7

Question 1

Translasyon vektörleri nedir?

Answer 1

Yabancı genlerin bakteriyel hücrelrde verimli bir şekilde protein üretmesini sağlamak için tasarlanmış DNA molekülleri.

Question 2

Ribozom bağlanma bölgesi nedir, ne işe yarar?

Answer 2

Ribozomların mRNA’ya bağlanmasını kolaylaştırır.
RBS, başlangıç kodonu (AUG) ile doğru mesafede konumlanmalıdır (yaklaşık 5-10 baz uzaklık).
Bu mesafe, translasyon verimliliğini artırır.

Question 3

Konsensusun Başlangıç kodonu (AUG) RBS’nin ….da yer almalıdır.

Answer 3

aşağı akışında (downstream)

Question 4

Konsesus dizi nedir?

Answer 4

Korunmuş dizilerdir, housekeepingler. Farklı organizma ve bireylerden elde edilen dizilerin karşılaştırmasıyla ortaya çıkan en sık tekrar eden diziler.

Question 5

Kodon kullanımı nedir?

Answer 5

Bİr organizmanın belirli a.a.leri kodlamak için hangi kodonları tercih ettiğini ifade etmektedir.
Örneğin AAA ve AAG lizini kodlar.

Question 6

Kodon kullanımının önemi nedir?

Answer 6

Yabancı bir proteini bir organizmada üretmek istediğimizde o organizmanın kodon tercihine uygun bir gen dizayn etmek koymak önemlidir. (kodon optimizasyonu)
Ayrıca yanlış kodon seçimi protein sentez hızını düşürebilir.
Ayrıca nadir kullanılan kodonları tanıyan tRNA miktarları daha azdır.

Question 7

E.colide AAA mı AAG mi kullanılır lizin için?

Answer 7

E. coli’de AAA, %75 ve AAG %25 kullanılır.
Rhodobacter AAG’yi %75 oranında kullanır.

Question 8

Genellikle hangi konumdaki baz değiştirildiğinde yine aynı a.a. kodlanabilmektedir?

Answer 8

Genetik kodun üçüncü pozisyonu genellikle dejeneredir, yani baz değişse bile aynı amino asit üretilir.

Question 9

Kodon optimizasyonunun sağladığı 1 avantaj?

Answer 9

Kodon optimizasyonu yapılmış genler, üretilen protein seviyesinde 10 kat artış gösterebilir.

Question 10

Nadir tRNA kullanılması gerek hücre içinde. Ama yok ne yaparız?

Answer 10

Harici olarak dışarıdan nadir tRNA’lar sokulabilir.

Question 11

E.colideki nadir kodonlar nelerdir?

Answer 11

E. coli’deki nadir kodonlar, arginin kodlayan yaklaşık %0.14 ve %0.21’lik frekanslarda meydana gelen AGG ve AGA’dır.

Question 12

argU geni nedir?

Answer 12

argU geni nadir kodonları tanıyan arginin tRNA’sını kodlar.

Question 13

Protein aşırı üretimi sonrası ne oluşur?

Answer 13

1 inklüzyon cisimcikleri
2 yanlış katlanmış ve işlevsel olmayan proteinin yoğun kristalleri

Question 14

Neden protein üretimi istenenden fazla artmaktadır?

Answer 14

Güçlü promotorların (T7 promotoru) aşırı aktifleşmesi

Question 15

Agregasyon nedir?

Answer 15

Proteinlerin yanlış katlanması sonucu bir araya gelerek çözünmeyen ve yoğun yapılar oluşturması.
Hücre bu tür yanlış katlanmış inklüzyon cisimcikleriini iişleyemez ve proteinlerin biyolojik aktivitesi kaybolur.

Question 16

Moleküler şaperonlar ne işe yaramaktadır?

Answer 16

Yanlış katlanmış inklüzyon cisimciklerini çözündürüp doğru katlanmalarını sağladıkları gibi protein sentezi sırasında yeni oluşan polipepetit zincirine de bağlanarak onların doğru katlanmalarını sağlar.

Question 17

Yanlış katlanmış proteinlerin çözünmesi için ne kullanılır?

Answer 17

Kaotropik ajanlar (üre ve guanidin)

Question 18

Protein sekresyonu nedir?

Answer 18

hücrelerin proteinleri sentezleyip, modifiye edip, uygun şekilde paketleyerek hücre dışına veya hücre zarına taşımasıdır.

Question 19

Hücre zarı boyunca sekresyon nasıl, ne sayesinde yönlendirilir?

Answer 19

Yeni sentezlenen proteinlerin hücre zarından geçebilmesi için özel bir sinyal dizisine ihtiyaçları vardır.
Bu sinyal dizisi proteinin N-terminal ucunda bulunur ve genellikle hidrofobik amino asitlerden oluşur.
(Sinyal dizileri proteinin hücre dışına, periplazmaya ya da zar içine taşınacağı hedefi belirleyen bir “posta kodu” gibidir.)

Question 20

Protein taşıma bittikten sonra napılır?

Answer 20

N-terminal uçtaki sinyal dizisi kesilir. Kesilme sayesinde protein aktif olur, kesilme olmazsa yanlış katlanmalar olabilir.

Question 21

Hem iç hem de dış zara sahip gram negatif bakterilerde (e.coli gibi) proteinler her iki zardan da geçip kültür ortamına nasıl gider?

Answer 21

Özel salgı sistemleri vardır. Bu salgı sistemleri Tip I, Tip II, Tip III, Tip IV ve Tip V gibi sınıflandırılır. Her bir sistem farklı proteinleri taşır ve farklı mekanizmalara sahiptir.

Question 22

Protein sekresyonu neden önemlidir ve nasıl düzenlenir?

Answer 22

Protein sekresyonunun düzenlenmesi, proteinlerin doğru zamanda ve doğru miktarda salgılanmasını sağlamak için önemlidir.
Bu süreç, sinyal dizileri ve taşıma sistemleri aracılığıyla kontrol edilir.

Question 23

Sec proteinleri nedir?

Answer 23

Proteinlerin zar boyunca taşınmasını sağlayan önemli bir taşıma sistemidir. Özellikle katlanmamış proteinlerin taşınmasında.

Question 24

Füzyon proteini nedir?

Answer 24

Rekombinant proteinlerin doğal olarak salgılanan bakteriyel proteinlerin sinyal dizileriyle birleştirilmesi sonucu oluşan proteinler.
Bu yöntem, proteinlerin doğru katlanması ve stabil kalması için kullanılır.

Question 25

Bacillus'ta protein sekresyonu neden daha basittir?

Answer 25

Çünkü gram pozitif bir bakteri, tek bir zar yapısı var ve bu da kolaylaştırıyor.

Question 26

Tip I salgı sistemi hangi salgılamalarda kullanılmaktadır?

Answer 26

Bazı toksinlerin patojen bakteriler tarafından salgılanmasında kullanılır.

Question 27

Tip II salgı sisteminde salgılama nasıl olmaktadır?

Answer 27

Proteinleri iç zardan periplazmaya taşımaktadır. Daha sonra özel mekanizmalarla dış zardan geçirilir.

Question 28

Bakteriler ve ökaryotlar arasındaki glikolizasyon farkı nedir?

Answer 28

Ökaryotlar N bağlı glikozil gruplarına sahipken bakteriler O-glikozilasyonda.

Question 29

Glikolizasyonda glikan shield nedir?

Answer 29

Protein yüzeyini kaplayarak proteini dış etkenlerden koruyan yapı.

Question 30

N-glikolizasyon ve O glikolizasyonun önemleri?

Answer 30

N Önemi: Protein stabilitesi ve katlanmasında kritik rol oynar. O Önemi: Hücre-hücre tanıma, sinyal iletimi ve mukus oluşumu gibi süreçlerde görev alır.

Question 31

Campylobacterin glikolizasyonla ilişkisi nedir?

Answer 31

Bu bakteri N-glikolizasyon yapabilien nadir bakterilerden ve bunu yapmasını sağlayan pgl genlerini başka organizmalara taşıyorlar. Bu sayede bakteriyel ekspresyon sistemlerinde bile glikolize proteinler üretebiliyorlar.

Question 32

Böcek hücrelerinin glikolizasyonla ilişkisi nedir?

Answer 32

Böcek hücreleri, memeli hücrelerine benzer post-translasyonel modifikasyon mekanizmalarına sahip. Özellikle " Baculovirus Ekspresyon Sistemi" ile glikolize rekomb. proteinler üretmek. ( memeli ve böcekler mannoz eklenmesine kadar asparagin bakiyelerinin translasyon sonrası glikosilasyon yolunu paylaşırlar.) Terapötik proteinlerin stabilizasyonunu ve biyolojik aktivitesini arttırır.

Question 33

EPOGEN nedir?

Answer 33

Rekombinant insan eritropoietini. Anemi tedavisinde, böbrek yetmezliğinde, kanser tedavisine bağlı anemilerde kullanılır. Doğal eritropoietin 4 tane bağlı oligosakkarite sahipken rekomb. olanın fazladan N-bağlı glikosilasyon bölgeleri vardır.

Question 34

Ökaryotik proteinler bakterilerde üretildiklerinde genellikle kararsızdır ve işlevsellikleri bozulmuş olur. Bunun sebebi nedir?

Answer 34

Ökaryotik proteinler, daha karmaşık yapılar ve işlevler taşır. Bu proteinler, özellikle disülfid bağları, glikosilasyon ve diğer modifikasyonlarla işlevsel hale gelirler. Ancak bakterilerde protein üretimi sırasında bu modifikasyonlar yapılamaz, çünkü bakterilerde bu tür post-translasyonel değişiklikler için gerekli enzimler yoktur.

Question 35

Post translasyonel modifikasyonlara örnek ver.

Answer 35

Disülfid bağları ve glikosilasyon, post-translasyonel modifikasyonların önemli örneklerindendir. Proteinlere çeşitli kimyasal grupların eklenmesi. Prekürsör (büyük, işlevli olmayan proteinler. bölününce işlev kazanıyorlar) bölünmesi.

Question 36

Neden rekombinant protein üretimi için maya kullanırız?

Answer 36

-biyoreaktörlerde kolaylıkla yetiştirilebilir. -güvenli bir organizma olarak kabul edilir. -proteini saflaştırma kolaylığı

Question 37

Saccharomyces cerevisiae ile üretilen proteinlere örnek ver.

Answer 37

insülin, faktör XIIIa (kan pıhtılaşması için), çeşitli büyüme faktörleri, aşı olarak veya tanı amaçlı bazı virüs proteinleri salındıktan sonra sinyal dizisinin kesilmesi gerekiyor.

Question 38

Üretilecek proteinlerde mayaların kullanılmasının dezavantajları? (4)

Answer 38

1 verim genellikle düşük 2 ekspresyon plazmitlerinin büyük biyoreaktörlerde büyürken kaybolması 3 salgılanması gereken proteinlerin membran ve duvar arasındaki boşlukta kalması 4 glikolizasyonun genelde aşırı fazla olması

Question 39

Böcek hücteleri ile proteinlerin ifadesindeki avantajlar? ve nasıl yapılır?

Answer 39

hücreler nispeten dayanıklı, memeli hücrelerine göre daha basit ortamlarda büyütülebilir. Ekspresyon için bakulovirüse dayalı vektörler kullanılıyor. Polihedrin kodlama dizisi çıkarılır ve ifade edilecek proteini kodlayan cDNA ile değiştirilir. Klonlanacak gen polihedrin promotorunun kontrolü altındadır.

Question 40

Maya sinyal peptidazı nedir?

Answer 40

Maya sinyal peptidazı, maya hücrelerinde proteinlerin salgı yoluyla hücre dışına gönderilmeden önce sinyal peptidini kesen bir enzimdir.

Question 41

Polihedron nedir?

Answer 41

Virüs partiküllerini çevreleyip dış ortamdan koruyan genelde proteinden oluşan kristalli yapıdır. Baculovirus'ların çoğu, enfekte olmuş böcek hücrelerinde polihedron oluşturur, bu da virüslerin çevreye yayılmalarını sağlar.

Question 42

Polihedrin nedir?

Answer 42

Polihedrin, baculovirus'un polihedron yapısını oluşturan ana proteindir.

Question 43

Polihedrin verimi özellikle hangi hücre hattında daha yüksektir?

Answer 43

sonbahar tırtılı spodoptera frugiperda hücre hattında

Question 44

Baculovirüsün nasıl bir mekik vektörüdür?

Answer 44

E.colide bir plazmit olarak ve böcek hücrelerinde bir virüs olarak replike olan bir shuttle vektör.

Question 45

Baculovirüs DNA'da neler var say

Answer 45

-polihedrin geni yerine konmuş insert DNA -MCS -bakteriyel ori -marker

Question 46

Bakulovirüs sistemi ticari olarak nadiren kullanılmıştır. Başlıca kullanımı aşı üretiminde .

Answer 46

Doğru

Question 47

Memeli hücreleri tarafından proteinlerin ifadesi

Answer 47

-mekik vektörler kullanılır -S40 gibi bir virüsten alınmış memeli hücrelerinde çalışan bir repli. ORI -genin 3'ucunda bir poliadenilasyon sinyali sağlamalıdır.

Question 48

npt (NeoR) geni ne kodlar?

Answer 48

neomisin fosfotransferazı kodlar. npt, G-148 kullanarak hayvan hücrelerini; neomisin veya kanamisin kullanarak bakteri hücrelerini seçmek için kullanılabilir.