Biologie des systèmes / signalisation Flashcards
Définition Biologie des systèmes
s’intéresse aux intéractions complexe et fonctionnements totaux des systèmes biologiques
Exemples d’approches réductionnistes classiques
- isolation virus
- observation par microscopie
- classification morphologique, contenu génétique, tropisme
- mise en culture
- expression prot par marquage radioactif (35s-méthionine)
-génération anticorps
-coimmunoprécipitation et analyse des partenaires moléculaires par immunobuvardage
…
Comment identifier des souches virales
séquençage
limites du séquençage 1ere génération
temps (1er génome humain 13ans)
taille génome (3.2 milliards bp) (x2 - diploide)
couts (3 000 000$ le premier)
Erreurs séquençage
Éthique
Avantages séquençage 1ere génération
jusqu’à 1000nt, fiable (pas amplification)
Inconvénients séquençage 1ere génération
cout, temps (4tubes (1 par ddntp), radioactivité
Avantage séq 1ere génération, fluorométrique
1 réaction par tube (analyse parallèle laser ou capillaires)
Inconvénients séq première génération fluorométrique
cout, temps
Comment fonctionne séquençage de 2eme génération
dérivé méthode de sanger, inclut de la PCR, basically ajout de nt, fluorescence et et lavage
avantage séquencage 2nd gen
rapide, cout (rx miniaturisées)
inconvénients séquencage 2nd gen
petits fragments (700nt mais souvent moins)
erreur (PCR)
cout des appareils
avantage 3e gen séquencage
pas erreur (pas de PCR)
cout
rapide
inconvénients 3e gen séquencage
petits fragments (32nt) puisque doit enlever le fluorochrome à chaque cycle
cout de l’équipement
Avantage dernière génération de séquencage
peut couteux, lit de longues séquences (jusquà 4millions pb, usually 100-150 000pb)
taux erreur 1%
détecte aussi les changements épigénétiques (méthylation)
Inconvénients dernière gen séquençage
2terabase de données par séquencage -> nécessite utilisation de superordinateurs pour analyse
lecture séquence plus rapide que le taux de transfert du port USB auquel nanopore est relié
Limites du séquencage
abondances de données
nécessité d’algorithmes d’assemblage de séquences
faut avoir une idée des gènes séquencés
cout des appareils
manière déterminer le transcriptome
puces (microarrays)
Limites microarrays
- Biais menant aux gènes les plus différemment exprimés
- typiquement limité aux gènes connus
- Différence expression de l’ARN ne signifie pas nécessairement un rôle important, ni même une augmentation au niveau protéique
- pas tous les RNA sont traduits