Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

OMICS in de Biomedische Wetenschappen > HC 4 - Microbiome > Flashcards

HC 4 - Microbiome Flashcards

Hoorcollege 4

1
Q

Microbioom kenmerken

A

-Een diverse gemeenschap van microben
-Divers
-Betrokken bij meerdere aandoeningen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Uitdagingen bij de culture van microbioom

A

-Lastig te isoleren of te groeien in cultuur
-voeden van elkaars producten > concurrentie
-elkaars milieu bepalen > pH

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hoe wordt de interactie tussen gastheer en microbioom gecontroleerd?

A

Door:
-microbiële blootstelling
-voedsel diversiteit en complexiteit (meer vezels = meer voeding microbioom)
-Medicatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Functies van het darmmicrobioom

A

-Metabolisme > fermentatie van overteerbare substraten en de synthese van vitaminen en fatty acids voor overleving van het darmepitheel
-Immunoregulatie
-Mucosale gezondheid en pathogeenexclusie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Ziekte associaties met microbioom

A

-Obesitas, metabolisch syndroom(T2D)
-Auto immuunziekten en inflammatory disease
-colorectal cancer
-neurologische syndromen als Parkinson

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hoe kunnen microbiota werken als vroege diagnostiek?

A

Biomarkers

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Welke behandeling mbt microbiota zorgt voor minder kans op invasie door C. difficile?

A

FMT

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Simpele workflow van microbiomics

A

Sampling
> Processing
> Metagenome
> metagenomics
> Sequencing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Varianten van microbiomics

A

-Shotgun metagenomics
-Marker gene amplicons: metabarcoding

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Wat is er nodig voor alignment bij metagenomics?

A

Een database met sequenties van vele bacteriën.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat is de eerste stap voor shotgun metagenomics?

A

Shotgun the DNA of all the organisms in the sample
> daarna worden er vanaf deze fragmenten korte reads gemaakt (sequencing)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Assembly bij shotgun metagenomics

A

Overlaps van reads worden samengevoegd tot grotere fragmenten van één genoom en het aantal reads wordt per soort gen geteld.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Wat is de conclusie als er veel reads worden geteld bij gen X, Y en Z in dezelfde metabole route in een shotgun metabolomics sample?

A

Dat betekent dat deze route erg veel voorkomt in het totaal van de microbiota in het sample

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hoe kan worden bepaald of een subset microbiota vanaf de moeder bij de baby is gekomen of niet?

A

Op basis van SNPs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hoe zijn kleine verschillen in het metabolisme van het microbioom zichtbaar te maken?

A

Metagenomics en sequencing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Doel metagenomics

A

Potentie van de verschillende gemeenschappen bepalen

17
Q

Multiomics doel

A

Activiteit van de gemeenschappen en populaties binnen de gemeenschappen bepalen

18
Q

Functies metaproteomics en meta-transcriptomics

A

-Welke eiwitten zitten in het microbioom
-Maken functionele profielen
-Bepalen activiteit

19
Q

Functie Marker gene amplicon studies

A

Structuur en compositie van de verschillende gemeenschappen bepalen

20
Q

Welke marker wordt gekozen om verschillende bacteriën uit elkaar te halen terwijl het in elk genoom voorkomt?

A

Het 16S rRNA: kleine subunit van ribosomale RNA onderdeel > minstens 1 kopie in elk genoom van de bacteriën
> sterk geconserveerd in evolutie, maar bevat variabele regio’s waar ze tussen soorten verschillen

21
Q

Waarop richten de primers bij marker gene amplicon studies?

A

De geconserveerde sequenties van het 16S rRNA gen > dan wordt alleen het amplicon geamplificeerd en gesequenceerd in alle microbiota

22
Q

Waarvoor worden de reads in marker amplicons gebruikt?

A

Om te vergelijken tegen andere reads (er zijn meerdere reads per soort)
> tegen referentiesequenties voor 16S amplicons

23
Q

Noem de verschillen tussen metabarcoding en metagenomics voor de onderdelen
: informatie over genomen, hoeveel reads nodig, hoeveel labwerk nodig, hoeveel bias, welke organismen worden gemeten, de moeilijkheidsgraad van het computerwerk, welk deel wordt gesequenced.

A

Informatie over genomen
-Bar: geen; Gen: Wel
Hoeveel reads
-Bar: minder; Gen: meer
Labwerk
-Bar: meer; Gen: minder
Bias
-Bar: meer; Gen: minder
Organismen
-Bar: alle met marker; Gen: ook off-target organismen wat zorgt voor interference
Computerwerk
-Bar: makkelijk en snel; Gen: moeilijk, langzaam
Welk deel seq
-Bar: 1 marker regio (amplificatie en seq); Gen: alle genomen

24
Q

Uitdaging van microbiomics in de processing

A

Bias in de amplificatie en extractie

25
Q

Uitdaging microbiomics in de sampling

A

Homogenisatie van spatiale structuren

26
Q

Uitdagingen in de metingen van microbiomics

A

Onderscheiden van errors en niuewe organismen en genen
> probleem komt bij humane samples niet voor: read depth op dezelfde nucleotide
> bij microbioom: meerdere genomen en van vele organismen heb je onvoldoende reads om het betrouwbaar te onderscheiden

27
Q

Data uit de microbiomics

A

Een aantal blokken van reads: forward en reverse in aparte bestanden
> FASTQ layout

28
Q

Phred score Q formule

A

Q = -10log P met P = error probability (=-10^-Q/10)
> Quality trimming bij 3’end van de reads door lage kwaliteit

29
Q

Wat is de stap in metabarcoding na het verkrijgen van high quality reads?

A

Clustering
> Onderscheiden van verschillende amplicon sequence varianten ASVs (OTUs)
> zelfde sequentie betekent een zelfde ASV dus zelfde taxon

30
Q

Wordt een amplicon met dezelfde sequentie behalve een punt met een low quality verschil bij de cluster gestopt?

A

Ja, aangenomen onzekerheid van de sequencer

31
Q

Wordt een amplicon met een punt verschil met hoge kwaliteit en zekerheid bij dezelfde ASV gerekend?

A

Nee, dit is echt een andere bacterie

32
Q

Hoe kun je twee ASVs vergelijken?

A

Het aantal reads per ASV vergelijken > factor verschil bepalen

33
Q

Identificatie van bacteriën uit de ASVs

A

Door middel van vergelijking met een database
-BLAST, of een aligner zoals bwa

34
Q

Taxonomische classificatie

A

Maken van een woord met 8 letters (deel vd sequentie)
> doorschuivende met overlappende woorden met de reads (komt het deel van de sequentie voor als read en hoe vaak?)
> tellen hoevaak de woorden voorkomen
> staafdiagram maken die lijkt op een barcode
> profielen van frequenties van de woorden maken
> woordprofielen van een eigen sequentie met het profiel van bacteriën uit de database

35
Q

Identificatie na shotgun metagenomics

A

De meestwaarschijnlijke posities van eiwitcoderende markers in de gensequenties vinden en herdefiniëren van de plaatsing gebaseerd op overall genoom gelijkenis

36
Q

Kwantificatie bij de microbiomics: wat is taxonomic profiling en functional profiling?

A

Taxonomic profiling: aantal reads per taxon tellen
Functional profiling: aantal reads per gen tellen: hoeveel reads bij genen met dezelfde soort functie meet je?

OMICS in de Biomedische Wetenschappen (12 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions