Cours 6 Flashcards
Vrai ou faux: la diversité génétique des humains est très élevée
Faux: elle est très faible, seule 15 espèces sont connues pour avoir une diversité génétique médiane inférieure.
Niveau d’hétérozygotie plus élevé chez les humains d’Afrique que chez les humains non africains
Pourquoi le niveau d’hétérozygotie est plus élevé chez les humains d’Afrique que chez les humains non africains?
Car les humains anatomiquement modernes ont émergé en Afrique, puis se sont répandus dans le reste du monde
Comment nomme t’on aussi les allèles communs et les allèles rares?
-Allèle commun = allèle majeur
-Allèle rare = allèle mineur, ex qui ne se trouvent que dans une seule population ou région
Quelle serait la raison d’un allèle rare partagé entre certaines populations humaines en Afrique et d’autres dans les Amériques?
Ce serait probablement résultant du mouvement de population lors de la diaspora africaine
Vrai ou faux: dans l’ensemble, nous ne voyons pas de modèle clair de séparation continentale ou raciale quand nous examinons les variants génétiques.
Vrai. Les variants sont soit courants à l’échelle mondiale, soit spécifiques à une population ou une région, mais à faible fréquence
la structure de la population génétique peut se développer pour quelles raison (2)?
-Barrières géographiques: rivières, montagnes, grande barrière de recherche
-Accouplement assortatif : accouplement préférentiel basé sur des phénotypes similaires, plus fréquent chez les animaux
La structure de la pop est souvent identifiée en comparant les fréquences alléliques et les niveaux d’hétérozygotie entre les sous-populations. Qu’est ce qu’une structure maximale, minimale et réaliste de la population?
-Maximale: deux sous-pop sont 100% différentes
ex: Pop1: A = 100% B = 0%
Pop2: A = 0% B = 100%
-Minimale: Pas de structure, car pas de différences entre les deux populations
ex: Pop1: A = 50% B = 50%
Pop2: A = 50% B = 50%
-Réaliste: Pop1: A = 66,7% B = 33,3%
Une des façons les plus courantes de mesurer la structure de la population est de calculer les différences d’hétérozygotie entre et au sein des sous-pop. Que veut dire Fst? Et quel est le calcul?
C’est la proportion de la variance génétique totale (du aux différences de fréquence allélique) contenue dans les sous-populations (la sous-notation S) par rapport à la variance génétique totale (la sous-notation T)
-Le calcul est le suivant: Variation entre les populations - Variation au sein des populations / Variation entre les populations. Ht - Hs / Ht
Ht= hétérozygotie attendue de la population entière (2pq)
Hs = Hétérozygotie attendue moyenne (2pq) à travers les sous-populations
Avec seulement 17 loci, on estimait que ..% de la variation génétique se trouvait au sein des populations. Combien de %?
85%. Ce qui signifie qu’un faible niveau de différenciation s’est produit dans les populations humaines depuis leur séparation de la population totale
Qu’est ce qui explique le mieux la parenté génétique des populations humaines?
L’isolement par la distance géographique et non les catégories raciales. Quand nous traçons les valeurs de Fst entre les paires de populations humaines en fonction de la distance géographique, FST augmente avec la distance
Qu’en est-il des allèles rares, spécifiques à une population? Si nous en collection suffisamment, pouvons-nous commencer à voir des motifs liant l’ascendance génétique et l’origine géographique?
Oui. Bien que la race ne soit pas un moyen utile d’expliquer la diversité génétique humaine, il est possible d’identifier l’ascendance biogéographique des individus en accumulant les effets de nombreux SNP.
Supposons que vous disposiez d’une liste de génotype de 1 million de SNP provenant de 1000 personnes à travers le monde. Comment pourriez-vous identifier un motif?
Analyse en composantes principales (PCA): Une approche statistique qui réduit la complexité des ensembles de données multivariées à de simples vecteurs représentant la variance la plus élevée possible. Les données sont transformées dans un nouveau système de coordonnées qui permet l’identification de points regroupés.
Parfois il y a un motif clair, parfois non (quatre quadrants)
Qu’est ce qu’un graphique de structure?
Autre type d’analyse qui utilise des données de SNP dans un algorithme de regroupement pour identifier comment les individus se situent dans un nombre prédéfini de clusters de population.
Les scientifiques utilisent la race pour classer biologiquement les humains depuis Linnaeus au 18e siècle. Linnaeus a divisé Homo sapiens en quatre principales catégories raciales:
-Américain
-Européen
-Asiatique
-Africain
Sur quoi étaient basés les catégories crées par Linnaeus?
Basé non seulement sur des traits physiques comme la couleur de peau et les traits du visage, mais aussi sur le comportement, les vêtements et les formes de gouvernement.
-Il considérait les Européens comme des personnes douces, inventives tandis que les autres races étaient considérés comme cupides, paresseuses et gouvernés par des caprices…
-Le pouvoir de l’autorité de Linnaeus à l’époque a conduit à ce qu’elle soient profondément enracinés dans l’esprit occidental
