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Bio mol examen 3 > BM13 > Flashcards

BM13 Flashcards

(61 cards)

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1
Q

Combien y a-t-il de cadres de lecture possibles?

A

3:
1 SEUL CHEZ EUCARYOTES,
2 OU 3 CHEZ BACTÉRIES

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2
Q

Que spécifie le codon start?

A

(1) 1IER A.A. À INCORPORER = MÉTHIONINE (AUG)
(2) LE CADRE DE LECTURE DES CODONS
SUIVANTS.

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3
Q

Quels ORFs contiennent les ARNm des bactéries?

A

ARNm POLYCISTRONIQUES
ILS POSSÈDENT AUTANT DE SITES DE LIAISON AUX RIBOSOMES :
RBS (RIBOSOME BINDING SITES)

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4
Q

Que recrutent les RBS?

A

LA MACHINERIE DE TRADUCTION.

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5
Q

De quoi sont composés les RBS?

A

3 À 9 NUCLÉOTIDES EN 5’ DU CODON START, COMPLÉMENTAIRES DE
LA S.U. ARNr 16S DU RIBOSOME (COMPLEXE RIBONUCLÉOPROTÉIQUE)

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6
Q

Qu’est-ce qui détermine l’efficacité de la traduction?

A

L’ESPACE ENTRE RBS ET LE CODON START, AINSI QUE LA COMPLÉMENTARITÉ
ENTRE RBS ET LA S.U. ARNr 16S

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7
Q

Qu’est-ce que la coiffe 5’? Que permet-elle?

A

C’EST UNE GUANINE MÉTHYLÉE LIÉE À 3 GROUPES PHOSPHATES.
ELLE PERMET LE RECRUTEMENT DU RIBOSOME EN 5’.
PUIS, LE RIBOSOME PARCOURT L’ARNm DE 5’ VERS 3’ JUSQU’AU CODON
START.

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8
Q

Que permet la queue poly-A?

A

UN RECYCLAGE RAPIDE DES RIBOSOMES
= SYNTHÈSE DE PLUSIEURS PROTÉINES AVEC DIFFÉRENTS
ARNm OU À PARTIR DU MÊME ARNm.

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9
Q

Quel est le problème lié aux acides aminés et l’ARNm?

A

LES ACIDES AMINÉS (A.A.) N’ONT PAS D’AFFINITÉ
ÉLECTROSTATIQUE AVEC CODONS DE L’ARNm NE PEUVENT S’APPARIER DIRECTEMENT AVEC L’ARNm …
NÉCESSITÉ D’UNE MOLÉCULE INTERMÉDIAIRE

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10
Q

Quelle molécule intermédiaire est nécessaire pour pouvoir lié les a.a à l’ARNm?

A

L’ARN DE TRANSFERT, ARNt

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11
Q

Qu’est-ce que l’ARNt?

A

INTERFACE PHYSIQUE ENTRE TRIPLETS
DE RIBONUCLÉOTIDES ET A.A.
CHAQUE ARNt EST ATTACHÉ
À 1 A.A. SPÉCIFIQUE ET RECONNAÎT LE(S) TRIPLET(S) DE RIBONUCLÉOTIDES CORRESPONDANT(S).

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12
Q

Où est le site d’attachement des a.a?

A

3’-OH

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13
Q

Quelle est la région commune à tous les ARNt?

A

5’-CCA-3’

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14
Q
  • LES AMINOACYL-ARNt SYNTHÉTASES CHARGENT LES ARNt (HYDROLYSE D’1 ATP) EN 2 ÉTAPES (= 2 attaques nucléophiles). Quelles sont-elles?
A

1) acide aminé + ATP. aminoacyl-AMP + PPi
2) aminoacyl-AMP + ARNt aminoacyl- ARNt + AMP

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15
Q

De quoi dépend chaque a.a?

A

DE SA PROPRE AMINOACYL-ARNt SYNTHÉTASE

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16
Q

Que font les aminoacyl-ARNt synthétases?

A

CHARGENT LES ARNt AVEC LEUR
ACIDE AMINÉ CORRESPONDANT (HYDROLYSE D’1 ATP) EN 2 ÉTAPES

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17
Q

Quelles sont les deux étapes de la liaison ARNt-a.a?

A

ÉTAPE 1 : ADÉNYLYLATION D’UN ACIDE AMINÉ : AMINOACYLE
= LIAISON ESTER (~) ENTRE LE GROUPE CARBOXYLE DE L’ACIDE AMINÉ ET LE
GROUPE PHOSPHATE a DU NUCLÉOTIDE ADÉNOSINE TRI-P (ATP).
LIBÉRATION D’UN PYROPHOSPHATE. LE GROUPE CARBOXYLE DEVIENT UN GROUPE ACYLE
ÉTAPE 2 : LE GROUPE ACYLE EST ENSUITE TRANSFÉRÉ SUR LE RIBOSE
DE L’ADÉNOSINE 3’-TERMINALE DE L’ARNt (CCA 3’-OH).
= ATTAQUE NUCLÉOPHILE DU 2’ OU 3’-OH DU RIBOSE DE L’ADÉNOSINE
TERMINALE DE L’ARNt SUR LE CARBONE DU GROUPE ACYLE.
L’ÉNERGIE DE LA RÉACTION DE TRANSFERT EST FOURNIE PAR
L’HYDROLYSE DU PYROPHOSPHATE (catalysée par une pyrophosphatase).

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18
Q

Vrai ou faux. CHAQUE AMINOACYL-ARNt SYNTHÉTASE ATTACHE
UN SEUL ACIDE AMINÉ À UN OU PLUSIEURS ARNt. Qu’est-ce que cela implique?

A

Vrai.
CE QUI IMPLIQUE :
1) L’EXISTENCE DE 20 AMINOACYL-ARNt SYNTHÉTASES,
2) MAIS PLUS DE 20 ARNt DIFFÉRENTS (pour 20 ACIDES AMINÉS).
= DÉGÉNÉRESCENCE DU CODE GÉNÉTIQUE

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19
Q

Quelles sont les deux classes d’aminoacyl-ARNt synthétases?

A

TYPE I : TRANSFÈRENT LE RÉSIDU ACYLE SUR LE
2’-HYDROXYLE DU RIBOSE DE L’ADÉNINE
À L’EXTRÉMITÉ CCA DE L’ARNt.
TYPE II : ATTACHENT LE RÉSIDU ACYLE AU 3’-HYDROXYLE
DU MÊME RIBOSE.

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20
Q

LES AMINOACYL-ARNt SYNTHÉTASES RECONNAISSENT
2 SEGMENTS DE L’ARNt AVEC UNE GRANDE SPÉCIFICITÉ, QUELS SONT-ILS?

A

(1) STRUCTURES FLANQUANTES DE L’ANTICODON.
(2) BRAS TERMINAL 3’-ACCEPTEUR (incluant CCA)

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21
Q

Qu’est-ce que le ribosome?

A

MACHINE MACROMOLÉCULAIRE, 3 ARNr + 50 PROTÉINES, QUI DIRIGE LA
BIOSYNTHÈSE DES PROTÉINES,

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22
Q

Dans quel sens le ribosome dirige-t-il la biosynthèse des protéines? Qu’est-ce que cela implique?

A

DE L’EXTRÉMITÉ N-TERMINALE VERS C-TERMINALE DU POLYPEPTIDE. COMME L’ARNm EST LU DANS LE SENS 5’ VERS 3’
= COLINÉARITÉ ENTRE ARNm ET PROTÉINE.

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23
Q

Est-ce que la transcription et la traduction sont simultanés?

A

Bactéries: oui
Eucaryotes: non

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24
Q

Que fait l’ARN pol I?

A

TRANSCRIT LE GÈNE
PRÉCURSEUR DES ARNr

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25
Où se fait l'assemblage du ribosome?
Dans le nucléole
26
D'où est importé l'ARN 5S?
Du nucléoplasme
27
D'où sont importées les protéines ribosomiques?
Du cytoplasme
28
Quelles sont les 2 sous-unité du ribosome eucaryote?
2 S.U. : GRANDE (60S) = LIAISON PEPTIDIQUE PETITE (40S) = CENTRE DE DÉCODAGE
29
Qu'est-ce qui est un facteur limitant de l'efficacité de la traudction?
LA QUANTITÉ DE RIBOSOMES
30
Quelle est LA SEULE RÉACTION CATALYSÉE PAR LE RIBOSOME, ENTRE LE DERNIER A.A. DE LA CHAINE CARBOXY-TERMINALE DU POLYPEPTIDE EN COURS DE SYNTHÈSE (Peptidyle-ARNt)?
ATTAQUE NUCLÉOPHILE DE SON NH2
31
Qu'est-ce qui EST ROMPU LORS DE L’ATTAQUE DU GROUPE AMINE DE L’AMINOACYL-ARNt SUR LE GROUPE CARBONYLE DU DERNIER A.A. INCORPORÉ?
LE PONT PEPTIDYL-ARNt
32
Après que le pont peptidyl-ARNt soit rompu, qu'arrive-t-il?
SYNTHÈSE D’UNE NOUVELLE LIAISON PEPTIDIQUE = RÉACTION PEPTIDYL-TRANSFÉRASE L’ÉNERGIE PROVIENT DE LA RUPTURE DU PONT PEPTIDYL-ARNt QUI LUI-MÊME PROVIENT DE L’ACTIVATION DE L’ARNt (AVEC 1 ATP).
33
Quels sont les trois sites de liaison aux ARNt?
SITE A : AMINOACYL-ARNt SITE P : PEPTIDYL-ARNt SITE E (EXIT) : SITE DE LARGAGE DE L’ARNt COUPÉ DU DERNIER PONT PEPTIDYL-ARNt ROMPU.
34
Les 3 sites sont formés à l'interface entre les 2 s.u du ribosome: les ARNt sont à la fois au contact:
- DU SITE DE PEPTIDYL-TRANSFÉRASE (60S ou 50S) - ET DU CENTRE DE DÉCODAGE DES CODONS (40S ou 30S).
35
Quelles sont les entrées et sorties du ribosome?
L’ARNm ENTRE ET SORT PAR LA S.U. 40S (30S), POUR TRAVERSER LE CENTRE DE DÉCODAGE, PAR 2 CANAUX ÉTROITS (ARNm LINÉAIRE) LE POLYPEPTIDE SORT DE LA S.U. 60S (50 S), PAR 1 CANAL PERMETTANT LES HÉLICES α, MAIS PAS DE FEUILLET β OÙ DE STRUCTURES IIIAIRES COMPLEXES.
36
Initiation de la traduction
(1) RECRUTEMENT DU RIBOSOME SUR L’ARNm (2) UN ARNt INITIATEUR AU SITE P (3) SITE P AU CODON START (AUG)
37
LES ARNm BACTÉRIENS SONT RECRUTÉS SUR LA PETITE S.U. DU RIBOSOME (30S) PAR COMPLÉMENTARITÉ DE BASES AVEC :
(1) L’ARNr 16S (DANS S.U. 30S) ET (2) LA RÉGION DU SITE DE LIAISON AU RIBOSOME DE L’ARNm (RBS).
38
Qu'est-ce que permet LE recrutement des ARNm BACTÉRIENS SUR LA PETITE S.U. DU RIBOSOME?
PERMET AU 1IER CODON START D’ÊTRE POSITIONNÉ AU SITE DE LIAISON P DU RIBOSOME, LORSQUE LA GRANDE S.U. (50S) SE JOINDRA AU COMPLEXE, JUSTE AVANT LA CRÉATION DE LA 1IÈRE LIAISON PEPTIDIQUE.
39
Pourquoi faut-il une distance précise entre RBS et le codon START?
UN DÉCALAGE D’UNE SEULE BASE CHANGERAIT COMPLÈTEMENT LA NATURE DU POLYPEPTIDE AINSI CODÉ.
40
Pourquoi L’ARNt INITIATEUR EST-IL CHARGÉ AVEC UN RÉSIDU N-FORMYL- MÉTHIONINE?
POUR ENTRER DIRECTEMENT AU SITE P ET NON AU SITE A, COMME LE FERONT LES AMINOACYL-ARNt SUIVANTS.
41
Par quoi EST RETIRÉ PENDANT OU APRÈS LA TRADUCTION LE RÉSIDU N-FORMYL- MÉTHIONINE OU MÊME L’A.A
PAR UNE DÉFORMYLASE
42
Qu'est-ce qui dirigent l'assemblage du complexe d'initiation en se liant à la petite s.u du ribosome?
3 FACTEURS D’INITIATION, IF1, IF2 ET IF3
43
Que fait IF1?
IF1 EMPÊCHE LES ARNts DE SE LIER À LA RÉGION DU FUTUR SITE A
44
Que fait IF2?
F2 EST UNE GTPase QUI ASSURE LA LIAISON DE L’ARNt INITIATEUR AU SITE P
45
Que fait IF3?
IF3 SE LIE À LA PETITE S.U. (30S) À L’EMPLACEMENT DU FUTUR SITE E ET EMPÊCHE LA S.U. 30S DE SE RÉASSOCIER À LA GRANDE S.U. (50S).
46
Que se passe-t-il quand il y a association de la grande s.u?
IF3 EST EXPULSÉ, SUITE À 1 CHANGEMENT DE CONFORMATION DE LA PETITE S.U., LAQUELLE RÉSULTE DE L’APPARIEMENT ENTRE LE CODON START ET L’ARNt INITIATEUR.
47
Que se passe-t-il après que IF2 ait hydrolysé sa GTP?
= IF2-GDP + Pi ET EST EXPULSÉ, CAR IL PERD SON AFFINITÉ AVEC LA PETITE S.U. ET ENTRAÎNE IF1 LE SITE A EST PRÊT À RECEVOIR LE PREMIER ARNt CHARGÉ
48
Comment débute l'initiation de la transcription chez les eucaryotes?
RECRUTEMENT DES RIBOSOMES SUR LA COIFFE 5’ ALORS QUE LA PETITE S.U. DU RIBOSOME EST DÉJA ASSOCIÉE AVEC UN ARNt INITIATEUR. L’ARNm EST BALAYÉ PAR LA PETITE S.U. ASSOCIÉE AVEC SON ARNt INITIATEUR JUSQU’AU CODON START : 5’-AUG-3’ POSSIBLE CAR IL N’EXISTE QU’1 CODON START, …À LA DIFFÉRENCE DES ARNm POLYCISTRONIQUES DES BACTÉRIES.
49
Quelles sont les 4 étapes de la transcription chez les eucaryotes?
(1) PETITE S.U. DU RIBOSOME EST LIÉE AVEC UN ARNt INITIATEUR AVANT DE S’ASSOCIER À L’ARNm (2) UN ENSEMBLE DE FACTEURS AUXILIAIRES DISTINCTS ASSURE LA RECONNAISSANCE DE L’ARNm. (3) LA PETITE S.U. BALAIE L’ARNm JUSQU’AU PREMIER CODON START 5’-AUG-3’. (4) RECRUTEMENT DE LA GRANDE S.U. JUSTE APRÈS L’APPARIEMENT DE L’ARNt INITIATEUR AU CODON START
50
Qu'est-ce qui se lie à la petite unité chez les eucaryotes?
eIF1, eIF1A, eIF3 ET eIF5 SE LIENT À LA PETITE S.U. Þ FONCTIONS ANALOGUES AUX IF3 ET IF1 BACTÉRIENS.
51
Quelles sont les fonctions de eIF1, eIF1A, eIF3 ET eIF5?
(1) EMPÊCHENT LES ARNts DE SE LIER À LA RÉGION DU FUTUR SITE A (2) EMPÊCHENT LA PETITE S.U. DE SE RÉASSOCIER À LA GRANDE.
52
Que fait eIF2?
eIF2 EST UNE GTPase (~ IF2) QUI ASSURE LA LIAISON DE L’ARNt INITIATEUR (MÉTHIONINE, CHEZ LES EUCARYOTES) AU SITE P = COMPLEXE TERNAIRE eIF2-GTP-ARNtmet SE LIE À LA PETITE SOUS-UNITÉ DU RIBOSOME = COMPLEXE DE PRÉ-INITIATION 43S
53
Pourquoi l'ARNm est préparée?
L’ARNm EST PRÉPARÉ POUR PERMETTRE SA RECONNAISSANCE PAR LE COMPLEXE 43S : LA COIFFE 5’ EST RECONNUE PAR eIF4E eIF4G SE LIE À eIF4E ET L’ARNm eIF4A SE LIE À eIF4G ET L’ARNm
54
Que fait eIF4B?
B ACTIVE L’ACTIVITÉ HÉLICASE À ARN DE eIF4A = SUPPRIME LES STRUCTURES IIAIRES INTERACTION ENTRE LES DIFFÉRENTS eIF.
55
LA PETITE S.U. BALAIE L’ARNm JUSQU’AU PREMIER CODON 5’-AUG-3’ (START) GRÂCE...
À L’HÉLICASE eIF4A/B (HYDROLYSE D’ATP)
56
Par quoi est reconnu le codon start?
LE CODON START EST RECONNU PAR APPARIEMENT DE BASES AVEC L’ARNt INITIATEUR = INDUCTION D’UN CHANGEMENT DE CONFIGURATION DU COMPLEXE 48S
57
Qu'entraîne le changement de conformation du complexe 48S?
eIF2 HYDROLYSE SA GTP ET EST RELÂCHÉ, PERMETTANT À eIF5B-GTP DE SE LIER À L’ARNt INITIATEUR, ET DE STIMULER L’ASSOCIATION AVEC LA GRANDE S.U. (60S)
58
Pourquoi l'ASSOCIATION 40S / 60S est-elle POSSIBLE?
eIF1, eIF3 ET eIF5 ONT ÉTÉ RELÂCHÉS
59
Que permet COMME CHEZ LES BACTÉRIES, L’ASSOCIATION AVEC LA GRANDE S.U
PERMET LE RELARGAGE DES 2 DERNIERS FACTEURS D’INITIATION PAR HYDROLYSE DE GTP (eIF5B)
60
Que permet la formation du complexe d'initiation 80s?
CHANGEMENT DE CONFORMATION DE LA S.U. 40S INDUIT PAR L’ASSOCIATION 40S / 60S L’ARNt INITIATEUR EST BIEN POSITIONNÉ AU SITE P
61
Que fait eIF4G&?
eIF4G EST ÉGALEMENT ASSOCIÉ À L’EXTRÉMITÉ 3’ DE L’ARNm = LA QUEUE POLY-A FAVORISE L’INTERACTION DES AUTRES eIFs AVEC LA QUEUE POLY-A PERMET AUX RIBOSOMES DE BIEN SE POSITIONNER POUR LA RÉACTION SUIVANTE DE TRADUCTION

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