Prepisovanje in procesiranje Flashcards

(66 cards)

1
Q

drugo ime za prepis

A

transkripcija

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

drugo ime za transkripcijo

A

prepis

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Kako so dokazali, da je RNA vmesna molekula med DNA inproteini?

A

ko se E. coli okuži s T2, se močno poveča sinteza RNA, ki se hitro razgradi - ekspresija T2 genoma - označevanje z radioaktivnim uracilom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

glavne lastnosti molekule RNA

A

ponavadi je enoverižna molekula
sladkor riboza
uracil namesto timina
lahko katalizira reakcije

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

enoverižna molekula

A

zato je bolj fleksibilna in lahko tvori razne 3D strukture

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

intramolekularno parjenje

A

tvori bazne pare (dvoverižne regije) sama s sabo - to vpliva na obliko in stabilnost

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

riboza

A

pentoza

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

uracil

A

demetiliran timin

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

purinski ribonukleotidi

A

A, G

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

pirimidinski ribonukleotidi

A

U, C

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

ribocimi

A

molekule RNA, ki imajo katalitično funkcijo

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

vrste RNA molekul

A

kodirajoča (hnRNA, mRNA)
nekodirajoča (pre-rRNA, rRNA, pre-tRNA, tRNA, snRNA, siRNA, miRNA, lncRNA, tmRNA)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

katera veriga DNA se prepiše v gen?

A

odvisno od gena, vedno pa je od 3’ matrice do 5’ matrice oz. od 5’ transkripta do 3’ transkripta

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

transkript

A

prepisana molekula mRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

RNA polimeraza

A

encim, ki dodaja ribonukleotide in gradi molekulo RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

nematrična veriga

A

veriga, ki se ne prepisuje

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

matrična veriga

A

veriga, ki se prepisuje

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

kodirajoča veriga

A

veriga, ki se ne prepisuje, je pa po orientaciji in “vsebini” enaka transkriptu

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

začetek prepisa

A

iniciacija

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

sinteza RNA

A

elongacija

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

konec transkripcije

A

terminacija

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

evkariontska RNA polimeraza - sestava

A

2x alfa, 1x beta, 1x beta’, 1x omega, + sigma faktor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

promotor

A

sekvenca, ki jo prepozna RNA polimeraza in se veže nanjo

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

prokariontski promotor

A

zaporedje na zgornji strani gena, pred 5’ koncem

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
mesto -35 in mesto -10
na tidve regiji se veže RNA polimeraza
26
5' UTR
neprevedena regija na začetku mRNA molekule
27
3' UTR
neprevedena regija na koncu mRNA molekule
28
TATA zaporedje
zaporedje na mestu -10
29
začetek prepisa pri prokationtih
RNA polimeraza se veže na promotor, začne se prepis
30
vezava RNA polimeraze na promotor
seigma podenota se veže na -35 in -10 regiji, omega podenota sestavi encim in regulira ekspresijo gena, beta' se veže na DNA
31
iniciacija pri prokariontih
sigma podenota disociira
32
sinteza RNA pri prokariontih
RNA polimeraza za sabo zvija DNA nazaj in jo pred sabo odvija
33
konec prepisa RNA - 2 glavna mehanizma
notranji mehanizem terminacija z RHO faktorjem
34
notranji mehanizem za konec prepisa RNA
tvori se lasnična zanka, večinoma med C in G, nato pa je dolgo zaporedje adenina (v mRNA uracila), ki tvori le dve vodikovi vezi in se zato prekine vez med mRNA in DNA
35
terminacija z RHO faktorjem
terminacijska sekvenca bogata s C in z malo G, pred njo je rut zaporedje, na katerega se veže rho faktor, sintetizirana RNA se sprosti iz RNA polimeraze
36
prepis pri evkariontih
več genov, več nekodirajoče DNA prepis in prevajanje sta prostorsko ločena DNA v obliki kromatina
37
RNA polimeraze I, II in III
1 - prepisuje ribosomalne RNA 2 - prepisuje vse protein kodirajoče gene, nekatere snRNA 3 - prepisuje male funkcionalne RNA kot so tRNA, nekatere snRNA in 5S rRNA
38
GTF
general transcription factors - splošni transkripcijski faktorji za sintezo RNA se morajo GTF-ji vezati na promotorsko zaporedje
39
prostorska ločitev prepisa in prevoda
preden RNA lahko zapusti jedro, se dodatno modificira - RNA procesiranje
40
RNA procesiranje
modifikacija 5' konca RNA - dodatek CAP strukture izrez in odstranitev intronov modifikacija 3' konca RNA - dodatek adeninskega repa
41
primarni transkript (z drugim imenom)
pre-mRNA
42
preiniciacijski kompleks
tvorijo ga 6 GTF-jev in RNA polimeraza II
43
evkariontsko TATA zaporedje
TATA box približno 30bp nad mestom začetka prepisa (-30)
44
CTD
carboxyl tail domain - karboksilna repna domena blizu mesta, kjer iz encima izhaja nastajajoča mol. RNA
45
CAP
struktura, ki stabilizira molekulo in služi kot marker, da gre za protein-kodirajočo molekulo RNA
46
splicing
izrezovanje intronov
47
poliadenilacija
zaporedje AAUAAA ali AUUAAA je poliadenilacijsk signal - RNA polimeraza 20bp za tem mestom odreže RNA in doda 150-200 adeninskih nukleotidov
48
ko-transkripcijsko procesijranje
vse faze procesiranja (capping, splicing, poliadenilacija) se dogajajo že med prepisovanjem RNA
49
5'CAP
7-metil gvanozinski ostanek pritrjen na transkript s tremi fosfatnimi skupinami
50
poli-A rep
adeninski nukleotidi
51
izrez intronov
splicing - odstranijo se introni, zlepijo se eksoni
52
spliceosom
multiencimski kompleks, ki vrši izrez intronov
53
alternativni izrez intronov
ker je več proteinov kot genov, so nekateri proteini kodirani na istem delu DNA, vendar se drugače procesirajo - izrežejo se tudi nekateri eksoni in tako dobimo več različnih proteinov
54
GU-AG pravilo
intron se začne z GU in konča z AG, na mestu vejenja je A
55
snRNA
small non-coding RNA
56
snRNP
snRNA + proteini - sestavljajo spliceosom
57
samoizrezujoči introni
katalizira jih RNA - ribocim
58
RNA svet
teorija, po katerih so včasih organizmi imeli samo RNA
59
kratke RNA
male funkcionalne RNA, ki regulirajo in ščitijo evkariontski genom
60
miRNA
micro RNA - regulacija genov - komplementarni genu, ki ga regulirajo, prepreči prevod v protein ali pospeši degradacijo RNA
61
si-RNA
majhna interferenčna RNA - zaščita evkariontskih genomov pred virusi in transpozicijskimi elementi
62
dsRNA
dvoverižna RNA
63
petunija
v petunijo so vstavili transgen, ki je povzročil sektorsko razbarvanje
64
RNA interferenca
kosupresija - ena molekula RNA se poveže z drugo, pride do interference
65
DICER
razreže dvoverižno RNA
66
RISC
RNA inducing silencing complex (z RNA inducbilen kompleks utišanja) - kompleks, ki razgradi dvoverižno mRNA