Membranprotein Flashcards
(13 cards)
Hur stor del av mitokondriens inre membran består av protein?
Mer än 50%
Vilka generella funktioner har membranprotein?
Transport
Signalering / kommunikation - kemisk, elektrisk, mekanisk
Stabilitet
Lokalisering - t.ex. för enzymer i en signalväg
Förankring - matrix, cell-cell
Vilka olika typer av struktur man membranprotein ha?
- integrala (minst en del i den hydrofoba miljön)
- lipidmodifierade (kovalent modifierade med lipider - acetylering, prenylering, GPI-ankare)
- perifera - sitter icke-kovalent bundet till membranet
Vad innebär att en MP är transmembran?
Att det har ett eller flera transmembrandomäner - single eller multi pass
7 pass är vanligast
Kan endast extraheras ur membranet med detergent
Hur ser ett transmembrandomän ut?
En alfa-helix som består av ca 20 st AA
20 st är viktigt eftersom den hydrofoba alfa-helixen då blir 3nm - samma längd som den hydfrofoba delen av membranet
Alfa-helixen består till största delen av hydrofoba AA men kan ha inslag av hydrofila AA
Sitter det en hydrofil AA på var 3-4 plats kommer alfa-helixen bilda en hydrofil tunnel i membranet
Vilka transmembrantrukturer bildar större kanalen for aquaporiner?
Beta-barrels
Vilket typ av modifieringar kan ett lipidmodifierat MP ha?
1.
Acylering - en kort fettsyra som Myristinsyra C14 eller Palmitinsyra C16
2.
Prenylering (mkt hydrofob)
- av isopren som bildas i kolesterolsyntesen
Geranyl (C10)
Farnesyl (C15)
Geranylgeranyl C20)
3.
GPI-ankare (ej dynamiskt)
Glykosylfosfatidylinositol
Var sker den co- och post-translational processningen av protein?
I ER, rough ER mer bestämt - eftersom det är där ribosomerna ofta sitter
Vad tillverkas i Smooth ER? SER
Lipider, kolesterol
I hepatocyter - lipoprotein
Vad behövs för att ett protein ska tas in i ER?
En speciell signaleringssekvens ”Adresslapp” - 8 eller fler hydrofoba AA
Sekvensen binder till SRP (signal recogintion particle)
SRP binder sedan till SRP-receptorn på ERs membran vid en translokator
Signalsekvensen kommer ledas genom membranet mha av translokatorn
(Detta kan ske co-translationellt, då sker detta när signalsekv just syntetiserats och kommer ut ur ribosomen - och ribosomen binder till ER-membranet mha translokator)
Hur kan ett protein bilda en transmembrandomän?
När proteinet förs igenom translokatorn kan den binda till translokatorn kanal med en speciell ”start-transfer”-signalsekv
Detta gör att translokatorn öppnad lateralt (snittas upp) och kan släppa ut proteinet i den hydrofoba delen av membranet
Hur bildas ett multipass transmembranprotein?
Proteinet innehåller flera start-transfer och stop-transfer sekvenser.
Sekvenserna för start/stop är utformade på samma sätt (hydrofoba) och får sin funktion av vilken ordning de kommer i.
Startsekvensen kan antingen fortsätta vara bundet till proteinet eller klyvas av - så att denna proteinände frigörs från membranet
Vad är SRP?
Signal recognition protein
—> känner igen ER-signalsekvensen på proteiner som vill till ER
