WC01 - DNA replicatie, translatie en splicing Flashcards
In de notatie van strengen DNA of RNA worden vaak de afkortingen A, G, C, T en U gebruikt, die staan voor respectievelijk adenine, guanine, cytosine, thymine en uracil of voor adenosine, guanosine, cytidine, thymidine en uridine.
Wat is formeel het verschil tussen beide rijtjes?
Het eerste rijtje bevat de basen, en het tweede rijtje bevat de basen met een ribose eraan vast.
Staat ATP voor adenosinetrifosfaat of voor adeninetrifosfaat?
Adenosinetrifosfaat, omdat het een suikergroep gebonden heeft.
Welke vier nucleotiden worden bij de replicatie gebruikt door DNA polymerase?
dATP, dGTP, dCTP, dTTP
Wat is het verschil tussen een nucleoside en een nucleotide?
Nucleoside = base + suiker
Nucleotide = base + suiker + fosfaat
Laat zien dat 5-Bromouracil zowel AT ->GC als GC->AT mutaties (transities) kan veroorzaken door een aantal replicatie cycli van een DNA sequentie te tekenen waarin 5BU is ingebouwd.
Welke van de volgende mutaties in een eiwitketen kunnen veroorzaakt zijn door 1 enkele wijziging in het DNA door het mutageen 5-Bromouracil?
Lys -> Glu
Asp -> Ala
Phe -> Leu
Lys -> Glu kan wel want transitie
Asp -> Ala kan niet want transversie
Phe -> Leu kan specifiek wel (helft vd opties is transitie, helft transversie)
Het middel maakt het RNA kapot, waardoor het virus geen eiwitten meer kan maken om te overleven. Hierdoor wordt het virus uitgeroeid, terwijl je zelf er redelijk prima mee kan leven om even geen RNA te hebben.
Dit middel zal zoveel mutaties in het virale genoom aanbrengen dat het virus onwerkzaam wordt. Het wordt dan ‘kapot gemuteerd’
Waarom wordt in dit geval de ribonucleoside analoog hydroxycytidine gebruikt? Maar wat zou het risico zijn?
SARS is een RNA virus, het virale genoom is een RNA streng, waarvoor dus RNA ribonucleotides nodig zijn om te maken.
Het aminozuur op plaats 102 in de sequentie van een bacterieel enzym is glycine, en het corresponderende codon in de mRNA sequentie voor het enzym is GGA. Stel dat een mutatie die het codon verandert in GCA geen invloed heeft op de activiteit van het enzym, maar dat een andere mutatie die het codon verandert in UGA het enzym inactiveert. Verklaar deze waarnemingen en geef de algemene namen van de 2 verschillende mutaties.
Het enzym is GGA wat glycine maakt. Een verandering naar GCA levert wel een ander aminozuur op, namelijk alanine i.p.v. glycine. G naar C mutatie is transversie, niet synoniem, en neutraal. Een verandering naar UGA levert wat een stop codon op. Hierdoor stopt het enzym, waardoor het wordt geïnactiveerd. Dit is een loss of function.
Doordat er 1 base wordt weggehaald verschuift het hele frame, waardoor alle codons veranderen en er een heel ander eiwit wordt gesynthetiseerd.
Wat zou het gevolg zijn als de eerste base van het intron gemuteerd is? En wat als er midden in het intron een mutatie optreedt?
De “template” (=“anti-sense”) streng van DNA waarvan bekend is dat het voor het N-terminale stuk van een E. coli eiwit codeert, bevat de volgende sequentie:
GTAGCGTTCCATCAGATTT
Geef de sequentie voor de eerste vier aminozuren van het eiwit.
AUG GAA CGC UAC
De coding streng (= “sense” streng) van het DNA, waarvan bekend is dat het voor het carboxyl-uiteinde van een lang eiwit van E. coli codeert, heeft de volgende nucleotidenvolgorde:
CATGCAAAGTAATAGGT
Wat is de resulterende aminozuurvolgorde?
CAU GCA AAG UAA UAG
