FC3 : Conception, Optimisation De Molécules D’intérêt Flashcards

(48 cards)

1
Q

Définir une petite molécule

A

Molécule avec un poids moléculaire inférieur à 1000 Da

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Q

Définir un ligand

A

Molécules qui se lie de manière réversible à une macromolécule ciblée

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3
Q

Molécules qui se lie de manière réversible à une molécule cible

A

Ligand

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4
Q

Définir molécule hit et comment on l’obtient ?

A

Identifiée par criblage
—> molécule tête de série

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Q

Définir molécule lead

A

Molécule optimisée avec un meilleur profil d’activité biologique

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6
Q

Définir châssis moléculaire

A

Squelette moléculaire permettant la construction de molécules par fonctionnalisation

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7
Q

Quelle molécule va entrer dans le nouveau cycle de tests

A

Le candidat médicament

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8
Q

Pourquoi a-t-on besoin d’outils

A
  • pour réaliser des synthèses multi-étapes (réalisables sous micro-onde)
  • pour réaliser la purification des intermédiaires et molécules finales
  • pour élucider la structure des molécules synthétisées
  • pour déterminer les propriétés physico-chimiques des molécules cibles
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9
Q

De quelles compétences a-t-on besoin pour développer un programme de recherche

A

Maths
Chimie
Biologie
Physique

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10
Q

Que faut il pour développer un nouveau projet de recherche

A
  • choisir une cible thérapeutique
  • choisir un châssis moléculaire
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11
Q

Quelles sont les étapes de la découverte des médicaments

A

1) choix de la cible thérapeutique (choix de la maladie ou de la cible)
2) conception des molécules bio actives (hit)
3) synthèse d’une librairie de composés (à partir de molécule Hit)
4) analyse de la relation structure-activité
5) optimisation structurale
6) protection par un brevet

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12
Q

Cibles des pathologies suivantes : alzheimer + cancer + diabète + infections bactériennes

A
  • alzheimer : acétylcholinestérase
  • cancer : kinase
  • diabète : dipeptidyl peptidase-4
  • infections bactérienne : beta-lactamase
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13
Q

Objectifs de l’étape 2

A

Rassembler les travaux menés autour du couple «biologie-chimie»

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14
Q

Quelles sont les approches de la conception de molécule bio active

A
  • LBDD : quand la cible n’est pas connue
  • SBDD : quand la structure 3D est connue
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15
Q

Quel est le but de la conception de molécules bio actives

A

Réalisation de nouvelle réaction chimique pour obtenir un candidat médicament et démarrer son développement pharmaceutique, pré clinique et clinique POUR :
- obtenir une molécule efficace envers la cible
- améliorer sa conception
- peu de toxicité
- activité in vivo
- voir si on arrive à optimiser la molécule

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16
Q

Objectifs de la synthèse d’une librairie de composés

A
  • sélectionner un châssis moléculaire
  • développer une approche synthétique du châssis moléculaire sélectionné (synthèse)
  • synthèses d’analogues structuraux (prise en compte des variations de paramètres)
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17
Q

Donner les types de châssis moléculaires

A
  • peptides
  • polysaccharides
  • nucléosides
  • nucléotides
  • acides nucléiques
  • petites molécules hétérocycliques
  • stéroïdes
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18
Q

Quel est le but de l’analyse des relations structure- activité (RSA)

A

—> établir des relations entre la structure chimique et l’activité pharmacologique
—> on va évaluer la librairie de molécules synthétisées (par des tests biologiques)

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19
Q

Parler de l’optimisation structurale (alternance + étapes)

A

Alternance entre travaux de recherche en chémochimie et en biologie
- études d’interaction ligand-cible
- travaux de pharmacomodulation
- évaluation ADME et toxicité

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20
Q

Rôle de l’optimisation strucurale

A

Passer du hit au lead
Par l’étude des interactions ligand-cible + pharmacomodulation + évaluation ADME et toxicité

21
Q

Que signifie ADME

A

Absorption
Distribution
Métabolisme
Elimination

22
Q

Comment inhiber la protéine kinase CK2

A

Remplacer l’ATP par un châssis moléculaire de type indéno indol
Indeno {1, 2-b} indol

23
Q

C’est quoi une protéine kinase CK2 et quel est son rôle

A
  • tétramère : 2 dimères
  • capable de phosphoryler (transférer un phosphate sur un acide aminé)
24
Q

Donner son ingrédient pharmaceutique et sa pathologie :
Cyclooxygénase 2

A

Ibuprofène
Inflammation

25
Donner son ingrédient pharmaceutique et sa pathologie : Bcr-Abl (tyrosine kinase)
Imatinib Leucémie myéloïde chronique
26
Donner son ingrédient pharmaceutique et sa pathologie : Aromatase
- létrozole - cancer du sein hormono-dépendant
27
Topoisomérase de type 2 (nom de médicaments + pathologie)
- amoxicilline - infection bactérienne
28
Récepteurs au sulfamides (pathologie + médicaments)
Glibenclamide + diabète de type 2
29
Antagonistes des récepteurs dopaminergiques
- chlorpromazine - schizophrénie
30
Domaine d’étude de la modélisation + définition de la modélisation moléculaire
-domaine d’étude : chimie, biochimie, biologie moléculaire - définition :investigation des structures et des propriétés moléculaires —> utilise CHIMIE COMBINATOIRE + VISUALISATION GRAPHIQUE
31
Applications des modèles moléculaires
- mise au point de molécules bio actives - simulation d’intéraction - simulation de structures - simulation de réactions chimiques
32
Quelles sont les méthodes de calcul
- mécanique quantique —> réactivité chimique - mécanique moléculaire —> études d’interactions de structures
33
Docking : approche avec ou sans récepteur ?
AVEC récepteurs
34
Les étapes du docking
- caractérisation du site actif - positionnement du ligand dans le site actif (descripteurs) - scoring (évaluer l’intéraction)
35
Logiciel pour le positionnement du ligand dans le site actif
FleXx DOCK
36
Rôle du 2D QSAR
Prédire l’activité de molécules sans les tester expérimentalement
37
Quels sont les étapes du QSAR
- création d’un modèle de ligand et optimisation géométrique - utilisation de descripteurs
38
Types de notation du scoring
- basique - formule empirique - knowledge based
39
Paramètres à pendre en compte pour la synthèse d’analogue structuraux
- lipophilie - hydrophilie - ionisation - répartition électronique - encombrement stérique
40
Le 2D QSAR nécessite la structure d’une série de ligands et de récepteurs
Faux -> pas besoin de récepteurs
41
Dans le docking tout est flexible
Faux, c’est un idéal
42
Définir la modélisation moléculaire
Utilisation de - méthode calculatoire sur ordinateur - techniques de visualisation graphique
43
Qui est aussi appelé molécule « tête de série » ?
Molécule hit
44
Pour choisir une cible thérapeutique il faut :
- identifier la maladie - identifier une cible - réaliser une évaluation biologique structurée
45
Que va permettre le brevet ?
Protéger : - isomères - sels de la molécule découverte - activité in vitro et in vivo - molécule
46
Le comprimé effervescent a une action rapide ou lente ?
Action RAPIDE
47
Dans le 2D-QSAR on ne retrouve pas de valeurs électroniques ou spatiales
FAUX
48
La conotxine a plus d’effets secondaires que la morphine
Faux, elle a moins d’effets