Genome Structure And Chromatin Flashcards
(42 cards)
Beskriv det sentrale dogmet i molekylærbiologien
DNA -> (transkripsjon) -> RNA -> (translasjon) -> Protein
Altså
Nukleinsyre -> nukleinsyre -> aminosyre
Beskriv DNA (deoxyribonucleic acid) strukturen
- 2 polynucleotide kjeder -> dobbel helix
- Komplementær
- Negativt ladd
Hva er bestanddelene i DNA?
- Fosfat
- Sukker (2’ deoxyribose)
- Base (adenin, thymin, guanin og cytosin)
Hvordan er basene holdt sammen?
Backbone:
- Ved en fosfodiester binding som danner en polypeptid kjede
- Dannes mellom 3’ hydroksyl i deoxyribose og 5’ hydroksyl i fosfat
Mellom:
- 2 hydrogenbindinger mellom T og A
- 3 hydrogenbindinger mellom C og G
Hvilke aminosyrer er henholdsvis puriner og pyrimidiner?
Puriner: A og G
Pyrimidiner: C og T
Hva er de største forskjellene mellom eukaryot og prokaryote kromosomer?
Eukaryote har både telomerer og centromerer
Hvordan kan vi ved å se på arvematerialet avgjøre kompleksiteten til organismen?
- Ved å se på gentetthet (antall gener/Mb)
- Lavere tetthet -> mer kompleks
Hvor stol del av det humane arvematerialet koder for gener?
1.5%
Hva består de ikke-kodende områdene av det humane-arvematerialet av?
- Intron og UTR (6 intron per gen)
- Genfragment (truncated og fragment - gener)
- Pseudogener (fra revers transkribert mRNA)
Hvilke to type «repeater» finner man i humant genom?
- Mikrosatelitter (3%): korte repeterende sekvenser, < 13bp
- Genom wide repeats (45%): kommer fra transplosable elementer, 100bp -> 1000bp.
Disse kan være enten tandem repeats (mikrosatelitter) eller spredte repeats (genom wide repeats).
Hvorfor er DNA pakket i protein?
- Gjøre det mer kompakt sånn at det passer i kjernen
- Beskytter mot skader
- Viktig for overføring av DNA til datterceller
- Regulerer genuttrykk
Hvilke proteiner inngår i nukleosomer?
Er en oktamer som består av
2 Dimere -> H2A:H2B
1 Tetramer -> H3:H4
Hva består et histon av?
1: N-terminal hale (histon hale)
2: Histon fold domain: 3alpha helikser
Hvordan er DNA-nukleosom interaksjonen?
- Ca 40 hydrogenbindinger mellom oksygen i histon og fosfodiester i DNA.
- Bindingen skjer på 14 distinkte steder, alle i minor groove.
Hvor mye tetthet gir ikke-modifisert nukleosom?
Gir 6 ganger så høy tetthet i DNA
Hvor mange bp DNA kveiles rundt histon octameren?
- 147bp rundt
- (20-60 bp linker DNA mellom)
Hva og hvordan er oppgaven til histon H1?
- Forkorte avstanden mellom DNA og histon-kjernene -> høyere grad pakning av DNA
- Dette skjer ved at H1 binder til linker-DNA + histon-kjernen
Hva vil binding av histon H1 føre til?
- Dannelse av 30nm kromatin fiber (sammen med histon haler)
- 40 ganger høyere DNA tetthet
- Gjør DNA mindre tilgjengelig til andre DNA binde-protein
Hvilke to struktur-modeller har kromatin fiber?
- Solenoid: DNA danner en superheliks med 6 nukleosomer per runde, linker- DNA ligger i sentrum av heliksen, men passerer aldri ut av aksen.
- Zigzag: kommer av binding av histon H1, sikksakk mønster, linker-DNA passerer gjennom sentral aksen. Favøres av lengre linker-DNA.
Hvilken populær modell er det som forklarer høyere-orden kromatin pakking?
30nm kromatin fiber danner løkker som er holdt sammen av scaffold protein
Hva er scaffold protein?
- Topoisomerase II
- SMC: cohesin og condensin
Forklar forskjellen på eukromatin og heterokromatin
- Eukromatin: lite kondensert kromatin
- Heterokromatin: høyt kondensert kromatin
Når i cellesyklusen er kromosomene i to ulike faser?
- Interfase kromosom (G1, S, G2)
Altså vegetativ syklus - Metafase kromosom (mitose)
Altså seksuell syklus
Når i celledelingen dannes/protolyseres Cohesin?
- Dannes: Profase
- Protolyseres: Anafase
