Polimorfismos Flashcards
Polimorfismo
“Muchas formas”
Responsable de la variabilidad genética
Polimorfismos fisiológicos
Estudios familiares
Identificación de individuos
Investigaciones criminales
Investigaciones biológicas
Polimorfismos patológicos
Dx presintomático y prenatal de enfermedades genéticas
Definir riesgos de presentar determinadas enfermedades
Tipos principales de variaciones génicas
- Polimorfismos en la longitud de fragmentos de restricción = RFLP (restriction fragment length polymorphism)
- Secuencias repetidas en tándem que comprenden a los minisatélites VNTR (variable number of tándem repeats).
- Microsatélites = STR (short tandem repeats)
- Variantes de un solo nucleótido = SNP (SNV single nucleotide variants)
- Inserciones/ deleciones = indel
- Variaciones estructurales que incluyen las variantes en el número de copias de una región genómica o CNV (copy number variations)
- Rearreglos cromosómicos balanceados crípticos.
SNP
Variantes de un sólo nucleótido
Variabilidad fenotípica y susceptibilidad o resistencia individual a enfermedades
SNP
Variantes de un sólo nucleótido
Variabilidad fenotípica y susceptibilidad o resistencia individual a enfermedades
SNP
Variantes de un sólo nucleótido
Variabilidad fenotípica y susceptibilidad o resistencia individual a enfermedades
Solicitud de cariotipo en sangre periférica
Paciente con: - Amenorrea primaria o falla ovárica prematura - Anomalías espermáticas - Patrón de crecimiento anormal - Alteraciones desarrollo sexual - Fenotipo clínicamente anormal - Déficit intelectual - Retraso en desarrollo Historia familiar: - Alteración cromosómica estructural - Discapacidad intelectual Pareja con: - Infertilidad -Producto con alteración
Citogenética molecular
Combina técnicas de biología molecular y citogenética
Técnicas d ebiología molecular
aislar DNA o extraerlo en alta pureza visualizarlo cortarlo pegarlo amplificarlo
FISH
Hibridación in situ con fluorescencia
más utilizada
Marcaje con colores de segmentos conocidos de DNA de 100 a 300 pb
Hibridación
Proceso por el cual los ácidos nucleicos forman una doble hélice mediante las uniones por puentes de hidrógeno entre bases complementarias
A = T, A = U, C =G
Aplicaciones de técnicas de hibridación
Diagnóstico de enfermedades
Análisis de perfiles de expresión génica
Identificación de microorganismos patógenos
Detección de genes asociados a enfermedades genéticas
Cáncer
Patologías genéticas
Ganancia o pérdida de regiones de un cromosoma
Deleciones o duplicaciones
Infecciones virales o bacterianas
Presencia de organismos
Etapas de hibridación
Preparación extracción de la muestra —> el ADN se debe desnaturalizar
Adición de la sonda marcada
Producción de la hibridación —> unión de la sonda con secuencias complementarias
Lavado de la sonda no única
Detección de la sonda
CGH
Hibridación genómica comparativa
Principio CGH
Determinar la diferencia entre dos muestras distintas de DNA
Analiza las variaciones en el número de copias = CNV
Utilidad CGH
No es posible determinar el origen de marcadores cromosómicos
Muestras con escasa división mitótica
Tumores sólidos (no es necesario el cultivo celular)
Microarreglos
Poderosa herramienta para el análisis de expresión de genes
Tipos de variaciones genéticas
Polimorfismos en la longitud de fragmentos de restricción = RFLP (restriction fragment lenght polymorphism)
· Secuencias repetidas en tándem que comprenden a los minisatélites= VNTR (variable number of tándem repeats).
· Microsatélites = STR (short tandem repeats)
· Variantes de un solo nucleótido = SNP (SNV single nucleotide variants)
· Inserciones/deleciones = indel
· Variaciones estructurales que incluyen las variantes en el número de copias de una región genómica o CNV (copy number variations)
· Rearreglos cromosómicos balanceados crípticos.
SNP
variedad en el fenotipo y la susceptibilidad o resistencia a enfermedades
Técnica más común para detección de polimorfismos
Secuenciación de ADN
RFLP
Polimorfismos en la longitud de fragmentos de restricción
¿Qué son los RFLP?
Cambio en la secuencia del ADN que da lugar a la creación o eliminación de un sitio de reconocimiento para una endonucleasa de restricción especifica.
Variantes de repetición en tándem
VNTR-minisatélites y VNTR-microsatélites o STR (short tandem repeats)
VNTR-Minisatélites
Loci que corresponden a secuencias de ADN de unas pocas decenas de nucleótidos repetidas en tándem.
Características VNTR-Minisatélites
Cada loci puede presentar muchos alelos distintos, pero no están distribuidos por todo el genoma.
Aplicación VNTR-Minisatélites
Paternidad y en los protocolos de identificación genética.
· No existen dos individuos con la misma combinación exacta.
Microsatélites o STR
Corresponden a la repetición en tándem de secuencias de entre 2 y 5 nucleótidos.
Características Microsatélites o STR
- Distribuidos de forma casi homogénea por todo el genoma.
- Presentan un número elevado de alelos con frecuencias similares entre si, por esto la probabilidad de que un individuo sea heterocigoto es muy alta
Usos de STR
Estudios de asociación y ligamiento, en genética forense y en estudio de genética de poblaciones.
SNP´s
se presentan uno cada 200 pares de bases en el genoma humano. En el humano hay aprox 6 millones de SNP’s en el genoma humano.
“no sinónimos”
regiones codificantes que provocan un cambio en un aminoácido
Clasificación SNP
iSNP: regiones intrónicas cSNP: regiones codificantes sinónimos (sSNP) no sinónimos (nsSNP) rSNP: regiones reguladoras gSNP: regiones intergenómicas
Haplotipo
compuestos por un conjunto de SNP’s a lo largo de un mismo cromosoma que son heredados como una unidad.
Características haplotipo
Cada individuo tendrá dos haplotipos para un fragmento del genoma representados por los cromosomas paterno y materno.
Dan información acerca de la recombinación.
Ayudan para localizar mutaciones que pueden causar alguna enfermedad.
Elementos móviles
Secuencia de nucelótidos con la capacidad de moverse en el genoma.
Puede ser por si misma o con la ayuda de secuencias auxiliares.
Clases de elementos móviles
Elementos cortos de ADN disperso (SINE - Short Interspersed Nucleic Element) Elementos largos de ADN disperso (LINE - Long Interspersed Nucleic Element)
Elementos con repeticiones terminales largas (elementos LTR)
Transposones de ADN
Los elementos más importantes son las Alus (SINE) y los LINE1 (LINE).
CNV
Repeticiones en un número bajo de copias, con una longitud mayor de 50 pb y hasta varias mb.
Contiene secuencias codificantes y no codificantes de una región genómica en particular.
Características CNV
Duplicación o multiplicación: ganancia de función
Deleción: pérdida de función
Corrimiento del marco de lectura según su posición y longitud
Pueden afectar los grados de expresión génica cuando modifican elementos regulatorios de los genes
