BM12 Flashcards
(42 cards)
Qu’est-ce qu’un exon?
Partie du gène non épissée : existe des exons non codant pour des protéines
L’épissage des ARN-pré-messager doit être très précis, il ne faut pas
o Décaler le cadre de lecture
o Retirer un exon
o Laisser un intron
Qu’est-ce que l’épissage alternatif?
Maturation préférentielle des ARN pré-messager
o Ce mécanisme permet de produire différentes protéines (isoformes) à partir d’un même gène
Qu’est-ce qu’un intron?
Site d’épissage 5’ vers 3’= séquences consensus GU et AG respectivement
Les sites d’épissage 5’ vers 3’ se situent dans l’intron. Ce sont les plus conservés
Pourquoi les sites d’épissage ne sont pas dans l’exon?
À cause des contraintes sur les codons (triplets de nucléotides codant pour des a.a.)
Il existe de l’information génétique utile au retrait des introns qui est localisée sur les exons, au voisinage des frontières intron-exon
- Cette information est conservée et impose des contraintes sur :
o La composition en a.a
o Le taux d’évolution des protéines
Le maintien de la séquence des sites d’épissage impose un taux d’évolution 2x plus faible au voisinage des frontières intron-exon par rapport au centre des exons de même gène. Pourquoi?
À cause de l’information génétique utile au retrait des introns qui est localisée sur les exons, au voisinage des frontières intron-exon
Qu’est-ce que l’épissage?
- Épissage : 2 réactions successives de trans-estérification
1) Attaque nucléophile de l’hydroxyle 2’ du site de branchement sur le groupe phosphate de la guanine du site donneur d’épissage 5’= clivage du 5’ de l’intron
Formation d’un complexe de 3 branches au site de branchement
2) Attaque nucléophile de l’hydroxyle 3’ libre en 5’ de l’exon en 5’ sur le groupe phosphoryle du groupe accepteur d’épissage
Qu’est-ce que le lasso?
- Résulte de la formation d’un complexe à 3 branches au site de branchement
o Les 2 hydroxyles de l’adénosine sont chacun impliqués dans une liaison phosphodiester
Comment l’énergie est-elle conservée?
o 2 liaisons phosphodiester sont rompues
o 2 autres liaisons phosphodiester sont reformées
De quoi est composé l’épissosome?
Complexe ribonucléoprotéique : composé de 150 protéines et 5 petits brins ARNs nucléaires (pnARNs) = snRNAs
- Les 5 pnARNs (U1, U2, U3, U4, U5 et U6) :
o Ont des tailles de 100 à 300 nucléotides
o Sont complexés chacun avec quelques protéines pour former les petites ribonucléoprotéines nucléaires = pnRNPs
Par quoi est essentiellement assurée l’activité de l’épissosome
o Les 5 pnARNS qui :
Reconnaissent les séquences des sites d’épissage
Constituent le site catalytique
Interactions ARN-ARN
o Les protéines des pnRNP qui ont chacune un rôle particulier dans la réaction d’épissage
Aident la reconnaissance du site donneur d’épissage 5’ et celle du site de branchement A
Participent aux catalyses des clivages et des joncitons de l’ARN
Interactions ARN-protéine et protéine-protéine**
Par quoi se fait la substitution des différentes protéines durant la composition de l’épissosome?
o Motifs de reconnaissance de l’ARN (MRA)
Quels rôles jouent les petits ribonucléoprotéines?
o Reconnaissance du site d’épissage 5’ et du site de branchement
o Rapprochement du site d’épissage 5’ avec le site de branchement
o Aident la catalyse des réactions de clivage et de ligation de l’ADN grâce à des interactions ARN- ARN, ARN-protéine, protéine-protéine
Chronologie de l’épissage?
I) Complexe précoce
II) Complexe d’extrusion de l’adénine
III) Complexe B (B)
IV) Complexe C : L’association U2-U6
En quoi consiste le complexe précoce?
a. Reconnaissance du site de clivage 5’ par U1
b. U2AF (2 s.u. = 35 et 65) se lie sur le site de clivage 3’ (35), puis sur le poly-pyrimidine (65)
U2AF 65 facilite la liaison de BBP sur le site de branchement A
En quoi consiste le complexe d’extrusion de l’adénine?
a. U2AF aide U2 à se lier au site de branchement
b. Le site de branchement A ne s’apparie pas avec U2
= l’adénine est extrudée et son 2’-OH est disponible pour réagir avec le site de clivage 5’
En quoi consiste le complexe B?
a. Recrutement de (U5-U4-U6) = Tri-(pnRNP-pnARN)
U4 et U6= complémentarité des bases ARN :ARN
U5 : interaction protéine-protéine
Après le recrutement de (U5-U4-U6)
b. U1 quitte le complexe B et est remplacé par U6 sur le site de clivage 5’
c. Catalyse : U4 relâchée, permet à U6 d’interagir avec U2 (ARN :ARN)
En quoi consiste le complexe C?
a. Rapproche le 2’-OH (site A) au site de clivage 5’ :
= forme le site catalytique
= facilite la première trans-estérification
Ce sont les pnARNsU2 et U6 qui forment le site actif (et non les protéines) = interactions ARN :ARN
b. U5 facilite la seconde trans-estérification entre les sites 5’ et 3’ en rapprochant les deux exons
La formation tardive du site catalytique de l’épissosome garantit la spécificité du fragment à épisser
Quelles sont les trois façons de coder l’épissage dans l’ADN?
Les introns auto-épissants= sans épissosome : groupes I et II
L’ARNpm de l’intron auto-épissant se replie sur lui-même pour adopter une conformation spécifique de ribozyme à l’intérieur de l’ARN précurseur, qui lui permet de catalyse sa propre excision
Pourquoi les ribozymes codés par ces introns ne sont pas véritablement des enzymes?
Car ils se détruisent et ne peuvent donc servir qu’une seule fois = pas processifs du tout
En quoi consiste le groupe I de l’épissage de l’ADN?
- L’intron transcrit présente une structure de « poche à ribo-guanosine libre »
- Celle-ci s’y fixe (liaison H) et attaque le site de clivage en 5’ avec son 3’-OH libre pour former un pont phosphodiester (liaison covalente) = « coiffe G »
- Le 3’-OH libre de l’exon attaque alors le groupe phosphate du site d’épissage en 3’ de l’intron
- L’intron relâché est linéaire
En quoi consiste le groupe II de l’épissage de l’ADN?
- Introns autoépissants du groupe II : certains ont le même mécanisme que pour les pre-ARNm : attaque nucléophile du 2’-OH, du 3’-OH et rejet d’un lasso
- Pré-ARNm nucléaire
- Groupe II : même molécule d’ARNm présents chez les organites d’Eucaryotes, Archaes et bactéries
- EBS : séquence exonique d’appariement
