T14. Estructura ARN Flashcards

1
Q

Los ARN son cadenas de ribonucleótidos unidos por enlaces 5’-3’-fosflodiéster. Las diferencias de estos monómeros respecto a los del ADN son el -OH en el C2’ y la presencia de Us en lugar de Ts.

A

F

Las CADENAS de nucleótidos, tanto en el ARN como en el ADN van en sentido 5’-3’ lo que significa que los enlaces se producen entre el 3’-OH del primer nt y el 5’-PO4 del siguiente nt. Por tanto el ENLACE es 3’-5’

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2
Q

En el RNA abundan los nt modificados, es decir con bases nitrogenadas poco habituales, formadas por modificaciones de las bases comunes tras la transcripción

A

V

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3
Q

Cuando se aisla ARN es necesario tomar más medidas y precauciones que cuando se aisla ADN

A

V

Es más reactivo y más susceptible a la hidrólisis tanto enzimática como química –> se deben tomar muchas medidas como congelación rápida con N líquido, agua libre de RNAsas…

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4
Q

De entre los posibles apilamientos de bases, el que se da entre dos pirimidinas es el más fuerte

A

F

Es e que se da entre purinas, pues son más grandes (formadas por 2 anillos)

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5
Q

De entre los posibles apilamientos de bases, el que se da entre dos purinas es el más fuerte

A

V

Son las bases más grandes (2 anillos)

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6
Q

A diferencia de la estructura helicoidal que adopta el ADN, el ARNm no tiene una estructura tridimensional definida, puesto que se trata de moléculas de cadena simple

A

F

Los fragmentos de ARN de cadena simple adoptan estructuras helicoidales debido a interacciones por parcial apilamiento de bases nitrogenadas

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7
Q

El ARN ribosómico está formado por dos subunidades, la mayor, com más de 30 rARNs y la menor, con 20 ARNs

A

F

Los ARNs foman parte del RIBOSOMA, que es el que tiene 2 subunidades +de 30 y 20 es el nº de proteínas que contiene cada subunidad

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8
Q

El ARNr constituye el 80% del RNA celular

A

V

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9
Q

El rRNA 23S presenta un alto grado de conservación, es muy similar entre especies

A

F

Es el 16S

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10
Q

Un ribosoma (procariota) tiene 3 moléculas de rRNA: 5S, 16S y 23S

A

V

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11
Q

ARNr 16S tiene 4 dominios estructurales mientras que ARNr 23S tiene 6

A

V

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12
Q

La función de los diversos ARNr es catalizar la síntesis de proteínas gracias a su actividad peptidil-transferasa

A

F

Funciones del ARNr:
- Estabilizar el ribosoma
- Algunos tienen actividad peptidil-transferasa

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13
Q

Las regiones doble helicoidales son fragmentos de una misma cadena de ARN con secuencias complementarias que se orientan antiparalelamente formando puentes de hidrógeno entre sí.

A

V

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14
Q

En las regiones dobles helicoidales se cumple estrictamente la complementariedad de Watson y Crick

A

F

predominan los emparejamientos de Watson-Crick, pero también se dan otras asociaciones de bases (con cierta frecuencia G - U)
¡AQUÍ NO HABLAMOS DE PDH SI NO DE COMPLEMENTARIEDAD (A-U, C-G)!

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15
Q

Los emparejamientos A-C aparecen con relativa frecuencia en las regiones doble helicoidales del ARN

A

F

Son los G-U

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16
Q

La dihidrouridina es un nucleótido de U en el que este ha sido reducido

A

V

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17
Q

En la tiouridina el metilo del U ha sido sustituido por un azufre

A

F

El grupo ceto ha sido sustituido por un azufre (U no está metilado)

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18
Q

La inosina es la base nitrogenada de la hipoxantina, que se produce por desaminación de la adenina

A

F

La hipoxantina es la base nitrogenada de la inosina, que se produce por desaminación de la adenina

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19
Q

Tanto la metilguanosina como la isomenteniladenosina se producen por adición de grupos hidrocarbonados a las BN

A

V

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20
Q

La ribotimidina es un nucleótido que presenta una timina que ha sido glicosilada con una ribosa en posición 2’

A

F

Es un ribonucleótido que tiene T como base (los ARNs suelen tener Us no Ts)

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21
Q

Pseudouridina presenta U unido a la ribosa en a través de una posición inusual, por un carbono en vez del característico N

A

V

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22
Q

Los ARN presentan conformación A y no B porque el 3’OH impide la formación de hélices B

A

F

El 2’OH

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23
Q

Los pares de bases del A-ARN están menos inclinados respecto al eje helicoidal que los del A-ADN

A

V

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24
Q

El A-ARN se forma en entornos de elevada forma iónica mientras que el ARN-A’ solo aparece si la fuerza iónica es baja

A

F

Al revés

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25
Q

El ARN-A’ presenta una inclinación de los pdb respecto al eje de 10,6º y tiene 11 pdb por vuelta

A

F

12 pdb por vuelta

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26
Q

El ARN-A tiene 11 pdb por vuelta y dichos pdb se inclinan 15,5º respecto al eje helicoidal

A

V

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27
Q

En el ARN doble helicoidal las ribosas presentan un arqueo de tipo C3’-endo

A

V

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28
Q

En el ARN doble helicoidal las ribosas presentan un arqueo de tipo C3’-exo

A

F

C3’-endo

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29
Q

Las junctions, horquillas, loops y protuberancias son elemmentos de la estructura terciaria del ARN

A

F

Secundari

30
Q

Los loops simétricos se caracterizan porque en un fragmento doble helicoidal, una de las cadenas enfrentadas presenta pdb que no forman pdH con la otra cadena

A

F

Eso es una protuberancia, en los loops internos hay bases sin aparear en AMBAS cadenas

31
Q

Los loops internos asimétricos son aquellos que presentan un número impar de nt sin enlazar

A

F

  • Simétricos: nº de nt no enlazados es igual en cada cadena (i = j)
  • Asimétricos: nº de nt no enlazados es diferente en cada cadena (i ≠ j)
32
Q

Los mRNA son moléculas muy homogéneas en secuencia y tamaño que constituyen el 5% del ARN celular

A

F

Heterogéneas

33
Q

El mRNA se forma por procesamiento del ARN nuclear heterogéneo y este procesamiento incluye la adición de un cap de 7-metil-guanpsina, unido mediante un enlace 5’-5’-trifosfato al extremo 5’ del ARN

A

V

34
Q

Los mRNA son los únicos ARN con una estructura lineal, que no presentan ninguna estructura tridimensional

A

F

Es habitual representarlos linealmente pero tienen estructuras secundarias

35
Q

Los riboswitches son dominios de ARNt que actúan como receptores de metabolitos específicos, lo que les permite regular la expresión génica

A

F

SOn dominios de ARNm

36
Q

Los riboswitches son dominios de ARNm ubicados exclusivamente en la 5’-NTR de ARNm bacterianos

A

F

*Recientemente se han encontrado en eucariotas –> regulación del ARN-splicing.

37
Q

La unión de metabolitos endógenos de pequeño tamaño a la plataforma de expresión del riboswitch induce un cambio conformacional que altera la expresión génica

A

F

Se unen al aptámero

38
Q

La unión del metabolito al riboswitch modifica el aptámero, estabilizando una conformación que promueve el brazo antiterminación, que impide que la transcripción continúe

A

F

El brazo anti-terminación IMPIDE una terminación prematura
El brazo de terminación promueve una terinación prematura

39
Q

El control de la traducción mediado por riboswitches consiste en que los cambios conformmacionales inducidos por unión del ligando aíslan el RBS, lo que impide el reconocimiento del riboosoma

A

V

40
Q

EL mecanismo por el que funcionan los riboswitches implica que aptámero y plataforma de expresión se han de ubicar necesariamente en dominios diferentes

A

F

Algunos riboswitches los presentan en el mismo dominio

41
Q

El ligando de los riboswitches es necesariamente una pequeña molécula orgánica como un aminoácido o vitamina

A

F

Algunos tienen Mg2+ como ligando

42
Q

La morfología y funcionamiento de los riboswitches presenta una elevadísima variabilidad, desde ribpsqutches que unen un solo metabolito hasta otros que presentan aptámeros en tándem capaces de reconocer distintos metabolitos

A

V

43
Q

El nucleótido 74 de los aptámeros de purinas es la única diferencia que permite la diferente especificidad de cada riboswitch, debido al alto grado de identidad de secuencia que presentan

A

F

El nt 74 del aptámero establece pdH de Watson-Crick con el metabolito apropiado (sí que determina la especificidad) pero…
Los aptámeros de riboswitches de guanina y adenina tienen un plegamiento terciario similar a pesar de presentar sólo un 59% de identidad de secuencia.

44
Q

La plataforma de expresión de un riboswitch puede sufrir cambios conformacionales que uncluyen la formación de horquillas de terminación, secuestro del RBS, plegamientos que afectan al splicing y procesos de auto-corte

A

V

45
Q

Los riboswitches de A, Gly y glucosamina-6-P son casos poco habituales de riboswitches que promueven la expresión génica en lugar de inhibirla

A

F

Glucosamina-6-P riboswitch incluye una ribozima: la unión del ligando induce la actividad catalítica (ruptura de enlaces fosfodiéster) lo que provoca el auto-corte del riboswitch, reduciendo la expresión génica

46
Q

El riboswitch de glicina presenta 2 dominios aptámero que permiten al unión cooperativa de 2 glicinas

A

V

47
Q

El tRNA son moléculas heterogéneas en tamaño y secuencia que connstituyen el 15% del ARN celular

A

F

Homogéneas

48
Q

EL ARNt es el ARN de mayor complejidad estructural por lo que se tiene poca información respecto a su estructura tridimensional

A

F

tipo de ARN con mayor complejidad estructural, pero del que se tiene + info estructural (cristalografía de rayos X).

49
Q

Los tRNAs están formados por 75-95 nt de los cuales la mayoría son nt modificados

A

F

Hay más nt modificados que en otros ARNs pero aún así solo son el 10% d elos nt del tRNA

50
Q

Los nt modificados son imprescindibles en el tRNA puesto que evitan la carga de aa incorrectos en el extremo 3’

A

F

En efecto evitan que eso suceda, y ademas
- permiten reconocer el codón más eficientemente
- afectan a la estructura y estabilidad del tRNA
pero esto no los hace imprescindibles, tRNAs sintéticos sin nt modificados son capaces de funcionar, aunque sea más ineficazmente.

50
Q

Aunque solo uno de los 5 brazos del tRNA se llama “variable” en realidad la longitud de todos ellos puede oscilar ligeramente

A

F

Solo los brazos D y variable son variables

51
Q

El brazo T tiene ribotimidina, mientras que el D presenta desoxiribotimidna

A

F

D –> dihidrohuridina

52
Q

El extremo 3’ del tRNA, cuyo 3’-OH se une al aa, presenta en todos los tRNAs la secuencia -3’CCA5’

A

F

5’CCA3’

53
Q

En todos los brazos del tRNA hay segmentos con bases emparejadas por pdH excepto en el brazo variable

A

F

EL brazo variable puede contener un segmento con 7 bases emparejadas

54
Q

tipos de ARNt:
- Clase I –> loop variable corto 3-13 nucleótidos.
- Clase II –> 13-21 nucleótidos.

A

V

55
Q

Todos los tRNAs presentan 12 posiciones invariables en las que todos presentan un mismo nt, y 9 posiciones semivariables en las que todos presentan un mismo tipo de nt (purina O pirimidina)

A

F

14 posiciones invariables

56
Q

La estructura terciaria del tRNA (L invertida) se forma gracias a las interacciones terciarias que inducen el plegamiento de la estructura secundaria (hoja de trébol)

A

V

57
Q

Las interacciones terciarias son puentes de hidrógeno tipo hoogsteen que se dan entr BN de nt distantes en la secuencia

A

V

58
Q

La estructura tridimensional del tRNA es ancha y achatada

A

F

estrecha y alargada (20 Å de diámetro) –> permite la unión de 2 RNAt a 2 codones consecutivos en el ribosoma

59
Q

Los elementos de estructura terciaria presentan puenes de H de Hoogsteen tanto entre BN-BN como entre BN-fosfato y BN-ribosa

A

F

*Los grupos fosfato y 2’-hidroxilo del esqueleto polinucleotídico participan en interacciones terciarias por pdH, pero para BN-P y BN-R no se identifican como pdH de Hoogsteen, ya que este término hace referencia a pdH entre BN-BN.

60
Q

Las interacciones hidrofóbicas por apilamiento entre bases también estabilizan la estructura de los ARNt.

A

V

61
Q

El reconocimiento codón-anticodón se da de forma antiparalela: la 3ª base del codón del ARNm se empareja con la 1ª base del anticodón del ARNt

A

F

Al revés

62
Q

Debido a la degeneración del código genético un codón puede ser reconocido por más de un RNAt

A

F

El código genético es degenerado (nº ARNt diferentes < nº codones) –> hay codones sinónimos que codifican para el mismo aa–> un RNAt tienen la capacidad de reconocer diferentes codones sinónimos

63
Q

La complementariedad del tercer nt del codón con el 1º del anticodón no ha de ser tan específica puesto que no se establecen pdH entre sus BN

A

F

La BN de la posición 3 del codón, en la mayoría de codones, se une por emparejamientos balanceantes (mucho más débiles que los de W-C ) con la BN correspondiente del anticodón, lo cual permite la rápida disociación del ARNt de su codón durante la traducción.

64
Q

Cuando un aa es especificado por varios codones diferentes, los codones que difieren en cualquiera de las 2 primeras bases requieren ARNt diferentes

A

V

65
Q

Si la 3ª base del anticodón es ina inosina este puede reconocer 3 codones distintos (la inosina se puede emparejar con A, U o C)

A

F

Es la 1ª base del anticodón = empareja con la 3ª del codón

66
Q

Si la primera posición d eun anticodón es una C o una A este va a reconocer exclusivamente a un codón

A

V

67
Q

Si la primera posición d eun anticodón es una U o una G este va a reconocer exclusivamente a un codón

A

F

Reconoce 2 codones

67
Q

Las ribozimas son moléculas con actividad catalítica intrínseca que les permite hidrolizar enlaces fosfodiéster

A

V

68
Q

El ribozima hammerhead es un ejemplo de ribozima que realiza un auto-corte

A

F

Actua sobre otros ARNs, en cambio algunos riboswitches sí producen auto-cortes al ser activado el riozima de su secuencia por unión de un ligando

69
Q

Los ribozimas son pequeños, por ejemplo el ribozima hammerhead consta de 2 cadenas de tan solo 41 nt

A

F

Tamaño muy variable, otros son grandes ( Intrón de autocorte y empalme del grupo I tiene más de 400 nucleótidos)