DNA, replikation og repair (F9 + F10) Flashcards

(45 cards)

1
Q

Hvad er det centrale dogme?

A

DNA –> RNA –> protein

  • Replikation (DNA –> DNA)
  • Transkription (DNA –> RNA)
  • Translation (RNA –> protein)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvad står DNA for? hvad er den bygget op af

A

DeoxyribosomNucleic Acid

DNA består af 2 stregne nukleotider, der er komplimentere/antiparallele med hinanden. = danner en double helix

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvad er en nukleotid og nukelosid?

A

nukleotid består af
- nitrogen base
- sukkermolekyle (pentose)
- fosfatdiester

nukleosid er uden fosfatdiester

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvordan binder nukleotider og strenge sammen i DNA?

A
  • nitrogen basepar har hydrogen-bindinger med hinanden mellem strengene
  • fosfat-gruppe på 5. carbon danner fosfordiesterbinding med -OH på 3. carbon mellem 2 nukleotider
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvad er nitrogenbaserne?

A

puriner
- adenine (A)
- guanine (G)

pyrimidiner
- cytosine (C)
- thymine (T)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvordan binder baseparene til hinanden?

A

A binder til T med 2 hydrogenbindinger

G binder til C med 3 hydrogenbindinger

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Eksempel på navngivning hvor basen er A

A

AMP = adenosine monophosphat
ADP = adenosine diphosphat
ATP = adenosine triphospat
dATP = deoxyadenosine triphosphat

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvad er sukkermolekylet i nukleotidet?

A

det er en pentose, hvor
- C1 til base
- C2 til enten
H ved DNA = deoxyribose
OH ved RNA = ribose
- C3 til OH
- C4 til ikke noget
- C5 til fosfordiester

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hvad er backbone? hvordan dannes den?

A
  • dannes af fosfordiesterbinding mellem pentosens -OH på C3 og fosforgruppe
  • meget stræk backbone
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvad er double helix? hvordan holdes den sammen?

A

DNA får denne struktur af de 2 anti-parallelle nukleotidstrenge, som snor sig om hinanden.

holdes sammen af
- h-bindinger mellem baserne
- base-stacking

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvad betyder det at strengene i DNA er anti-parallelle?

A
  • retningen er fra 5’ til 3’
  • men strengene er placeret så de løber modsat af hinanden.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvad er base-stackingen? funktion?

A

stablingen af baserne med
- van der wal bindinger
- hydrofobe interaktioner

funktion
- får DNA til at sno
- skaber minor groove og major groove

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvordan pakkes DNA?

A

pakkes som kromatin: double-helixen vikler sig rundt om histoner fordi

  • fosfordiesterbinding er negativ ladet
  • histoner er positive proteiner
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvad er histoner?

A

8 positivt ladet histonproteiner.
- 2x H2a
- 2x H2b
- 2x H3
- 2x H4

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvad er linker i DNA?

A

mellem hver histon-octamer er et ekstra histonprotein (H1) som
- er det mest positive histonprotein
- sidder på DNA-streng og linker/pakker mere sammen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

hvad er nucleosom?

A

DNA-streng er viklet 2 gange rundt om histon

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvad er solenoider?

A

nuclesomer, der er yderligere pakket.
- 6 pr. vinding
- 30 nm fibre
- H1 hjælper med pakningen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvilken pakning sker i interfasen?

A

dannelse af kromatin
- double helix
- nucleosom dannelse
- solenoid dannelse (fibre)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hvilken pakning sker i metafasen?

A

dannelse af kromosom
- fra extenderet kromosom
- til kondenseret
- til mitotisk kromosom (klar til deling)

20
Q

Hvordan er RNA struktureret? forskel fra DNA + typer

A
  • ribose (C2 til OH-gruppe)
  • base ved C1 er uracil i stedet for thymine
  • enkeltstrenget
  • kan danne sekundær og tertiær struktur. (eks. loop)
  • typer: mRNA, tRNA og rRNA
21
Q

Hvornår sker
- DNA replikation?
- adskillelse af de 2 kopier ad DNA?

A
  • replikation = i s-fasen
  • adskillelse = mitosen
22
Q

Ved replikation af DNA, hvilken retning
- aflæses DNA?
- syntiseres DNA?

A
  • På den gamle DNA-streng (template) aflæses fra 3’ til 5’ fordi
  • den nye DNA-streng altid syntiseres fra 5’ til 3’
23
Q

Hvordan starter DNA replikation?

A

med adskillelse
- initiatorprotein finder replikationsorigin
- bryder de 2 h-bindinger og fortsætter bi-directionelt.
- danner replikationsboble med replication forks i hver side.

24
Q

Hvad er replikationsorigin? forskel i eu- og prokaryote celler

A

område på template, der har mange A-T basepar. (nemmere at bryde 2H end 3H)

  • eukaryote celler har flere origins = lineært DNA (>200)
  • prokaryote celler har kun 1 origin = cirkulær DNA
25
Hvilken type er DNA-replikation?
**semi-konservativ** replikation, som betyder at der dannes 2 kopier med - en original streng (template) - en ny-syntiseret streng **Bi-directionel**
26
Hvad adskiller DNA strengene? 3 komponenter
helicase - adskiller - "unwind" (snor ud) SSBP beskytter mod - reassociering - nedbrydning topoisomerase: - fjerner oversnoning, som opstår ved "unwinding" - foran helicase
27
Hvordan syntiseres den nye DNA-streng? enzym og energi?
DNA-polymerase (enzym) - læser template fra 3' til 5' - syntiserer fra 5' til 3' - proofreader Nukleosidtrifosfater - påsættes den nye streng - 2 ud af 3 fosfater fraspaltes (= energi, der driver process)
28
Hvordan starter syntesen af ny DNA streng?
RNA polymerase syntisere en primer = sekvens med 10 nukleotider, som er startsted for DNA polymerasen - primer er nødvendig - skal bruge en fri -OH gruppe - kan ikke starte de novo
29
Hvad er leading og lacking strand i replikationsboblen?
leading strand - fører an mod replikationsgaffel - kontinuerlig ny DNA-streng lacking strand - helt bagerst, retning væk fra modsatte replikationsgaffel - diskontinuerlig
30
Hvad er DNA ligase? funktion?
DNA-polymerase som sætter okazaki-fragmenterne i lacking strand sammen
31
hvad betyder det at lacking strand er diskontinuerlig?
- ny DNA streng syntiseres i stykker med hul i mellem - stykkerne kaldes okazakifragmenter
32
Hvad er repeair polymerase? funktion?
- syntisere DNA, som udfylder huller mellem okazakifragementer
33
Hvorfor opstår hullerne mellem okazakifragmenter?
- RNase H hjælper med at fjerne RNA primere - hvor primer sad = hul
34
Hvad er en telomer? betydning?
telomer: - Repititativ sekvens på DNA-template i 3'-enden (starten) - primeren er fjernet fra lagging strand betydning: - ny DNA-streng vil ikke dannes helt i starten - forkortet 5'-ende
35
Hvad er en telomerase?
et enzym, der er løsningen på forkortet 5'-ende i ny DNA-streng: - forlænger template streng - så kan primase og DNA polymerase danne nyt fragement - forlænge 5'-ende på ny DNA streng
36
Hvilken betydning har en telomerase, som er - underaktiv? - overaktiv?
- underaktiv: tidlig aldring - overaktiv: cancer
37
Hvad er repair proteiner?
proteiner, der er med til at gøre dette: - genkende skade - fjerne skade - syntisere det manglende stykke - vha. DNA ligase lukkes hullerne
38
Hvad er forskellen på mis-match repair og proofreading?
- mis-match: Finder fejl i DNA-streng efter syntese - proofreading: finder fejl i DNA streng under syntese
39
Hvordan fjernes skaden? + eksempel
Nukleaser kan nedbryde RNA og DNA: - endonukleaser klipper backbone midt i DNA streng over - exonukleaser klipper i enderne - eks. N-glycoylase
40
Hvad syntiserer det manglende stykke DNA efter skaden er fjernet?
repair DNA polymerase
41
Hvad er reverse transkiptase? + eksempel
- Dannelse af DNA-kopi ud fra RNA - komplementær DNA (cDNA) - eks. telomerase, er RNA som danner DNA kopi i 3' ende på template
42
Hvad er deoxyribose nukleotid triphoshat? funktion?
nukleotider med 3 P. ved hydrolyse af phophoranhydridebinding mellem P'er: - nukleotid via 1P bindes til ny DNA - de 2 andre P --> pyrophosphat - pyrophosphat --> 2 stabile ioner = energi
43
Hvad er okazakifragmenter? rækkefølge og retning af syntese?
enkeltstrengede DNA-molekyler - 1000 nukleotider (prokaryoter) - 2000 nukleotider (eukaryoter) - DNA ligase binder dem sammen (lagging-strand, ny DNA-streng) rækkefølgen: - bagud (1, lige ved origin) retning: - frem 5' til 3'
44
En kræftsygdom går i arv i en familie og kan ses tidligt hos de unge. Hvad er gået i arv? hvorfor?
de unge har nok arvet et muteret gen - genet kræves for at lave mismatch repair. - mutationen gør at genet ikke kan reperere fejl i DNA = kræft-
45
Hvad er exonuclease-aktivitet?
exo + DNA polymerase kan kigge tilbage og proof-reading Hvis der er en fejl - exonuklease fjerner nukleotid - fjernes med hydrolyse - DNA polymerase danner korrekt