Chapitre 3 Flashcards
(37 cards)
Qu’est-ce que le concept de population?
Groupe ou espèce différente, pas lié à une taxonomie ou ordre spécifique. Exemple population de fixateur d’azote
Qu’est ce que le concept de communauté?
Ensemble de population.
Ex: communauté du sol = bactéries, champignons, archées, etc
Ex: communauté bactérienne
Que comprend la diversité?
Diversité = Richesse + Abondance
Qu’est-ce que la richesse?
nb d’organismes différents (10 espèces = richesse 10)
Qu’est-ce que l’abondance?
Quantité de chaque espèce
Est-ce qu’un environnement diversifié signifie qu’il y a beaucoup d’espèces différentes?
Pas nécessairement, car si l’abondance d’une espèce est élevée, cela augmente la diversité
3 types de mesures de diversité
Alpha: diversité moyenne dans un habitat ou zone spécifique (échantillon) (local)
Beta: rapport entre la diversité alpha et la diversité régionale. Diversité entre 2 (ou +) habitats/régions
Gamma: Diversité régionale totale, nb espèces dans la région/système
Indices de diversité/paramètre Alpha
Shannon diversity index (H): abondance relative et richesse, bon pour représenter espèce rare
Simpson’s index (D): Indique la dominance dans le système. Moins de poids pour espèce rare.
ACE
Chao 1: Seulement la richesse
Indices de diversité/paramètre Beta
Bray-curtis dissimilarité
- Abondance et richesse
- 0: même espèce et exactement même abondance
- 1: abondance espèces complètement différentes
Jaccard distance
- Pas d’Abondance
- 0 : exactement même espèces
- 1: Aucune espèce en commun
UniFrac
- en fonction de la distance phylogénétique
Non pondéré = pas abondance
Pondéré = en fonction des abondances relatives
Qu’est-ce que la phylogénie? Qu’elle est l’hypothèse de base?
Hypothèse: tous les organismes vivants partagent une ascendance commune
C’est l’étude des relations entre différents groupes d’organismes et leur développement évolutif.
Arbre de la vie, comment se base-t-il et comment est-ce que c’était fait avant?
Maintenant = séquençage
- Similarité des régions stables
- 16S rRNA, ribozyme responsable synthèse protéines sur ribosomes
- ITS
- PCR, amplification
- Lorsqu’on augmente la longueur de séquence, on réduit qualité
Avant = caractères morphologiques
- Taille
- Forme
- Structure
- Organes
- etc
Qu’est-ce que la taxonomie?
Quels sont les sections
C’est la classification des organismes vivants
Domaine (bactérie, archée, eucaryotes)
Embranchement (sous-embranchement)
Classe (sous-classe)
Ordre
Famille
Genre
Espèce
Souche?
Taxonomie vs fonctionnalité
La taxonomie ne présente pas l’ensemble des fonctions d’une espèce, mais une partie
Le génome est évolutif en fonction de la pression de sélection du milieu. C’est pour cela que dans un environnement peu variable (pression basse), les génomes sont plus petits car ils ont besoin de moins de fonctions. Contraire pour un environnement hautement variable (forte pression).
Pan-génome et autre
Pan-génome = Core génome + génome dispensable (sac à dos)
- Répertoire global de gènes d’une espèce bactérienne
Core génome: ensemble de gènes présents dans toutes les souches d’une même espèce
Génome dispensable: présent dans certaines souches de même espèce
Qu’est-ce que la pression de sélection?
Ensemble des filtres biotiques et abiotiques d’un environnement
Abiotique: T°, humidité, pH
Biotique: présences d’autres organismes
Qu’est-ce que le transfère de gène latéral (ou horizontal)?
Mécanisme par lequel un individu d’une espèce transfère du matériel génétique (ADN) à un individu d’un espèce différente.
Permet l’adaptation, développement de résistance face aux antibiotiques, etc
Bactérie morte libère ADN, d’autres peuvent capter, l’intégrer et produire les protéines.
Aussi, transfert par virus, conjugaison (sexuelle)
Habitat vs niche écologique
Habitat: l’endroit où vit un organisme (maison pour moi)
Niche écologique: Mode de vie de l’espèce. Représente le rôle écologique d’un individu dans l’environnement où il se trouve (terre)
Interactions entre espèces (A hôte et B prédateur ou parasite) (8)
Neutralisme: 0 ; 0
Commensalisme: + ; 0
Proto-coopération: + ; +
Mutualisme: + ; +
Concurrence: - ; -
Amensalisme: - ; 0
Parasitisme: - ; +
Prédation: - ; +
Explication neutralisme, commensalisme, proto-coopération, mutualisme
Neutralisme: aucune interaction (rare)
Commensalisme: B stimule croissance de A. B pas affecté
Proto-coopération: les 2 bénéficient de l’interaction. Interaction non obligatoire pour la survie de chacun
Mutualisme: Interaction obligatoire qui bénéficient les 2. Absence d’un organisme affect négativement l’autre
Explication concurrence, amensalisme, parasitisme, prédation.
Théorie de la création des cellules végétales et animales
Concurrence: lutte pour ressources nécessaires à leur survie (R vs K)
Amensalisme: Une espèce gagne la lutte grâce à sa capacité à excréter des produits affectant l’autre (directement ou indirectement)
Parasitisme: B est défavorisé sans l’interaction. B bénéficie de l’interaction au détriment de A. A doit rester en vie.
Prédation: Une espèce est la source de nourriture d’une autre
Théorie: Cellule archée englobe une cellule bactérienne. Processus d’endosymbiose permettant la photosynthèse.
Quels sont les stratégies de croissances de micro-organismes?
Stratégie de sélection
K: croissance modérée/lente, efficace dans l’utilisation de substrat complexe, adapté aux milieux nutritionnellement pauvres (copiotrophes)
R: croissance rapide, moins efficace dans l’utilisation de substrat complexes, utilisent substrats simples et facilement disponibles (oligotrophes)
Copiotrophe vs oligotrophes
Copiotrophe: milieux nutritionnellement pauvres
Oligotrophe: milieux nutritionnellement riches, facilement disponible
Qu’est-ce que le quorum sensing?
Capacité des bactéries de sentir et s’adapter constamment aux fluctuations.
Quelles sont les différentes niches écologiques dans le système de la plante ? Et noms des micro-organismes
Phyllosphère: surface des plantes (souvent surface feuille)
- Épiphytes
Endosphère: À l’intérieur des tissus végétaux (racines, tiges, feuilles)
- Endophytes
Rhizosphère: vivant dans la région affectée par les exsudats racinaires
- nom ?
