Cytogenetique 1.3: Méthodes de détection des anomalies chromosomiques Flashcards
Hybridation: principes de base.
We need what for this to work?
Dénaturation et renaturation
L’hybridation s’effectue grâce à une alternance des processus de dénaturation et de renaturation de l’ADN
What is a sonde and what is the most used one?
Sonde = a DNA probe for fluresencent binding
most common one:
Sondes à séquence unique: séquence d’une région spécifique du génome. ADN non répétitif
What could you detect with a Sonde à séquence unique?
Utilisée pour le diagnostic des syndromes de microdélétion, microduplication
What is Syndrome DiGeorge
Syndrome vélocardiofacial?
Délétion interstitielle de la région
22q11.2
What mécanisme explique tous les syndromes de microdélétion/microduplication récurrents?
The crossing over due to a number of copy repeats that results in a duplication of on a chromosome and a deletion of a sequence on the other chromosoe. See page 78.
Syndrome microduplication vs microdeletion
Syndrome microduplication is much less severe than microdeletion
Phénotypes moins sévères
Plus difficiles à suspecter cliniquement a priori
How would you detect a translodation equivallent using FISH?
You design two probes for the genes that are known to translocate for the given disease
Example:
probe A should bind to chromosome 9 only in red
probe B should bins to chromosome 22 only in green
Results:
Sans translocation:** 2 signaux séparés** separete red and greed
Avec translocation: signaux fusionnés together red and green -> yellow
Describe Hybridation génomique sur micropuce
technique de cytogénétique sur puces qui permet d’analyser les variations du nombre de copies dans l’ADN (Copy Number Variation) et Recherche d’un déséquilibre chromosomique chez ces patients
identifier des sites où il peut y avoir un changement de la quantité d’ADN. Les régions de l’ADN où l’on constate un gain ou une perte anormale
Sur la micropuce, se trouve une série de spots d’ADN (plusieurs milliers). Chacun de ces spots est constitué d’un dépôt de fragments d’ADN spécifiques d’une région particulière du génome humain.
Les ADN marqués sont mélangés avec CONTROL et co-hybridés en quantité égale sur une micropuce. À l’aide de caméras spéciales, l’intensité de la lumière colorée émise par chaque point sur la lamelle indique s’il y a gain ou perte d’ADN dans les cellules p/r a control!!!.
Hybridation génomique sur micropuce disadvantage?
Ne permet pas de détecter les remaniements équilibrés (translocations,
inversions etc) -> becasue coloring will be the same so we dont know if there is relocation
Limite quant à la détection des mosaïques ( anomalie ~20% et plus détectable)
Risque de trouver aN pathogénique non reliée (ex gènes cancer, gènes à
révélation tardive, porteurs…): trouvailles accidentelles
there is some baseline variability in repeats. As such, we can only use this for regions that are clinically relevant
