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3 Biochimie structurale 2 > Module 12 > Flashcards

Module 12 Flashcards

1
Q

V ou F

nucléoside est constitué d’une base acotée et un ose

A

V

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Q

V ou F

nucléotides sont identiques au nucléosides

A

F

ils sont des nucléosides phosphorylés

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3
Q

De quoi sont composés les nucléosides et nucléotides

A

soit ribose, soit désoxyribose sous forme de furanose et toujours en configuration anomérique B

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4
Q

nommez les 2 types de bases azotées dans les acides nucléiques

A

pyrimidines

purines

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5
Q

nommes les 3 principales pyrimidines

A

cytosine (porte un groupement amine en position 4)

thymine (porte un groupement carbonyle en position 4)
Elle diffère de l’uracile par la présence d’un groupe méthyle en position 5 (forme méthylée de l’uracile)

uracile (porte un groupement carbonyle en position 4)

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6
Q

parmis les 3 pyrimidines, lesquelles sont dans l’ADN et/ou ARN

A

cytosine = ADN et ARN

thymine = ADN

Uracile = ARN

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7
Q

V ou F

purines sont bases azotées dérivées de la pyrimidine

A

V

Une purine est formée par la fusion d’un cycle pyrimidine et d’un cycle imidazole. Les deux purines majeures sont l’adénine et la
guanine. L’adénine porte un groupement amine en position 6, tandis que la guanine porte un
groupement carbonyle à cette position et un groupement amine supplémentaire en position 2. Ces 2 bases sont présentes dans l’ADN et l’ARN

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8
Q

Bases azotées sont des bases fortes ou faibles

A

faibles, car elles peuvent accepter des protons en milieu acide.
Cependant, au pH physiologique, elles ne sont pas chargées. Ces molécules ont des structures planes ou presque planes. Elles sont insolubles dans l’eau.

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9
Q

V ou F

bases azotées ont la capacité d’absorber les rayons UV d’une longueur d’onde de 260nm

A

V

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10
Q

V ou F

liaison glycosidique implique toujours le carbone anomérique de l’ose

A

V

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11
Q

V ou F

configuration d’un résidu d’ose dans un nucléoside est toujours en configuratino B

A

V

la liaison glycoosidique est elle aussi toujours en configuration B

si présence purine = configuration B-N9

si présence pyrimidine = configuration B-N1

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12
Q

V ou F

les nucléosides sont plus solubles das l’eau que les bases azotées seules, puisque les groupemnts hydroxyle de l’ose augmentent la solubilité de a molécule

A

V

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13
Q

Comment fonctionne la nomenclature des nucléosides

A

Les nucléosides sont nommés selon la base azotée qu’ils contiennent. Pour les ribonucléosides contenant une pyrimidine, il faut ajouter le suffixe –idine au nom de la base. La cytosine devient donc la cytidine, l’uracile devient l’uridine et la thymine devient la thymidine. Pour les ribonucléosides contenant une purine, on ajoute plutôt le suffixe –osine. Ainsi, l’adénine devient
l’adénosine et la guanine, la guanosine

Pour indiquer que nous sommes en présence d’un désoxyribonucléoside, il suffit d’ajouter le préfixe désoxy- à l’avant du nom. Parce que la thymine est rarement retrouvée dans les ribonucléosides, la
désoxythymidine est souvent appelée simplement thymidine

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14
Q

Qu’est ce qu’n nucléotide

A

nucléoside portant au mins un groupement phosphoryle (ou phosphate) attachée via un lien ester phosphorique

Ces liens esters phosphoriques se forment entre l’acide phosphorique et l’un des groupements hydroxyles de l’ose. Pour le ribose, les positions 2’, 3’ et 5’ peuvent être phosphorylées. Le
désoxyribose ne peut être phosphorylé qu’en position 3’ et 5’ puisque la position 2’ ne porte plus
d’hydroxyle. Dans les nucléotides libres, les liens phosphoester en 5’ dominent

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15
Q

V ou F

il est possible que le mpeme groupement phosphate forme 2 liens esters phosphoriques avec 2 hydroxyles d’un même nucléoside

A

V

exemple: l’AMPc

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16
Q

V ou F

nucléotides peuvent porter jusqu’à 2 groupements phosphates liés entres eux

A

F

jusqu’à 3

les liens additionels sont très riches en énergie

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17
Q

expliquez nomenclature des nucléotides

A

Un nucléotide est nommé selon le nucléoside dont il dérive, suivi de la position phosphorylée et du nombre de groupement phosphate.

Les abréviations NMP, NDP et NTP sont fréquemment utilisées. N représente tous les nucléotides,
peu importe la base qu’ils contiennent. On peut remplacer le N par la première lettre de la base
lorsque l’on veut être plus spécifique. On ajoute un d minuscule à l’avant du nom lorsqu’on est en présence de désoxyribonucléotides.

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18
Q

V ou F

nucléotides sont insolubles dans l’eau puisqu’ils contiennent plusieurs groupements ioniques et polaires

A

F

ils sont solubles

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19
Q

V ou F

nucléotides ont capacité d’absorber UV

A

V en raison de la présence de base azotée

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20
Q

Énumérez les rôles de chaque coenzyme

A

ATP : transfert de groupement phosphoryle, pyrophosphoryle et nucléotidyle

S-adénosylméthionine : transfert de groupement méthyle

Uridine diphosphate glucose : transfert de groupement glycosyle

NAD+ et NADP+ = transfert électrons

FMN et FAD : transfert électrons

Coenzyme A : transfert de groupement acyle

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21
Q

V ou F

les nucléosides triphosphates sont utilisés comme source de groupement phosphoryle par les kinases.

A

V

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22
Q

V ou F

L’ATP est le nucléotide le plus fréquent utilisé par coenzyme

A

V

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23
Q

V ou F

L’ATP peut donner un groupement pyrophosphoryle, phosphoryle et nucléotidyle

A

V

24
Q

V ou F

S-adénosylméthionine est obtenue par la réaction d’une molécule simple

A

F

obtenue par réaction d’un ATP avec une méthionine

il est dont impliqué dans réactions de méthylation

peut aussi donner groupement méthyle

25
Q

V ou F

L’USP-glucose utilisé dans cellules pour transporter tous les composés

A

F

transporte pas tous les composés mais plutôt certains d’entre eux

26
Q

V ou F

UDP-glucose est dérivé d’une réaction avec UDP et glucose

A

F

UTP et glucose - 1 - P

27
Q

V ou F

UDP-glcose peut donner groupement glycosyle

A

V

28
Q

V ou F

NAD+ et NADP+ sont des nucléotides

A

F

ils sont Dinucléotides

29
Q

V ou F

NAD+ et NADP+ sont tous les 2 formés par liaison entre AMP et nucléotide contenant une base rare (nicotinamide)

A

V

30
Q

V ou F

différence entre NAD+ et NADP+ est que le groupement hydroxyle à la position 2’ de l’AMP est phosphorylé dans NAD+ mais pas dans NADP+

A

V

31
Q

V ou F

NAD+ et NADP+ sont tous les 2 positifs

A

F

charge nette negative car groupements phosphates

32
Q

Qu’indique le ‘’+’’ das NAD+ et NADP+?

A

indique la charge locale de la base de nicotinamide (centre réactif de ces molécules)

33
Q

Lors des ractions d’oxydoréduction, quelles coenzymes sont souvent utilisées?

A

NAD+ et NADP+, car les formes
oxydées ont la capacité d’accepter 2 électrons et un proton supplémentaire sur la base nicotinamide. Les formes réduites résultantes sont appelées NADH et NADPH.

34
Q

Que signifie FMN

A

flavine MONONUCLÉOTIDE

35
Q

Que signifie FAD

A

flavine adénine DINUCLÉOTIDE

formée d’un AMP lié à un FMN

36
Q

V ou F

Tout comme NAD+ et NADP+, FMN et FAD sont coenzymes importantes lors des réactions d’oxydoréduction

A

V

37
Q

De quoi est formé la coenzyme A

A

un nucléotide, d’une molécules panthoténate et une molécule de 2-mercaptoéthylamine

38
Q

Dans la coenzyme A, qui est le centre réactif

A

le groupement thiol à l’extrémité de la molécule

Ce groupement peut réagir avec un groupement acyle pour former un lien thioester

39
Q

V ou F

coenzyme A portant groupement acyle sert de cosubstrat lors des réactions d’acylation

A

V

40
Q

V ou F

ADN est presque toujours sous forme dimérique puisque les 2 chaînes polynucléotidiques s’associent habituellement pour former une double hélice

A

V

41
Q

V ou F

structure primaire correspond à la séquence d’un seul brin, même si l’ADN existe généralement sous forme de double brin

A

V

42
Q

QUi a eu le prix nobel de medecine en 1962

A

francis cric ket james watson

contribution de rosalind franklin

43
Q

Qui est rosalind franklin

A

cristallographe très talentueuse

auteure du cliché de diffraction des rayons X

44
Q

V ou F

ADN possède un petit et grand sillon à la surface

sillon majeur permet enzymes impliquées dans réplication ou transcription d’avoir accès à l’intérieur de la double hélice

A

V

44
Q

V ou F

ADN possède un petit et grand sillon à la surface

sillon majeur permet enzymes impliquées dans réplication ou transcription d’avoir accès à l’intérieur

A

V

45
Q

Combien de liens H pour lien A-T et C-G

A

A-T = 2 liens
C-G = 3 liens

46
Q

Chargaff a observé des phénomènes intéressants, expliquez

A

Chargaff avait noté que les ratios de certaines bases demeuraient constants. La quantité d’adénine est toujours presque identique à celle de thymine, la quantité de guanine à celle de cytosine et la quantité de purines à celle de pyrimidines. C’est ce qu’on appelle maintenant les règles
de Chargaff.

47
Q

ADN est soluble ou insoluble dans l’eau

A

L’ADN est soluble dans l’eau, car le squelette sucre-phosphate, qui contient de nombreux groupements polaires et chargés, est à l’extérieur de la double hélice en contact avec le milieu aqueux.

48
Q

expliquer forme des paires de bases

A

Les paires de bases forment des structures planes. Elles sont empilées à l’intérieur de la double hélice, formant une région hydrophobe. Leurs plans sont parallèles les uns par rapport aux autres, mais perpendiculaires par rapport au grand axe de l’hélice.

49
Q

quelle est la forme du modèle de watson et crick

A

brins formant la double hélice sont antiparallèles et complémentaires

50
Q

Quelles sont les 3 conformations de l’ADN

A

ADN-B

ADN-A

ADN-Z

51
Q

expliquez la conformation ADN-B

A

L’ADN-B est la conformation la plus fréquente et on la retrouve lorsque le taux d’humidité est élevé. Sa structure correspond au modèle de Watson-Crick. Il s’agit d’une hélice droite

52
Q

expliquez la conformation ADN-A

A

L’ADN-A est la structure la plus compacte. On l’observe lorsque le taux d’humidité est faible et dans
les hybrides ADN/ARN qui se forment lors de la transcription. C’est également une hélice droite.

53
Q

expliquez la conformation ADN-Z

A

L’ADN-Z est la structure la plus allongée. Il s’agit d’une hélice gauche qui existe à très faible taux
d’humidité. On retrouve cette conformation dans les régions présentant une alternance de purines et de pyrimidines. Ces régions favorisent les interactions des bases avec des protéines régulatrices.

54
Q

expliquez comment la double hélice d’ADN est d’une grande stabilité

A

effet cumulatif de plusieurs forces

interactions hydrophobes : entre bases regroupées à l’intérieur

forces de VDW : causées par empilement des bases

liaisons hydrogène : entre les bases appariées, entre les sucres-phosphates et le milieu aqueux

interactions ioniques : entre phosphates et cations (Mg2+)

3 Biochimie structurale 2 (12 decks)

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