Chapitre 5.1 - Analyse moléculaire d'empreinte digitale Flashcards
(7 cards)
Qu’est-ce qui est important lorsqu’on fait de l’échantillonnage?
Il faut que l’échantillonnage soit représentatif de ce qu’on veut étudier. C’est une petite portion de ce que l’étude veut étudier.
Bien représenter (espace et/ou temps)
Est-ce que tous les micro-organismes sont cultivables?
Non, environ 1% à 5% sont cultivables. Mais les méthodes et les technologies évoluent (control pression, gaz, nutriments, etc) donc cela augmente le nombre de micro-organisme cultivables. Il existe d’autre méthode pour analyser des micro-organismes non cultivable.
Quels sont certains points positifs à la culture de micro-organismes?
Possible de les cultiver, créer des isolas et de faire une inoculation
On « voit » les micro-organismes
Intéressant de regarder la production de gaz
Méthodes cultivables
Milieu d’enrichissement: pour que les bactéries se multiplient (riches en nutriments).
Milieu de transport
Milieu sélectif: Sélectionner et isoler des espèces
Milieu différentiel: différenciation de plusieurs genre et espèces
Milieu indicateur: Aide à identification
Comment faire avec micro-organismes non cultivables?
Quelles sont les deux méthodes ?
Études moléculaires (ADN, ARN, Protéines, etc): identifier micro-organisme, fonctionnalité, potentiel
Whole community: identifier les micro-organismes
Partial: Pas d’identification des micro-organismes, mais identifier différents groupes (exemple fixateur d’azote)
Qu’est-ce que le PCR? Quels sont les étapes ? (3)
Réaction en chaîne par polymérase: Permet de multiplier des segments précis d’ADN extraits.
1. Denaturing: séparer l’ADN en 2 brins à 95°C
2. Annaeling: positionnement des amorces (primers) sur les brins. T° varie en fonction du fragment et des amorces
3. Extension: Enzyme polymérase associe les bonnes bases. T° 72°C
Ça fonctionne avec la fluorescence, à chaque nouvelle copie il y a émission de lumière. Donc le processus arrête lorsque le nb de copie désirée est atteint
Qu’est-ce que l’analyse moléculaire d’empreinte digitale ?
Beaucoup utilisé avant le séquençage abordable d’aujourd’hui pour sauver des couts.
Pas d’identification des micro-organismes, mais permet d’avoir une idée de la communauté présente
Fonctionne avec le triple lien entre Guanine-cytosine et un gradiant de température dénaturante qui ouvre les brins d’ADN. Le brin tombe et lorsque la température est assez élevé pour briser le brin, celui-ci se fixe. En haut=faible concentration G-C et bas=forte concentration. Et ensuite il est possible de comparer les résultats de l’empreinte. Fragments plus grand bouge plus lentement, donc il est possible de faire la distinction des groupes microbiens par la taille des gènes
