Cours 9 Flashcards
(17 cards)
Quels sont les rangs taxinomiques ?
Domaine —>
Embranchement –>
Sous embranchement –>
Classe –>
Ordre –>
Famille –>
Genre –>
Espèce –>
Souche
Quel est l’unité de base de la taxonomie ?
espèce
Quelles sont les caractéristiques phénotypiques qui permettent l’identification d’un organisme ?
- Morphologie
–>forme, dimension, arrangement, mobilité, gram, .. - Biochimie
–>utilisation substrat, fermentation, enzyme, produit métabolisme - Physiologie
–>Oxygène, pH, Température - Écologie
–>quel animal, tissu et environnement
Quelles sont les caractéristiques génotypiques qui permettent l’identification d’un organisme ?
- Composition de l’ADN (G+C)
- Hybridation de l’ADN
- Séquence de l’ADN
Qu’est-ce que la taxonomie numérique ?
- assigner une valeur à chacun des caractères phénotypiques puis calculer le coefficient de similarité
- permet de calculer une taxonomie en utilisant des algorithmes et des méthodes numériques
- résultat peut être présenté sous forme de dendogramme
Qu’est-ce qu’un dendogramme ?
permet de montrer le degré de similarité phénotypique
V/F : La classification nécessite peu de test et est plutôt rapide et rentable alors que l’identification est plus complexe et nécessite beaucoup de test ?
FAUX
INVERSE
classification = bcp de test
identification = peu de test
Décris la méthode de caractérisation qui utilise la composition de l’ADN
Purine : A et G
Pyrimidine : T et C
* les souches d’une même espèce ont un contenu G + C très similaire
* Grande variation de G + C chez différents procaryotes
* Faible variation de G+ C chez les végétaux et les animaux
Décris la méthode de caractérisation qui utilise l’hybridation de l’ADN
- Si on associe de l’ADN d’une bactérie avec de l’ADN d’une autre on obtient une molécule hybride qui nous permet de déterminer le degré d’homologue entre les 2 bactéries
- 2 souches doivent avoir + de 70% d’homologie pour appartenir à la même espèce
Quels sont les rôle du séquencage de l’ADN ?
permet de nous donner la similarité entre les 2 organisme
* nous donner informations supplémentaires
Décris le séquençage de l’ARNr 16S
- petite molécule abondante
- fonction conservée
- permet d’identifier des bactéries difficilement cultivable
Quel est le but du séquençage de génome ?
Et les profils génétiques ?
obtenir les séquences de bactéries non cultivable
profil génétique : similarité entre 2 bactéries selon les protéines
Quels sont les différents règnes ainsi que leurs caractéristiques (présence paroi cellulaire, parasitisme intracellulaire obligatoire, présence d’un système générateur ATP) ?
Végétaux
Mycètes
Animaux
Protistes
Monères
Quelles sont les méthodes d’identification ?
- milieux de culture usuels
- systèmes miniaturisés
- spectrométrie de masse MALDI-TOF
- système automatisé de séquençage de l’ARNr 16S
À quoi servent les méthodes de typage ?
- comparer les souches bactériennes
- effectuer des études épidémiologiques
- retracer l’origine de l’infection
- prédire l’efficacité d’un vx
Quels sont les différents types de typages ?
Biotypage : selon besoins nutritifs
Sérotypage : avec Ac
Lysotypie : bactériophage
Quelles sont les méthodes de typages moléculaires ?
- Détection par PCR de gènes codant pour facteur de virulence ou de résistance aux antibiotiques
- Digestion du génome avec enzymes de restrictions
- Multilocus séquence typing (amplification et séquençage de gènes de ménage)
- Analyse de séquences répétées
