cours 8 mcb2399

Question 1

ARNm compte pour quel pourcentage de tous les ARN

Answer 1

1-5%

Question 2

quelles proportions d’ARN correspondent
les ARNt et ARNr

Answer 2

ARNt: 15-20%
ARNr: 80-85%

Question 3

quel type d’ARN est codant

Answer 3

ARNm

Question 4

quelle est la structure du gène bactérien

Answer 4

• promoteur
• séquence tête (dans laquelle se trouve RBS)
• région codante: commençant par AUG
• séquence de queue (commençant avec codon arrêt)
• terminateur

Question 5

quelles sont les modifications post-transcriptionnelles faites sur un gène eucaryote

Answer 5

• ajout coiffe 5’
• ajout queue poly-A 3’
• épissage (enlever introns)

Question 6

quelles sont les différences des gènes procaryote vs eucaryote

Answer 6

• ARNm: pro: instable et polycistronique alors que eu: stable et monocystronique
  -Transcription/traduction: pro: couplée alors que eu: noyau/cystoplasme
• modifications seulement chez eu

Question 7

pourquoi ecq ARN difficile à isoler

Answer 7

• facilement dégradable par RNase
• instable

Question 8

quelles sont les précautions à prendre afin d’isoler de l’ARN

Answer 8

• matériel RNase free
• espace réservé
• gants etc

Question 9

comment isoler ARN total

Answer 9

1. lyse
2. extraction
3. centrifugation
4. prélever phase aqueuse
5. précipitation
6. centrifugation
7. obtention ARN total

Question 10

quelles sont les méthodes d’analyse d’ARN

Answer 10

• électrophorèse (visualiser)
• spectrophotomètre (concentration)
• fluorescence
• radioactivité
• BioAnalyzer

Question 11

à quoi peut servir l’ARN total isolé

Answer 11

• ARNm
• protection RNase
• Hybridation type Northern
• RT-PCR
• extension amorce
• transcriptome et RNA-seq

Question 12

comment isoler ARNm des eucaryotes

Answer 12

• avec billes magnétiques Oligo d(T) qui capture la queue polyA des ARNm

Question 13

comment se fait l’hybridation de type Northern

Answer 13

1. extraction ARN
2. électrophorèse avec gel dénaturant
3. transfert sur membrane
4. hybridation à sonde
5. révélation

Question 14

quelles sont les applications des Northern

Answer 14

• détection: présence, localisation, détecter formes épissage chez eucaryotes
• quantification: abondance, mesurer et/ou expression

Question 15

que permet un gène normalisateur lorsqu’on compare l’expression

Answer 15

permet de déterminer la quantité basale exprimée

Question 16

comment fonctionne la protection à la RNase

Answer 16

hybridation avec sonde
permet de protéger et permet de détecter par la suite

Question 17

comment fonctionne la RT-PCR

Answer 17

transcriptase inverse: ARN en ADNc
1. mettre tous réactifs pour RT et PCR (amorces, RT, ADN pol, autres)
ou
1. RT: amorces aléatoires, RT pour former ADNc
2. PCR: amorces spécifiques, ADN pol, autres

Question 18

que permet la RT-PCR

Answer 18

• détection gène à partir peu d’ARN
• expression absolue ou relatif, quantitatif ou qualitatif

Question 19

quel est l’outil le plus puissant, sensible et quantitatif pour détecter ARN

Answer 19

q-RT-PCR

Question 20

caractéristiques q-RT-PCR

Answer 20

• RT et PCR quantitatif (fluorescence avec Taqman) permet déterminer nombre de copies
• utilisation gène normalisateur

Question 21

quels sont les différents ARN non codants

Answer 21

non régulateur:
- ARNt et ARNr
régulateur:
- petits ARN
- ARN antisens
- ARN CRISPR
- riboswitch
- ARN interférence

Question 22

quelles sont les caractéristiques des sARN

Answer 22

• 50-500 pb
• cis ou trans (aidé par Hfq)
• plusieurs cibles possibles
• appariement sARN-ARNm dans région non-traduite de ARNm
• fonction régulatrice
• activation ou inhibition traduction
• dégradation ARNm

Question 23

caractéristiques ARN interférance (RNAi)

Answer 23

• régulation
• dégradation ARN double brin
• siRNA avec complexe RISC scan l’ARNm et si siARN est complémentaire à ARNm: RISC coupe

Question 24

à quoi peuvent servir les RNAi

Answer 24

pour prévenir l’expression de gènes (gene silencing)
si ARNm mutant: siRNA va dégrader cet ARNm mutant pour arrêter progression de maladie

Question 25

que signifie CRISPR

Answer 25

clustered regulatory interspaced short palindromic repeats

Question 25

qu'est-ce que la région leader du système CRISPR-Cas

Answer 25

région AT riche avec promoteur site insertion de nouvelles séquences spacer

Question 26

quel est le mécanisme de CRISPR-Cas

Answer 26

1. CRISPR et spacer sont transcrit en ARN 2. chaque ARN CRISPR/spacer est coupé pour former des crARN 3. spacer sont complémentaire à ADN viral/plasmidique 4. quand spacer s'hybride avec ARNg: Cas dégrdation 5. coupure dans ADN phagique/plasmidique: deadly

Question 27

d'où proviennet les nouveaux spacers

Answer 27

- séq ADN étranger introduit dans locus CRISPR - spacer inséré du côté du leader

Question 28

combien y a-t-il de classe et types de CRISPR

Answer 28

2 classes et 6 types le plus important pour le cours: type II de classe II (CRISPR-Cas9)

Question 29

à quoi sert CRISPR-Cas9 chez les bactéries

Answer 29

- typage - vaccination contre phages - antimicrobien - coupure double brin: léthale ajout recombinase permet édition du génome (pas juste couper)

Question 30

qu'est-ce que la séquence PAM

Answer 30

séq de reconnaissance chez Cas9

Question 31

qu'est-ce que l'ARN guide

Answer 31

fusion tracrRNA et crRNA + cas9

Question 32

quelles types de manipulation génétiques peuvent être faites avec CRISPR-Cas9

Answer 32

- délétion - insertion - mutation - activation - répression - visualisation - fusion - épigénétique

Question 33

à quoi peut servir CRISPR-Cas9 dans le médical | (est-ce vrm important?)

Answer 33

- identification cancer - extraction VIH - destruction pathogène - éliminer paludisme - protection plantes - production nourriture et biocarburant