מולקולרית - פרק 6 Flashcards

Question

מה המבנה של רנא פולימראז החיידקי?

Answer 1

מחולק לאנזים ליבה שמורכב מכמה תתי יחידות. בנוסף, נקשרת אליו יחידה נוספת, סיגמה, ואז הוא מכונה הולואנזים. סה"כ מכיל 5 תתי יחידות

Answer 2

אלו הניסיונות הכושלים להתחיל בשעתוק, בהם הפולימראז מושך אליו את הדנא ולא מתקדם עליו, נקרא scrunching. זה מפעיל לחץ על הרנא וגורם לו להתנתק והפולימראז מתחיל מחדש.

Answer 3

קישור לפרומוטור. היא מתנתקת כאשר הפולימראז משתחרר מהפרומטור ומתחיל באלונגציה (promotor clearance). יחידת סיגמה נקשרת לפולימראז להרכבת ההולואנזים לפני שהוא נקשר לדנא

Answer 4

מכיל ריבוי של A-T ויוצר מבנה של סיכת ראש. הוא וריאבלי ופחות חשוב הרצף, העיקר שייצר מבנה של Hairpin

Answer 5

עשרת הנוקלאוטידים הראשונים מסונתזים בצורה זו, בה הפולימראז נשאר על גבי הפרומוטר ומושך את הדנ"א אל האתר הפעיל ובכך בעצם מגדיל את בועת השעתוק. המתח/סטרס שנוצר על גבי הקומפלקס לעיתים גורם למולקולת הרנא להתנתק והפולימראז יתחיל לסנתז מחדש – מחזורים כאלו של התחלה וסיום כשהפולימראז עומד במקומו מכונים Abortive Cycles או Abortive initiations.

Answer 6

כ-50 נוקל' בשנייה

Answer 7

- אסימטריים, וכך מבטיחים שהקישור של הפולימראז יכול להתבצע רק בכיוון אחד. - מכילים רצפי קונצנזוס המזוהים עי יחידה סיגמה - יכולים להשפיע על עוצמת הקישור של פולימראז וכך על רמת ביטוי הגן

Answer 8

mRNA, snoRNA, miRNA, siRNA, lncRNA, snRNA

Answer 9

5.8S, 18S, 28S of rRNA

Answer 10

5S rRNA, snRNA, other small RNAs, tRNA

Answer 11

רנא פולימראז 3

Answer 12

מכיל את תת היחידה TBP בנוסף מכיל יחידות TAF נקשר לפרומוטור ויוצר מעין קינק שמסמן את נק' תחילת השעתוק ומושך אחרים

Answer 13

TATA box binding protain חלבון מונומרי הקושר את הטאטא בוקס. בעל סימטריה דו צדדית הנקשר לרצף ה טאטא דרך התעלה הקטנה ולא דרך התעלה הגדולה כפי שעושים חלבונים מזהי רצף בדרך כלל

Answer 14

מזהה רצף | BRE

Answer 15

רצפים המקודדים בדנא, עוברים שעתוק ומופיעים במולקולת המרנא הבוגרת.

Answer 16

רצפים המקודדים בדנא, עוברים שעתוק ואינם מופיעים במולקולת המרנא הבוגרת.

Answer 17

תהליך הרחקת אינטרונים ממולקות ה | pre-mRNA

Answer 18

שימוש באקסונים אלטרנטיביים או בשיטות שונות ליצירת מגוון מולקולות מרנא מאותו pre-mRNA

Answer 19

את מולקולת המרנא הלא סופית. | מולקולה תקרא מרנא רק אחרי עיבוד קצה 5, קצה 3 ושחבור.

Answer 20

כל אירוע שחבור מסיר אינטרון אחד באמצעות שתי ריאקציות העברות פוספוריל עוקבות של טרנסאסטריפיקציה, הסרה של האינטרון כטבעת לריאט

Answer 21

ככל הנראה יש להם תפקיד ביצירת מגוון של חלבונים. | מאפשרים קומבינציות חדשות.

Answer 22

הדוגמה היא אלפא-טרופומיוזין ששחבורו מייצר גם חלבונים אחרים | למשל גרסאות שונות בשריר חלק ובשריר שלד.

Answer 23

``` צריך לזהות שלושה חלקים ממולקולת הפרה-מרנא: אתר שחבור 5 - מכיל GU אתר שחבור 3 - מכיל AG branch point - מכיל אדנוזין חשוב! לכל אחד מהאתרים האלו יש רצף קונצנזוס פרט למצוינים לעיל שהם אינווריאנטיים ```

Answer 24

``` 5 מולקולות של snRNA: U1, U2, U4, U5, U6 snRNP מתרכבים יחד ליצירת חלקיק, שמכיל גם חלבונים מייצרות את ליבת הספלייסוזום זיהוי שלושת הרצפים הדרושים לשחבור נעשה דרך התאמה קומפלמנטרית בין snRNA לבין רצף הקונצנזוס ``` ATP מנצל אנרגיית עמ להגביר את הדיוק במבחנה הם מתקיימים בנפרד ונאספים כשיש צורך בגוף ככל הנראה מתקיימים כ-preexisting

Answer 25

האדנוזין בנק' ההסתעפות עושה התקפה נוקלאופילית על שחבור 5 - טרנסאסטריפיקציה ראשונה לאחר שנוצרה לולאה, האקסון במעלה הזרם תוקף את שחבור 3

Answer 26

U1 תחילה מתחבר לאתר 5 ``` מתיישבים על האדנוזיןBBP, U2AF U2 מחליף אותם אליו מצטרפים חלבונים אז מצטרפת השלישייה של 4,5,6 כולם נפגשים יחדיו ונוצרת לולאה ``` מולקולות הרנא הן הקטליטיות ולא החלבונים. הקומפלקס נשאר דבוק ללואה ועמ לשחררו דרושת הידרוליזת ATP

Answer 27

אינטראקציות קומפלמנטריות בין רכיבי הרנא של ה snRNA ובין המרנא, וגם ATP שמשמש לשבירת אינטרקציות רנא-רנא ויצירת חדשות במקומן. כל הניתוק וחיבור מחדש של הפקטורים מאפשר לבדוק שוב ושוב בטרם יתבצע חיתוך For example U1 is replaced by U6 allows to check and recheck the spilicing signals לכן נאמר שבגדול זה משמש להגברת הדיוק.

Answer 28

מתיישב על צומת בין שני האקסונים, איפה שבוצע שחבור, ומסמן אותה.

Answer 29

עי צימוד בין שחבור לבין שעתוק - רכיבי שחבור רוכבים על זנב המרנא, מונע דילוג על אקסון שיטת הגדרת האקסון - מסתמכת על העובדה שאקסונים הם בני בערך 150 בסיסים ואז חלבוני SR - עשירים בסרין וארגינין מתיישבים על רצפים שמורים באקסונים ומסמנים אותם

Answer 30

``` עשירים בסרין וארגינין pre-mRNA נקשרים ל מתיישבים על רצפים שמורים באקסונים ומסמנים אותם מגייסים את U1, U6 מזהים את האתרים ונקשרים באמצעות ESE - exon splicing enhancers ```

Answer 31

אבל, יש יותר וריאביליות באינטרונים מאשר באקסונים. | דהה...

Answer 32

``` According to this idea, SR proteins bind to each exon sequence in the pre-mRNA and thereby help to guide the snRNPs to the proper intron/ exon boundaries. This demarcation of exons by the SR proteins occurs co-transcriptionally, beginning at the CBC (cap-binding complex) at the 5ʹ end. It has been proposed that a group of proteins known as the heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs) may preferentially associate with intron sequences, further helping the spliceosome distinguish introns from exons. ```

Answer 33

``` According to this idea, SR proteins bind to each exon sequence in the pre-mRNA and thereby help to guide the snRNPs to the proper intron/ exon boundaries. This demarcation of exons by the SR proteins occurs co-transcriptionally, beginning at the CBC (cap-binding complex) at the 5ʹ end. It has been proposed that a group of proteins known as the heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs) may preferentially associate with intron sequences, further helping the spliceosome distinguish introns from exons. ```

Answer 34

מסייעים להבחין בין אינטרונים לאקסונים

Answer 35

משמשים כמעין באמפרים בכביש, מכריחים את הפולימראז להוריד את מהירות השעתוק ומאפשרים יתרת זהירות. וגם, מודיפיקציות היסטונים מסויימות מגייסות את מרכיבי הספלייסוזום

Answer 36

בהשוואה לתהליכים אחרים בשכפול ושעתוק, השחבור מראה גמישות. למשל, מוטציה באתר שחבור לא תמנע לחלוטין שחבור. אלא, בהרבה מקרים יתרחש שחבור חליפי שייתן חלבון אחר מנגנון השחבור התפתח כך שתבחר אופציית השחבור הזמינה הטובה ביותר. מחלות שקשורות לשחבור לא תקין: תלסמיה, ציסטיק פיבורזיס, דמנציה, פרקינסון, רטיניטיס פיגמנטוזה, אטרופיה ספינלית, מיוטוניק דיסטרופיה, היזדקנות מוקדמת וסרטן. משוער שכ-10% מהתסמונות הגנטיות קשורות לשחבור "עקר" של הגן המוטנטי.

Answer 37

נגרמת עי מוטציה באתר שחבור בגן ביתא גלובין | תמונה בעמ' 324

Answer 38

ישנם אורגנימזים בהם יכול להתרחש שחבור ללא חלבונים כלל, רק עם רנא. ככל הנראה מדובר בשארית של עולם קדום של קטליזת רנא ככל הנראה זה התפתח מהיכול הקדומה של רנא to self-splice!! הרנא מתקפל למבנה תלת ממדי שמביא את שני הקצוות קרוב ומזרז ריאקציה של טרנסאסטריפיקציה

Answer 39

``` מיקום קצה 3 נקבע לפי הרצף שמהווה רצף קישור לחלבוני עיבוד. נקשרים שני חלבונים: CstF - cleavage stimulating factor CPSF - cleavage and polyadenliation specifity אז הרנא נחתך מהפולימראז וחלבון PAP מוסיף כ-200 אדנוזיניםת ללא תבנית - לפיכך זנב הפולי לא מקודד בגנום!! PAB אז נקשרים ``` הפולימראז ממשיך לשעתק אחרי שהמרנא נחתך, אבל בגלל שזה לא מכיל כובע 5 זה נאכל ישר עי נוקלאזות.

Answer 40

``` התא מבחין בין פסולת מרנא לבין לא באמצעות: CBC - cup binding protein PAB EJC העדר חלבונים הקשורים לעיבוד hnRNPs ```

Answer 41

``` התא מבחין בין פסולת מרנא לבין לא באמצעות: CBC - cup binding protein PAB EJC העדר חלבונים הקשורים לעיבוד hnRNPs ```

Answer 42

קומפלקס חלבוני גדול בגרעין, עשיר בנוקלאזות המפרקות את פסולת הרנא בגרעין משתתף בעיבור רנא בציטוזול מבקר זמן חיים של מרנא

Answer 43

דרך ה NPC באמצעות אקספורטין מיוחד המוסף על אתר הביקוע של קצה 3, לפני הפוליאדנילציה המרנא מקופל ודחוס לפני שהוא יוצא, הקיפול קצת נפתח במעבר דרך NPC

Answer 44

דרך ה NPC באמצעות אקספורטין מיוחד המוסף על אתר הביקוע של קצה 3, לפני הפוליאדנילציה המרנא מקופל ודחוס לפני שהוא יוצא, הקיפול קצת נפתח במעבר דרך NPC מתרחשת תוך עשרות מילישניות בודדות מהרגע שהתחילה האינטראקציה עם NPC 5CAP ראשון עובר ה

Answer 45

AAUAAA CA G and U rich sequence

Answer 46

קומפלקס רב יחידות הרוכב על זנב ה CTD ומזהה רצף עשיר ב GU

Answer 47

קומפלקס רב יחידות הרוכב על זנב ה CTD ומזהה רצף AAUAAA

Answer 48

רוכבים על זנב הפולימראז CstF, CPSF PAP ואילו הוא לא CSTF משתחרר אחרי שהמרנא נחתך PAPת CPSF נשארים עד שזנב הפולי הושלם היסוטונים לא עוברים פוליאדנליציה!!

Answer 49

מוקדש לייצור רנא ריבוזומלי. אין לו זנב טרמינלי-C כך שהתוצרים שלו לא מקבלים פולי איי וכובע

Answer 50

כ-80% מהרנא בתאים מתחלקים מסונתז עי פולימראז 1 כדי לייצר הרבה ררנא התא מכיל עותקים רבים של הגנים, בערך 200 רק בגנום ההפלואידי

Answer 51

היחידות 28,5.8, 18 מיוצרות מפרוקורסר אחד ארוך בן 13,00 בסיסים שעובר חיתוך ועיבוד שלושתן מיוצרות עי פולימראז 1 בגרעינון. יחידה 5 משעותקת עי פולימראז 3 במיקום אחר בגרעין, ולא מצריכה עיבוד או חיתוך

Answer 52

היחידות 28,5.8, 18 מיוצרות מפרוקורסר אחד ארוך בן 13,00 בסיסים שעובר חיתוך ועיבוד: 100 מתילציות על פחמן שתיים 100 איזומרציות של יורידין לפסאודו-יורידין שלושתן מיוצרות עי פולימראז 1 בגרעינון. יחידה 5 משעותקת עי פולימראז 3 במיקום אחר בגרעין, ולא מצריכה עיבוד או חיתוך

Answer 53

snoRNP המודיפיקציות מבוצעות עי חלקיקי המכילים רנא מכווין אליו מחוברים האנזימים החלבוניים. חלק מחלקיקי .... מקודדים על גבי אינטרונים

מולקולרית - פרק 6 Flashcards

(77 cards)