Cours 2 - Structure Secondaire

Question 1

Quelle est la fonction principale des protéines dans une cellule ?

Answer 1

Elles assurent diverses fonctions biologiques comme le transport, la catalyse enzymatique, et la structure.

Question 2

Pourquoi la conformation d’une protéine est-elle importante ?

Answer 2

Parce qu’elle détermine sa fonction biologique

Question 3

Quels sont les principaux types de protéines et un exemple pour chaque ? (4)

Answer 3

• Enzymes (ex : trypsine)
• Protéines de transport (ex : hémoglobine)
• Protéines structurales (ex : collagène)
• Protéines de réserve (ex : ovalbumine)

Question 4

Quels facteurs influencent la conformation d’une protéine ? (5)

Answer 4

Séquence en acides aminés,
angles phi (φ) et psi (ψ),
ponts disulfure,
interactions non covalentes,
et effet hydrophobe.

Question 5

Quels sont les deux angles de torsion principaux des protéines ?

Answer 5

L’angle phi (φ) et l’angle psi (ψ).

Question 6

L’angle phi et psi sont formé autour de quel liaison

Answer 6

Phi = Calpha-N
Psi= Calpha et Cprime

Question 7

Quelle est la conséquence du plan amide

Answer 7

Planéité du lien peptidique = La chaîne n’a que 2 possibilités de rotation et que le trajet complet du squelette peptidique est connu dès qu’on connais les angles psi et phi

Question 8

Pourquoi certaines valeurs de φ et ψ ne sont-elles pas permises ? (3)

Answer 8

À cause de l’encombrement stérique,
des interactions non covalentes et des différences d’énergie entre conformation décalées et écipsées

Question 9

Que représente un diagramme de Ramachandran ?

Answer 9

les valeurs permises des angles φ et ψ dans une protéine.

Question 10

Que représente les points violets dans le diagramme de Ramachandran

Answer 10

Cela indiquent les valeurs d’Angles mesurées sur 1000 résidus dans 8 protéines.

Question 11

Quel est l’exception avec les résidus de glycine dans le diagramme de Ramachandran

Answer 11

Elles sont exclus, car un plus grand nombre de possibilités sont permises

Question 12

Quelle est la structure de base d’une hélice α ?

Answer 12

Une structure enroulée stabilisée par des liaisons hydrogène entre le C=O du résidu n et le N-H du résidu n+4.

Question 13

Combien de résidus par tour contient une hélice α ?

Answer 13

Environ 3,6 résidus par tour.

Question 14

Pourquoi l’hélice α est-elle stable ?

Answer 14

Grâce aux liaisons hydrogène régulières et aux interactions hydrophobes des chaînes latérales.

Question 15

Quelle est la longueur d’un résidu dans l’axe de l’hélice ?

Answer 15

1,5 Å (0,15 nm)

Question 16

Quel est le pas d’une hélice α ?

Answer 16

0,54 nm (3,6 × 0,15 nm)

Question 17

Quels acides aminés favorisent la formation d’une hélice α ?

Answer 17

Ala, Glu, Leu, Met.

Question 18

Quels acides aminés défavorisent la formation d’une hélice α ?

Answer 18

Pro (cause une rupture) et Gly (trop flexible). Tyr et Ser.

Question 19

Comment la structure de la proline empêche-t-elle la formation d’une hélice α ?

Answer 19

Son cycle rigide empêche la formation de liaisons hydrogène.

Question 20

Quelles sont l’orientation de la chaînes latéraless et est-ce qu’elles interfèrent avec la structure hélicoïdale dans l’hélice alpha

Answer 20

Elles sont orientées vers l’extérieur et n’interfèrent pas directement avec la structure hélicoïdale

Question 21

Quel résidus ne suit pas la conformation de base de la chaîne latérale de l’hélice alpha

Answer 21

Le résidus proline

Question 22

Qu’est-ce qu’une roue hélicoïdale ?

Answer 22

Une représentation où les acides aminés sont disposés selon leur position dans l’hélice.

Question 23

Quel est l’effet du moment dipolaire dans une hélice α ?

Answer 23

L’extrémité N-terminale est légèrement positive et l’extrémité C-terminale est légèrement négative.

Question 24

Quel symbole peut-on utiliser pour désigner une hélice alpha

Answer 24

Héice 3,613

Question 25

Comment sont inscrit les résidus d’acides aminés sur la roue hélicoïdale

Answer 25

À partir de l’extrémité amide, ils sont inscrits à chaque 100° autour de la roue.

Question 26

Pourquoi une hélice α peut-elle être amphiphile ?

Answer 26

Parce qu’elle peut avoir une face hydrophobe et une face hydrophile selon l’orientation des chaînes latérales. (Démontrée par la roue hélicoïdale)

Question 27

Quelle groupe ne forment pas de ponts H dans une hélice alpha

Answer 27

Les 4 premiers groupes N-H et les 4 derniers groupes C=O

Question 28

Vrai ou Faux Plus du 2/3 des acides aminés participent aux ponts H dans les hélices alpha

Answer 28

Faux Ils ne participent pas entièrement

Question 29

Comment est positionné les chaînes latérales du premier tour de l’hélice et c’est quoi son but

Answer 29

Les vecteurs Calpha-beta sont orientés vers l’extrmité amide, dans le de contribuer à la coiffe de l’hélice

Question 30

Qu’est-ce qu’une hélice 3₁₀ ?

Answer 30

Une hélice plus étroite que l’hélice α, stabilisée par des liaisons hydrogène n → n+3.

Question 31

Où se retrouve les liens H dans une hélice 3₁₀

Answer 31

Entre C=0 du résidu n et N-H du résidu n+3

Question 32

Quelle est le problème avec l’orientation des chaînes latérales chez l’hélice 3₁₀

Answer 32

L’orientation des chaînes latérales cause certaines interférences stériques

Question 33

Quels sont les composantes de l’extrimité N-term et C-term qui font des liens H

Answer 33

-N-term = groupes N-H et groupes accepteurs des chaînes latérales des résidus -C-term = groupes C=O et groupes N-H du squelettes des résidus suivant dans la chaîne

Question 34

Quel est le rôle des motifs de coiffe dans les hélices ?

Answer 34

Ils ont un rôle important dans le repliement des protéines parce qu’ils stabilisent les hélices

Question 35

Quelle autre interaction peut-on retrouver entre les résidus non polaires de l’hélice et les résidus de la boucle adjacente

Answer 35

Interactions hydrophobes

Question 36

Nommer les composantes des motifs de coiffe (3)

Answer 36

- Hélices = avec résidus C et N - Boucles = relie les 2 hélices ensemble -Ccap,Ncap = Résidus de la coiffe qui délimite l’hélice et la boucle

Question 37

Où est-ce qu’on retrouve le capping box

Answer 37

À l’extrémité amide de l’hélice (Ser67 -Glu70)

Question 38

Où est-ce qu’on retrouve le motif de schellman

Answer 38

À l’extrémité carboxylique de l’hélice

Question 39

Quelles sont les interactions qu’on peut retrouver dans le capping box et dans le motif de schellman (2)

Answer 39

Liens H et hydrophobe

Question 40

Quelle est la particularité conformationnel avec les motifs de schellman

Answer 40

Doit prendre une conformation d’hélice gauche et est généralement une Gly

Question 41

Comment est-ce que la coiffe peut contribuer à la formation de la structure tertiaire

Answer 41

Il peut servir à relier les structures secondaires

Question 42

Quelle liaison permet d'assembler les hélices alpha dans un motif superhélicoïdal

Answer 42

Par des liaisons hydrophobes entre 2 résidus non polaire "a,d"

Question 43

Comment est formé le motif superhélicoïdal

Answer 43

2,3 ou 4 hélices à droite enroulées l'une autour de l'autre pour former une superhélice gauche

Question 44

Quelle est la séquence répétitive des motif hélicoïdaux

Answer 44

(abcdefg)n où e et g forme des liens ioniques

Question 45

Pouruqoi est-ce que le nombre de résidus par tour d'hélice diminue à 3,5

Answer 45

Pour permettre les intéractions régulières entre les chaines latérales hydrophobes en "a,d"

Question 46

Nommer un exemple de motif superhélicoidal à 2 hélices

Answer 46

Leucine zipper = Résidus Leu remplace en position "d" dans séquence répétitive

Question 47

Où retrouve-t-on les leucine zipper

Answer 47

Dans les protéines de liaison à l'ADN, lors de la dimérisation et liaison de l'ADN

Question 48

Donner les propriétés possible d'un motif superhélicoïdal à 4 hélices (4)

Answer 48

- Résidus à l'intérieur de la structure sont hydrophobes -Résidus à l'extérieur de la structure sont hydrophile -Hélices adjacents peuvent être antiparallèles -2 Paires d'hélices parallèles adjacent

Question 49

Quel est le liens former entre les brins des feuillets beta plissés

Answer 49

Liens H

Question 50

Comment sont positionné les chaines latérales dans les feuillets beta plissés

Answer 50

Perpendiculaires au plan du feuillet et se retrouve successivement en haut et en bas du feuillet

Question 51

Quelle est la différences entre les liens H dans les feuillets beta parallèles et antiparallèles

Answer 51

Anti = Liens H perpendiculaires aux brins et linéaires et l'espace entre elles alterne de mince à large Para = Liens H pas parfaitement perpendiculaires aux brins, mais régulièrement espacées

Question 52

Vrai ou Faux Les feuillets antiparallèles ont une très grande taille, ils contiennent rarement moins de 5 brins

Answer 52

Faux, Les feuillets anti peuvent contenir que 2 brins, ce sont les feuillets parallèles qui ont une taille importante

Question 53

Quelle feuillet à une valeurs d'angle phi et psi faible

Answer 53

Feuillets parallèles

Question 54

Qu'est-ce qu'une courbure beta

Answer 54

Un résidu supplémentaire dans une des 2 chaines qui provoque une courbure

Question 55

Les courbure beta sont présent chez quel feuillet

Answer 55

Une irrégulairiré dans un brin beta, qu'on retrouve souvent dans les feuillets anti.

Question 56

Vrai ou Faux On retrouve seulement une torsion à droite des brins beta chez les feuillets anti

Answer 56

Faux Qu'ils soient parallèles, anti ou mixte les feuillets beta ont souvent une torsion à droite

Question 57

Qu'est-ce qu'un tour beta (Boucle beta)

Answer 57

Une courte boucle reliant deux brins beta antiparallèles

Question 58

Quels acides aminés sont souvent présents dans les tours beta

Answer 58

-Proline (Rigidité) -Glycine (flexibilité)

Question 59

Pourquoi il y a t-il des tour beta et quels sont les types possibles

Answer 59

Elles facilitent la formation des feuillets anti Type 1 et 2 avec des angles de torsion différents

Question 60

Nommer 2 types de connexions des brins adjacents dans les feuillets beta

Answer 60

-Épingle à cheveux -Enjambement de pas à droite

Question 61

Quel est l'inconvénient avec la connexion par enjambement de pas à droite

Answer 61

Elle contient souvent une hélice alpha qui intéragir avec les brins beta ce qui offre une stabilisation plus difficile

Question 62

Qu'est-ce qu'une clé grecque

Answer 62

Motif de 4 brins beta antiparallèles, ressemblant aux motif grec antique

Question 63

Quelles sont les préférences en acides aminés des feuillets beta

Answer 63

- Résidus aromatiques et ceux branché en beta sont préférés dans tous les systèmes -Gly et Pro sont les moins préférés dans tous les systèmes

Question 64

Quels sont les 2 types de paires qu'on retrouve dans les préférences d'interactions dans les résidus dans les feuillets anti.

Answer 64

- Paire rapprochée (entre les liens H les plus rapprochées) -Paire éloignée (entre les liens H les plus éloignées)

Question 65

Dans une paire rapprochée, quelle est l'angle de torsion que les chaines latérales doivent adopter

Answer 65

Des angles de torsion non favorables

Question 66

Quelles sont les paires préférées dans aux sites rapprochées

Answer 66

1. Liens ioniques 2. Gly-Aromatique 3. Val-Aromatique 4. Aromatique- Aromatique

Question 67

Quel lien retrouve-t-on entre un Aromatique-Val

Answer 67

Lien de Van der Waals

Question 68

Dans une paire éloignée, quelle est l'angle de torsion que les chaines latérales doivent adopter

Answer 68

Des angles de torsion favorables

Question 69

Quelles sont les paires préférées dans aux sites éloignées

Answer 69

1. Liens ionique 2.Cys-Cys 3.Aromatique-Pro (Van der Waals) 4.Thr-Thr (liens H) 5.Val-Val (van der Waals)

Question 70

Quel lien retrouve-t-on entre Cys-Cys

Answer 70

Pont disulfure