Marie Kannius Janson - Transkription Flashcards
DNA-strängar vid avläsning
Mallsträngen läses av. Den kodande strängen är likadan som mRNA, förutom att T är utbytt mot U.
RNA-polymeras funktion
Binder till DNAt och separerar DNA-strängarna i sitt aktiva säte. RNA-nukleotider som är komplemenära till mallsträngen adderas allt eftersom. En DNA/RNA-hybrid bildas, men eftersom polymeraset har en flärp som skiljer RNA från DNA blir hybriden endast 9 bp lång. När RNAt har släppt från DNAt så återbildas DNA-dubbelhelixen.
Transkriptionsenhet eukaryot/prokaryot
Varje transkriberad region kallas transkriptionsenhet.
Eukaryoter: en transkriptionsenhet = en gen. Ger ett monocistroniskt RNA.
Prokaryoter: en transkriptionsenhet motsvarar ofta flera gener (operon). Ger ett polycistroniskt RNA.
Enkla/komplexa transkriptionsenheter
Enkla: gener som transkriberas till endas ett specifikt mRNA.
Komplexa: gener som transkriberas till flera olika mRNA genom alternativ splicing, att olika polyA-signaler används, och att olika promotorer används.
Sigma-faktor
Finns hos prokaryoter. Binder till RNA-polymeraset, och sedan till promotorn. Det finns flera olika sigma-faktorer, men bara en typ av RNA-polymeras.
Transkription prokaryoter
- En sigma-faktor binder till RNA-polymeraset.
- RNA-polymeraset och sigma-faktorn åker längs den cirkulära DNA-molekylen tills de hittar en promotor.
- Transkriptionen startar.
- Den initiala RNA-syntesen är inte så effektiv, och det är vanligt att den avbryts och att korta RNA-molekyler frisläpps.
- När RNA-polymeraset transkriberat 10 nukleotider släpper den sigma-faktorn och genomgår en konformationsförändring som gör den redo för elongeringsfasen.
- Transkriptionen avslutas vid en terminator.
- RNA-polymeraset hittar en ny sigma-faktor och kan börja om.
Promotor prokaryoter
Sekvenserna vid -10 och -35 relativt transkriptionsstarten är viktiga för transkriptionsinitieringen. Sigma-faktorn binder till dessa sekvenser.
Konsensussekvens
Konsensussekvens är sekvensen som bäst känns igen. En promotorsekvens som är lik konsensussekvensen är stark. Om den är mindre lik är den svag, och behöver hjälp av ett aktivatorprotein.
Stoppsekvens prokaryoter
Två komplementära sekvenser transkriberas, och dessa bildar en hårnålsstruktur genom basparning. Det finns två typer av termineringssekvenser: Rho-oberoende och Rho-beroende.
Rho-oberoende
Stoppsekvens hos prokaryoter. Två sträckor med nukleotider som kan baspara med varandra och bilda hårnålsstrukturer i den nybildade mRNA molekylen skapas. Dessa följs av en sträcka med U. Bildandet av hårnålsstrukturen leder till spänningar och RNA-polymeraset öppnas och ramlar av.
Rho-beroende
Stoppsekvens hos prokaryoter. Terminersingsfaktorn Rho binder till terminersingssignalen (CCCCCC) i transkriptet och åker sedan ikapp och knuffar bort RNA-polymeraset.
RNA-polymeras eukaryoter
Det finns tre stycken: I, II, och III. II är den som skapar proteinkodande mRNA. Dessa kräver hjälp från generella transkriptionsfaktorer för att kunna starta transkriptionen. De generella transkriptionsfaktorerna för RNA-polymeras II skrivs TFIID, TFIIB, osv.
Förutom generalla transkriptionsfaktorer hos eukaryoter krävs … för transkriptionsstart:
- Kromatinremodellerande enzymer.
- Transkriptionsaktivatorer.
- Mediatorer.
Kromatinremodellering
Kromatinet kan dekondenseras eller kondenseras. Kromatinstrukturen kan förändras med hjälp av ATP-beroende kromatinremodelleringskomplex eller genom modifiering av histonernas N-terminalsvansar. Acetylering innebär mindre kondenserat kromatin och är viktigt vid transkriptionsinitiering.
Hur vet RNA-polymeraset åt vilket håll det ska transkriber?
RNA-polymeraset adderar alltid nukleotider vid 3’-ändan av transkriptet. Promotorerna är assymetriska.
