Proteinveckning

Question 1

Vad är primärstrukturen?

Answer 1

Aminosyrasekvensen från N-terminal till C-terminal.

Question 2

Vad är sekundärstruktur?

Answer 2

Veckning av polypeptidkedjan, vätebindningar mellan skeletten, ej R-grupperna.

Question 3

Vad är en polypeptid?

Answer 3

Kedjor av aminosyror, större än oligpeptider. Antalet aa är mindre än 50. Över 50 kallas proteiner.

Question 4

Hur är R-grupperna positionerade i en sekundärstruktur?

Answer 4

Vända utåt i alfahelix och betaflak.

Question 5

Vilka sorters sekundärstrukturer finns?

Answer 5

Alfahelix, hårnålsböj/omvänd, betaflak och loop.

Question 6

Var finns vätebindningarna i alfahelix, betaflak och hårnålsböj?

Answer 6

Alfahelix: var fjärde aa, inte helt raka, men många, vilket gör strukturen stabil.
Betaflak, parallell: en vätebindning per aa-par, ej helt raka.
Betaflak, antiparallella: två vätebindningar per aa-par, rakare, stabilare.
Hårnålsböj: mellan var tredje aa.

Question 7

Vilka aa är ovanliga i alfahelix och varför?

Answer 7

1. De som är förgrenade på betakolet: Ile, Val, Thr
2. För rigid: Pro
3. För stora: Ser, Asp, Asn

Question 8

Hur många aa per varv i en alfahelix?

Answer 8

3,6

Question 9

Vad är en proteindomän?

Answer 9

En återkommande sekundärstrukturskombination i ett protein.

Question 10

Vilka aa passar inte i betaflak?

Answer 10

Prolin, p.g.a. ringstrukturen.

Question 11

Vad gör looparna?

Answer 11

Binder samman de mer välordnade sekundärstrukturerna. Deltar i protein-protein-interaktioner.

Question 12

Vad är tertiärstruktur?

Answer 12

En polypeptidkedjas 3D-struktur, som består av bl.a. proteindomäner.

Question 13

Hur stabiliseras tertiärstrukturerna?

Answer 13

Bindningar mellan R-grupper:

1. hydrofobiska interaktioner
2. van der Waals när de är tätt packade
3. vätebindningar
4. disulfidbindningar S-S (kovalenta)
5. joninteraktioner

Question 14

Vad är kvartärstruktur?

Answer 14

Består av flera polypeptidkedjor, där en polypeptidkedja kallas subenhet.

Question 15

Hur sammanfogas subenheterna i kvartärstrukturen?

Answer 15

1. hydrofob effekt
2. van der Waals
3. jonbindningar
4. vätebindningar
5. om extracellulära också disulfidbryggor S-S (kovalenta)

Question 16

Hur namnges subenheterna?

Answer 16

Subenheterna i kvartärstrukturen namnges A, B, C eller alfa, beta o.s.v. utefter storlek

Question 17

Vad menas med att veckningsprocessen är co-translationell?

Answer 17

Att proteinerna börjar veckas medan de fortfarande translateras.

Question 18

Vad är progressiv stabilisering?

Answer 18

Del efter del stabiliseras, i stället för att slumpmässigt prova - mindre tidskrävande.

Question 19

Vad menas med att proteinveckningsprocessen är reversibel?

Answer 19

Att proteinet kan denaturera och sedan återgå till samma struktur igen.

Question 20

Nämn tre denatureringsfaktorer.

Answer 20

1. värme - kovalenta bindningar bryts vid 100-tals grader.
2. pH-förändringar
3. salttillsats - p.g.a. vattenkonkurrens.

Question 21

Proteinveckningen sker delvis spontant, men får också hjälp av två proteinklasser. Vad kallas de med ett samlingsnamn?

Answer 21

Heatshockproteiner.

Question 22

Vilka två heatshockproteiner hjälper till med veckningen?

Answer 22

1. HSP70, ett chaperon som binder till exponerade hydrofoba delar, vilket förhindrar aggregering. Dessa finns i nysyntetiserade proteiner, felveckade proteiner, skadade proteiner och på oparade subenheter.
2. HSP60, en chaperonin som består av en hålig dubbelring. Den oveckade polypeptidkedjan binder i håligheten. Lock rekryteras till håligheten som också expanderar. Där får proteinet 10-15s att veckas i avskildhet innan ATP hydrolyseras.

Question 23

Ett enzym jobbar med cystein i synnerhet, vilket enzym och på vilket sätt?

Answer 23

Proteindisulfidisomeras - ett enzym som katalyserar formation och brytning av svavelbryggor mellan cysteiner.

Question 24

Är proteinveckningsprocessen endoterm eller exoterm?

Answer 24

Exoterm.

Question 25

Vad kallas enzymet som omformar cis-konformationer till trans-konformationer?

Answer 25

Peptidylpropylisomeras.