Cours 4 - Transcription Flashcards
(45 cards)
1
Q
Types d’ARN pol
A
I, II, III
2
Q
Cycle de transcription de l’ARN pol II
A
- Initiation
- Élongation
- Terminaison
3
Q
Réplication versus Transcription
A
- R: adn pol, dNTP, amorce-dépendant, moins d’erreur, génome complet
- T: arn pol, NTP, amorce-indépendant, plus d’erreur, fraction du génome
4
Q
Ce que chaque ARN pol produits?
A
- I: ARNr
- II: ARNm et autres
- III: ARNt et autres
5
Q
Structure arn pol
A
- en pince de crabe
- 2 mâchoires de la pince tiennent le substrat d’ADN
- 1 Mg 2+ au site catalytique
6
Q
Initiation de la transcription
A
- Reconnaissance de l’ARN pol au promoteur près du site +1 (TSS)
- Liaison à adn = chgt de structure de la pol
- ouverture double hélice -> bulle de transcription (simple brin)
- Incorporation du premier ribonucléotide complémentaire au brin matrice d’ADN
7
Q
Élongation
A
- après synthèse d’un court fragment arn = phase élongation
8
Q
Actions de ARN pol durant élongation
A
- synthèse arn
- déroule adn en aval
- dissocie l’hybride ADN:ARN de la matrice
- réassocie les brins adn
- corrige erreurs
9
Q
Terminaison
A
Coupe ARN naissants
10
Q
La terminaison est essentielle à:
A
- relâche de l’ADN
- recyclage des composantes transcriptionnelles
- prévenir interférence transcriptionnelle
11
Q
Durant l’initiation, de quoi la Pol II a besoin pour fixer un pormoteur?
A
- protéines essentielles (facteurs généraux)
12
Q
Étapes facteurs généraux de la transcription
A
DIAPO 13-17
- Liaisons des séquences promotrices par complexe TFIID
- recrutement des facteurs TFIIA et TFIIB
- recrutement de l’ARN pol II
- recrutement TFIIE et TFIIH (PIC)
- libération de la pol II du promoteur et phosphorylation CTD
13
Q
TFIID
A
- TBP qui est une sous unité, reconnait boîte TATA et favorise liaison au promoteur
- TAFs vont reconnaître d’autres séquences au promoteur
14
Q
Recrutement des facteurs TFIIA ET TFIIB
A
- chgt de confo dans l’adn suite à recrutement de TFDIID
- attire TFIIA et TFIIB
- interactions TFIIB-TBP et TFIIB-ADN
15
Q
à quoi contribue la liaison asymétrique de TFIIB
A
- directionalité de la transcription du promoteur
16
Q
recrutement arn pol II (étape 3)
A
- interactions entre TFIIB et pol II stabilisent le recrutement stable de la pol avec complexe TFIIF
- liaison de Pol-TFIFF stabilise complexe TFIID-TFIIB
17
Q
TFIIE et TFIIH
A
- TFIIE contribue au recrutement et régulation de TFIIH
- activité hélicase et ATPase de TFIIH servent à ouvrir bulle de transcription en aval du promoteur
18
Q
CTD
A
- 52 répétitions de séquence consensus
- unique à pol II
- hypophosphorylé au promoteur
- relâche de Pol II du promoteur = P du CTD de RPB1 par protéine du complexe TFIIH
- plateforme de recrutement
19
Q
Pourquoi complexe médiateur nécessaire à activation de transcription in vivo?
A
- adn empaqueté sous forme de chromatine in vivo = complique liaison des FT et de pol
- activateurs aident au recrutement
- recrutement assuré par complexe médiateur qui interagit avec pol II
20
Q
Une face du complexe médiateur s’associe à la Pol II via…
A
le CTD
21
Q
En absence de boîte TATA…
A
- TBP recruté via TFIID de manière moins spécifique
- 2 côtés activateurs pour former deux PIC indépendants
22
Q
CHIP-seq vs NET-seq
A
- C: peut pas déterminer directionalité de la transcription
- N: distingue orientation de la transcription (sens vs anti sens)
23
Q
Une fraction importante des gènes humains démontrent ______ après le promoteur
A
une pause de la Pol II proximale
24
Q
Quand est ce que la pause de la Pol II a lieu et quels facteurs elle a besoin?
A
- après initiation
- NELF et DSIF
25
Mécanisme pause pol II
- recrutement kinase P-TEFb -> phosphoryle complexe NELF/DSIF + CTD de la pol II
- P de DSIF = dissociation de NELF et relâche pol en pause en élongation productive
- dissociation promoteur et FT
26
Pol II en phase d'élongation
- 3'->5' pour faire ARN 5'->3'
- dissocie duplexe d'ADN devant et ajoute rNTPs à l'ARN naissant
- réassociation des brins en arrière de la pol
- CTD juxtaposé à côté du canal de sortie de l'ARN
27
L'élongation de la Pol II se fait au travers de _____
nucléosomes
28
En fct de quoi les modifications du CTD sont programmées?
cycle de la transcription
29
Rôle de recrutement du CTD important pour quoi?
maturation co transcriptionnelle des ARNm
- coiffe
- épissage des introns
- clivage et polyadénylation
30
Méthode et But recrutement co transcriptionnelle des facteurs de maturation
- méthode: ChIP qPCR
- but: déterminer distribution d'une prot le long des gènes
31
2 modèles de terminaison
- torpille
- allostérique
32
Modèle allostérique
- chgt de confo de la pol II suite au clivage/transfert de la machinerie de clivage du CTD à l'ARN
- chgt de confo réduit processivité de la pol II conduisant à terminaison
33
Modèle de la torpille
- coupure endonucléolytique de l'ARN naissant associé à pol II
- clivage = libère arnm + extrémité 5' libre
- exonucléase XRN2 attaque extrémité
- XRN2 rattrape pol et déstabilise hybride donc dissociation
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Gene looping
- rapprochement des extrémités 5' et 3' du gène pour faciliter la réinitiation de la transcription
- gènes fortement exprimés transcrit à proximité du pore nucléaire (faciliterait export ARNm)
35
R loops
- arn derrière pol va envahir double hélice adn et former R-loop
- formation importante pour communication de classe de gènes codant pour immunoglobines
- instabilité génomique
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Dérégulation synthèse ribosomes (inhibiteurs pol1)
- CX-5461
- BMH-21
- PMR-116
37
précurseur ARNr
47s pre-rRNA
38
3 ARNr matures
- 18S
- 5.8S
- 28S
39
Initiation transcription par ARN pol I
- Promoteur RNA pol 1 (2 parties: Promoteur central, UCE)
- Initiation par RNA pol 1 a besoin de deux facteurs (UBF et complexe SL1)
- SL1 se lie au promoteur seulement si UBF est lié aux éléments de contrôle
- recrutement complexe RNA pol I et ini transcri
40
Terminaison transcription ARN pol I
- 2 éléments de séquences importants: région AT riche et boites SaI
- TTF-1 reconnaît boîtes
- pause transcriptionnelle qui permet recrutement PTRF qui déstabilise hybride AU riche dans le site actif de pol I (libère donc 47S)
41
Transcription par ARN pol III
- transcrit arn non codant (ARNt)
- pas de CTD
- plus grosse des 3 pol
42
facteurs de transcription ARN pol III
- TFIIIB
- SNAP
- TFIIIA
- TFIIIC
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Terminaison transcription ARN pol III
- peut terminer en absence de facteurs
- région AT nécessaire pour terminaison
- stretch de AU entraine pause favorisant backtracking
- entrée d'une tige boucle dans canal de sortie = dissociation de la matrice
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Régulation pol III par protéine Maf1
- riche en nutriments = augmente tRNA
- pauvre = baisse tRNA
- conditions riches -> maf1 hyperP et demeure au cytoplasme
- conditions pauvres -> maaf1 déP empêche interaction entre TFIIIB et TFIIIC et initiation de la pol III
45
nature pervasive de la transcription
- majorité du génome est transcrit
- une partie a importance biologique
- d'autres cas = niveau faible de la transcription
