN en aval du gène transcrit et arrête la Pol I ** Orientation de la séquence doit être respectée

Quelle est la terminaison de la l'ARN pol III (ARNt)

Après que l'enzyme eut incorporé une série de U à la molécule d'ARN (hybride A-U ADN-ARN est très instable = détachement)

Le petit d'ADN circulaire de la mitochondrie code pour combien de protéines

13 protéines essentielles + ARNr et ARNt

Comment sont transcrits les ARN des mitochondries

Par une polymérase simple, apparentée aux polymérases procaryotes (codée par l'ADN nucléaire, puis transportée aux mitochondries)

Vrai ou faux : les chloroplastes contiennent une molécule d'ADN

Vrai

Qu'est ce qui se retrouve dans le génome des chloroplaste (homologue à ceux de E. Coli)

Des protomères alpha, bêta et bêta' qui codent pour une ARN polymérase

Vrai ou faux : le transport au cytoplasme des ARNm matures est contrôlé via des facteurs d'export et des récepteurs de signaux d'export

Vrai

À quel endroit les ARNr sont-ils incorporés en sous-unités ribosomales

Dans le noyau au niveau du nucléole

Via quelle structure s'effectue le transport des ARN du noyau vers le cytoplasme (et des protéines nucléaires du cytoplasme vers le noyau)

Par le complexe du pore nucléaire (CPN)

Quels sont les principaux composants du complexe du pore nucléaire

Les nucléoporines (Nups)

Vrai ou faux : les molécules diffusent librement à travers le complexe du pore nucléaire

Faux, les petites molécules peuvent diffuser, mais le transport des grandes molécules est contrôlé par des récepteurs

De quoi est composé le TREX

THO et UAP56

Quel est le rôle de Dbp5-Gle1 lors de l'exportation des ARNm (exemple du metazoa)

Retenir les TAP pour forcer leur détachement de l'ARNm

Quelles sont les 2 modifications chimiques de l'ARNr 45S

1. Méthylation en 2'-OH des sucres de nucléotides 2. isomérisation des uridines en pseudouridines (position précise dépendant de la séquence)

Que permet l'isomérisation des uridines en pseudouridines dans l'ARNr 45S

Rigidifier la structure secondaire et tertiaire des ARN

Quelle structure de l'ARNt permet les actions suivantes : 1. Fixation du ribosome 2. Fixation de l'aminoacyl synthétase 3. Appariement avec l'ARNm

1. Boucle T-pseudouridine-C 2. Boucle D 3. Boucle anticodon

Sur quoi se basent les AAS pour différencier les ARNt

Sur l'Anticodon, le bras 3' (séquences) et la boucle variable (forme)

Vrai ou faux : un ARNt peut s'apparier avec 2 codons qui diffèrent par la 3e base

Vrai, mais ces codons doivent coder le même a.a.

Vrai ou faux : il est possible d'apparier une guanine avec un uracile lors de l'appariement codon-anticodon (ARNt)

Vrai (si elle est à la première position de l'anticodon)

Quelle est le 5e base possible, comment est-elle obtenue et à quelle base peut-elle s'apparier

Inosine Modification d'une adénine durant la maturation de l'ARNt U, C ou A (lorsqu'elle est en première position de l'anticodon)

Quel est l'énergie gradient pour le trafic bidirectionnel des ARN et des protéines entre le noyau et le cytoplasme

Ran-GTP

Quels sont les signaux de localisation nucléaire vs d'export nucléaire reconnus par les importines et exportines

NLS (importine) NES (exportine)