Chapitre 5.2 - Séquençage 1, 2, 3 générations

Question 1

Qu’est-ce que le séquençage de première génération ? (nom et concepts pour identifier micro-organismes, combien de base)

Answer 1

600 par base
Séquençage Sanger
Basé sur la taille de fragment
ddNTP arrête l’enzyme polymérase et crée des brins de longueurs différents
Les ddNTP ont des couleurs différents pour chaque nucléotide
Il y a un lecteur qui lie la couleur du ddNTP
Avec la couleur on détermine le nucléotide
Avec la taille du fragment (vitesse de déplacement plus faible pour grande taille) on détermine la position du nucléotide

Question 2

4 étapes première génération

Answer 2

1. Mixture reaction
2. Fragement basé sur ddNTP
3. Passer dans un gel triage, plus petit en premier (position)
4. Détection laser de la couleur du ddNTP

Question 3

2 points négatifs première génération

Answer 3

1. Coute cher
2. Seulement 1 micro-organisme à la fois, car si 2 micro-organismes il va y avoir 2 nucléotides par position

Question 4

Qu’est ce que la bio-informatique

Answer 4

Prendre le fichier Fasta de notre séquençage et attribuer une taxonomie grâce aux bases de données en ligne

Question 5

Qu’est-ce qu’une cellule compétente ? À quoi ça sert?

Answer 5

Cellule réceptrice dans un état physiologique capable d’absorber l’ADN du donneur
Compétence: Cellule présente des changements dans la paroi cellulaire, la rendant perméable aux molécules d’ADN

Permet de cultiver des micro-organisme avec des fragment d’ADN de micro-organisme non-cultivable

Question 6

Qu’est-ce que le séquençage de deuxième génération

Answer 6

300 par base
8-9h séquençage
Contient un adaptateur A et B (extrémités), une séquence barcode et deux amorces

Fragmenter ADN et sélectionner la région désirée
Ajout 2 adaptateurs + Barcode, etc
Amplification PCR dans les perles qui attirent le bon adaptateur
La perle passe dans une plaque de séquençage
On insère A, T, G ou C à tour de rôle dans la plaque
Lorsque la base se connecte il y a émission de lumière
Plusieurs séquençages à la fois

Question 7

Variante deuxième génération Illumina et Ion Torrent

Answer 7

Il existe plusieurs versions de la deuxième génération

Illumina: émission de couleur différente pour chaque base
Ion Torrent: mesure différence du pH lorsqu’une base se lie il y a libération de H+

Question 8

Bio informatique 2e génération

Answer 8

Fichier: Fast + q (qualité)
Qualité est un chiffre entre 0 et 40 (40=best)
Illumina: 40
Iron: 30

3e gen: 12

Question 9

Qu’est-ce que le séquençage de troisième génération

Answer 9

Peut faire le séquençage complet de l’ADN
Pas de PCR
PacBio
Nanopore

Réduit erreur PCR
Fragments plus gros, mais moins bonne qualité
Big-data

Question 10

Résumé des 3 générations de séquençages

Answer 10

1er:
- 1 micro-organisme à la fois
- Coûts ++
- Dépend de la PCR

2e:
- Moins cher que Sanger
- Dépend PCR
- Codes barres pour différencier échantillons
- Plusieurs micro-organismes à la fois
- Petites séquences
- Très bonne qualité

3e:
- Coûts compétitifs avec 2e gen
- Ne dépend pas de la PCR
- Codes-barres pour différencier échantillon
- Plusieurs micro-organismes
- Longues séquence ADN
- Qualité moindre
- Protocoles bio-info en développement