Genoma Y GWAS Flashcards
Genoma
Conjunto de instrucciones de ADN dentro de una cél - TODO
¿Cuál es el objetivo de GWAS?
Es un diseño de estudio que identifica asociaciones de genotipos con fenotipos mediante pruebas de diferencias en frecuencia alélica de variantes genéticas entre individuos que son ancestralmente similares pero difieren fenotípicamente
Identificar relación entre polimorfismos y su afectación en curso de enfermedades
¿Qué es el loci de riesgo genómico?
Bloques de polimorfismos de 1 solo nucleótido (SNP) correlacionados entre sí
Muestran asociación estadísticamente significativa con probabilidad de desarrollar enfermedad o fenotipo
¿Cuáles son las aplicaciones de GWAS?
Variantes genéticas asociadas a rasgos
+ Variables de control en epidemio (explica diferencias de grupos genéticos)
Predicción de riesgo de px de tener enfermedad en función de su perfil genético
¿Qué es el genotipado?
Proceso de determinación del genotipo o contenido genómico, en forma de ADN, específico de un organismo biológico mediante procedimiento de lab
¿Cuáles son los métodos de genotipado?
Microarrays (+)
Secuenciación de próxima generación WES o WGS
¿Qué es la genotipificación?
Proceso de determinación del genotipo o contenido genómico, en forma de ADN, específico de un organismo biológico, mediante un procedimiento de laboratorio
= análisis de variaciones individuales de la secuencia de ADN
¿Qué son los microarrays o microarreglos y cómo se hacen?
Métodos de genotipado + usados para obtener genotipos para GWAS
Para llevarlos a cabo se requiere de colocación de muestra de px sano y muestra de px enfermo — se realiza cultivo de mismas muestras, se aísla el ARNm, se aplica la transcripción inversa y se etiqueta, se hibridan sondas de ADN complementario con secuencias de oligonucleótidos en placas de microporos, se tiñen con fluoróforo, se escanean y según el color determina si la enf está o no
Procedimiento final indica si un gen está en condiciones patológicas o fisiológicas o ambas
¿Qué son los fenotipos proxy?
Fenotipos que se usan si no se cumple con el tamaño de muestra requerido, para que personas que los tengan entren en dicha muestra y se incremente la cantidad de las mismas
Usar algo que indirectamente guíe a lo que queremos investigar, sin perder objetivo específico
¿Qué es el desequilibrio o sesgo del colisionador?
Es cuando polimorfismos de 1 solo nucleótido identificados en 1 persona se encuentran demasiado cerca entre sí, predisponiendo que el considerarlos proporcione resultado falso positivo o negativo ante presencia de enf
¿Qué es el ligamiento?
Es la asociación de genes en un mismo cromosoma que forma grupos
¿Qué es la maldición del ganador?
Fenómeno de regresión hacia la media
En estudios con muchas pruebas en 1 muestra de la población total, las estrictas normas consecuentes de significación hacen probable que la 1ra persona que informe una prueba significativa (el ganador) informará de un tamaño del efecto + grande que es probable que sea visto en estudios de replicación posteriores
Gráfica de Manhattan
Muestra importancia de asociación de c/variante con 1 fenotipo
Cada punto representa un polimorfismo de 1 solo nucleótido
- SNP ordenados en eje x según posición genómica
- Eje y — fuerza de asociación
- Línea roja marca umbral de significación de todo el genoma
Predicción de riesgo
- Se obtienen estadísticas resumidas de GWAS que detallan efecto de c/SNP sobre el fenotipo de interés
- Datos de genotipo de un conjunto de individuos se comparan con estadísticas resumidas de GWAS
- Puntuaciones de riesgo poligénico (PRS) se pueden calcular para c/individuo sumando tamaños del efecto de todos los alelos de riesgo para c/individuo
- Se hace análisis de regresión lineal sobre PRS calculada para evaluar efecto de PRS en medida de resultado
