4 Flashcards
(19 cards)
ccdB neyi kodlar? ccdA nedir?
DNA girazın işlevini bloke eden bir toksini kodlar.
Bu yüzden bu gene sahip bakteriler DNA repli. yapamadığı için ölürler.
Bakterilerin geni etkisiz hale getiren antitoksin üreten ccdA adında bir genleri de vardır.
Gateway klonlamada ccdB ne işe yarıyor?
ccdB ile giriş plazmitini alan bakteriler toksinden ölürken hedef vektör+gene of interest içerenler hayatta kalır.
galK neydi?
galaktozda büyüme için gerekli bir enzim olan galaktoz kinazı kodlar. Ayrıca bu enzim 2-deoksigalaktozu (2-DOG) bakterileri öldüren bir toksine dönüştürür.
Yani bu insert eklenmemiş bir vektörde galK çalışacağından; just galaktoz olan bir ortamda büyür fakat 2-DOG şekeri toksine çevirdiği için 2-DOG’da büyüyemez.
Shuttle mekik en önemli özellik? ve içerdikleri?
birden fazla tip konakçı hücrede varlığını sürdürebilen vektör.
1mayanın repli ORIsi
2Cen dizisi
3oksotrofik(kusurlu) maya suşu
4antibyotiğe direnç geni (marker)
5MCS (geni ekleyeceğimiz yer)
bakteriyofaj lambda?
*konan dna dogrusal
?iki uçta cos dizileri 12 bp uzunlukta çıkıntı
*orta bolge yaklasik 23kb ile degistirilebilir.
cosmid vektör
*yapı lambda partikülleri halinde paketlenir daha sonra e.coliyi enfekte etme
*cos bölgeleri
*önce lineer hale getirilir her uç cos dizisine sahip olur
YAC?
*2000 kb’a kadar
*mayaya özge cen ve ORI
*telomer dizileri
*marker ve mcs
BAC?
*uzunsa ve tekrarlayan dizisi çoksa
*e.colinin F plazmitine dayanan tek kopya vektörler
*elektroporasyon gerekli
ifade vektörleri?
*promotorun varlığı (güçlü bi promotor ve sıkı şekilde düzenlenmiş promotor)
*protein saflaştırılmasında
*
indüklenebilir bir promotor?
E.colinin lac promotoru. IPTG.
tet operonu(tetrasiklin direnç geni). TetR ise baskılayıcı proteini. Tetrasiklin geninin ekspresyonunu önler. tetO operatör bölge.
TetR, tetO’ya bağlanarak genlerin transkri. önler.
Ancak tetrasiklin varlığında tetR işlevini kaybeder.
cl geni neydi?
cl geni, lambda faji’nin baskılayıcı proteinini (cI) üretir. Bu protein, faji’nin lizojenik döngüde kalmasını sağlar.
Pl promotoru, cl genini baskılar ve böylece cI proteininin üretimini azaltarak faji’nin lizatif döngüye geçmesine yol açar.
cl857, sıcaklığa duyarlı bir mutant cI proteini türüdür. Bu proteinin baskılanması sıcaklıkla kontrol edilebilir. Yüksek sıcaklık (42°C) cI proteininin etkisini ortadan kaldırır ve faji’nin lizatif döngüye geçmesini sağlar.
bakteriyofaj T7 nin promotorunu ne tanır?
sadece t7 rna pol tarafından tanınır.
memeli ifade vektörleri?
bakterilerde tutulur sürdürülür
transfeksiyon. hücre hatlarına…
aynı zamanda ifade vektörleri
memeli hücreleri vektörleri nası nükleuslarına alır?
1dna kalsiyum fosfat presipitasyonu
2lipit aracılı transfeksiyon
3viral transfeksiyon
4mikroenjeksiyon
memeli vektörleri hücreleri geçici olarak transfekte edebilir ya da stabil şekilde de edebilir. geçici olarak transfekte edilmiş plazmidi kormak için:
repli ORI
memeli ORI’leri çok büyük bu yüzden SV40 ori ya da Epstein Barr’dan OriP
memeli vek.de orijinler işlev görmek için başka proteine ihtiyaç duyar. bunlar?
sv40 büyük T antijen protein
epstein barr nüklear antijeni (EBVA1)
DNA kütüp nedir?
belirli bir organizmadan her genin en az bir kopyasını içerecek kadar büyük, klonlanmış gen koleksiyonları.
Vektörler kullanılarak gen klolama ile çoğaltıp elde ediyorlar genleri.
DNA kütüphanelerinin taranması
bir organizmadan tüm olası genler bir kütüphaneye klonlandıktan sonra ilgielnilen genleri belirlemek lazım.
DNA probları kullanarak/DNA hibridizasyonu ile tarama
DNA probu nasıl kullanılır? tespit için ne kullanılır?
1hedef dna tek iplikli hale getirilr
2hedef dna içerenler naylon membrana aktarılır
3prob tek iplikli olcak şekilde denatüre edilir
4prob hedef dna bağlanır
(tespit için: radyoaktif etiketleme, biyotin, florofor vs)
