tertiaire structuur Flashcards
(26 cards)
wat gebeurt er verder met de (super)secundaire structuurelementen
- ze vouwen verder om tot structurele eenheden: domeinen
verschil structureel en functioneel domein
structureel= kleinste structurele eenheid ve eiwit
functioneel= kleinste functionele eenheid ve eiwit (Fab domeinen)
geef een voorbeeld van een eiwit met slechts 1 domein
myoglobine
wat is het verschil tussen chymotrypsine en actine
chymotrypsine
= protease
- 2 domeinen
- domeinen zijn sequentieel
actine
= structuur eiwit
- 4 domeinen
- domeinen zijn niet sequentieel
bouw van een antilichaam
2 zware ketens
- 8 Ig folds
2 lichte ketens
- 4 ig folds
papaine scheidt de functionele domeinen
- sulfidebruggen
- Fab en Fc domein
- 4 polypeptideketens
zware keten antilichamen
- hebben enkel 2 zware ketens
- nanobodies = kleinste functionele eenheid van het antilichaam
- bv in kamelen
toepassing nanobodies
- gelsoline amyloidosis
- virale infecties
- structuur van een receptor onderzoeken
hoe kan je de 3D structuur van een eiwit bepalen?
X straal-diffractie
NMR
wat zijn twee verschillen van NMR in vergelijking met X straaldiffractie
- je krijgt een dynamisch beeld van het eiwit
- techniek is beperkt tot kleine eiwitten
wat zegt de similariteit van de az sequenties over het opvouwingspatroon van het eiwit
- hoge similariteit (30% of meer), gelijkaardige Fold, zelfde functie
- lage similariteit (30% of minder), gelijkaardige Fold, zelfde functie
- lage similariteit (30% of minder), gelijkaardige Fold, andere functie
- geen similariteit, andere Fold, andere functie
gelijkaardige Fold maar…
de gedetailleerde 3D structuur is verschillend
voorbeeld van een eiwitten met lage similariteit maar toch gelijkaardig opvouwingspatroon
cofiline en S2(domein van gelsoline)
wat toont het src-kinase aan
dat elk domein in een eiwit een bepaalde functie heeft dat bijdraagt aan de werking van het eiwit
opbouw en werking van het src-kinase
- 4 domeinen
- SH2 domein: herkent gefosforyleerd tyrosine
- SH3 domein: herkent prolinerijke requenties
=> herkenningsdomeinen - katalytisch deel: 2 Domeinen met kinase activiteit
- katalyseert de overdracht van het gamma fosfaat van atp naar tyrosine
wat doet een kinase algemeen
de overdracht van fosfaat van atp naar een eiwit katalyseren
komen dezelfde domeinen altijd samen voor?
nee, dezelfde domeinen kunnen in andere eiwitten teruggevonden worden in andere combinaties
Post translationele modificaties
- niet door genoom gecodeerd
- rol van enzymes
- reversibel of irreversibel
- maturatie, of gwn op oppervlak
op welke aminozuren kan fosforylering gebeuren
- Thr, Ser, Tyr
op welke aminozuren kan glycosilatie gebeuren
- Asn, Ser, Thr
PTM’s: soorten
- acetylering vd aminoterminale aminogroep
- hydroxylering vn proline
- lipidatie
- fosforylatie
- glycosilatie
- processing
- methylatie
- histonacetylatie
- zwavelbruggen
SH2 domein en fosfo-Y
- vormt holte met positief geladen az’en (arg, lys)
- complementariteit qua vorm en lading; enkel fosfo-Y past erin
- PTM is dus nodig voor de functie van het eiwit
Co-enzymes
= prothetische groep
- tijdelijke niet-covalente associatie met enzym
- essentieel voor de functie van het enzym
co-factor
- meestal metaalionen
- bv in een gelaat (heemgroep)
- vaak als structurele co-factor: stabiliseert eiwitten en zorgen dat het eiwit zijn juiste conformatie kan aannemen -> anders niet functioneel
- of om enzym-substraat complex te stabiliseren
voorbeeld structurele co factor
- Zn in zinc finger
module in dna bindende eiwitten
2 cysteines en 2 histidines coordineren het zink ion - Ca in EF hand structuur
- Mg in hexokinase-atp complex
