BMA042, Molekylärbiologi > Eukaryoter: mRNA processing och proteinsyntes > Flashcards

Eukaryoter: mRNA processing och proteinsyntes Flashcards

(47 cards)

Start Studying
1
Q

Varför modifieras tRNA, rRNA och mRNA efter transkription?

A

För att behålla en funktionell form

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Vad är leader- och trailersekvenser för något?

A

De är två sekvenser av RNA som ej genomgår translation och sitter på varsin sida om en kodande RNA sekvens och de utgör tillsammans en untranslated region (UTR)

Leader-sekvensen är på 5’ ändan av den kodande sekvensen

Trailer-sekvensen är på 3’ ändan av den kodande sekvensen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Varför är storleken på RNA transkriptatet större än slutresultatet av posttranskriptionell modifiering?

A

Pga. leader och trailersekvensen som trimmas ner och inte genomgår translation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Ge exempel på post-transkriptionella modifieringar av RNA?

A
  • Trimming av leader och trailersekvenser (tRNA, rRNA)
  • Ilägg av terminala sekvenser (mRNA)
  • Modifiering av strukturen på specifika baser, så kallat editing (mRNA, tRNA)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Ge exempel på post-transkriptionell modifiering (processing) av eukaryot mRNA som sker i cellkärnan?

A
  • 5’-capping av det primära transkriptet
  • poly-adenylering av 3’-änden (polyA-tail)
  • borttagande av introner genom splicing
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hur bildas the 5’ cap?

A

7-metylguanosin kopplas till 5’-änden av RNAt med en 5’, 5’-trifosfat-koppling

  • Den skapas med en GTP-molekyl, cappen är en metylerad guanidylgrupp på 5’-änden av mRNAt
  • Den kan innehålla ytterligare metyleringar på de två nästföljande nukleotiderna på OH-grupper på 2’-kol
  • metylgrupperna fås från S-adenosylmethionine (SAMe)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad för funktioner har 5’ capping?

A
  • Skyddar RNA från nedbrytning av nukleaser, den gör så att enzymerna inte känner igen mRNAt som RNA
  • Skapar en binding-site för ribosomen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Är 5’-capping en flerstegsreaktion?

A

Ja

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

När sker 5’ capping?

A

Nästan direkt efter transkriptionsstart (efter ca. 20-30 nt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vad är CBC och hur är det relevant för 5’ capping?

A

CBC - Cap-binding complex

Det är komplexet som håller fast cappingen i CTD-svansen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vart binder enzymerna som är involverade i 5’- capping?

A

Till CTD-svansen på RNA polymeras II

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Vad kallas uttryckbara (kodande) DNA sekvenser?

A

Exoner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad kallas mellanliggande sekvenser som inte uttrycks (icke-kodande)?

A

Introner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad sker med introner och exoner i post-transktriptionell modifiering av RNA-prekursorer?

A

Exoner sammanfogas

Introner klipps bort via splicing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Kan splicing ske var som helst?

A

Nej. Det sker endast i specifika säten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Förklara begreppen uppströms och nedströms?

A

Uppströms = mot 5’ änden

Nedströms = mot 3’ änden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Förklara väldigt grundläggande stegen i splicingmekanismen?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Varför måste splicingmekanismen vara så komplicerad?

A

Den är komplicerad pga vi här har höga krav på specificitet

Det måste ske som det gör för att undvika fel i läsramen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Vad är en spliciosom?

Study These Flashcards
A

Ett stort protein-RNA komplex som gör så splicing sker

(storlek = 60S)

20
Q

Vad utgörs spliciosomen av?

Study These Flashcards
A

snRNPs (“snurps” = small nuclear ribonuclear proteins/particles)

21
Q

Vad är snRNA?

Study These Flashcards
A

snRNA = snRNP RNA, small nuclear RNA

100-200 nt långt

22
Q

Hur många snRNA känner vi till i eukaryoter? Namn?

Study These Flashcards
A

Fem stycken - U1, U2, U4, U5, U6

23
Q

Vilka nukleotidsekvenser brukar markera site of splicing i 5’- och 3’-änden av RNA?

Study These Flashcards
A

5’ = GU

3’ = AG

24
Q

Vad är de olika snRNAernas funktion i splicing av mRNA prekursorer?

25
Vad är funktionen av att U1 och U2 binder in i splicing-reaktionen?
* U1 hjälper till att definera 5' splice-siten * U2 binder nära 3'-ändan av intronet. Effekter av detta: * skapar en utbuktning som delvis förskjuter och aktiverar en A så den blir en bättre nukleofil * Det aktiverade A:et skapar 2'5'-fosfodiesterbindningen av lasso-liknande intermidatet i splicing reaktionen
26
Vad sker när U2, U4, U5 och U6 binder in i splicing reaktionen?
Spliciosomet bildas Mer än 50 proteiner kopplas samman för att bilda ett spliciosom
27
Vad krävs i bildningen av spliciosomet?
ATP
28
Vad i spliciosomen är det som ger indikation på att splicing och transkription är koordinerat?
Att vissa delar av spliciosomen är kopplade till CTD (carboxy-terminala domänen) på RNA polymeras II
29
30
I vilken ände av RNAt sker polyadenylering?
I 3'-änden
31
Vad har polyadenyleringen för funktion för mRNA?
* Polyadenyleringen fungerar som ett bindningsställe för ribosomer på mRNAt under translationen * Det skyddar mRNAt från nedbrytning
32
Vilken är den välkända klyvnings-sekvensen dit endonukleas binder i poyadenyleringen?
AAUAAA (Starkt konserverad)
33
Beskriv den övergripande processen av polyadenylering av prekursor mRNAts 3' ände?
1. RNA pol II syntetiserar RNA som sträcker sig förbi klyvnings signal-sekvensen 2. Endonukleas klipper bort allt på RNA strängen 10-30 nt downstream om klyvningssignalen 3. Polyadenylate polymeras syntetiserar 80-250 nt A (➡️ AAAAAAAAAA...) och vi får vår polyA-svans
34
Vilken "polymeras-struktur" är det som länkar samman transkription och pre-mRNA processing?
CTD-svansen på RNA polymeras II
35
Vad är fördelen med alternativ splicing av RNA-transkript?
Alternativ splicing ökar protein-repertoaren, vi kan skapa många olika peptider från samma RNA-transkript
36
Ge ett exempel på när mångfald tack vare flera klyvnings- och polyadenyleringsställen är bra?
T.ex. i de variabla heavy-chain regionerna på immunoglobulin
37
Vad är ribozymer?
RNA molekyler som fungerar som enzymer Katalytiskt RNA
38
Vilka molekyler kan utföra själv-splicing?
Ribozymer
39
Vad är RNAse P för molekyl?
Ett ribozym
40
Vilken är den vanligaste modifieringen som görs vid RNA editing i post-transkriptionell modifiering?
Deaminering, men även additioner, deletioner och insertioner av nukleotider förekommer
41
IF1, 2 och 3 är initieringsfaktorer av translation. Vad är deras funktion i bakterieceller?
42
Det kan vara svårt att hitta startsekvenserna för eukaryoters proteinsyntes. Hur lyder sekvensen som man brukar leta efter för att hitta eukaryoters startposition för proteinsyntes?
"AUG"
43
Vilken form får prekursor mRNAt vid initieringskomplexet av eukaryoters proteinsyntes? Vilka posttranslationella modifieringar är extra viktiga här?
* Prekursor mRNAt blir cirkulärt * 5' cappen (start) och polyA svansen (slut) från polyadenyleringen är extra viktiga här
44
Ange några skillnader mellan prokaryoters och eukaryoters translations-initiering?
* Eukaryoters prekursor mRNA blir cirkulärt -\> 5' capping och polyadenylering är viktigt! * I den eukaryota translationsinitieringen har vi fler initieringsfaktorer. Eukaryoter har 12 medan prokaryoter har 3 * I eukaryot translationsinitiering har vi ingen tydlig RBS-sekvens (ribosome binding site) utan att hitta startpositionen för proteinsyntes är mer som en scanningsprocess * I eukaryoter har vi inte fMet för initiering av proteinsyntesen, vi har istället ett speciellt metylerat tRNA (init)
45
Vad är huvudskillnaden mellan eukaryot och prokaryot elongering?
* I eukaryot elongering har ribosomerna inget E-site, oladdade tRNAs frigörs från P-site * Även olika elongeringsfaktorer: eEF1α (EF-Tu), eEF1βγ (EF-Ts), eEF2 (EF-G)
46
Vad är SRP? Vad är dess roll i translationen?
* SRP = signal recognition particle * Den saktar ner translationen vid behov och ser till så att bildade protein + ribosomer transporteras till endoplasmatiska retiklet
47
Beskriv hur proteindegradering via proteasomer går till hos eukaryoter?
Mekanismen är ATP beroende. Felveckat protein märks in med ubiquitin i tre steg: 1. E1, ubiquitin activating enzyme + ATP binder in till proteinet ubiquitin 2. E2, ubiquitin conjugating enzyme binder in till ubi-E1 komplexet, E1 släpper 3. E3, ubiquitin ligas ligerar sedan ihop det felveckade proteinet med ubiquitin samtidigt som E2 släpper Detta upprepas tills dess att många ubiquitin-inmärkningar skett.'

BMA042, Molekylärbiologi (17 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions