Cours 16 Flashcards
(24 cards)
What is the protein and function of protein in this study?
OS9, it recognises Man3-4’-B of a misfolded glycoprotein to signal it for ERAD
Where is OS9 located? What type of domain it has?
Elle se retrouve dans le lumen du RE et elle possède un domaine MRH (mannose-6-phosphate receptor homology).
Crystallisation of OS9-MRH found a secondary structure of?
Flattened B-barrel structure
Pourquoi elle est considérée d’etre dans la famille P-lectine?
L’ion Ca est pour juste stabiliser la structure.
Le S-S et feuillet beta N-terminal est caractéristique.
Comment ManB et Man4` agit avec le crystal? (quels sont les interactions avec MRH)
ManB fait liaisons H avec QNREY
ManB fait hydrophobe avec L
Man 4 fait li. hydrophobe avec W118
Quel est le triade?
W117, W118 et H132
118 sur le coté, 117 par dessus 132
NMR HSQC des tryptophanes?
Le nom et comment?
Heteronuclear single quantum coherence
H N et H C des tryptophanes labeled avec 13N ou 15C
Qu’est-ce que NOESY détermine?
Changements de la structure tertiaire en absence ou présence de asMan3
Pourquoi on fait NMR?
C’est pour montrer les intéractions avec Man3-Man4-ManB
Qu’est-ce que l’empreinte digitale de NMR?
Cela nous montre la composition des groupes fonctionnelles de carbone.
Une protéine plie nous monter une graphique dispersé.
Qu’est-ce que le spectre NMR nous montre?
Seulement les tryptophanes W117 et W118 ont des pertubations spectrales
Comment Man3 interagit avec le triade?
Man3 a genre une interaction pi pi avec W117
Comment on fait le ffluorescent flow cytometry?
Cellules Lec 1 avec des N-glycans sur sa surface
Protéines OS9-MRH avec des mutations W117 et W118
Plus de fluorescence de flow cytometry veut dire?
Plus de liaison
Quest-ce que les résultats de flow cytometry nous a donné?
W117A produit moins de liaison, W118A produit aucune liaison, ce qui montre leur importance
Qu’est-ce que AT et ATNHK
Ce sont des substrats pour ERAD avec des sucres. ATNHK possède des mannoses mais pas de liaison a1-2
Qu’est-ce que la précipitation de AT ou ATNHK signifie?
Il y a de la liaison entre AT et le OS9-ATMRH
Pour la précipiation, que veut dire la précipitation de OS9-FLAG en présence de ANTI-FLAG?
OS9 est présent
Les mutants de OS9 possèdent plus ou moins de liaison avec ATNHK? (W, W R)
Moins
R est ainsi un résidu canonique
Qu’est-ce que ATNHKQQQQ possède?
Pas de sucres
Comment ATNHKQQQ intéragit avec OS9?
Il y a toujours des intéractions meme s’il y a des mutations à OS9.
Cela sinifie une site de liaison de polypeptide.
Qu:’eest-ce que SEL1L?
C’est une protéine dans ERAD
Que donne l’intéraction de Sel1L aec OS9?
L’intéraction entre OS9 et Sel1 semvle d’etre dépendante des glycanes (sites W W)
Comment OS9 intéragit avec les substrats de ERAD? (discussion)
Le mannose D3 doit etre trimée comme la strcture acec un D3 aurait soit:
- une basse affinité si dans la position du ManB
- une empechement stérique si ManB est dans sa position normale
