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chap 5 Flashcards

(105 cards)

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1
Q

de koi est former un ribonucleotide

A

UN RIBONUCLÉOTIDE : P + sucre (ribose) + base
(A-U-C-G)

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Q

v ou f
un ARN est une chaîne bicatenaire de ribonucléotides unis
par des liaisons phosphodiesters

A

f
c une chaine monocatenaire

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3
Q

siter les 3 difference entre l’ARN et L’ADN

A

L’ARN est simple brin et peut aussi former des
repliements par appariements de ses bases.
 Présence d’un groupement OH en C2’ du sucre.
 Remplacement de la base thymine (T) par l’uracile (U)

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4
Q

kel est la difference moleculaire entre la thymine et l’uracile

A

la thymine possede sur son carbonne 5’ un groupement H3C et l’uracil possede sur son 5’ un H

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Q

v ou f
l’uracile et la thymine on des difference moleculaire majeur ce qui leur donne une difference de stabilité

A

f il on des diff mineur mais sont different au niveau de la stabilité

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6
Q

v ou f
l’ARN n’est pas capable de fair des structure secondaire

A

f elle est capable
elle fait des boucles, noeuds, loops, épingles…

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6
Q

V ou F
lors de la formation de l’ARN il est normal d’avoir des appariement non standar ex G avec U

A

V cela augmente la diversité des structure secondaire

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6
Q

ke permet la formation de structure secondaire dans l’ADN

A

Augmentent la stabilité à l’ARN
 Permettent des activités enzymatiques (ribozymes).

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7
Q

v ou f
la structure secondaire de l’ARN est similaire au forme tertiaire des prot

A

v

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8
Q

v ou f
l’ADN a une activité catalytique plus forte que l’ARN

A

f c l’inverse

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9
Q

le groupement hydroxyle sur le carbone 2’ du ribose du nucleotide a diverse consequence. siter les

A

 Sur le plan chimique : cette fonction alcool rend l’ARN plus sensible à
l’hydrolyse alcaline.
 La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ rend
possible la cyclisation du phosphate sur les positions 2’ et 3‘. Cette
cyclisation du nucléotide provoque une coupure de la chaîne ribose-phosphate. Instabilité chimique

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10
Q

v ou f
 La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ rend la mol d’ARN plus sensible a l’hydrolyse alcaline

A

f
 La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ permet la cyclisation ce qui provoque une coupure de la chaine ribose phosphate et donc une instabilité chimique

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11
Q

v ou f
la formation de thymine est moin couteuse pour la cellule que la formation d’uracil

A

f c l’inverse

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12
Q

pourquoi la cellule utilise l’uracil et pas la thymine pour faire de l’ARN

A

L’uracile est moins ‘‘coûteux’’ à produire pour les organismes vivants que la
thymine (un CH3 en moins)

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13
Q

kel est l’inconvenient de l’uracil ( point negatif)

A

l’uracil se converti lentement en cytosine se qui cree une instabilité chimique et il yaura des probleme de lecture lors de la traduction

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14
Q

pourquooi la cellule prend le risque de mettre des uracil dans l’ARN meme s’il vont se convertir en cytosine et cree un probleme de lecture, et pourquoi elle ne prend pas le risque de le mettre dans l’adn

A

car l’ARN a une durée de vie de qld min/heure donc la cellule peut prendre ce risque
elle ne le met pas dans l’ADN car il perdure dans le temps

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15
Q

v ou f
contraireent a la synthese d’ADN la syntehse du brin d’ARN se fait en 3’5’

A

f c 5’3’ toujour

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16
Q

kel sont les etape de la transduction

A
  1. Ouverture de l’ADNdb
  2. Appariement antiparallèle entre l’ADNsb - ARN,
  3. Complémentarité des bases C-G, G-C, T-A et A-U
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17
Q

siter les 3 principal classe d’ARN

A

ARN ribosomal
ARN de transfert
ARN messager

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18
Q

kel est le role de ARNr

A

Composante ARN du ribosome.

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19
Q

kel est le role de ARNt

A

Adaptateur entre l’ARNm et les acides aminés

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20
Q

kel est le role de ARNm

A

ARN codant pour la traduction en protéines

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21
Q

kel est le role de l’ARN pol

A

l’ARN
polymérase catalyse la synthèse d’une
chaîne de nucléotides complémentaires
aux nucléotides du brin matrice

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22
Q

de koi nesesite la synthese d,arn

A

La synthèse nécessite l’apport en rNTPs et
le groupement ‘OH’ disponible sur le 3’ de la
chaîne naissante

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23
v ou f le brin codant est le brin lu par l'ARN pol
f sa c le brin matrice Brin codant : ce brin a la même séquence que l’ARN produit.
24
donner la difference entre brin codant et matrice
Brin matrice : ce brin est “lu” par l’ARN pol. Brin codant : ce brin a la même séquence que l’ARN produit.
25
Si on choisi un brin ou l'autre dans un mol d'ADn pour etre le brin matrice pour faire la synthese de l'ARN on aura formation de la meme sequence d'ARN
f le choix du brin matrice est tres important car chaque brin d'AND qui est choisi comme matrice va donner une sequence arn differente
26
la transcription comme la replication recopie tout le génome et une seule fois par cycle cellulaire
f la transduction recopie une région précise du génome, déterminée par les séquences d’ADN spécifiques signalant le début et la fin
27
v ou f a chaque transcription peu importe le gene transcrit il yaura formation du meme nombre de copie d'ARN et ainsi meme nombre de proteine produite (traduction)
f Le nombre de copies produites est extrêmement variable. de meme pour les proteine
28
v ou f le site catalytique de l'arn pol est constitué de parties des deux plus grandes sous-unités
v
29
ou se situe le site catalytique de l arn pol
se situe à la base de la pince, dans une région appelée le « centre catalytique »
30
v ou f contrairement au autre pol l'arn pol n'utilise pas des ion metallique pour catalyse les nucleotide
fonctionne suivant le mécanisme catalytique d’addition de nucléotides faisant intervenir deux ions métalliques (comme toutes les polymérases).
31
v ou f La périphérie de l’enzyme est très variable et reflète les interactions avec les protéines régulatrices propres à chaque espèce.
v
32
v ou f Les bactéries ont une seule ARN polymérase composée de 10 sous-unités. Les eucaryotes ont 3 ARN polymérases et chacune est composée aussi de plus de 10 sous-unités.
f Les bactéries ont une seule ARN polymérase composée de 5 sous-unités.  Les eucaryotes ont 3 ARN polymérases et chacune est composée de plus de 10 sous-unités.
33
v ou f la pol I II et III sont present chez les procaryote et les eucaryote
f il sont seuelemt chz les eucaryote
34
kel est role de l'arn pol II
transcrit les séquences codant les protéines
35
kel est le role de l'arn pol I et III
s’occupent des gènes codant différents autres ARN.
36
v ou f les ARN I II et III sont tous present dans le nucleole
f lADN pol II et III sont dans le nucleoplasme
37
v ou f toute les s.u des arn 1 2 et 3 sont conserver
f il yen a qui sont conserver et une partie qui varie d'une espece a l'autre
38
v ou f l'arn a besoin d'une amorce comme l,adn pol
f L’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce
39
es que l arn pol a une stabilité
oui Plus grande stabilité de l’enzyme au niveau du 1er nucléotide lorsqu’elle ajoute le 2e sur le 3’OH (implique des liaisons très spécifiques des nucleotides avec l’enzyme).
40
kel est le premier nucleotide que la pol va generaleme=nt mettre
une purine (generalement une adenine)
41
v ou f chz les procaryote et les eucaryote le facteur sigma aide a l'initiation de la transcription
f ch=z les eucaryote c les facteur de transcription generaux (GTF)
42
kel est le role de sigma et les facteur de transcription
reconnaitre le promoteur qui est en avant du site de transcription et ainsi debute la transcriptionn
43
kel sont les etape de la transcription
Le début ➡ Initiation Reconnaissance du promoteur Ouverture du complexe : déroulement de l’ADN et création d’une bulle de transcription Début de la synthèse de l’ARN Le milieu ➡ Élongation Complex ternaire stable La fin ➡ Terminaison Dissociation de l’ADN
44
comment appel ton les nucleotide qui se trouve avant et apres le 1ere nucleotide transcrit
Ceux qui sont avant celui-ci sont nommés -1, -2, -3, etc. Ceux qui sont après sont nommés +1, +2, etc
45
kel sont les 3 etape de l'initiation de la transcription
1. Formation du complexe fermé 2. Transition vers le complexe ouvert 3.Début de la polymérisation de l’ARN
46
kes kil ya lors de la formation du complexe fermer
Liaison initiale de l’ARN polymérase au promoteur L'adn est fermer a ce stade
47
comment il ya transition vers le complexe ouvert
Séparation des brins d’ADN (fusion, anglais : melting) Formation d’une bulle de transcription d’environ 14pb autour du site d’initiation
48
ke se passe til lors du debut de la polemerisation ( ds l'initiation)
ADN simple brin maintenant accessible : les deux premiers nucléotides sont placés dans le site actif de la polymérase.  Polymérisation inefficace des 10 premiers nucléotides.  L’ARN Pol est « libérée » du promoteur. le complexe ternaire devient stable et l'elongation peut commencer
49
dans kel eatpe de l'initiation le complexe ternaire devient stable
qd la pol est liberer du prmoteur
50
v ou f lors de l'ajout des premier nucleotide la pol est ineficase
v
51
donner la def d'un promoteur
séquence d’ADN en amont du gène transcrit.
52
v ou f le brin matrice est toujour le meme
f les 2 brin peuvent etre matrice
53
v ou f la transcription se fait aleatoiremenet a n'importe kel moment
f elle se fait qd la cellule a besoin d'une proteine
54
v ou f 2 brin peuvent tous les deux etre matrice au meme endroit et leur transcription peut se faire au meme moment
f il peut yavoir 2 brin matrice au meme endroit mais leur transcription ne se fait pas au meme moment car il ya une contrainte d'espace
55
par koi est determiner la force d,un promoteur
La « force » d’un promoteur est déterminée par le nombre de transcrits générés à partir de ce promoteur dans un laps de temps donné.
56
c quoi les 3 facteur qui influence la force du promoteur
La capacité du promoteur à lier l’ARN polymérase : plus de points de contact entre l’enzyme et la séquence d’ADN → promoteur plus fort. Ces points doivent être reconnus et liés.  Une isomérisation efficace: le passage du complexe fermé au complexe ouvert. La bulle de transcription apparait rapidement dans un promoteur fort.  La facilité de l’ARN polymérase à se libérer du promoteur: le passage du complexe de transcription initial vers le complexe ternaire stable (début de la phase d’élongation après les 10 premiers nucléotides).
57
comment appele ton l'arn pol associe a sigma
holoenzyme
58
v ou f l'arn pol avec ses s.u (sans sigma ) peut initier la transcription n'importe ou sur l adn
v
59
v ou f dans la meme espece il ya une forme de s.u sigma mais il ya une diff de la s.u sigma entre des espece differente
f il peut yavoir plusieur s.u sigma dans la meme espece
60
kel facteur sigma est le plus repandu chx E.coli
facteur σ70
61
v ou f tous les sigma reconaisse les meme poromoteur
f
62
de koi est composé le facteur sigma
Composé de deux sections conservées et d’une section centrale non spécifique
63
ke reconait le facteur sigma
t des promoteurs formés de 2 séquences conservées de 6 nucléotides (région -35 et région -10), séparées par 17-19 nucléotides non conservés.
64
v ou f plus le promoteur se raproche de sa sequence consensus moin il est fort
f il est plus fort
65
c quoi la sequence consensus
sequence qui revient le plus souvent
66
si le promoteur s'eloingne trop de la sequence consensus sigma va telle le reconnaitre
non elle ne va pas le reconnaitre
67
que permet la sequence consensus
Liaison spécifique plus forte Facilité d’ouverture Meilleure libération
68
Il peut y avoir des ajouts supplémentaires sur le promoteur σ70. nommez les
element UP discriminateur extension -10
69
ou est placer l'element UP et a koi il sert
devant l’élément -35 : site de contact additionnel avec l’ARN pol
70
kel est le role de l,extension -10
remplace parfois l’élément -35
71
v ou f le discriminateur est située avant la region -10 et son role est de stabiliser l,enzyme sur le promoteur
f il est située apres la region - 10
72
v ou f les region (element UP, disciminateur et l,extension -10 ) vont tous etre reconnu par des region specifique de la sous unite sigma 70
f , à l’exception de l’élément UP (ARN pol directement).
73
v ou f la pol peut reconnaitre toute seul le promoteur mais sigma facilite ceci
f la pol n'est pas capable de reconaitre le promoteur sans le facteur sigma
74
par koi est reconnu l'element UP
sous unite alpha de la pol
75
de combien de region la sigma est composé
4 region 1,2,3,4
76
ke reconnait la region 2.3 de sigma et kel est son role
Reconnait l’élément -10 stabilise le brin codant (similaire aux SSB)
77
kel region de sigma reconnait le discriminateur
1.2
78
v ou f c uniquement la region 4.2 de sigma qui va reconnaitre l,element -35 via le motif helice-coude-helice
f c toute la region 4 donc 4.1 et 4.2
79
La région 4 du facteur σ70 lie la séquence -35 du promoteur via un motif hélice-coude-hélice. kel est le role de chaque helice
* Une des hélices s’insère dans le sillon majeur et interagit avec les bases d’ADN (spécifique à la séquence). * La deuxième hélice s’attache sur la charpente de l’ADN (phosphatesucre).
80
dasn le motif helice coude helice de la region 4 du sigma kel eleemnt reconnait la region -35
le crocher entre les 2 helice
81
une fois que l'adn et lie a l,arn pol que se passe t il
L’ARN polymérase holoenzyme associée à l’ADN encourt spontanément un changement de conformation énergétiquement favorable – l’isomérisation en complexe ouvert. L’ADN est ouvert entre -11 et +3. Une fois accomplie, l’isomérisation est irréversible. Elle a toutefois autant de chances de se produire que la dissociation d’holoenzyme de l’ADN
82
Le passage au complexe ouvert implique 2 événements :
* les pinces (ββ’) se resserrent sur l’ADN bicaténaire devant l’enzyme * la région 1,1 de σ70 se déplace du site actif, ce qui permet au brin matrice d’atteindre le site catalytique
83
v ou f une fois l'and ouvert se phenomene peut etre reversible
f ce phenomene est irreversible
84
lorsque le complexe est ouvert de kel canal sortiront le brin matrice et le brin complementaire
Le brin codant sortira par le canal NT (non template strand) et le brin matrice traversera le canal T (template strand) dans lequel la transcription en ARN aura lieu.
85
v ou f c dans le canal NT que la transcription va se fairre
f ds le canal NT il ya la sortie du brin codant c ds le canal T kil yaura transcription car c la ou se trouve lke brin matruce
86
a kel positition l'adn recommence a s,hybrider et ou elle le fait
* Finalement, l'ADN s'hybride de nouveau en position -11 (toujours à l'intérieur de l’enzyme) pour reformer de l'ADN bicaténaire.
87
ki block le canal de sortie de l'ARN
la region 3.2 de sigma
88
pourquoi la synthese des 10 premier nucleotide est ineficase
Il y a polymérisation d’ARN, mais l’ARN polymérase ne se déplace pas : elle reste prise au niveau du promoteur. et en plus il ya kelke chose qui block le canal de sortie
89
v ou f l'expulsion de la region 3.2 de sigma pour libeer le canal de sortie de l,arn se fait des le premier essai
L’expulsion/déplacement de cette région se fait généralement en plusieurs tentatives.
90
v ou f Le déplacement de la région 3.2 augemnte la liaison générale du facteur σ à la polymérase
f elle affaibli la liaison
91
que se passe til suite au deplacement de la region 2.3 de sigma
le canal de sortie est deblocké et le facteur sigma et l'arn pol se dissocie . l'enzyme passe alors a l'etape d,elongation
92
kel sont les 2 methode que la pol utilise pour corriger c erreur
* Correction pyrophospholytique: “Ctrl-Z” – le dernier nucléotide ajouté est retiré en lui remettant son groupement PPi perdu (réaction inverse de la polymérisation). * Correction hydrolytique : retour en arrière (de quelques nt) et excision de la séquence de quelques nucléotides.
92
v ou f l arn pol ne peut pas se corriger
f elle peu a chaque foi kel ajout un nucleotide elle le verifie
93
v ou f les rNTP arrive par canal propre a eu
v
93
v ou f la dimension de la bule de transcription chx les procaryote varie d'une espece a l'autre
f elle est toujour stable
94
kel sont les facteur qui aide la pol dasn ces fonction correctrice
les facteur proteique
95
ke se passe til qd l arn pol et bloqué et arrete la transcription qd elle rencontre des dommage a l,adn ( mutation, bri ...)
Lorsque ceci arrive, la cellule peut : * Induire la réparation de l’ADN; * Redémarrer la transcription; * Dissocier l'ARN polymérase.
96
kel enzyme est capable d’enlever l’ARN pol. et de recruter les enzymes de réparation d’ADN Uvr A-B-C.
proteine TCRF
97
comment fonctionne TCRF
se lie à l’ADN en arrière de l’ARN pol et glisse jusqu’à l’enzyme. La collision qui en suit provoque soit une reprise des activités de l’ARN pol, soit sa dissociation complète.
98
de koi es constituer la derniere sequence d'ADN transcrit dans la terminaison intrinseque
region riche en G et C et une region poly A
99
ke se passe til suite a la transcription des 2 sequence G et C complementaire (termianison intrinseque )
1) Détachement prématuré de la 2e séquence G-C du duplex ARN/ADN pour former la tige-boucle (les appariements ARN/ARN sont plus stables et donc favorisés). 2) Arrêt de la polymérisation. 3) L’ARN n’est donc retenu au brin matrice que par les quelques U. L’hybridation U-A étant facilement dissociée (interaction faible à 2 liens H), l’ARN peut être libéré du complexe de transcription. 4) L’ARN pol se détache également.
100
comment se passe la terminaison Rho dependante
Le facteur de terminaison Rho est un hexamère capable de lier l’ARN sur une séquence spécifique (rut, rho utilisation). Rho se déplace ensuite le long de l’ARN en hydrolysant de l’ATP. Lorsqu’il rattrape la polymérase, il cause la dissociation du complexe d’élongation, et donc la terminaison.
101
donner les 2 caracteristique des region rut
Ces régions sont d'une longueur d'environ 40 nt et ne forment pas de structures secondaires Elles se situent après les sites de terminaison de la traduction, ce qui assure qu’elles soient libres de ribosomes

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