protein structure

Question 1

en 3D, les atomes N, C et O de la liaison amide forment ….

Answer 1

un plan

parce qu’ils sont en résonnance (hybridés sp2)

Question 2

Quelle liaison permet la formation d’hélice alpha?

Answer 2

liaison H entre C(n) et N(n+4)

Question 3

Quel amino-acide est un casseur d’hélice alpha

Answer 3

proline

pas de liaison amide pour faire la liaison hydrogène mais liaison imide

Question 4

4 propriétés des hélices alpha

Answer 4

1. Rotation à droite
2. Tous les groupes NH et CO sont liés sauf 1er et dernier
3. centre de l’hélice est compacté,sans espace libre
4. Les résidus pointent vers l’extérieur

Question 5

dimensions de l’hélice alpha?

Answer 5

pitch = 5.4 A
résidues / tours = 3.6
rise = 5.4/3.6 = 1.5 A

rise = distance entre 2 AA en hauteur

Question 6

distance entre CO et NH consécutif dans un feuillet beta

Answer 6

3.5 A

donc les feuillets bétas sont plus étirés que les hélices alpha (1.5A)

Question 7

1 feuillet béta est composé de plusieurs ….

Answer 7

brins béta (beta strands)

Question 8

différences du feuillets beta parallèle par rapport à l’anti-parallèle

Answer 8

1. Nécessite un long retour au niveau inférieur
2. Les liaisons H ne sont pas alignées

Question 9

Quels AA permettent un béta-turn?

Answer 9

Glycine, Sérine, Asparagine, proline

Question 10

quel AA peut occuper tous les angles autorisés du Ramachandran plot.

Answer 10

Glycine

Question 11

quels sont les 2 angles utilisés pour dessiner un ramachandran plot.

Answer 11

Phi
Psi

Question 12

pour un feuillet beta, quelles sont les valeurs de psi et phi?

Answer 12

phi = -130°
psi = +125°

Question 13

pour une hélice alpha, quelles sont les valeurs de psi et phi?

Answer 13

phi = -57°
Psi = -47°

Question 14

Etapes de la cristallographie?

Answer 14

1. Cristalliser les protéines
2. Les soumettre à des rayons X
3. Détections de rayons X diffractés
4. Calculer la structure de la protéine

Question 15

Combien d’AA dans la myoglobine?

Answer 15

153

Question 16

Explain the distribution of amino acid residues in the secondary and tertiary structure of proteins.

Question 17

Quelle est, en A, la longueur d’onde des rayons X?

Answer 17

1-1.54A

Question 18

est-ce qu’il existe des lentilles pour focaliser les rayons X diffractés?

Answer 18

Non

c’est pour ça qu’il faut une méthode pour détecter ces rayons diffractés

Question 19

comment calculer l’amplitude de RX diffusés?

Answer 19

A = sqrt(I)

I = intensité, plus un point est sombre, plus le rayonnement est intense

Question 20

Interpret different visual representations of 3-D protein structures generated from X-ray crystallography data.

Question 21

Justify methods used for experimental protein structure determination.

Question 22

Distinguish features of common 3-D folds.

Question 23

comment est résolu le problème du calcul de la phase?

Answer 23

Avec des dérivés avec atomes lourds (Au, U, Hg)

Question 24

Etapes de la cristallographie

Answer 24

1. Purification et cristallisation de la protéine
2. Diffraction des rayons X et enregistrement du motif de diffraction
3. Résolution du problème de phase et détermination des amplitudes
4. Calcul de la carte de densité électronique par transformée de Fourier
5. Construction et ajustement du modèle de la protéine

Question 25

Quelle est la loi de Bragg

Answer 25

nλ = 2d sinθ

Question 26

Quels sont les 3 niveaux de résolution de la cristallographie?

Answer 26

6 A ==> chaine polypeptidique 3 A ==> hélices alpha et feuillets béta 1.5 A ==> atomes non H donc side chain

Question 27

Cite 3 propriétés de la myoglobine déduite de l'observation de sa structure

Answer 27

1. Densément regroupée 2. Coeur hydrophobe 3. Surface essentiellement polaire | NB: tout hélice alpha

Question 28

RNAse C est majoritairement composée de...

Answer 28

feuillets béta

Question 29

Fonction des résidus par rapport à la structure 2D?

Answer 29

La stabiliser | ex: résidus hydrophobes au centre d'une structure à 4 hélices alpha

Question 30

Cite 4 structures III de protéines

Answer 30

1. 4-helix bundle 2. Ig like domain 3. béta barrels 4. Beta saddle

Question 31

Quellle est la structure des domaines Ig like?

Answer 31

Béta-sandwich = 2 feuillets bétas reliés par S-S, chacun composé de 3 à 5 brins bétas

Question 32

quelle est la structure de TIM barrels?

Answer 32

Succession hélice alpha et feuillets beta, les feuillets bétas forment un barrel au centre.

Question 33

D'où vient le nom "TIM" barrels?

Answer 33

Triose phosphate isomerase

Question 34

quels sont les éléments d'une structure en selle (beta saddle)?

Answer 34

Feullets béta centraux avec Hélices alphas de chaque côté

Question 35

Comment se forme un béta saddle?

Answer 35

en décalant les brins béta, et en préservant les liaisons H entre brins