Quiz Flashcards
(25 cards)
En qué se basa DACS?
Se basa en que las secuencias activas de cromatina son sensibles al corte de DNAsaI y otras nucleasas?
Qué elementos se identifican con DACS?
Enhancers, promotores, regiones de control
Qué se obtiene en DACS?
Tags de secuencia codificante y no codificante. Muchos genes continúan expresándose y mantienen estructura de cromatina relajada
Cuál es el proceso para DACS?
- Melt at 65ºC
- Repair with T4 DNA Polymerase
- A-Tail Taq Polymerase
- Ligate using biotinylated MmeI linker
digest with MmeI - Capture Montag on Dynal beads
- Ligate with adaptor
- Amplify and recapture
- Digest and wash
- Digest with MiuI
- Retain supernatant
- Concatemerize
- Size-select
- Amplify and clone
- DACS library
¿Cuál es la utilidad de DACS?
Comparar secuencias regulatorias
¿Para qué sirve TEC-RED?
Localizar mensajeros que hacen trans-splicing?
¿Qué es el trans-splicing?
Ligación de dos exones de diferentes transcripts primarios de RNA
¿En qué se basa TEC-RED?
Obtención de mRNA con posterior síntesis de cDNA
¿Cómo se aventaja TEC-RED?
Se toma ventaja de la secuencia líder de los mRNAS como C. elegans que su SL1 está en el 50% de sus mensajeros
¿Cómo se hace TEC-RED?
- Purificación
- cDNA sintesis
- PCR con primer de biotina
- Digestión y purificación de fragmentos de Biotina-DNA
- Ligación con adaptador y amplificación
- Concatenación
- Clonación y secuenciación
¿En qué se basa STAGE?
Inmunoprecipitación de la cromatina
¿Cómo se hace STAGE?
- Cross-linking and IP
- Random amplification with biotinylated primer
- NlaIII digestion and binding to streptavidin beads
- Division and ligation
- Digestion with MmeI
- Ligation and amplification with nested primers
- Digestion with NlaIII and purification of ditags
- Ligation to make concatemers
- Sequencing and analysis
¿Qué es STACE?
Sequence tag based amplification of cDNA ends
¿Cuáles son los posibles resultados de STACE?
Novel gene
Annotation extension
Non protein coding gene
¿Qué es The Chromosome Walking?
Fragmentación parcial e inserción en vector para obtención de clones con elementos que se traslapan
¿Cómo funciona Sanger?
Fragmento de ADN de una sola cadena con primers marcados radioactivamente
Roche
- amplificación por emPCR. Pirosecuenciación
Illumina
Illumina. Bridge PCR. Sintesis
Life
SOLID. emPCR. Ligación.
Ion Torrent
PGM. emPCR. Sintesis
Pacific Biosciences
RS. Sintesis.
Second Generation Sequencing Platforms. PROCESS
Template preparation -> Massively parallel clonal amplification –> Sequencing and alignment of short reads
Second Generation Sequencing Platforms
454/SOLID/ILLUMINA
Third Generation Sequencing Platforms. PROCESS
Template preparation –> Fluorescent labeling –> single molecule realtime sequencing
