Variabilité Génome (Sablo)

Question 1

Différence entre mutation et polymorphisme?

Answer 1

• Les mutations: la variation est responsable d’une maladie

- Polymorphisme: variations abondamment réparties dans la population du génome

Question 2

Quelles sont les variations les plus fréquentes du génome?

Answer 2

Les SNP

Question 3

Comment différenciait-on autrefois mutation de polymorphisme?

Answer 3

On disait autrefois que mutation = <1%, et si >1% polymorphisme, mais maintenant ce n’est plus d’actualité.

Question 4

Combien (en %) peut-on observer au maximum de différence entre le génome de deux êtres humains?

Answer 4

1%

Question 5

Combien y a-t-il de différence entre le génome de l’homme et celui du chimpanzé? De la souris?

Answer 5

Chimpanzé: 4%

Souris: 20%

Question 6

Combien existe-t-il environ de maladies génétiques?

Answer 6

environ 6000

Question 7

Les maladies génétiques sont-elles des phénomènes fréquents?

Answer 7

Non, elles sont rares

Question 8

Quelle est la maladie génétique la plus fréquente en France?

Answer 8

La mucoviscidose (1 sur 2000)

Question 9

Un exemple de maladie génétique très rare?

Answer 9

la progeria: les enfants qui ont l’air de vieillards (60 familles dans le monde entier)

Question 10

Quelle est la différence entre mutation et facteur de risque?

Answer 10

Mutation = nécessaire et suffisant à l’apparition de la maladie génétique
Facteur de risque = polymorphisme augmentant la prédisposition à telle ou telle maladie

Question 11

Un exemple de polymorphisme facteur de risque?

Answer 11

le cancer du sein, avec les gènes BRCA1 et BRCA2, que l’on retrouve chez 6% des cancers du sein

Question 12

A quelle taille de variation parle-t-on de variation à échelle moléculaire? Sub-microscopique? Microscopique?

Answer 12

• A l’échelle moléculaire: <1000 nt
• Variations intermédiaires, ou sub-microscopiques: entre 1 et 3000 kilobases
• Les variations microscopiques: cytogénétiques ou chromosomiques >3 M bases

Question 13

Liste des variations observables à l’échelle moléculaire?

Answer 13

• SNP
• Mutations
• Indels
• Variations de séquences répétées (micro-satellites)
• Variation Nombre de Copis (CNV)

Question 14

Quel est le type de mutation le plus fréquent?

Answer 14

Mutations ponctuelles, 1 base transformée en une autre

Question 15

Qu’est-ce qu’une mutation synonyme? Une mutation non-synonyme?

Answer 15

• synonymes: aucun AA n’est modifié

* Non synonymes: modification des AA

Question 16

Les deux types de mutations non-synonymes?

Answer 16

• Les non-sens: mutation va entraîner un codon stop, et la protéine va s’arrêter prématurément et être détruite
  
  • Les faux-sens: pas le bon AA synthétisé

Question 17

Quels sont les deux types de mutations en faux-sens? Lequel est le plus grave?

Answer 17

◦ Conservatives un AA de la même classe d’AA → C’est OK

◦ Non conservative: On change un type d’AA par un autre qui a une fonction différente → + grave

Question 18

Des variations au niveau du nombre de micro-satellites sont-elles inquiétantes?

Answer 18

Non, très fréquentes et rarement des mutations

Question 19

Un exemple de CNV?

Answer 19

l’AMY1, qui permet de digérer l’amidon, le nombre de copies a bien augmenté depuis que l’homme mange des céréales

Question 20

Quelles sont les variations intermédiaires, ou sub-microscopiques?

Answer 20

CNV: la majorité <10 kilobases, et la plupart sont des duplications en tandem

Question 21

Comment observe-t-on les variations microscopiques?

Answer 21

On arrive à colorer le chromosome en bandes claires et foncées, ce qui permet de repérer les anomalies

Question 22

proportion des variations microscopiques par rapport à la taille des chromosomes?

Answer 22

Le + petit chromosome fait à peu près 45 M bases, et 3M bases (taille des variations microscopiques) c’est 1% du chr 1. Il peut y avoir des cassures, des micro-délétions…

Question 23

D’où les mutations peuvent-elles provenir?

Answer 23

– Il existe des facteurs pouvant encourager les mutations: ex: exposition répétée au soleil→ cancer de la peau
– Il y a aussi des mutations naturelles, dues à des erreurs de réplication d’ADN.

Question 24

Comment sont formés les micro-satellites?

Answer 24

Dans la double-hélice: l’ARN dérape et recopie deux fois une paire de nucléotides, et ça donne les micro-satellites → dérapage de recopiage

Question 25

Un mécanisme pouvant entraîner une variation de séquences répétées?

Answer 25

mécanismes de recombinaison à la méiose: crossing-overs inégaux qui peuvent entraîner une variation des séquences répétées.

Question 26

Deux exemples ou les micro-satellites peuvent être à l’origine d’une maladie?

Answer 26

• beaucoup de répétitions sur le FMR1 peuvent engendrer la maladie du X fragile.
• La chorée de Huntington: très rare, on a chez eux un saut brusque du nombre de répétitions. La cellule s’aperçoit que la protéine est trop longue, alors elle la dégrade.
  MNEMO: éphémère 1

Question 27

Trois exemples de conséquences médicales des CNV?

Answer 27

– syndrome de Williams-Bfuren, délétion d’1,5 mégabase
– Parkinson: duplication du gène de la synucléine, protéine toxique pour le cerveau
– Alzheimer: duplication de l’APP, qui fabrique un déchet qui, s’il est mal éliminé, provoquera Alzheimer.