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Flashcards in Biochimie Génétique Deck (96)
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1
Q

Quels sont les 3 composants des nucléotides?

A

Base (purine ou pyrimidine)
Groupement phosphate
Désoxyribose

2
Q

Vrai ou faux

Les bases puriques contiennent G et T et les bases pyrimidiques contiennent A et C

A

Faux
Purines: GA
Pyrimidines: CT

3
Q

Que détermine chaque séquence de 3 bases sur un simple brin d’ADN?

A

Cela détermine un acide aminé en particulier. Une séquence d’acides aminés détermine une protéines spécifique.

4
Q

Combien de ponts H nécessite la liaison de G et C?

A

3

5
Q

Vrai ou faux

L’ADN contient des liaisons covalentes.

A

Vrai
Entre le sucre et le phosphate
Aussi liaisons hydrophobes et ponts H.

6
Q

Quelle est la particularité de l’ADN quant à ses extrémités?

A

Elles sont inversées: 5’ alignée avec 3’ (directions opposées)

7
Q

Que désignent les extrémités 3’ et 5’?

A

3’: terminaison par un désoxyribose (OH)

5’: terminaison par un phosphate

8
Q

***Trouver le brin complémentaire de :

5’ - CTAAGGATA -3’

A

3’-GATTCCTAT-5’

9
Q

Associer la chromatine, le chromosome et le chromatide à leur définition:

a) Un des deux nucléofilaments qui constituent le chromosome
b) Structure complexe constituée d’ADN et de protéines localisée dans le noyau
c) Fibres condensées de chromatine

A

a) Chromatide
b) Chromatine
c) Fibres condensées de chromatine

10
Q

Combien de chromosomes contiennent les cellules somatiques et les cellules germinales?

A

Somatiques: 23 paires de chromosomes (diploïdes)
Germinales: 23 chromosomes (haploïdes)

11
Q

Quelle enzyme permet la copie des codons d’une gène en ARN messager?

A

L’ADN polymérase

12
Q

***Vrai ou faux

L’ADN polymérase peut synthétiser le brin complémentaire peu importe sa direction.

A

Faux

Il ne peut synthétiser que dans la direction 5’ vers 3’.

13
Q

Vrai ou faux

Les exons sont transcrits en protéines.

A

Vrai

Les exons se retrouvent dans l’ARN cytoplasmique

14
Q

Quel est le rôle de la séquence spécifique de l’ADN qu’on appelle promoteur?

A

Il permet aux facteurs de transcription de se fixer sur l’ADN et de démarrer la transcription.

15
Q

Quelle base nucléique est remplacée par l’uracile dans l’ARN?

A

La thymine

16
Q

L’épissage se fait-il avant ou après la traduction?

A

Il est fait entre la transcription et la traduction. C’est une régulation post-transcriptionnelle.

17
Q

Nommer 2 catégories d’ARN qui ne codent pas.

A

ARN de transfert

ARN ribosomique

18
Q

Quelle structure permet la traduction de l’ARN en protéines?

A

L’ARN de transfert.

19
Q

Nommer 5 différences entre l’ADN et L’ARN.

A

ADN / ARN

  1. Désoxyribose / Ribose
  2. Thymine / Uracile
  3. Double hélice / Simple brin
  4. Long / Court
  5. Stable / Instable
20
Q

Donner 3 exemple de régulations post-traductionnelles.

A
  1. Maturation des protéines
  2. Phosphorylation
  3. Ubiquitination
21
Q

Donner les 4 étapes de la régulation de l’expression des gènes.

A
  1. Régulation transcriptionnelle (facteurs de transcription)
  2. Régulation post-transcriptionnelle (épissage, dégradation de l’ADN)
  3. Régulation post-traductionnelle (phosphorylation des protéines)
  4. Contrôle épigénétique (méthylation de l’ADN, acétylation des histones)
22
Q

Que veut-on dire par «le gène 7q31.2» ?

A

Situé sur le chromosome 7
Sur le long bras
En position 31.2 sur le bras du chromosome (région, bande, sous-bande)

23
Q

Qu’est-ce que le polymorphisme?

A

C’est la modification d’un nucléotide dans le génome. Le polymorphisme est responsable de plus de 90% de toutes les différences entre les individus (0,1% de variations dans le génome entre les individus)

24
Q

Vrai ou faux

Les polymorphismes et les mutations ne causent pas de maladie.

A

Faux

Les polymorphismes ne causent pas de maladies graves mais les mutations peuvent en causer.

25
Q

Vrai ou faux

Le polymorphisme synonyme n’affecte pas la séquence protéique.

A

Vrai

26
Q

Vrai ou faux

Le codon stop est un polymorphisme synonyme faux-sens.

A

Faux
C’est un polymorphisme non-synonyme (entraîne un changement de la séquence protéique) non-sens.
Faux-sens = changement d’acide aminé

27
Q

Vrai ou faux

Les SNPs introniques peuvent affecter l’épissage du gène.

A

Vrai

28
Q

Vrai ou faux

Une maladie génétique est nécessairement héréditaire.

A

Faux
Une maladie génétique touche le génome mais est généralement liée à la mutation d’un gène: donc n’est pas nécessairement héréditaire.

29
Q

Qu’est-ce qu’une maladie héréditaire somatique?

A

Maladie génétique acquise au niveau du génome d’une cellule, dans un organe en particulier à la suite d’une agression. Maladie acquise mais pas transmissible (pas héréditaire).

30
Q

En quoi consiste le séquençage de l’ADN?

A

Méthode d’identification des polymorphismes qui permet de déterminer la séquence précise de nucléotides dans un fragment d’ADN.

31
Q

En quoi consiste le génotypage?

A

Méthode d’identification d’un polymorphisme qui permet de déterminer l’identité d’une variante génétique à une position spécifique du génome.

32
Q

En quoi consiste la méthode à haut débit de séquençage de nouvelle génération?

A

Permet l’étude de séquençage complète du génome ou de l’exome. Analyse de données lourdes. Séquençage de l’exome moins coûteuse et moins lourde mais perte possible de 15% des variantes génétiques.

33
Q

En quoi consiste la méthode à haut débit d’étude d’association de génome complet?

A

Génotypage de l’exome complet. Moins efficace que le séquençage. Besoin de beaucoup de monde pour donner une puissance statistique donc utilisée pour cas-contrôles.

34
Q

Quelle méthode d’identification des polymorphismes est utilisée pour les cas suivants?

a) Cas contrôle
b) On ne sait pas où est le défaut
c) On sait à peu près où se trouve le gène à analyser
d) lire toutes les sections codantes du génome

A

a) Méthodes à haut débit: études d’association du génome complet
b) Séquançage
c) Génotypage
d) Méthodes à haut niveau: séquençage de nouvelle génération

35
Q

Qu’est-ce qu’un haplotype?

A

C’est la combinaison donnée de nucléotides polymorphes le long d’une séquence. Permet d’associer le génotype à une risque de développer une maladie.

36
Q

À quoi correspond un rapport de cote supérieur à 1?

A

Les porteurs de l’allèle auront un effet délétère (risque plus élevé de maladie).

37
Q

Vrai ou faux
Lors de l’analyse de données sur les variants génétiques, un intervalle de confiance contenant le 1 signifie qu’on ne peu pas démontrer de différence.

A

Vrai

1 signifie l’absence d’effet.

38
Q

Associer la situation à la méthode de collecte de données appropriée:

a) Je ne sais pas où mais je sais dans quel gène
b) J’ai une grande cohorte à examiner
c) Je connais la mutation et je veux savoir si d’autres patient l’ont
d) Je veux analyser tout le génome

A

a) Séquençage
b) Génotypage à haut débit
c) Génotypage
d) Séquençage à haut débit

39
Q

Quels organes sont atteints par le fibrose kystique?

A

Poumons
Pancréas
Foie
Organes génitaux

40
Q

Quel est le gène muté dans la fibrose kystique et quel est son rôle normalement?

A

Gène CFTR - 7q31.2
Encode pour une protéine transmembranaire qui permet de laisser passer le chlore à travers la cellule. Augmente la réabsorption du sodium.

41
Q

Quelle est la mutation qui touche 80% des canadiens atteints de fibrose kystique?

A

Delta F508-CTFR
Délétion de 3 nucléotides au niveau du dixième exon du gène CTFR, engendrant l’élimination de la phénylalanine en position 508.

42
Q

Qu’est-ce qui fait qu’il existe plusieurs isoformes de l’ApoE?

A

Il y a possibilité de 3 allèles pour le gène APOE. Chaque allèle diffère par une base et la protéine par un acide aminé. Les 3 isoformes diffèrent par la substitution de 1 ou 2 acides aminés.

43
Q

Quelles sont les fréquences des différents isoformes de l’ApoE dans la population?

A

ApoE3 80%
ApoE2 7% (affinité avec son récepteur défectueuse)
ApoE4 13% (affinité accrue avec son récepteur)

44
Q

Quel est l’allèle du gène ApoE qui est associé à l’hypercholestérolémie?

A

ApoE4
Affinité accrue diminue l’expression des récepteurs au LDL: augmentation des niveaux de LDL.
E4/E4 50 fois plus à risque que E3/E3

45
Q

Quel est l’allèle du gène ApoE qui est associé à l’hypertriglycéridémie?

A

ApoE2

46
Q

Quel allèle du gène ApoE est associé à la maladie d’Alzheimer?

A

ApoE4
Seulement une copie de l’allèle augmente le risque.
L’isoforme E4 possède plus d’affinité pour une protéine et faciliterait son agrégation au sein des plaques séniles.
Mais l’Alzheimer est une maladie polygénique.

47
Q

Vrai ou faux

Les maladies inflammatoires de l’intestin sont causées par la mutation d’un gène situé sur le chromosome 7.

A

Faux

Ce sont des maladies polygéniques dans lesquelles des facteurs environnementaux ont une contribution importante

48
Q

Quelle est l’hypothèse de Barker?

A

Un petit poids à la naissance augmente le risque de développer des maladies cardiovasculaires à l’âge adulte.

49
Q

Nommer 3 types de changements épigénétiques.

A
  1. Méthylation de l’ADN (empêche la fixation des facteurs de transcription)
  2. Modification des histones (façonne l’état de la chromatine et module la liaison de facteurs de transcription)
  3. Micro ARN (régulateurs post-transcriptionnels capables de réprimer l’expression des gènes)
50
Q

Vrai ou faux

La méthylation de l’ADN peut avoir lieu sur toutes les cytosines.

A

Faux

Seulement sur celles qui sont suivies d’une guanine.

51
Q

Pourquoi les îlots CpG sont-ils propices à la méthylation?

A

Car ce sont des régions riches en cytosine et en guanine. Ils sont localisés au niveau des promoteurs de gènes.

52
Q

Quelles sont les enzymes responsables de la méthylation? (3)

A

ADN méthyltransférases (DNMTs)

  • DNMT3a et DNMT3b (embryon)
  • DNMT1 (maintien des marques de méthylation)
53
Q

Vrai ou faux

Lors de la réplication de l’ADN, les marques de méthylation disparaissent.

A

Faux

Le patron de méthylation est copié sur le brin nouvellement synthétisé.

54
Q

***Vrai ou faux

La méthylation de novo est une régulation post-transcriptionnelle.

A

Faux

Elle se fait AVANT la transcription.

55
Q

Vrai ou faux

L’acéthylation des histones permet une meilleure accessibilité des facteurs de transcription.

A

Vrai

Elle permet une diminution de l’affinité des histones pour l’ADN.

56
Q

Vrai ou faux

La déacétylation des histones permet l’attachement de résidus de lysine sur la queue des histones.

A

Faux

Elle permet l’enlèvement des résidus de lysine et diminue l’accessibilité des facteurs de transcription.

57
Q

Quel est l’impact des acides gras à chaîne courte sur les histones?

A

Les AGC inhibent la déacéthylation des histones. Permettent une meilleure accessibilité des facteurs de transcription.

58
Q

Vrai ou faux

Les micro ARN sont des régulateurs post-traductionnels.

A

Faux

Ils sont des régulateurs post-transcriptionnels.

59
Q

Quel est l’impact des micro ARN sur l’expression des gènes?

A

Inhibent l’expression d’un gène en empêchant la production de la protéine.
Causent la dégradation de l’ARNm.

60
Q

Vrai ou faux

La méthylation de l’ADN a un effet protecteur pour le cancer.

A

Faux

L’hyperméthylation inhibe l’expression des gènes suppresseurs de tumeurs.

61
Q

Quel est l’impact des histones déacétylases sur le cancer?

A

Elles modulent l’expression et l’activité de plusieurs protéines impliquées dans les processus d’initiation et de progression du cancer.
(Le butyrate- AGC est un inhibiteur des histones déacétylases)

62
Q

Quel est le lien entre la méthylation de l’ADN et l’inflammation?

A

Il y aurait hyperméthylation de certains gènes athéroprotecteurs.

63
Q

Vrai ou faux

Les micros ARN pourraient être utilisés comme marqueurs de maladies cardiovasculaires et de cancers.

A

Vrai

64
Q

Quelle est l’utilité de la phamacogénomique?

A

Permet de prédire la réponse d’un patient à un médicament. Élimine les essais erreur pour trouver le bon médicament.

65
Q

Quels sont les 5 facteurs déterminant la variabilité de la réponse aux médicaments

A
  1. Absorption intestinale
  2. Métabolisme
  3. Distribution dans les tissus
  4. Élimination (bile ou urine)
  5. Cible
66
Q

Quel est le rôle des cytochrome P450?

A

Ce sont des enzymes associées au membranes qui métabolisent les xénobiotiques et catalysent l’oxydation des substances organiques (réactions monooxygénases).

67
Q

Vrai ou faux

Il existe une dizaine de gènes différents de CYP450.

A

Faux

Très polymorphiques :57 gène différents. Variabilité pouvant conduire à une sur/sous exposition aux médicaments.

68
Q

Quelle forme de CYP est responsable du métabolisme de 25% des médicaments disponibles sur le marché?

A

CYP2D6

possède plus de 80 allèles

69
Q

Associer les caractéristiques des allèles de CYP2D6 à leur degré d’activité:

a) Sauvage
b) Fonction réduite
c) Non fonctionnel

A

a) 1
b) 0,5
c) 0

70
Q

Comment détermine-t-on le diplotype d’un patient pour le CYP2D6?

A

On multiplie le score par le nombre de copie pour chaque allèle présent. Le total du score est la somme des valeurs pour chaque allèle.

71
Q

Nommer 3 limites de la pharmacogénomique.

A
  1. Plusieurs gènes sont impliqués dans la réponse au médicament
  2. Peut rendre le traitement très coûteux et inaccessible à tous (équité)
  3. Implication de plusieurs autres facteurs (âge, taille, poids)
72
Q

Quel est le gène le plus associé à la prédisposition à l’obésité?

A

FTO

73
Q

Quel est le rôle du FTO?

A

Il encode pour une protéine localisée dans le noyau cellulaire de presque tous les tissus qui catalyse la déméthylation de diverses molécules dans l’ADN, l’ARN et l’ARN nucléaire.

74
Q

Vrai ou faux

La déméthylation faite par le FTO est une régulation post-transcriptionnelle.

A

Vrai

75
Q

Vrai ou faux
Le FTO affecterait les processus de récompense associés à la prise alimentaire et la prise de décision basées sur ce système de récompense.

A

Vrai

76
Q

Vrai ou faux

Un SNP localisé sur le 2e intron du gène FTO est fortement associé à l’IMC et au risque d’obésité.

A

Faux

Localisé sur le 1er intron.

77
Q

Vrai ou faux

Les porteurs d’une copie de l’allèle FTO ont un poids inférieur à ceux qui sont porteurs des deux allèles.

A

Faux
Tout le monde a le gène FTO. Cependant, certains possèdent une variante de ce gène. Si cette variante est présente en deux copies, les personnes ont un risque 1,67 fois plus élevé d’être obèses.

78
Q

Vrai ou faux

La pratique de l’activité physique n’a pas d’impact sur la relation entre FTO et l’IMC.

A

Faux

L’AP pourrait diminuer cette association.

79
Q

Expliquer l’impact d’un polymorphisme de PPARy sur les risques de diabète.

A

PPARy: associé à la résistance à l’insuline.

Homozygotes (Pro12pro) ont un risque de dabète 3 fois plus élevé que hétérozygotes (Pro12Ala)

80
Q

Quel est l’impact de l’alimentation sur l’expression du gène PPARy?

A

L’effet protecteur de l’allèle Ala serait perdu avec une consommation élevée en acides gras saturés.

81
Q

Mettre dans l’ordre de niveau de cholestérol sanguin les différentes combinaisons d’allèles de ApoE.

A

E4/E4> E4/E3> E4/E2 > E3/E3 >E3/E2 > E2/E2

82
Q

Vrai ou faux

Les porteurs de l’allèle E4 devraient réduire leur consommation de lipides totaux.

A

Faux
Les données sont inconsistantes donc pas nécessairement. Grande variabilité quant à la réaction au traitement nutritionnel.

83
Q

Vrai ou faux

Les flavanoïdes permettraient la diminution de la pression artérielle chez les porteurs des allèles E4 et E2.

A

Faux

Oui chez E2 et E3 mais bénéfices faibles chez E4

84
Q

Quel est le rôle du gène MTHFR?

A

Il code pour une enzyme folate-dépendante. Essentiel au fonctionnement de la voie de reméthylation de l’homocystéine.

85
Q

Expliquer l’impact du polymorphisme C677T du gène MTHFR.

A
  • Chaque copie de l’allèle T diminue l’activité de l’enzyme d’environ 30%.
  • Niveaux élevés d’homocystéine si apports en folate faibles.
  • Facteur de risque de MCV
86
Q

Expliquer l’impact des variantes des gènes GSTM1 et GSTT1.

A
  • Ces variantes inactivent les enzymes qui utilisent le glutathion.
  • Permettent une élimination plus lente des isthiocyanates
  • Diminution du risque de cancer du poumon de 72% lorsque les deux variantes sont présentes!
87
Q

Vrai ou faux

Les recommandations reliées à l’alimentation auront toutes un effet positif sur tous les individus.

A

Faux

Pas nécessairement car les recommandations sont associées à la présence de gène ou de variantes de gènes.

88
Q

Quelle proportion des acides gras à chaîne courte produits sont absorbés par les colonocytes?

A

90%

89
Q

Quels sont les trois produits principaux de la fermentation microbienne des glucides non digérés?

A

Acétate
Propionate
Butyrate

90
Q

Donner 4 avantages de l’inhibition des histones déacétylases (HDAC).

A
  1. Amélioration des fonctions métaboliques
  2. Augmentation de la consommation d’énergie
  3. Amélioration de la sensibilité à l’insuline
  4. Effets protecteurs sur ischémie et reperfusion
91
Q

Quelles sont les 3 principales phyla du microbiote intestinal?

A
  1. Firmicutes (gram+) 60%
  2. Bacteroidetes (gram-) 10%
  3. Actinobactéria (gram+) 10%
92
Q

Quel est le lien entre les bacille gram- et l’inflammation chronique?

A

Elles ont des lipopolysaccharides qui sont des molécules pro-inflammatoires détachables.

93
Q

Nommer 7 rôles du microbiote intestinal.

A
  • Fermentation des résidus alimentaires non digestibles (fibres)
  • Assimilation des nutriments grâce à des enzymes dont l’organisme n’est pas pourvu
  • Synthèse de vitamine K et B12
  • Régulation de plusieurs voies métaboliques
  • Motricité du tube digestif
  • Système immunitaire intestinal
  • Processus inflammatoires de l’intestin
94
Q

Vrai ou faux
Les personnes atteintes de maladies inflammatoires de l’intestin ont 25% moins de bactéries par rapport aux sujets sains.

A

Faux

C’est la DIVERSITÉ qui est réduite de 25% par rapport aux sujets sains.

95
Q

Vrai ou faux

Le diabète et l’obésité sont des maladies polygéniques dans lesquelles le microbiote est impliqué.

A

Vrai

96
Q

En combien de temps la composition du microbiote intestinale peut-elle changer avec la diète?

A

1 à 2 jours