Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

Genoom jaar 1 > deel 2 : week 7 > Flashcards

deel 2 : week 7 Flashcards

hc (onderzoekstechnieken) + 3 wc (theorie + filmpjes lab buddy) (65 cards)

Start Studying
1
Q

pathway van p53

A

kinases fosforyleren p53 bij DNA schade -> Mdm2 (gebonden ubiquitineert) laat los -> actief p53 bindt aan regulatie sequentie p21 -> p21 eiwit inhibeert cdk’s

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

mutatie in p53 allel

A

alleen bij mutatie in beide allelen wordt het inactief

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

in vivo

A

in proefdier/ in levende cel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

in vitro

A

eiwitten e.g. bestuderen in reageerbuis

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

cellijn

A

levende cellen buiten organisme, in vivo/in vitro

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

benodigde cellijnen

A

wildtype : normale situatie bestuderen
mutatie : dit wil je onderzoeken
KO : negatieve controle

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

gevolg puntmutatie

A

loss of functions mutation (verkeerd aminozuur, vroegtijdig stopcodon, helemaal geen eiwit)
gain of function
er gebeurt niks

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

hoe controleer je downstream effect eiwit

A
  • bestuderen RNA-levels van p53(-targetgenen)
  • bestuderen eiwit-levels van p53(-targets)
  • bestuderen celbiologisch effect (apoptose e.g.)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

hoe bestudeer je RNA-levels

A

qPCR (quantitative polymerase chain reaction)
NGS (next generation sequencing)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

hoe bestudeer je eiwit-levels

A
  • western blot (eiwit voor eiwit, weinig geld)
  • proteomics (veel eiwitten tegelijk, kost veel)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

hoe bestudeer je effecten van de mutatie

A

bestuderen vermenigvuldiging van cellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

strategieën verlagen gen-expressie

A
  • RNA-interferentie (knockdown)
  • genomisch DNA aanpassen (CRISPR/cas9, knock-out)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

strategieën verhogen gen-expressie

A
  • RNA in cel brengen
  • !plasmide met gen in cel brengen (transfectie, transiënte overexpressie)
  • virus met gen in cel brengen (transductie, stabiele overexpressie)!
  • genomisch DNA aanpassen (extra kopie gen in genomisch DNA)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

strategieën om mutant gen in cellijn te krijgen

A
  • mutant RNA in cel brengen
  • !plasmide met mutant gen in cel brengen (transfectie, transiënte overexpressie)!
  • genomisch DNA aanpassen naar mutant gen (CRISPR/cas9)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

transiënt overexpressie

A

overexpressie is voortdurend

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

transfectie

A

(inbrengen plasmide in cel)
dmv toevoegen transfection reagent (voor hydrofobe buitenkant)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

plasmide

A

circulair DNA dat zich buiten het genomisch DNA bevindt in bijvoorbeeld bacteriën
belangrijk voor uitwisseling genetische info (niet essentieel voor groei, bevat ‘bonussen’ : antibiotica resistentie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

vector

A

drager van gen van interesse

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

definitie expressievector

A

plasmide met gen van interesse die daadwerkelijk tot expressie komt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

nodig in expressievector

A
  • sterke promotor (hierachter gen van interesse)
  • poly-a terminatie sequentie achter gen van interesse
  • restrictie sites (bevinden overal, maar vooral in multiple cloning site=polylinker, achter promotor)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

restrictie-enzymen

A

endonucleasen. knippen op specifieke sequenties, restrictie sites : dubbelstrengs (ds) DNA, 6-8 nt, symmetrische sequentie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

insert

A

gen dat je wilt kloneren (gen van interesse)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

voorwaarde startmateriaal cellijn

A
  • normaal weefsel
  • ongemuteerd (gen van interesse)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

cloning site 3s

A

NotI

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
cloning site 5s
HindIII
26
verschil (+) en (-) vectoren
verschil in volgorde van restrictie site : bepaalt oriëntatie insert (T7 is begin)
27
welke promotor zorgt voor expressie van insert
CMV (cytomegalovirus)-promotor (zorgt voor constitutieve/continu aangeschakelde expressie, want virus kan zich snel vermenigvuldigen)
28
functie ampicilline-gen in vector
zorgt voor resistentie. alleen bacteriën die de vector hebben opgenomen overleven bij dit antibioticum
29
functie ori in de vector
hier begint replicatie
30
DNA cloning
identieke kopieën maken van een stuk DNA
31
sticky ends
uitstekende uiteindes waar een nieuw stuk DNA met zelfde sticky ends aan kan binden
32
buffer
zorgt voor optimale omstandigheden (voor enzymen)
33
functie toevoegen demiwater
- verdunnen - juiste reactie volume krijgen -
34
functie DNA-ladder
schatten van de grootte van DNA-fragmenten
35
componenten gel elektroforese
- batterij - buffer voor stroomgeleiding - gel
36
functie gel loading dye
zodat je je sample/DNA-front kan volgen tijdens het lopen en ze niet ineens van je gel aflopen
37
agarose gel
scheiden van grote fragmenten (>50 bp)
38
SDS-PAGE (Sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis)
kleine DNA fragmenten of eiwitten SDS denatureert eiwitten/eiwitten geen lading
39
door welk principe worden grotere DNA_fragmenten van de kleinere gescheiden
door de mazige structuur van de gel zullen grote en kleine fragmenten met een andere snelheid door de gel lopen
40
oorzaken lege agar plaat
- mislukte transformatie - verkeerd antibioticum - mislukte ligatie
41
nodig voor ligatie
- nuclease vrij water - DNA-fragment - T4-lisage - T4-ligase buffer
42
definitie en functie heat-shock
door de heat-shock gaat de celwand/membraan van de bacterie kapot, hierdoor kan je je plasmide in de bacterie toevoegen (transformatie)
43
miniprep protocol
isoleert DNA plasmide - centrifugeer cel cultuur en verwijder supernatant - toevoegen p1 buffer - na klontering (en centrifuge) supernatant verplaatsen naar kolom - plasmide bindt aan zout en die bindt aan zijkant kolom - PE buffer om overige contaminatie te verwijderen - eultion buffer om plasmide los te maken
44
p1 buffer
RNase (breekt RNA af), trisHCL, EDTA
45
P2 buffer
lyseert de bacterie NaOH (denatureert DNA), SDS (denatureert de cel/eiwit)
46
N3 buffer
KCH3COO (neutraliseert NaOH) chromosomaal DNA en eiwitten (en nog aanwezig SDS) klonteren samen voorkomt schade DNA (hierna pas in kolom)
47
PE buffer
ethanol en wast overige contaminatie weg (eiwitten enz)
48
elution buffer
interactie met zout, waardoor plasmide loslaten. hierna zijn de plasmiden in de collection tube
49
hoofdstappen miniprep
binden vector-DNA (sample aanbrengen in kolom) wassen kolom eulueren vector-DNA (elution buffer)
50
nanodrop
spectrofotometrie. meet golflengte (DNA, RNA, eiwit) je wilt checken of was stap is gelukt
51
principe nanodrop
NT absorbeert UV - DNA is prominent bij 260 nm (RNA/DNA) - 230 nm zouten - 280 nm eiwitten
52
260/280 ratio
1,8-2,0
53
260/230 ratio
2,0-2,2
54
hoe bepaal je succes mutagenese met digestie-experiment
- DNA sequencen - restrictie site gebruiken die alleen aanwezig is in mutatie sequentie
55
Sanger seuencing en benodigdheden
vaststellen specifieke sequentie - dNTP - ddNTP met fluorescentie - DNA pol - primer
56
stappen Sanger sequencing
- verhit tot 96 voor ds=> enkelstrengs - 50 voor binden primer - 60 voor DNA pol en synthese - herhaal door ddNTP zijn de fragmenten anders in lengte
57
waar bindt forward primer aan
promotor
58
site-directed mutagenesis
techniek die primers gebruikt voor aanbrengen gewenste mutatie (en vermenigvuldigen met PCR)
59
SDM met PCR-reactie
2 complementaire primers met de puntmutatie door verhitting kunnen primers toegevoegd worden
60
rol Dpn1 als restrictie-enzym en wat heeft dit te maken met bacteriële methylgroepen
kan alleen knippen bij aanwezigheid methylgroepen. kan hierdoor de originele plasmiden targeten
61
forward primer
zelfde als de 'originele' streng, streng waar de mutatie zich op bevindt
62
reverse primer
(3' naar 5') (gaat nog steeds zelfde kant op) complementair
63
waar staat PCR voor
polymerase chain reaction
64
inhoud mutagenese beads
polymerase-enzym, nt, buffer (je voegt los nog demiwater, DNA en primers toe)
65
werking bacteriële transformatie
via heat shock (celwand open door verschil in druk en 'forceert' plasmiden naar binnen))/calcium chloride (neutraliseert negatieve lading cel en DNA)

Genoom jaar 1 (6 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions