Cours 5 - Régulation de la transcription Procaryote Flashcards

1
Q

La transcription de l’ADN en ARN est fait par quoi et est initié ou? (procaryote)

A

– Par l’ARN polymérase
– Initiée au niveau du promoteur

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2
Q

la liaison de l’ARN pol au promoteur forme un complexe ouvert ou fermé?

A

fermé

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3
Q

L’Ouverture du complexe provoque quoi?

A

Dénaturation ADN

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4
Q

Vrai ou faux, l’expression des gènes peut être contrôlée par des signaux extracellulaires

A

Vrai

peut être le stess, environnement, nutriment

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Q

Comment nommes-t-on les régulateurs Positifs
et les régulateurs Négatifs

A

Activateur et represseur

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6
Q

C’est quoi des régulateurs ?

A

Protéines qui reconnaissent des sites situés près (ou dans)
des gènes et s’y lient pour contrôler leur expression (souvent très proche du gènes)

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7
Q

Quelle est le principale niveau de régulation ?

A

Niveau de l’initiation de la transcription

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8
Q

Pourquoi c’est plus facile de réguler à l’initiation ?

A
  1. Plus facile à l’initiation parce que un seul promoteur à réguler sinon faudrait le faire sur chaque ARN formé = plus compliqué
  2. limite le coût en énergie, en temps et en ressource
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9
Q

Pourquoi la régulation ne se fait pas seulement au niveau de l’initiation?

A
  1. Sauver du temps
  2. Répondre à une agression
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10
Q

Sans les protéines régulatrices, l’ARN pol
se lie sur les promoteurs avec une faible ou une grande affinité ?

A

Une faible affinité

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11
Q

c’est quoi le niveau basal ?

A

niveau transcription sans activateur

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12
Q

C’est quoi ‘‘l’encombrement’’ ?

A

Manière la plus commune de faire la répression de la transcription

encombre le site actif

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13
Q

Comment fonctionne l’encombrement ?

A

Un répresseur (ayant une meilleure affinité que l’ARN pol) se lie sur un site recouvrant en partie le promoteur

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14
Q

Comment se nomme le site où se lie le répresseur sur l’ADN

A

l’opérateur

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15
Q

C’est quoi le ‘‘recrutement’’ ?

A

Forme d’activation de la transcription (la plus commune) ou l’activateur aide l’ARN pol à se fixer au promoteur. (liaison coopérative)

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16
Q

C’est quoi l’activation par allostérie ?

A

Change la structure de la protéine après liaison d’un ligand sur un site régulateur

Complexe fermé + activateur + E = change structure = complexe ouvert

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17
Q

l’activation par allostérie fonctionne juste sur l’ARN pol

A

Faux. ADN pol aussi

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18
Q

Vrai ou faux : Allostérie peut également se faire sur le régulateur

A

Vrai

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19
Q

c’est quoi les deux conformations du régulateur ?

A

2 conformations du régulateur
* 1 liant l’ADN – actif
* 1 ne pouvant pas lier l’ADN - inactif

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20
Q

La majorité de l’activation de la transcription se fait par…

A

allostérie et recrutement

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21
Q

Quelles sont les autres moyen de régulation autre que l’allostérie, le recrutement et l’encombrement ?

A

Régulation négative : inhibition de la formation du complexe ouvert ou l’échappement du promoteur
Régulation positive: Activateur qui permet l’échappement efficace vers l’étape d’élongation

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22
Q

Vrai ou faux : Certains régulateurs ont
leurs sites de liaison distants du promoteur

A

Vrai
peut être vraiment loin (et former des boucles) ou vraiment proche

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23
Q

Lorsque les régulateurs sont loins du promoteur, quelle protéine peut venir aider ?

A

La Protéine de liaison à l’ADN peut venir courber l’ADN pour aider la liaison

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24
Q

c’est quoi la régulation coopérative ?

A

Mécanisme complexe ou 2 ou + régulateurs interagissent:
* Entre eux – liaison protéine/protéine
* Avec l’ADN – liaison ADN/protéine

Certains gènes sont actifs lorsque plusieurs régulateurs sont présents simultanément

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25
Q

La régulation de la transcription s’effectue
- à quel niveau ?
- par l’action de quoi?

A

– Principalement au niveau de l’initiation
– Par l’action de régulateurs positifs (activateurs) et négatifs (répresseurs)

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26
Q

l’activation ou l’inactivation de l’ARN pol déjà lié est quelle mécanisme ?

A

allostérie

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27
Q

C’est quoi la source primaire d’énergie chez E coli?

A

glucose

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28
Q

si manque de glucose, E coli prend quoi comme énergie ?

A

Lactose
ou autre sucre présent

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29
Q

C’est quoi l’opéron Lac ?

A

une série de 3 gènes sur le génome d’E coli (lacZ, lacY et lacA)

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30
Q

lacZ, lacY et lacA utilise le même promoteur

A

Vrai

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31
Q

La transcription de l’operon Lac donne combien de ARNm?

A

un seul, mais avec 3 gènes = traduit en 3 protéines

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32
Q

Que veux dire ‘‘Polycistronique’’ ?

A

ARNm ayant plusieurs gènes

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33
Q

le gènes lacZ fait quoi?

A

Code pour la β-galactosidase
–> Enzyme qui coupe le lactose en galactose et
en glucose (galactose trop grosse pour entrer dans la bactérie = doit être dégrader en mono)

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34
Q

Le gènes LacY fait quoi?

A

Code pour la lactose perméase
– >Protéine transmembranaire qui importe le lactose dans la cellule

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35
Q

Le gènes LacA fait quoi?

A

Code pour la thiogalactoside transacétylase
–> Débarrasse la cellules des thiogalactoside toxiques qui sont importés avec le lactose par la lactose perméase

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36
Q

Dans quelles conditions la cellule a-t-elle
besoin de produire les gènes lac?

A
  • absence de glucose
  • présence de lactose

** question d’examen

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37
Q

Quelles sont les 2 protéines régulatrices impliquées dans les protéines Lac ?

A

CAP (activateur)
réprésseur Lac

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38
Q

Que fait le régulateur CAP ?

A

Se lie sur le site CAP (activateur)
* Transmet le signal qui manque de glucose

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39
Q

Que fait le réprésseur lac ?

A

Codé par lacI
* Se lie sur l’opérateur
* Transmet le signal qui a pas de lactose

= inhibe lacY, lacA et lacZ

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40
Q

c’est quoi le niveau basal au niveau de l’opéron lac ?

A

présence de lactose ET glucose =

AUCUN represseur ou activateur

= mini peu gènes transcrit

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41
Q

Que se passe-t-il s’il y a du lactose, mais pas de glucose ?

A

CAP sur CAP site et pas de réprésseur lac

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42
Q

Que se passe-t-il s’il y a du glucose, mais pas de lactose ?

A

operon lac inhiber par represseur lac, pas de CAP

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43
Q

En absence de CAP, est-ce que ARN pol peut se lier sur le promoteur Lac ?

A

Oui, mais faiblement
-Région -35 du promoteur non optimale

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44
Q

CAP fait de la liaison coopérative ?

A

Vrai
-> Recrute l’ARN pol sur le promoteur

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45
Q

Le domaine CTD de la sous-unité alpha de l’ARN pol se lie à quoi?

A

Élément UP du promoteur

(ou cap si lactose)

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46
Q

L’élément UP est présent dans le promoteur LAC

A

Faux. L’élément UP est ‘‘remplacer’’ par le site CAP

Donc le domaine CTD se lie au CAP sur le site CAP au lieu de se lier à l’élement UP

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47
Q

Quelle est une irrégularité de CAP comme régulateur ?

A

CAP induit une torsion de l’ADN qui s’enveloppe autours
d’elle

(Normalement, la liaison d’un régulateur à l’ADN ne change pas la structure de l’ADN)

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48
Q

Quelles sont les effets de l’AMPc ?

A

Cap a besoin de l’AMPc pour que sa conformation soit adéquate (effet allostérique sur CAP)

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49
Q

S’il y a pas de glucose, quelles sont les effets sur l’AMPc et CAP?

A

pas de glucose =
augmente la présence de AMPc =
Augmente [CAP] ayant eu un changement de conformation =
CAP se lie et active les gènes Lac

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50
Q

Quelles sont les caractéristiques de l’opérateur lac ?

A
  1. deux demi-site symétrique
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51
Q

Comment l’operateur lac réprime-t-il la transcription

A

Il Recouvre une partie du promoteur =
Empêche physiquement l’ARN pol d’interagir avec le promoteur

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52
Q

Les régulateurs bactérien se lie sous quelle forme ?

A

Monodimère

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53
Q

Chaque monomère se lie à quoi?

A

demi-site

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54
Q

La reconnaissance des séquences spécifiques d’ADN se fait par une structure secondaire, laquelle ?

A

hélice-coude-hélice

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55
Q

À quoi sert les deux hélices alpha dans la structure hélice-coude-helice ?

A
  1. reconnaissance (s’insère dans le grand sillon)
  2. se positionne en travers du grand sillon et interagit
    avec le squelette d’ADN = Stabilise et positionne correctement l’hélice de reconnaissance
56
Q

Le représseur Lac est un dimère

A

Faux

un tétramère

57
Q

Les monomères du représseur Lac font quoi?

A

Chaque opérateur lac est en contact avec 2 sous-unités

Les 2 monomères restant vont se lier sur l’un des 2 autres
opérateurs distants

58
Q

à quoi sert d’avoir 2 liaisons sur 2 site différents pour le réprésseur lac ?

A

recourber l’ADN en empêchant le lien avec l’ARN pol

59
Q

Comment fonctionne l’allostérie du réprésseur Lac ?

A

Le lactose se lie sur le répresseur lac
-> Induit un changement de sa conformation
= Ne peut plus lier l’ADN (devient inactif)

60
Q

Le galactose est le même principe que le lactose

A

Vrai
mais opéron différent (opéron Gal)

61
Q

Les gènes gal code pour quoi et sont exprimé quand ?

A

– Codent pour les enzymes impliquées dans le métabolisme du galactose
– Exprimés lorsque le galactose est présent et que le glucose est absent

62
Q

Comment le répresseur galR est différent du réprésseur Lac ?

A

n’encombre pas le site de liaison de l’ARN pol comme le répresseur lac
-> Il retient l’ARN pol en empêchant la transition de complexe fermé à ouvert

63
Q

Quelle est la protéine responsable de la régulation positive de tout les sucres ?

A

CAP

64
Q

Que veux dire ‘‘contrôle combinatoire’’ ?

A

même activateur sur plusieurs gènes (comme CAP)

65
Q

est-ce quil y a du controle combinatoire chez les eucaryote ?

A

oui

66
Q

La majorité des promoteurs d’E coli sont reconnus par quoi?

A

σ70
mais peut être un autre σ

67
Q

Quel est l’effet d’un choc thermique (ex. fievre) chez E. coli?

A
  • augmentation de σ32 = mécanisme infectant d’E coli ralenti

-> σ32 remplace σ70 dans plusieurs ARN pol pour diriger les ARN pol vers la transcription de gènes qui protègent la
cellule des effets du choc thermique

68
Q

Quelles sont les 2 mécanismes qui augmentent σ32 ?

A

– Stimulation de la traduction
– Stabilisation transitoire de la protéine

69
Q

c’est quoi un Bactériophage SP01

A

virus des bactérie
-> Infecte Bacillus subtilis et provoque croissance lytique (explose)

70
Q

l’Ordre d’expression des gènes du phage contrôlés par quoi?

A

σ

71
Q

c’est quoi les étapes du bactériophage SP01 ?

A

1 – L’ARN pol bactérienne (σ70) reconnaît les promoteurs précoces du phage nécessaires au début de l’infection
2- σ -> gène σ28 = réplication
3- l’ARN pol σ28 dirige la transcription des promoteurs intermédiaires
4- Un des gènes intermédiaire σ -> σ34
5- L’ARN pol σ34 dirige l’expression des gènes tardifs = tue bactérie

72
Q

Donnez 2 exemples d’allostérie des protéines régulatrices

A
  1. lactose qui change la conformation du répresseur lac
  2. AMPc qui change la conformation de CAP
73
Q

Est-ce que l’allostérie peut aussi être provoquée par les régulateurs?

A

Oui
par exemple: NtrC et MerR fonctionnent par allostérie plutôt que par recrutement pour activer la transcription

74
Q

Vrai ou faux: L’ARN pol liée sur le promoteur est inactive

A

Vrai.
L’activateur induit un changement allostérique de ce complexe pour le rendre actif

75
Q

Le gène glnA est transcrit par quoi?

A

l’ARN pol σ54

76
Q

ARN pol σ54 lie le promoteur de glnA sous quelle forme ?

A

complexe fermé stable

77
Q

Activateur NtrC lie l’ADN si quoi?

A

si le niveau d’azote est faible
-> Contrôle les gènes impliqués dans le métabolisme de l’azote

78
Q

Quel est le mode d’action de l’activateur NtrC

A

Baisse d’azote =
= ARN pol σ54 lie le promoteur de glnA sous forme de
complexe fermé stable
= NtrC (phosphorylé par NtrB ) lie le site de liaison de l’activateur de glnA et interagit avec l’ARN pol σ54
= NtrC a une activité ATPase – > fournit l’énergie nécessaire pour changer la conformation de l’ARN pol
=> Transition de complexe fermé stable à complexe ouvert

79
Q

Pourquoi L’ARN pol σ70 de MerR n’est pas optimale sans mercure ?

A

Distance entre -10 et -35 de 19pb au lieu des 15-17 pb classiques

80
Q

En présence de mercure, qu’arrive-t-il ?

A

-> MerR subit un changement conformationnel
– Torsion de l’ADN au centre du promoteur
– Restaure la région -10 et -35 du promoteur dans une configuration optimale pour l’ARN pol σ70

en se tordant, ca rapproche et fait 17pb = optimale.

81
Q

c’est quoi l’antiactivation ?

A

peut activer ou réprimer. (ex. araBAD)

Promoteur qui dirige l’expression des gènes pour le métabolisme de l’arabinose
– Présence d’arabinose et absence de glucose = active
– 2 activateurs possibles ( CAP et AraC )

82
Q

peu importe l’infection par un virus, les deux voies peuvent terminé par une lyse

A

Vrai

83
Q

Qu’est-ce qui provoque la bactérie de lyser ?

A

Si la bactérie est pour mourir

84
Q

Quelles sont les 3 voies possibles lorsqu’un bactériophage infecte une bactérie ?

A
  • Lytique (tue)
  • Lysogène (dodo)
  • Induction lysogène (Passage l’état lysogène à lytique)
85
Q

que se passe-t-il lorsque le virus entre en lytique ?

A

– Nécessite la réplication de l’ADN
– Synthèse de nouvelles protéines d’enveloppe (pour protéger le virus)

86
Q

Que se passe-t-il lorsque le virus est en phase lysogène

A

– Intégration de l’ADN du phage dans le chromosome bactérien
– Répliqué à chaque division cellulaire
– Prophage – stage dormant

87
Q

Le génome du bactériophage est petit et efficace. Il sert à quoi?

A

Donner la recette à la bactérie pour que la bactérie produit ce que le virus veut

88
Q

Quelles sont les gènes des promoteurs Pr, PL et PRM ?

A

Cro et cl

89
Q

Quel sont les caractéristique du Promoteur PRM

A

– Transcrit seulement le gène cI
– Promoteur faible (niveau basal faible)
- nécessite la liaison d’un activateur en amont

90
Q

Quel sont les caractéristiques du Promoteur PR, PL

A

– Tous les autres gènes sont directement ou indirectement transcrits via PR et PL.
– Promoteurs forts, constitutifs
– N’ont pas besoin d’activateurs

91
Q

Quel promoteur est activé lors de la phase lytique ?

A

PL et PR

92
Q

Quel promoteur est activé lors de la phase lysogenique ?

A

PRM

93
Q

Répresseur λ, il fait quoi?

A

activateur/represseur
Codé par le gène cI

94
Q

gène cI fait quoi?

A

code le répresseur Répresseur λ

95
Q

Que fait les Répresseur λ pour être activateur et represseur ?

A

Répresseur
-> Sa liaison sur un promoteur empêche
l’ARN pol de s’y fixer
Activateur
-> Par recrutement (comme CAP)
via sa région d’activation en N-term

96
Q

Le Répresseur λ a combien de domaine et c’est quoi?

A

2 domaines reliés par une région flexible
– Domaine de liaison à l’ADN en N-term (hélice-coude-hélice)
– Domaine de dimérisation en C-term

97
Q

c’est quoi les caractéristiques de cro ?

A
  • Répresseur
  • 1 domaine
  • Lie l’ADN sous forme de dimère (hélice-coude-hélice)
98
Q

l’opérateur OR1 a une plus grande affinité pour Cro ou λ

A

λ

99
Q

l’opérateur OR2 a une plus grande affinité pour Cro ou λ

A

Cro ET λ égale

100
Q

l’opérateur OR3 a une plus grande affinité pour Cro ou λ

A

Cro

101
Q

Chaque OR (opérateur droit) peut lier Cro ou λ

A

Vrai

102
Q

Pourquoi disons-nous que 2 dimères de répresseur λ se lie de façon coopérative sur l’ADN?

A

Affinité du répresseur λ est optimale sur OR1
-> La liaison sur OR1 favorise la liaison sur OR2 (recrutement)

= Le répresseur λ se lie ainsi sur 2 sites simultanément alors que sa concentration ne devrait permettre sa liaison que sur le site OR1
* Le site OR3 reste libre car la liaison OR1 et OR2 ne permet pas le contact avec un 3ème dimère sur le site adjacent

103
Q

Quoi qui contrôlent le stage lysogène et lytique

A

Represseur λ et Cro

104
Q

Que ce passe-t-il en stage lysogène avec delta et cro ?

A

Répresseur λ se lie sur OR1 et OR2
=Empêche la fixation de l’ARN pol sur PR
-> Le répresseur λ lié à OR2 active la transcription à partir de PRM

105
Q

Que ce passe-t-il en stage lytique avec delta et cro ?

A

1 dimère de Cro se lie à OR3
-> Recouvre PRM = le réprime par encombrement
–> L’ARN pol se lie à PR et PL et transcrit les gènes lytiques

106
Q

Pr et PL on besoin d’activateur

A

Faux :
* PR et PL sont des promoteurs forts et n’ont pas besoin d’activateurs

107
Q

Comme passons-nous de lysogène à lytique ?

A

represseur delta est dégradé = libère PR = Cro s’installe

108
Q

Quel événement aide la transition du stade
lysogène au stade lytique?

A
  • L’accumulation de dommages ou de cassures
    monocaténaire induit une réponse dans les E. Coli

-Mécanisme général

ces deux là vont produire la réponse SOS

109
Q

c’est quoi la réponse SOS

A

La réponse SOS va induire la production de protéines de
réparation qui ne sont pas présentes normalement

110
Q

Les lésions provoquent une destruction d’un répresseur de transcription lequel ?

A

LexA
(c’est RecA qui va le dégrader = provoque SOS)

111
Q

Que fait LexA ?

A

réprime les protéines réparation

112
Q

Qu’arrive-t-il sans LexA ?

A

activation des protéines de réparation

113
Q

c’Est quoi les dommages collatéraux avec la dégradation de LexA ?

A

Le répresseur λ ressemble à LexA = le dégrade AUSSI

114
Q

qu’arrive-t-il si le répresseurλ est clivé ?

A

Ne peut plus lier OR1 et OR2
= Induction de la transcription de PR et PL –> lytique
= Production de Cro qui lie OR3
= Empêche la liaison du répresseur λ
= Rend l’induction irréversible
= Mort cellulaire

115
Q

Pourquoi la quantité de répresseur λ doit être régulé finement ?

A

λ Trop faible = induction spontanée sans réponse SOS
λ Trop forte = Manque de RecA pour inactiver tous les répresseurs λ

116
Q

La quantité de λ doit être réguler par quoi ?

A

mécanismes d’autorégulation positive et négative

117
Q

Comment fonctionne l’autorégulation négative

A

PRM est activé par les répresseur λ (sur OR2) pour produire du répresseur λ via cI

Si la concentration du répresseur λ devient trop forte, il fixe aussi OR3 et réprime PRM
= empeche ARN pol
= degradation naturelle protéine

118
Q

qu’est-ce qui fait en sorte que c’est lytique ou lysogene ?

A

dépend de 2 protéines:
- cII à transcrit à partir de PR
– cIII à transcrit à partir de PL

119
Q

Que fait cII

A

Activateur transcriptionnel
-> Lie un site en amont du promoteur PRE (promoteur faible) = Stimule la transcription de cI (Répresseur λ)
-> possible de s’autoréguler positivement via OR1 et
OR2 sur le promoteur PRM,

120
Q

Que faut-il pour que cll s’autorégule ?

A

il faut un niveau basal

121
Q

Que ce passe-t-il à l’étape précoce de l’infection ?

A

À l’infection :
- transcription initiée à partir de PR et PL
-> PR dirige la synthèse de Cro et de cII
= Cro favorise le développement lytique
= Cro se lie sur OR3 et bloque PRM

= cII favorise la croissance lysogène en activant la
transcription de cI (répresseur λ)
= Répresseur λ se lie sur OR1 et OR2 pour bloquer PR et active PRM

122
Q

PR et PL ont le même trajet

A

Vrai

123
Q

qu’est-ce qui détermine le choix de développer en lysogénie ?

A
  • L’efficacité de cII pour activer la transcription de cI
    détermine le choix de développer en lysogénie
124
Q

Qu’est-ce qui détermine l’efficacité de cII?

A

plus que de phage entre dans la bactérie, plus il y a de répresseur λ
= condition necessaire pour éteindre promoteur fort
= inhibe phage
= phage éteint
= lysogénie

125
Q

Que ce passes-t-il si 1 phage ou moins par bactérie

A

lytique (lyse)

126
Q

Que ce passe-t-il si + 2 phage par bactérie

A

lysogénique
sert a rien de lyser si beaucoup de phage, car vont manquer d’hôte

127
Q

qu’arrives-t-il s’il y a plus de phage entrant

A

+ de phage entrant = de transcrit à partir de PR = + cII

-> Augmente les chances qu’au moins un génome de phage dirige la synthèse du répresseur et s’intègre dans le chromosome bactérien
+Bloque ainsi le développement lytique des autres phages

128
Q

qu’arrives-t-il s’il y a peu de phage entrant

A

Peu de bactérie = peu de cellules hôtes disponibles pour le cycle d’infection suivant
= Préfère aller en stade dormant plutôt que de risquer de ne pas trouver de cellules à infecter

129
Q

c’est quoi l’épigénétique ?

A

Hérédité (cellule à une autre) des profils d’expression géniques en absence de mutation et de signal initiateur (pas a cause de l’environnement, parce que cell mère)

-> ex post traumatique change cell, même si pas de stresse par la suite

130
Q

Est-ce que certains gènes peuvent rester allumés dans
plusieurs générations de cellules même si le signal n’est plus présent ?

A

Oui

131
Q

Le profil d’expression des gènes vient normalement de
signaux extracellulaires. Comment ils disparaissent ?

A

si le signaux est retiré

132
Q

Le maintient du statut lysogène du phage λ est assuré par quoi?

A

le répresseur λ

133
Q

À l’infection, le signal d’expression des gènes lysogènes est établi en réponse à un ratio phage/bactérie faible ou élevé ?

A

élevé

134
Q

À l’infection, le signal d’expression des gènes lysogènes est établi en réponse à un ratio phage/bactérie élevé grace à quoi?

A

1- La synthèse est établie via l’activation du gène cI par l’activateur cII
2- La synthèse du répresseur λ est maintenue par autorégulation

135
Q

La synthèse du represseurλ est maintenue par quoi?

A

autorégulation

136
Q

Pourquoi l’amélioration des conditions de croissances des bactéries ne changent pas le statut lysogène ?

A

Épigénétique ! marque cellulaire

-> divise les represseur λ et resynthèse plus de λ