5.3: Prédictions fonctionnelles et 5.4: « Omiques » Flashcards
(9 cards)
ASV vs OTU et % de similarité
OTU: Unités taxonomiques opérationnelles
ASV: Variantes des séquences d’amplicon
OTU aucune correction, donc filtrer par qualité et trié par similarité
ASV séquences corrigées par IA, similarité de 100% pour être associé. Exemple si Timine à la place de Guanine, l’IA va calculer la possibilité que ce soit une erreur et potentiellement la corriger
Est-ce qu’on utilise souvent la classification par espèce ?
Non, peu utilisé, car les micro-organismes s’adaptent rapidement et les séquences deviennent différente. On utilise plus souvent des classifications plus larges regroupant ces mutations
Qu’est-ce que la prédiction fonctionnelle
La prédiction fonctionnelle permet de prédire des fonctionnalités effectués par la communauté microbienne à partir de l’identification des gènes. Cela permet d’étudier des groupes fonctionnels (ammonifiants, fixateurs N, etc).
Exemple: on effectue le séquençage 16S (portion précise de l’ADN), ensuite avec la bio-informatique on trouve une ressemblance possible avec un micro-organisme, finalement on fait la prédiction fonctionnel de la totalité des gènes de ce micro-organisme (pas juste 16S)
Quelles précautions faut-il prendre avec la prédiction fonctionnelle ? (2)
Prédiction fonctionnelle = Potentiel fonctionnel
- Est-ce que le gène est réellement présent ?
- Prédiction de gène fait avec seulement un petit zone de l’ADN (16S, ITS) - Est-ce que la fonction est exécutée ?
- Il ne faut pas assumer que la fonction se fait nécessairement si le gène (fonction) est présent, car ce n’est pas une mesure directe. La fonction peut être présente, mais pas active. Il faut valider cette information avec des mesures directes. C’est pour ça que cultiver des micro-organismes est important.
Quelles sont les informations manquantes avec: ADN vs ARN vs Protéine
ADN: Nous ne savons pas si le micro-organisme est actif ou dans un état dormant
ARN: nous savons que l’organisme est actif, mais pas si la protéine liée au gène est produite
Protéine: nous savons que l’organisme est actif et que la protéine a été exprimée, mais nous ne savons pas l’origine
Qu’est-ce qu’un chimère ?
Séquences artificielles formées de deux ou plusieurs séquences biologiques incorrectement jointes. Pas présente dans l’échantillon, mais qui a été construit dans la méthode métagénomique Shotgun
Shotgun vs 16S
Shotgun c’est le séquençage complet du génomes, mais des fois il peut y avoir production de chimère lors de la reconstruction du génome
16S identification d’une petite portion du génome (gène 16S) pour bactéries
2 points négatifs de l’étude des « omiques »
Chimère: est ce que ce qu’on analyse est la réalité ?
Snapshot: l’analyse représente 1 points dans le temps et l’espace
Important d’avoir bonne technique expérimentale pour avoir échantillon représentatif et valider nos résultats
Qu’est-ce qui est important de jumeler dans une analyse omiques de sol?
Analyse chimiques, physiques et biologique, car les changements des facteurs environnementaux ont des effets sur la communauté du sol
