Biochimie Module A Points importants Maechler ter Flashcards by Damien Del Pietro

La glycolyse fournit aussi des ___ de molécules complexes.

précurseurs

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La glycolyse a lieu partout et toujours, mais:
• N’utilisent que le glucose: les ___ ___ et le ___
• Utilisent en priorité le glucose: les ___
• Utilisent peu le glucose: le ___, le tissu ___

globules rouges;
cerveau (voire aussi des corps cétoniques);
muscles;
foie;
adipeux

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La capacité de stockage des glucides dans l’organisme est faible/forte(?), donc:
• Stockons/Utilisons(?) le glucose tant qu’il y en a
• Stockons/Utilisons(?) l’excédant sous d’autres formes

faible;
Utilisons;
Stockons

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La part de glucose absorbé qui dépasse les besoins énergétiques immédiats de l’organisme est stockée sous d’autres formes (sous forme de ___ et de ___).

glycogène;

lipides

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Origines du glucose pour la glycolyse:
• Alimentaire (___ et ___)
• Métabolique (___ et ___)

polysaccharides;
disaccharides;
néoglucogenèse;
glycogénolyse

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La glycolyse en 2 phases:
• Phase d’___ (+/-? ___(#?) ATP pour 1 glucose)
• Phase de ___ ___ ___ (+/-? ___(#?) ATP pour 1 glucose)

investissement;
-2;
retour sur investissement;
+4

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1ère étape: phosphorylation du glucose:
• Phosphorylation en C\_\_\_(#?) produit du \_\_\_
• Génère/Consomme(?) 1 ATP
• Réversible/Irréversible(?)
• Non limitante/Limitante(?)

6;
glucose-6-P;
Consomme;
Irréversible;
Limitante

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1ère étape: phosphorylation du glucose:
• ___ le glucose dans la C (charge nég/pos(?) du phosphate)
• Limite/Favorise(?) l’entrée de glucose dans la C
• E: ___ (bas KM)/ ___ (haut KM)

Piège;
nég;
Favorise;
hexokinase;
glucokinase

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Hexokinase:
• Localisation: ___
• Spécifique/Non spécifique(?) pour le glucose
• Faible/Forte(?) affinité pour le glucose (KM = ___ mM)

ubiquitaire;
Non spécifique (autres substrats: fructose, mannose, etc);
Forte;
0.1

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Origines du glucose pour la glycolyse:
• Métabolique/Alimentaire(?) (polysaccharides, disaccharides)
• Métabolique/Alimentaire(?) (néoglucogenèse, glycogénolyse)

Alimentaire;

Métabolique

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L’hexokinase peut phosphoryler n’importe quel ___(≠sucre?), ce qui permet à ces ___(≠sucres?), dans les tissus où elle est présente, de rejoindre la glycolyse au niveau du ___(molécule?).

hexose;
hexoses;
fructose-6-phosphate

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Hexokinase/Glucokinase(?):

• Active à toutes glycémies

Hexokinase

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Hexokinase/Glucokinase(?):
• Confère à sa C une propriété de détecteur de
l’élévation de la glycémie, donc à état de pléthore, stockons.

Glucokinase

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Glucokinase:
• Localisation: ___(org?) et C à ___ (C α/β/γ/δ(?) du ___(org?)
• Non spécifique/Spécifique(?) pour le glucose
• Faible/Forte(?) affinité pour le glucose (KM = ___ mM)

Foie;
insuline;
β;
pancréas;
Spécifique;
Faible;
10

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ΔG°’ = variation d’___ ___ ___

énergie libre standard

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Hexokinase/Glucokinase(?):

• Active à hautes glycémies (post-prandial)

Glucokinase

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Glycolyse: 3 étapes avec ΔG°’ (___/___(unités?)) très positif/négatif(?) sont donc irréversibles

kJ/mol;

négatif

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Hexokinase/Glucokinase(?):

• Doit être capable d’alimenter en toutes circonstances la glycolyse pour fournir de l’énergie

Hexokinase

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Les 3 étapes irréversibles de la glycolyse:…(précisez les E impliquées dans ces réactions)

Hexokinase/Glucokinase
Phosphofructokinase
Pyruvate kinase

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Etapes irréversibles de la glycolyse:
La réaction #___(#?) est aussi très exergonique, mais pratiquement couplée à la réaction #___(#?) qui est endergonique, donc la 1ère est/n’est pas(?) limitante.

7;
6;
n’est pas

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ΔG = …(formule?)

ΔG°’ + RTln([C][D]/[A][B])

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Réaction #4 de la glycolyse ayant un ΔG°’ de + 23.8 kJ/mol;
• Réaction exergonique/endergonique(?), donc spontanée/pas spontanée(?) mais l’___ de ___ liée aux réactions #___(#?) et #___(#?) suffit à « pousser » la réaction.

endergonique;
pas spontanée;
action;
masse;
1;
3

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Si le NAD+/NADH(?) s’accumule dans le compartiment cytosolique, la glycolyse s’arrête.

NADH

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Réoxydation du NADH en NAD+ par la ___ ___(E?), en aérobiose/anaérobiose(?) par fermentation lactique dans le compartiment mitochondrial/cytosolique(?).

lactate déshydrogénase;
anaérobiose;
cytosolique

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Réoxydation du NADH en NAD+ par les ___, en aérobiose/anaérobiose(?), et par la chaîne ___ dans le compartiment mitochondrial/cytosolique(?).

navettes; aérobiose; respiratoire; mitochondrial

• Le NAD ne passe pas la membrane externe/interne(?) des mitochondries.

interne

• Des ___ prennent en charge et transfèrent les équivalents réducteurs du cytosol à la mitochondrie.

navettes

• 1 seul et même pool/2 pools(?) de NAD: cytosolique et mitochondrial.

2 pools

• Dans la mitochondrie, les ___ ___ sont transférés sur la chaîne respiratoire. • Il y a donc production in fine d’___(molécule?) par ce mécanisme (contrairement à/tout comme lors de(?) la fermentation lactique).

équivalents réducteurs; ATP; contrairement à

• Il existe essentiellement 2 navettes (celle du ___ et la navette ___/___)

glycérol-3-phosphate; | malate/aspartate

Navette glycérophosphate: | • 1er temps: Réduction du ___ en ___ et oxydation du ___ en ___

dihydroxyacétone-P; glycérol-3-phosphate; NADH; NAD+

Navette glycérophosphate: | • 2ème temps: oxydation du ___ par le ___(CoE?) en ___ (navette bouclée)

glycérol-3-phosphate; FAD; dihydroxyacétone-P

Navette glycérophosphate: | • 3ème temps: le ___(CoE?) produit transfert ses électrons à la chaîne respiratoire

FADH2

En bout de chaîne: 1 FADH2 génère ___(#?) ATP

Navette malate/aspartate: | • 1er temps: Réduction/Oxydation(?) du NADH en NAD+ et formation de ___

Oxydation; | malate

Navette malate/aspartate: | • 2ème: le ___ entre dans la mitochondrie et est réduit/oxydé(?) par le ___(CoE?) mitochondrial/cytosolique(?)

malate; oxydé; NAD+; mitochondrial

Navette malate/aspartate: | • 3ème: l’___ est exporté dans le cytosol

aspartate

Navette malate/aspartate: | • 4ème: le ___(CoE?) produit transfert ses électrons à la chaîne respiratoire

NADH

En bout de chaîne: 1 NADH génère ___(#?) ATP

Adaptation métabolique: 2 types de course → 2 types de métabolisme; • 100m: utilisation majoritaire des oxydations phosphorylantes de la chaîne respiratoire/de la lactate déshydrogénase(?) • Marathon: utilisation majoritaire des oxydations phosphorylantes de la chaîne respiratoire/de la lactate déshydrogénase(?)

de la lactate déshydrogénase; | des oxydations phosphorylantes de la chaîne respiratoire

La ___ catalyse l'étape irréversible et limitante qui contrôle le flux glycolytique sous contrôle allostérique.

phosphofructokinase

Phosphofructokinase et son contrôle allostérique: • ADP en est un effecteur allostérique positif/négatif(?) • ATP en est un effecteur allostérique positif/négatif(?)

positif; | négatif

Destinées du pyruvate: | • Anaérobiose: le pyruvate est oxydé/réduit(?) en ___ (permet la régénération du ___)

réduit; lactate; NAD+

Destinées du pyruvate: | • Anaérobiose/Aérobiose(?): le pyruvate est métabolisé dans la mitochondrie

Aérobiose

Cycle de l’___ ___=Cycle de Krebs= ___ ___(ang?) cycle (=___ (abr?) cycle)

acide citrique; tricarboxylic acid; TCA

Krebs cycle, which was first described by Hans Adolf Krebs in 1937. It is called tricarboxylic acid cycle because the ___(≠tricarboxylic?) acid is both the first product and the final reactant, and it contains ___(#?) ___ groups.

citric; | three carboxyl

Cycle de l’acide citrique: définitions: • Voie de l'anabolisme/du catabolisme(?) réducteur/oxydatif(?) aérobie/anaérobie(?) • Réduction/Oxydation(?) du groupement acétyl sous sa forme active ___ • Voie cytosolique/mitochondriale(?)

``` du catabolisme; oxydatif; aérobie; Oxydation; acétyl-CoA; mitochondriale ```

Cycle de l’acide citrique: définitions: • ___ de l’anabolisme et du catabolisme • Dans peu de/toutes les(?) cellules (sauf dans les ___ ___) • Fournit ___% de l’énergie cellulaire

Carrefour; toutes les; GR; 90

Cycle de l’acide citrique; Voie du catabolisme oxydatif aérobie: • Produit du ___ à partir d’un intermédiaire « utilisable », l’___: catabolisme/oxydatif/aérobie(?)

CO2; acétyl-CoA; catabolisme

Cycle de l’acide citrique; Voie du catabolisme oxydatif aérobie: • ___(CoE?) et ___(CoE?) sont les accepteurs d’équivalents réducteurs: catabolisme/oxydatif/aérobie(?)

NAD+; FAD; oxydatif

Cycle de l’acide citrique: Voie du ___ ___ ___

catabolisme oxydatif aérobie

Cycle de l’acide citrique; Voie du catabolisme oxydatif aérobie: • Dépend de la fourniture d’___ sur la chaîne respiratoire: catabolisme/oxydatif/aérobie(?)

oxygène; | aérobie

Origines de l’acétyl-CoA sont diverses/univoques(?) et dépendent de l’état ___: • graisses → acides gras et glycérol • polysaccharides, disaccharides → glucose et autres sucres • protéines → acides aminés

diverses; | nutritionnel

``` Origines de l’acétyl-CoA sont diverses/univoques(?) et dépendent de l’état ___: Catabolisme des: • ___(macronutriments?) • ___(macronutriments?) • ___(macronutriments?) ```

``` diverses; nutritionnel; Glucides; Lipides; Protéines ```

Origines de l’acétyl-CoA: glucides: • Dans le cytosol, le glucose (6C) produit du ___ (3C) • Dans la mitochondrie, le ___ produit de l’acétyl-CoA

pyruvate; | pyruvate;

Origines de l’acétyl-CoA: lipides: • Dans le cytosol, les triglycérides produisent des ___ ___ • Dans la mitochondrie, le catabolisme des ___ ___ (lors de la ___(voie métabolique?)) produit de l’acétyl-CoA • Les ___ ___ (en période de jeûne) produisent aussi de l’acétyl-CoA

acides gras; acides gras; β-oxydation; corps cétoniques

Origines de l’acétyl-CoA: protéines: • Le catabolisme/L'anabolisme(?) des protéines produit des acides aminés • Les acides aminés forment soit du ___, soit de l’___, soit entrent directement dans le cycle de l’___ ___

Le catabolisme; pyruvate; acétyl-CoA; acide citrique

Cycle de l’acide citrique: la fourniture d’___(molécule?) règle la vitesse du cycle

acétyl-CoA

La fourniture d’acétyl-CoA règle la vitesse du cycle de Krebs; la ___(E?): • En amont du cycle, commande le flux d’entrée de l’acétyl-CoA • Son activité dépend de la disponibilité de ___ et de ___ (les coenzymes de la réactions) • Son activité est contrôlée par modification non covalente/covalente(?)

Pyruvate-DH; NAD+; CoA-SH; covalente

Pyruvate-DH catalyse la réaction suivante: | ... → ...

Pyruvate + CoA-SH + NAD+ → NADH + H+ + CO2 + Acétyl-CoA

PDH phosphorylée = active/inactive(?): | • PDH kinase: activée par l'___, l'___, le ___, (inhibée par le ___)

``` inactive; ATP; acétyl-CoA; NADH; pyruvate ```

PDH déphosphorylée = active/inactive(?): | • PDH phosphatase: activée par le ___(ion?), l'___(H?)

active; Ca2+; insuline

• Contrôle par modification covalente/allostérique(?) de la PDH-Kase et de la PDH-Pase

allostérique

Contrôle de l’activité de la PDH par modification covalente/allostérique(?)

modification covalente (PY/dPY)

Cycle de l’acide citrique: Vue d’ensemble: • Total de ___(#?) réactions • ___(#?) carbones de l’acétyl éliminés à chaque « tour » sous forme de ___(#?) ___(molécule?)

8; 2; 2 CO2

Cycle de l’acide citrique: Vue d’ensemble: • ___(#?) réactions d’oxydation (transfert d’équivalents réducteurs sur ___ et ___) • 1 réaction produit du ___ (directement converti en ATP)

4; NAD+; FAD; GTP

``` Cycle de l’acide citrique: Vue d’ensemble: ● 4 réactions redox: • 3x2e- transmis au ___ • 1x2e- ___ ● 1 GTP (liaison basse/haute(?) énergie) ```

NAD+; FAD; haute

Cycle de l’acide citrique: ___(#?) réactions réversibles/irréversibles(?) & limitantes/non limitantes(?) règlent la vitesse du cycle. De quelles réactions s'agit-il (précisez le #)?

3; irréversibles; limitantes; # 1, 3 et 4

``` Cycle de l’acide citrique: 3 réactions irréversibles & limitantes règlent la vitesse du cycle: #1: ...(E?): ___(réaction?) de l’___ et de l'___ en ___ (libère 1 ___) ```

``` Citrate synthase; condensation; acétyl-CoA; oxaloacétate; citrate; CoA-SH ```

``` Cycle de l’acide citrique: 3 réactions irréversibles & limitantes règlent la vitesse du cycle: #3: ...(E?): ___(réaction?) (produit du ___) oxydative/réductive(?) (produit du ...) de l’___. ```

``` Isocitrate-DH; décarboxylation; CO2; oxydative; NADH + H+; isocitrate ```

``` Cycle de l’acide citrique: 3 réactions irréversibles & limitantes règlent la vitesse du cycle: #4: ...(E?): ___(réaction?) (produit du ___) oxydative/réductive(?) (produit du ...) de l'___ ```

``` α-Cétoglutarate-DH; décarboxylation; CO2; oxydative; NADH + H+; α-cétoglutarate ```

Cycle de l’acide citrique: Réactions irréversibles & limitantes: quelles sont les E impliquées?

citrate synthase, isocitrate-DH, et l'α-cétoglutarate-DH

Cycle de l’acide citrique: Réactions irréversibles & limitantes: CS, ICDH, α-CGDH: • Activité régulée par la ___ en substrats • Activées/Inhibées(?) par leurs produits • Contrôle allostérique (inhibiteurs: ___ et ___)

disponibilité; Inhibées; ATP; NADH

Cycle de l’acide citrique fournit des précurseurs pour l'anabolisme/le catabolisme(?).

l'anabolisme

Cycle de l’acide citrique fournit des précurseurs pour l'anabolisme: formation de: • Glucides: ___(voie métabolique?) • Lipides: le ___(molécule?) quitte la mitochondrie et forme des acides gras dans le cytosol • Protéines: différents intermédiaires du cycle de l’acide citrique • Autres: porphyrines, etc.

néoglucogenèse; | citrate

La ___ combinée au ___(ion?) forme l'___ ; c'est un constituant de base des hémoglobines et des myoglobines, qui sont les transporteurs d'oxygène atmosphérique.

porphyrine; fer; hème

``` Cycle de l’acide citrique fournit des précurseurs pour l'anabolisme: formation de: • ___(macronutriments?) • ___(macronutriments?) • ___(macronutriments?) • Autres: ___(molécules?), etc. ```

Glucides; Lipides; Protéines; porphyrines

Cycle de l’acide citrique fournit des précurseurs pour l'anabolisme: formation de: Glucides via la néoglucogenèse: • Depuis le cycle de l’acide citrique: ___ mitochondrial → ___ cytosolique → ___ (via la ___(E?)) → ___ (via la ___(E?)) • contourne la réaction défavorable ___(molécule?) → ___(molécule?)

``` malate; malate; oxaloacétate; MDH; phosphoénolpyruvate; PEPCK=Phosphoénolpyruvate carboxykinase; pyruvate; phosphoénolpyruvate ```

L'___ est la partie protéique d'une molécule qui comporte une partie non protéique.

apoprotéine

Dans l'exemple de l'hémoglobine, la globine est l'___, l'hème le ___.

apoprotéine; | cofacteur