Nukleotydy, kwasy nukleinowe

Question 1

Rola DNA

Answer 1

• ​Zapis informacji o sekwencjach wszystkich białek organizmu i sekwencjach RNA
• Zapis informacji dotyczących regulacji syntezy poszczególnych białek, różnicowania komórek, rozwoju etc.

Question 2

Rola RNA

Answer 2

• bezpośrednia rola w procesie syntezy białka
• elementy strukturalne rybosomów
• rybozym - transferaza peptydowa
• rola regulacyjna (np. miRNA)

Question 3

Co jest podstawowym elementem strukturalnym kwasów nukleinowych DNA i RNA (polinukleotydów)?

Answer 3

NUKLEOTYDY

Question 4

Budowa nukleotydu

Answer 4

Question 5

Jakie wiązanie występuje w nukleotydzie pomiędzy cukrem a zasadą?

Answer 5

wiązanie β-N-glikozydowe

Question 6

Jakie wiązanie występuje w nukleotydzie pomiędzy cukrem a resztą kwasu fosforowego?

Answer 6

Wiązanie fosfoestrowe

Question 7

Jakie wyróżniamy zasady pirymidynowe?

Answer 7

• U - uracyl (RNA)
• T - tymina (DNA)
• C - cytozyna (DNA i RNA)

Question 8

Jakie wyróżniamy zasady purynowe?

Answer 8

• A - adenina
• G - guanina

Question 9

Jaka to zasada?

Answer 9

adenina

Question 10

Jaka to zasada?

Answer 10

guanina

Question 11

Jaka to zasada?

Answer 11

tymina

Question 12

Jaka to zasada?

Answer 12

cytozyna

Question 13

Jaka to zasada?

Answer 13

uracyl

Question 14

Z czego zbudowany jest nukleozyd?

Answer 14

Z zasady azotowej połączonej wiązaniem β-N-glikozydowym z pentozami

Question 15

Jaki to związek?

Answer 15

Ryboza

Question 16

Jakie konformacje może przyjmować pierścień rybofuranozy?

Answer 16

• C-2’ endo (w helisie typu B DNA)
• C-3’endo (w helisie typu A DNA)

Question 17

Funkcje nukleotydów

Answer 17

1. Wchodzą w skład koenzymów (NAD⁺, FAD)
2. Stanowią efektory allosteryczne reakcji enzymatycznych (ATP, AMP, CTP….)
3. Aktywują metabolity na drogach przemian (UDPG, CDP-DAG)
4. Stanowią podstawową formę energii chemicznej (ATP)
5. Pośredniczą w procesach przekazywania sygnałów pomiędzy komórkami (cAMP, cGMP)

Question 18

Właściwości fizyko-chemiczne zasad azotowych

Answer 18

• planarność
• tautomeria keto-enolowa i amino-iminowa
• pochłanienie promieniowania UV
• słaba rozpuszczalność w pH obojętnym

Question 19

Jakie formy tautomeryczne dominują w purynach i pirymidynach?

Answer 19

Zarówno w purynach jak i w pirymidynach doinują formy keto (okso-) i amino-

Question 20

Cechy helisy DNA typu B

Answer 20

• 10,4 bp/skręt
• prawoskrętna

Question 21

Co oznacza, że nukleotyd ma konformacje syn-? Gdzie taka konformacja występuje?

Answer 21

Oznacza to, że zasada może rotować wokół wiązania N-glikozydowego. Konformację taką ma wyłącznie guanina w Z DNA

Question 22

Co oznacza, że nukleotyd ma konformację anti-? Gdzie taka konformacja występuje?

Answer 22

W nukleotydach o takiej konformacji zasada nie rotuje wokół wiązania N-glikozydowego. Jest to najczęstsza konformacja w DNA i w RNA

Question 23

Jakie siły stabilizują strukturę DNA?

Answer 23

• wiązania wodorowe pomiędzy komplementarnymi zasadami
• ,,stacking interactions” interakcja hydrofobowa i siły van der Waalsa

Question 24

Przez co neutralizowane są ujemnie naładowane grupy fosforanowe w cząsteczce DNA?

Answer 24

• jony (Mg²⁺)
• poliaminy
• dodatnio naładowane białka

Question 25

Czy sekwencja wpływa na strukturę większego rowka?

Answer 25

TAK =\> możliwe specyficzne wiązanie białek (regulacja!)

Question 26

Komplementarność zasad według Watson'a i Crick'a

Answer 26

GΞC A=T

Question 27

Czynniki denaturujące

Answer 27

* wysoka temperatura * rozpuszczalniki organiczne (np. formamid) * mocznik * wysokie pH

Question 28

Na czym polega efekt hiperchromowy

Answer 28

Roztwór zdenaturowanego DNA wykazuje większą absorbancję niż roztwór DNA niezdenaturowanego

Question 29

Rejony cząsteczki DNA bogate w jakie pary topnieją najszybciej?

Answer 29

W pary A=T

Question 30

Co dzieje się w środowisku alkalicznym z DNA i RNA

Answer 30

* DNA - ulega rozdzieleniu na pojedyncze nici * RNA - ulega hydrolizie

Question 31

Która struktura DNA jest najczęstsza?

Answer 31

B DNA

Question 32

Gdzie występuje A DNA?

Answer 32

W RNA i hybrydach DNA/RNA

Question 33

Gdzie występuje Z-DNA?

Answer 33

W odcinkach ₅₆ DNA o sekwencji CGCGCG

Question 34

Czym jest spowodowany ,,zygzak" szkieletu deoksyrybozowo-fosforanowego w Z-DNA?

Answer 34

Obecnością form syn- puryn

Question 35

Porównanie struktury A- B- i Z- DNA

Answer 35

Question 36

Który koniec wydłużają polimerazy DNA i RNA?

Answer 36

Koniec 3'

Question 37

W jakim kierunku odczytywana jest matryca?

Answer 37

3' -\> 5'

Question 38

W jakim kierunku zachodzi synteza nowej nici?

Answer 38

5' -\> 3'

Question 39

Jakie nukleazy wyróżniamy?

Answer 39

* endonukleazy * egzonukleazy

Question 40

Jakie wiązanie hydrolizują egzonukleazy?

Answer 40

Wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy końcowym nukleotydem a resztą nici

Question 41

Rodzaje egzonukleaz

Answer 41

* 5' -\> 3' * 3' -\> 5'

Question 42

Jakie wyróżniamy typy helis DNA?

Answer 42

1. B-DNA 2. Z-DNA 3. A-DNA

Question 43

Jaki kierunek skrętu ma helisa w A-DNA?

Answer 43

prawo

Question 44

Jaki kierunek skrętu ma helisa w B-DNA?

Answer 44

prawo

Question 45

Jaki kierunek skrętu ma helisa w Z-DNA?

Answer 45

lewo

Question 46

Ile zasad wypada na jeden skręt helisy A-DNA?

Answer 46

11

Question 47

Ile zasad wypada na jeden skręt helisy B-DNA?

Answer 47

10.4

Question 48

Jaki jest jeden z warunków występowania trójniciowej struktury DNA?

Answer 48

w jednej z nici muszą być same puryny

Question 49

Co to jest sekwencja palindromowa?

Answer 49

taka sekwencja DNA, dla której sekwencja komplementarna jest identyczna (przy założeniu, że obie sekwencje czytamy z uwzględnieniem polarności nici; zgodnie z przyjętym obyczajem - od końca 5' do 3') 5' **A A T T** 3' 3' **T T A A** 5' lub 5' **A G G C C T** 3' 3' **T C C G G A** 5'

Question 50

Na czym polega powtórzenie lustrzane?

Answer 50

Question 51

Jak wygląda struktura "spinki do włosów"?

Answer 51

Question 52

Jak tworzy się "struktura krzyżowa"?

Answer 52

poprzez rozluźnienie struktur helikalnych

Question 53

Jak wygląda "struktura krzyżowa"?

Answer 53

Question 54

Za co odpowiedzialna jest sekwencja TATA?

Answer 54

Do sekwencji TATA wiąże się białko TBP (ang. TATA-binding protein) wchodzące w skład kompleksu preinicjacyjnego, który umożliwia polimerazie RNA rozpoznanie sekwencji promotora i rozpoczęcie transkrypcji. Po związaniu się TBP DNA ulega wygięciu.