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Microbiologie > 7. Caractérisation Et Classification Des Microorganismes > Flashcards

7. Caractérisation Et Classification Des Microorganismes Flashcards

1
Q

Que signifie la taxinomie/ taxonomie? Que permet-elle d’établir?

A
  • Signifie arrangement et loi.
  • Permet d’établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères/critères communs. (classification, nomenclature, identification)
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Q

Comment définit-on les groupes taxonomiques?

A

TAXONS ou TAXA (pluriel).

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3
Q

Sur quoi se base/ qu’est-ce qui caractérise la hiérarchie des taxons?

A

La proportion des caractères communs.

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4
Q

La taxinomie est une hiérarchie non chevauchante. Explique.

A

Un organisme fat partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie (ne peut pas faire partie de 2 groupes taxonomiques).

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5
Q

Nomme, en ordre décroissant, les catégories de la hiérarchie des taxons (du plus général au plus précis). (7)

A
  • Domaine
  • Phylum (embranchement)
  • Classe
  • Ordre
  • Famille
  • Genre
  • Espèce (et sous-espèce)
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6
Q

Quel est le taxon de base? Définit le.

A
  • L’espèce.
  • Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques → au moins les caractéristiques fondamentales, il y aura toujours une certaine portion des caractéristiques qui vont être accessoires et qui peuvent être différentes. Groupe homogène différent des autres groupes adjacents.
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7
Q

Quelle catégorie de la hiérarchie des taxons regroupe les espèces apparentées?

A

Le genre

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8
Q

Nomme les 3 volets de la taxonomie.

A

1- Identification (description et caractérisation)
2- Nomenclature (noms)
3- Classification (systématique) → Arrangements et relations intergroupes

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9
Q

Que sont des souches/isolats?

A
  • Ce sont tous les descendants (sous-cultures) d’une culture pure.
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10
Q

Définit ce qu’est une souche-type.

A

Souches-types sont toutes les sous-cultures à partir d’un isolat, souches possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce (la 1ère souche isolée, la référence)

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11
Q

VRAI OU FAUX : Une espèce est un groupe de souches.

A

VRAI

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12
Q

Nomme deux centres de références pour la taxonomie.

A
  • ATCC

- NTCC

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13
Q

Quel est le préalable à l’identification dans la hiérarchie des taxons?

A

Une culture pure

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14
Q

Nommez des types de caractères qui permettent d’identifier une espèce. (8)

A
  • Morphologie (structures cellulaires particulières/spores, réaction aux colorants)
  • Composition biochimique
  • Physiologie (exigences nutritionnelles, sources de carbone, facteurs de croissance, conditions d’incubation…).
  • Métabolisme (produits finaux de fermentation, présence d’enzymes extracellulaires).
  • Génétique
  • Interactions avec l’hôte (infection/symbiose)
  • Écologique (habitats)
  • Moléculaire (comparaison de séquences, homologie des séquences → organismes apparentés).
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15
Q

Comment l’étude de la composition biologique peut nous aider à identifier un organisme? Nommez des exemples de composition qui peuvent être utiles.

A
  • Permet de discriminer entre certains organismes qui peuvent être apparentés.
  • Membranes (types de lipides/alcools → archées ou eubactéries), parois cellulaires (polysaccharides et protéines, peptidoglycane → eubactéries, pseudo muréine → archées, cellulose → mycètes/algues).
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16
Q

Comment l’étude des caractères génétiques peut nous aider à identifier un certain organisme? (4)

A
  • La composition en % G+C nous indique s’il faut fournir plus de chaleur pour pouvoir dissocier les deux brins d’ADN bicaténaire (plus le % est élevé, plus il faut de chaleur), reflète indirectement la séquence de bases.
  • Densité optique obtenue à l’aide d’un spectrophotomètre nous permet de mesurer la dissociation.
  • Tableaux % G+C : valeurs typiques de l’espèce, mais pas exclusive, valeurs intragenres = très similaires.
  • Nombre de chromosomes (eucaryotes) et plasmides.
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17
Q

À quoi sert l’hybridation ADN-ADN dans l’identification? Que tente-t-on de créer? Quelles sont les étapes?

A
  • Permet de voir les complémentarités des séquences d’ADN chromosomiques, déterminer des parentés génétiques.
  • On tente de créer une molécule hybride.
  • Marquage, chauffage et séparation des brins, hybridation.
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18
Q

L’hybridation ADN-ADN est utile (se fait de façon efficace) si….?

A

Si plus de 80% des souches qui appartiennent à la même espèce. (espèces apparentées).

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19
Q

Comment peut-on identifier une espèce?

A

En compilant des caractères et en comparant avec des espèces connues (manuels d’identification, sites internet…).

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20
Q

Dans quelles conditions peut-on attribuer un nom à une espèce?

A
  • Si on a identifié une nouvelle espèce (nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces).
  • Découvreur peut donner son nom au genre (forme latine ou grecque de son nom).
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21
Q

Qui permet l’attribution des noms dans la nomenclature des organismes?

A

Comité international de systématique des procaryotes/microorganismes eucaryotes.

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22
Q

Qui a inventé la nomenclature linnéenne présente chez tous les organismes?

A

Carl Von Linné.

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23
Q

La nomenclature est _______, et on l’écrit en italique (ordinateur) ou on souligne à l’écrit. On utilise des termes descriptifs.

A

Binomiale

24
Q

Quelle catégorie nomme-t-on en premier lors de la nomenclature? Comment l’écrit-on?

A

Le genre, première lettre en majuscule (Grec ou Latin).

25
Q

Quelle catégorie nomme-t-on en deuxième lors de la nomenclature? Comment l’écrit-on?

A

L’espèce, première lettre minuscule (Grec ou Latin), descriptif.

26
Q

Comment classifie-t-on les organismes? (3)

A

Approche polyphasique

  • Arrangement en groupes et relations inter-groupes.
  • Selon les caractères communs.
  • Accent sur les liens évolutifs pour tenter de mettre en évidence des liens entre les groupes taxonomiques.
27
Q

Quelles sont les types de classification?

A
  • Naturelle (nature biologique, anatomique des organismes)

- Phénétique (similarités des caractères phénotypiques, ce qui paraît).

28
Q

Explique ce qu’est la classification numérique et ce qu’on cherche.

A
  • Comparaison de plusieurs organismes (2 par 2) en se basant sur des caractères.
  • Coefficients d’appariement
29
Q

En classification numérique, quelle est le nombre de caractères minimum à comparer? Que veut-on obtenir?

A
  • 50

- Un % de similarité

30
Q

Comment calcule-t-on le % de similarité? Comment représente-t-on les résultats?

A
  • %S = (nbr caractères similaires/nbr de caractères totaux) x100
  • Représentation avec des dendrogrammes (arbre), embranchements relient les branches aux %S.
31
Q

Quelle est la limite de la classification numérique?

A

La pondération des caractères est trop uniforme et non équivalente (0 ou 1). Cette classification ne tient pas compte de la pertinence biologique des caractéristiques (certaines valent plus que d’autres).

32
Q

Que nous permet d’évaluer la classification phylogénétique? Comment procède-t-on?

A
  • Les relations évolutives probables via des ancêtres communs
  • En comparant des espèces distantes. → comparaison de séquences de gènes/protéines conservées au travers l’évolution (en observant les structures conservées) à l’aide de chronomètres moléculaires.
33
Q

Est-ce que les mutations sont le fruit du hasard? Explique.

A

Oui, mais si elles ont un effet neutre ou positif → la mutation est conservée et transmise à la progéniture.

34
Q

Quel est le gène le plus utilisé pour la classification génétique? En quelles conditions est-il efficace?

A
  • Le gène ARN ribosomal.

- Efficace seulement s’il conserve une certaine structure (les régions conservées sont essentielles à la fonction

35
Q

Sur quoi s’appuie-t-on, en classification phylogénétique, pour observer les régions conservées?

A

Sur les mutations puisqu’elles n’altèrent pas la fonction (nombre de différences est proportionnel au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun).

36
Q

Dans l’arbre phylogénétique, que représentent les nœuds? La longueur des branches est proportionnel à ____________?

A
  • Des évènements de divergence.

- Aux nombres de changements moléculaires

37
Q

VRAI OU FAUX : dans l’arbre phylogénétique, les longues branches représente une longue période de temps.

A

FAUX, longue branche = beaucoup de changements moléculaires, pas toujours sur une longue période de temps, peu être rapide en présence de stress.

38
Q

Comment procède-t-on pour comparer en classification phylogénétique?

A
  • Outils bio-informatiques

- Séquences génomiques

39
Q

Qu’est-ce la classification polyphasique?

A

Cumulation d’informations phénétiques et phylogénétiques (remaniements continus).

40
Q

Explique la classification selon Linnaeus. Quelle année?

A

1753 : basé sur l’anatomie, 2 règne : animaux et plantes.

41
Q

Explique la classification selon Haeckel. Quelle année?

A

1865 : Animaux, plantes + 3ième règne → les protistes (procaryotes : bactéries, levure, protozoaires, algues).

42
Q

Explique la classification selon Whittaker. Quelle année?

A

1969 : basé sur les caractères de nutrition + organisation cellulaire (photosynthèse, absorption, ingestion), eucaryotes/procaryotes, unicellulaires/pluricellulaires.
- 5 règnes (évolution originelle unidirectionnelle)

43
Q

Explique la classification selon Woese. Quelle année?

A

1977 : basé sur le séquençage, approche phylogénétique/ARNr. Voies évolutives divergentes (confirmation par des études biochimiques).
- LUCA → 3 domaines : bacteria, eucarya, archaea

44
Q

Nomme les caractéristiques des organites. Quelle théorie en découle?

A
  • Mitochondries et chloroplastes autoréplicatives, chromosomes circulaires + uniques, Gène ARNr (apparenté aux eubactéries).
  • Théorie de l’endosymbiose (ingestion, mais pas de digestion).
45
Q

Quel est l’ancêtre commun entre les bactéries et les mitochondries?

A

Rickettsia.

46
Q

Quel est l’ancêtre commun entre les cyanobactéries et les chloroplastes?

A

Prochloron.

47
Q

Quelle est la méthode la plus directe et la plus puissante pour comparer les génomes?

A

Le séquençage des acides nucléiques (sur base des séquences ARNr PSU).

48
Q

Nommez 3 techniques permettant d’identifier un MO au niveau de l’espèce ou de la souche.

A

RFLP, MLST et SNP

49
Q

Quel est la différence entre un arbre non raciné et un arbre raciné?

A

L’arbre non raciné représente simplement les relations phylogénétiques, mais n’indique pas quels organismes sont plus primitifs que d’autres. L’arbre raciné comporte un nœud qui sert d’ancêtre commun.

50
Q

Qu’a révélé l’analyse du génome complet?

A

Un groupe de noyaux génomiques que l’on retrouve chez tous les membres d’un taxon, et un pangénome : la somme de tous les gènes extérieurs au noyau génomique de ce taxon (résultat du transfert horizontal de gènes).

51
Q

Selon les biologistes, les endosymbioses ont donné naissance aux …?

A

Chloroplastes et aux mitochondries : donc aux eucaryotes.

52
Q

Le modèle de l’écotype décrit…?

A

L’impact d’une sélection naturelle périodique sur une population microbienne génétiquement homogène.

53
Q

Les mutations adaptatives sont la source de ….?

A

La diversité microbienne.

54
Q

Qu’est-ce que l’anagenèse?

A

Petits changements génétiques aléatoires qui se produisent pendant des générations.

55
Q

Que sont les critères de l’ICSP pour la définition opérationnelle d’une espèce microbienne?

A

1- Au moins 70% de similitude du génome entier (hybridation ADN-ADN)
2- 97% homologie au niveau de l’ARNr 16S.
3- Pas plus de 5% de différences pour la teneur en G+C dans l’ADN.

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