Module 3 - Biochimie structurale Flashcards
(131 cards)
Qu’est ce que des isotopes ?
Deux atomes sont isotopes s’ils ont un nombre identique de protons (donc d’électrons)
Mais nombre de neutrons différent
Ils correspondent au même élément chimique et sont représentés par le même symbole (lettre)
Mais non pas la même masse
Qu’elle est la seule exception où des isotopes non pas le même nom et symbole ?
Exception pour les isotopes de l’hydrogène notés respectivement :
- H (hydrogène),
- D (deutérium)
- et T (tritium)
Qu’est ce qu’une molécule ?
Des atomes reliés entre eux par des liaisons covalentes : simples, doubles ou triples
Chaque liaison correspond à la mise en commun de deux électrons
Qu’est ce que la règle de l’octet ?
Dans le but de se stabiliser, tous les atomes essaient de remplir leur couche de valence au maximum
Pour cela, ils mettent en jeu un électron libre dans une liaison covalente pour se lier à l’électron libre d’un autre atome
Nombre d’électron par couche ?
Couche n : 2n²
Couche 1 : 2
Couche 2 : 8
Couche 3 : 18
Couche 4 : 32
…
Qu’est ce qu’un ion ?
C’est une entité chargée électriquement :
- positivement = cation
- négativement = anion
Ions simples (ex : Cl-) : des atomes qui auraient perdu ou gagné des électrons
Ions complexes (ex : NO3-) : des molécules qui ont cédé ou capté un ion, souvent H+
Citer les 4 grandes familles de molécules qui constituent l’essentiel de l’alimentation
- La famille des glucides (glucose, lactose, amidon…)
- La famille des lipides (triglycérides, cholestérol, acides gras…)
- La famille des protides (acides aminés, peptides et protéines)
- La famille des acides nucléiques (composés du nucléotides : ADN, ARN)
Citer 2 méthodes de conservation d’échantillon
La congélation :
- préserve bien l’échantillon mais peut dénaturer les protéines
- entre -20 et -192°C
La lyophilisation :
- concerne les solutions d’abord congelées
- puis l’eau qu’elles contiennent est évaporée par sublimation sous vide
- il reste un produit déshydraté
- détruit les biomolécules et leur activité
Citer 4 méthodes de séparation
- sédimentation / centrifugation
- filtration / ultrafiltration
- chromatographie
- électrophorèse
Qu’est ce que la matière organique ?
Elle est composée de matière carbonée, entourée d’eau et d’azote
Donc atomes les plus abondants :
- carbone (C),
- hydrogène (H),
- oxygène (O),
- azote (N),
- et un peu de phosphore (P) et de soufre (S)
Qu’est ce que la chimie organique ?
La chimie des molécules carbonées : les biomolécules
L’organisation du carbone :
Il met en jeu quatre électrons de valence pour
Si on ne connaît pas l’élément auquel est fixé le carbone, on l’appelle R
(radical)
R peut être un seul atome ou toute une suite de molécules
Le carbone est asymétrique lorsqu’il
possède quatre radicaux différents : il est noté C*
Qu’elles sont les différentes formes d’écriture d’une formule chimique ?
La formule brute : c’est l’écriture la plus simple et la plus compacte. On note les atomes une seule fois avec leur coefficient stœchiométrique
La formule semi-développée : toutes les fonctions chimiques et les liaisons covalentes sont notées à l’exception des liaisons carbone-hydrogène
La formule développée : tous les atomes et toutes les liaisons covalentes apparaissent
La formule topologique : représentation simplifiée qui met en évidence
le squelette hydrocarboné de la molécule sans noter certains atomes : par définition :
- un angle représentera un
carbone,
- les atomes d’hydrogène ne sont pas notés
(- une barre simple représente une fonction –OH)
Qu’est ce que des isomères ?
Molécules ayant la même formule brute mais des formules développées différentes
L’organisation des atomes dans l’espace étant différente, leurs fonctions différeront
Qu’elles sont les 2 grandes familles d’isomères ?
Les isomères de constitution
Les stéréo-isomères
Quels sont les isomères de constitution ? + leur définition
Ils diffèrent par la disposition des atomes au sein de la molécule :
- isomérie de position : une fonction est déplacée dans la molécule
- isomérie de fonction : les atomes s’associent pour former des fonctions différentes
- isomérie du squelette carboné (= isomérie de chaîne) : la chaîne principale de carbone s’organise différemment dans l’espace
- isomères d’insaturation : les liaisons carbonées simples, doubles ou triples sont à des positions différentes
Différence entre isomères de constitution et stéréo-isomères
Isomères de constitution = différence de disposition des atomes dans la molécule
Stéréo-isomères : l’organisation de la molécule dans l’espace est différente
Quels sont les 2 grands types de stéréo-isomères ?
Les énantiomères
Les diastéréo-isomères
Qu’est ce que les énantiomères ?
Les deux molécules sont les images miroirs l’une de l’autre, qui ne sont pas superposables (comme nos deux mains)
Cela est possible dès qu’il y a un carbone asymétrique
Autres noms des énantiomères ?
Ce sont des isoméries optiques car elles font dévier le sens de la lumière :
- vers la droite = forme dextrogyre = D
- vers la gauche = forme lévogyre = L
Comment s’appelle une molécule ayant 2 énantiomères ?
Molécule “chirale”
Quels sont les 2 types de diastéréo-isomères ?
Les isomères cis/trans ou Z/E
Les conformères
Définition des diastéréo-isomères
Par définition, ce sont les stéréo-isomères qui ne sont pas énantiomères
C’est-à-dire que l’organisation dans
l’espace diffère, mais on ne retrouve pas d’image miroir
Qu’est ce que les isomères cis/trans ?
C’est la différente position de deux fonctions autour d’une liaison carbonée
double.
Si les deux fonctions sont du même côté, ils sont appelés CIS ou Z.
Si les fonctions sont en positions opposées, ils sont TRANS ou E.
On retrouve notamment cela dans la structure des acides gras insaturés