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Genómica Funcional > Quiz 3 > Flashcards

Quiz 3 Flashcards

(94 cards)

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1
Q

¿Qué son Tiling Arrays?

A

Subtipo de microarreglos realizados mediante hibridación sobre soporte. Examinan secuencias que se encuentran contiguas en el genoma

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2
Q

Plataformas de Tiling Arrays

A

Affymetrix, 35 bp (7 arrays)
NimbleGen, 100 bp (38 arrays)
Agilent, 195 bp (31 arrays)

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3
Q

¿Cómo hacer Transcriptome Mapping?

A
  1. Isolate total RNA
  2. Convert to dsDNA
  3. Hibridize to tilling array
  4. Analyze gene expression
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4
Q

¿Cómo hacer DNase Chip?

A
  1. Digerir cromatina con DNAsaI
  2. Aislar fragmentos digeridos
  3. Hibridar a tilling array
  4. Identificar elementos regulatorios
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Q

¿Cómo hacer MeDIP-chip?

A
  1. Genomic DNA with 5-methyl-cytosine
  2. Sonication
  3. Immunoprecipitation with anti-5-methyl-cytosine-antibody
  4. Hybridize to tilling array
  5. Identify methylated cytosine across genome
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6
Q

¿Cómo hacer ChIP-chip?

A
  1. Protein-bound chromatin
  2. Sonication
  3. Immunoprecipitation
  4. Removal of antibodies and end-labelling DNA fragments
  5. Hybridization to tilling arrays
  6. Identify protein-binding sites genome wide
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7
Q

¿Qué es el proteómica?

A

Ciencia de la separación e identificación de proteínas

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8
Q

¿Qué es SDS-PAGE?

A

Separa proteínas de acuerdo a tamaño, las proteínas son desnaturalizadas parar eliminar estructuras, se utiliza beta-mercaptoetanol

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9
Q

¿Cómo funciona SDS-PAGE?

A

Al tener carga negativa por SDS y someter a un campo electrico, las proteínas migran hacia el polo positivo.

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10
Q

Tinciones de SDS-PAGE

A

Azul de Coomassie, Plata, fluorescentes para identificar PTMs

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11
Q

Ciclo de las proteínas

A
  1. Peptide fragments
  2. Polypeptide
  3. folding
  4. Damage / PTM
  5. Ubiquitination
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12
Q

¿Qué es la electroforesis bidimensional?

A

Técnica para separar proteinas complejas, separación por pH y MW

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13
Q

¿Qué es el pI?

A

Valor de pH donde la carga neta de una sustancia anfotérica es cero

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14
Q

¿qué es IPG strip?

A

Son tiras que contienen un gel con gradiente de pH.

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15
Q

Marcas de IPG strip

A

PROTEAN, Criterion

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16
Q

analisis de electroforesis bidimensional

A

Analisis de datos mediante software que detecta spots correspondientes a proteínas con altos o bajos niveles de expresión

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17
Q

Aplicaciones de DIGE

A

Nuevos marcadores y farmacos. Mecanismos moleculares en patología de enfermedades.

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18
Q

¿Qué es mass finger-printing?

A

Técnica para identificar proteínas que se han reducido a peptidos pequeños con base en la espectrometría de masas

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19
Q

¿Para qué sirve el sistema de doble hibrido?

A

Para conocer interacciones entre proteínas

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20
Q

¿Qué proteína utiliza el sistema de doble híbrido?

A

Gal4 que es un factor de transcripción

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21
Q

¿Cómo funciona el sistema de doble híbrido?

A

Se tienen dos plásmidos, uno que lleva el gen de la proteína de interés y el segundo que es una biblioteca con el dominio de activación; cuando ocurre interacción, se expresa un gen reportero

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22
Q

¿Cómo se corrobora interacción en el sistema de doble híbrido?

A

Inmunoprecipitación
Far Western
Inmunofluorescencia

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23
Q

¿Para qué sirve un microarreglo de proteínas?

A

Analisis masivo de proteinas

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24
Q

¿Qué clases de microarreglos de proteínas existen?

A

Arreglos funcionales de proteínas, arreglos analíticos de captura de proteínas, arreglos de proteínas de fase reversa

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25
¿Qué es PISA?
Protein in situ array
26
¿Qué es NAPPA?
Nucleic acid programmable protein array
27
¿Qué es DAPA?
DNA array to protein array
28
¿Qué hace PISA?
Mantiene el DNA codificante en una superficie para que quede atrapado cuando sea sintetizado
29
¿Qué hace NAPPA?
El plásmido es inmovilizado en la superficie junto con un anticuerpo, para expresar se utiliza lisado de reticulocitos de conejo
30
¿Qué es DAPA?
Arreglos de DNA reusables, síntesis se hace en sandwich
31
¿Qué sistemas de deteccion en microarreglos existen?
Basado en etiquetado: Etiquetado directo a las proteínas, colorantes reaccionan Libre de etiquetado: Espectrometría de masas, biosensores ópticos, sensores de conductancia
32
¿Qué es Quantum Dots?
Nanocristal que absorbe fotones de luz y re-emite a diferente longitud de onda.
33
¿Qué es el RNA de silenciamiento?
Cuando se inyectan moléculas de dsRNA se induce una respuesta que puede resultar en la muerte de la célula
34
Características de miRNA
Se genera a partir de genes y dsRNA Se une al final del mRNA No tiene apareamiento completo Inhibe traducción
35
Características de siRNA
Se produce de un dsRNA exógeno. Se une a región codificante del mRNA. Evita traducción físicamente. Su secuencia blanco es única.
36
Características de shRNA
Mayor efecto de silenciamiento, procesado por DICER, tambien utilizado por RISC para degradación
37
Métodos para generar siRNAs
``` Síntesis química. Transcripción in vitro. digestión de dsDNA con RNAsa III (DICER). Vector de expresión. Cassette de expresión de PCR. ```
38
¿En qué consiste la síntesis química para generar siRNAs?
Secuencia sin errores, alta pureza, utilización de morfolinos.
39
¿En qué consiste la digestión con RNAsa III para generar siRNAs?
Se preparan dsRNA por transcripción in vitro, se usa un templado del mRNA blanco El dsRNA es digerido por DICER y se garantiza un buen silenciamiento
40
¿En qué consiste los vectores de expresión para generar siRNAs?
Es un sistema in vivo, hay vectores con resistencias,se utilizan vectores virales para favorecer al cassette.
41
¿Cómo utilizar verificar efectividad del silenciamiento?
Con el vector se hace una fusión con la secuencia de luciferasa. psiCHECK.
42
¿En qué consiste los cassettes de PCR para generar siRNAs?
Se introducen directamente en las células. Se sintetizan rápido. Se usan para probar antes de clonar.
43
¿Cómo verificar el silenciamiento?
A nivel de mRNA: qRT-PCR, Northern blot, Microarreglos. A nivel de proteína: Western Blot, ELISA
44
¿Qué son los áptameros?
Son pequeños oligos de cadena sencilla, obtenidos por SELEX que pueden reconocer y unirse de manera específica.
45
¿Qué es la recombinación?
Intercambio de información genética,, reparar DBS.
46
¿Qué es Zinc Finger Protein?
Sirve para regular o modificar genes.
47
Ventajas de ZFP
Las modificaciones son permanentes y heredables, no requiere expresión controlada, no requiere inserciones.
48
Desventajas de ZFP
Inespecifidad de unión, reacción alérgica, reportes de citotoxicidad.
49
¿Qué es TALENs?
Modificación de los elementos TALE
50
¿Qué es el sistema CRISPR/Cas?
Mecanismo de respuesta adaptativa, confiere resistencia a DNAs exógenos.
51
¿Qué es un transposon?
Segmento de ADN que se inserta por sí mismo en otro lugar del genoma
52
¿Quién descubrió los transposones?
Barbara McClintock, observó rupturas espontáneas en los cromosomas del maíz, los llamó Jumping Genes
53
¿Para qué sirven los transposones?
Algunos genomas generan nuevas partes funcionales o regulatorias y ayudan a plantas a sobrevivir en condiciones adversas
54
¿Qué métodos de transposición existen?
Cut and paste | Copy and paste
55
¿Qué es Rolling Circle?
Los transposones se enrollan hacia un nuevo blanco, hacen copia de ellos mismos
56
¿Qué son los Helitrons?
Contienen secuencia codificante y no codificante que son escondidos después del splicing
57
¿Qué son MITEs?
Transposones cortos, no autónomos, carecen de ORFs, su movilidad depende de la actividad en trans de transposasas.
58
Tipos de MITEs
Tourist | Stowaway
59
Características de MITES
Se insertan en eucromatina, algunos miRNAs se deriven de MITEs, tienden a insertarse de secuencias de genes
60
¿Qué son los LTRs?
Secuencias que se repiten en extremos del ADN, flanquean genes funcionales, controlan secuencias del hospedero
61
¿Qué son LINEs?
20% del genoma, codifica para RNA binding protein y endonucleasa retrotranscriptasa ubicada en ORF1 y ORF2
62
Características de LINEs
Pueden inhibir transcripción
63
¿Qué son SINEs?
Retrotransposones no autónomos, muchas copias, ampliamente distribuidos
64
Estructura de los SINEs
Head Body Tail
65
¿Qué es Sleeping Beauty?
Transposasa construida a partir de secuencias de transposones inactivados en peces salmónidos
66
¿Qué es Piggy-Bac?
Elemento móvil que se transpasa entre vectores y cromosomas a traves de cut and paste.
67
¿Para qué sirve Piggy Bac?
Edición genómica de células de humano, ratón. Integraciones reversibles, vector inducible.
68
¿Qué es la genética directa?
Mutación/fenotipo --> Gen --> enfermedad
69
¿Qué es la genética reversa?
Investigar el impacto de la modificación o ausencia de un gen. Puede ser específico o al azar.
70
¿Qué es la clonación posicional?
Herramienta para identificación de mutaciones por herencia mendeliana
71
Proceso de clonación posicional
``` Reclutamiento de pacientes Colección de ADN Análisis genético Definición de región de interés Apoyo en estudios citogenéticos Definición del gen de interés Análisis en patogénesis ```
72
Aberraciones cromosomales
Translocación, duplicación, deleción, aneuploidía, amplificación, inversión
73
Evidencia citogénetica
CGH: usa dos genomas marcados con fluoroforos, se hibridan a cromosomas, la intensidad de la señal corresponde al número de copias.
74
¿Qué es el análisis genético de ligamiento?
Análisis de transmisión de marcadores, analizar si ciertos padecimientos se heredan junto con los marcadores.
75
Métodos para analizar mutaciones
SSCP DHPLC Southern Blot FISH
76
¿Qué es DHPLC?
Compara dos o más amplificados de PCR para detectar mutación. Se basa en retención diferencial
77
¿Qué es CCM?
Chemical Cleavage of Mismatch- Se usa para escanear mutaciones en DNA para detectar esquizofrenia, desordenes mitocondriales, cáncer de mamá, alzheimer
78
¿Cómo funciona CCM?
Detecta mutaciones puntuales, inserciones, deleciones heteroduplex.
79
Ventajas de CCM
Localización precisa de identificación de la mutación.Costo bajo. No equipo complejo
80
Desventajas de CCM
Muchos pasos, químicos tóxicos.
81
¿Qué es high resolution DNA melting?
Sirve para escaneo de mutaciones y genotificación. analiza perfiles de desnaturalización.
82
Marcadores más comunes
``` AFLP RAPD DAF AP-PCR SSLP RFLP ```
83
¿Cómo funciona RFLP?
Aislamiento y purificación del ADN. Digestión con enzimas de restricción Correr en gel y transferir a membrana. Southern Blot.
84
¿Cómo funciona AFLP?
Aislamiento y purificación. Digestión. Ligación de adaptadores. Amplificación. Detección
85
¿Qué es CAPS?
Se basa en secuencias polimorficas que crean o eliminan un sitio de restricción
86
¿Cómo funciona CAPS?
PCR con primers que flanquean SNP. digestión de productos de PCR. Gel
87
¿Cómo funciona SSLP?
Arreglo de repetidos con variaciones en longitud. Minisatélites, microsatélites
88
¿Cómo funciona SNPs?
Variación en un solo nucleótido, es muy abundante, pueden predisponer
89
¿Cómo funciona RAPD?
Basado en PCR, el DNAg tiene muchos sitios de hibridación. Si dos sitios están cercanos entonces se establece el locus.
90
¿Qué es TILLING?
Evita la eliminación completa de genes o modificaciones específicas.
91
Agentes mutagénicos para TILLING
EMS. Azida de sodio. Bombardeo de neutrones. MNU, MNH. Radiación gamma
92
¿Qué es la biología de sistemas
Estudia procesos biológicos con información experimental y modelos matemáticos
93
¿Qué es la biología sintética?
Combinación de métodos de síntesis química del ADN.
94
Aplicaciones de la biología sintética
Bioenergía Sustitutos petroquímicos Vacunas Cromosomas sintéticos

Genómica Funcional (4 decks)

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